【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】将生物分子的检测组合到使用荧光原位测序的单个试验的方法相关申请的交叉引用本申请要求2016年8月31日提交的美国临时申请号62/381,997的权益，该申请通过引用全文纳入本文。有关联邦资助的研究的声明本专利技术得到政府的支持，在国立卫生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的P50HG005550和RM1HG008525和国家自然基金会(NationalScienceFoundation)授予的DGE1144152的资助下完成。政府对本专利技术拥有一定的权利。
技术介绍
转录组是细胞表型重要的介导物。细胞RNA反应了基因组的状态，并且还产生包含细胞主要物质表现的所有蛋白质。因此，据信检测RNA分子产生了对细胞表型的深刻理解。然而，检测RNA仅能够对基因组、蛋白质组、代谢组的状态和分子状态空间的维度做出推断。仍然存在对于将RNA荧光原位测序(FISSEQ)与其他分子检测方案组合以形成整合的全组学(panomic)检测平台的方法的需求。专利技术概述在一方面，本公开提供了用于检测和鉴定生物样品的一种或多种生物分子的系统。该系统可以包括：容器，所述...
【技术保护点】
1.一种用于对生物样品的一种或多种生物分子进行检测或鉴定的系统，所述系统包括：容器，所述容器包含(i)包含所述一种或多种生物分子的所述生物样品和(ii)膨胀剂和接合部分，其中所述膨胀剂能在施加刺激后活化而体积增大，从而产生包含所述一种或多种生物分子的三维基质，其中所述刺激是电磁刺激、电化学刺激或热刺激，其中所述一种或多种生物分子经由所述接合部分与所述三维基质偶联，并且其中所述三维基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.08.31 US 62/381,9971.一种用于对生物样品的一种或多种生物分子进行检测或鉴定的系统，所述系统包括：容器，所述容器包含(i)包含所述一种或多种生物分子的所述生物样品和(ii)膨胀剂和接合部分，其中所述膨胀剂能在施加刺激后活化而体积增大，从而产生包含所述一种或多种生物分子的三维基质，其中所述刺激是电磁刺激、电化学刺激或热刺激，其中所述一种或多种生物分子经由所述接合部分与所述三维基质偶联，并且其中所述三维基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。2.一种用于对生物样品的一种或多种生物分子进行检测或鉴定的系统，所述系统包括：容器，所述容器包含(i)包含所述一种或多种生物分子的所述生物样品和(ii)膨胀剂和接合部分，其中所述膨胀剂能在施加刺激后活化，从而产生包含所述一种或多种生物分子的三维基质，其中所述刺激不是液体，其中所述一种或多种生物分子经由所述接合部分与所述三维基质偶联，并且其中所述三维基质保留所述生物分子在生物样品内的绝对或相对空间关系。3.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述三维基质包含所述生物样品，所述生物样品含有所述生物分子。4.如权利要求3所述的系统，还包括：与所述容器操作性偶联的所述刺激的源，其中向所述膨胀剂施加所述刺激活化所述膨胀剂以形成所述三维聚合物基质，其中三维聚合物基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。5.如权利要求4所述的系统，还包括与所述刺激的所述源操作性偶联的一个或多个计算机处理器，其中所述一个或多个计算机处理器经单独地或共同地编程以指导所述刺激的所述源向所述膨胀剂施加所述刺激，从而活化所述膨胀剂以形成所述三维聚合物基质。6.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述生物样品为细胞或其衍生物。7.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述生物分子是核糖核酸分子(RNA)，脱氧核糖核酸分子(DNA)，或RNA和DNA。8.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述电化学刺激是电化学反应。9.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述膨胀剂被进一步设置为用作收缩剂。10.如权利要求9所述的系统，其中，所述收缩剂是光活化的收缩剂，电化学活化的收缩剂或热活化的收缩剂。11.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述膨胀剂包含螯合官能。12.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述膨胀剂包括乙二胺四乙酸(EDTA)。13.如权利要求12所述的系统，其中，所述EDTA是邻硝基苄基笼状EDTA或醌-酯保护的EDTA。14.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述三维基质被设置成在膨胀剂活化后膨胀1.1至10倍。15.如权利要求14所述的系统，其中，所述一个或多个生物分子的绝对或相对空间关系在三维基质膨胀后保留。16.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述接合部分包括或者操作性偶联反应性基团。17.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述接合部分包括胺、硫醇、叠氮、炔烃或点击反应性基团。18.如权利要求1或2所述的系统，其中，所述接合部分包括可聚合基团。19.一种使用权利要求1或2的三维基质的方法，所述方法包括经由光、电化学或热使所述三维基质膨胀。20.如权利要求19所述的方法，还包括在所述膨胀后将用于荧光原位测序(FISSEQ)的试剂流入三维基质中。21.如权利要求19所述的方法，还包括经由光、电化学或热使所述三维基质收缩。22.一种用于原位检测或鉴定生物样品内的生物分子的方法，所述方法包括：(a)提供容器，所述容器包含(i)包含所述生物分子的所述生物样品和(ii)膨胀剂和接合部分，其中所述膨胀剂能在施加刺激后活化，从而产生包含所述生物分子的三维基质，其中所述刺激是电磁刺激、电化学刺激或热刺激；以及(b)向所述膨胀剂施加所述刺激，从而活化所述膨胀剂以生成包含所述生物分子的三维基质，其中所述生物分子经由所述接合部分与所述三维基质偶联，所述三维基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。23.一种用于原位检测或鉴定生物样品内的生物分子的方法，所述方法包括：(a)提供容器，所述容器包含(i)包含所述生物分子的所述生物样品和(ii)膨胀剂和接合部分，其中所述膨胀剂能在施加刺激后活化，从而产生包含所述生物分子的三维基质，其中所述刺激不是液体；以及(b)向所述膨胀剂施加所述刺激，从而活化所述膨胀剂以生成包含所述生物分子的三维基质，其中所述生物分子经由所述接合部分与所述三维基质偶联，所述三维基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。24.如权利要求22或23所述的方法，其中，所述三维基质包含所述生物样品，所述生物样品含有所述生物分子。25.如权利要求22或23所述的方法，其中，所述生物样品为细胞或其衍生物。26.如权利要求22或23所述的方法，其中，所述方法还包括检测所述三维基质中所述生物分子的至少一个子集。27.如权利要求22或23所述的方法，其中，所述方法还包括：施加所述刺激的源，其中所述源操作性偶联所述容器，其中所述施加活化所述膨胀剂形成所述三维聚合物基质，其中三维聚合物基质保留所述生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。28.如权利要求26所述的方法，其中，所述施加所述源包括在一个或多个计算机处理器的协助下将所述刺激的所述源导向所述膨胀剂，所述计算机处理器单独地或共同地经编程以引导所述源。29.如权利要求22或23所述的方法，其中，所述膨胀剂被进一步设置成用作收缩剂。30.如权利要求29所述的方法，还包括经由光、电化学或热使三维基质收缩。31.一种聚合的三维基质，用于鉴定一种或多种生物分子，所述聚合的三维基质包含：包含骨架的三维聚合物；和与三维聚合物的骨架偶联的接合部分，其中所述接合部分被设置成保留所述一种或多种生物分子在三维聚合物内的绝对或相对空间关系，其中聚合的三维基质不包含用于鉴定所述一种或多种生物分子的探针。32.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分被设置成捕获所述探针。33.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述三维聚合物基质被设置成捕获所述探针。34.如权利要求31所述的聚合的三维基质，还包含与三维聚合物整合的生物样品，并且其中所述接合部分被设置成保留所述一种或多种生物分子在所述生物样品内的绝对或相对空间关系。35.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分被设置成捕获所述探针，所述探针与所述一种或多种生物分子偶联。36.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述骨架是聚(乙烯乙二醇)骨架。37.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分以瓶刷拓扑结构与所述骨架偶联。38.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分包括反应性基团。39.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分包括胺、硫醇、叠氮、炔烃或点击反应性基团。40.如权利要求31所述的聚合的三维基质，其中，所述接合部分包括可聚合基团。41.一种使用权利要求31所述聚合的三维基质检测生物分子的方法，所述方法包括：提供所述聚合的三维基质；使所述探针流入所述聚合的三维基质；和在所述聚合的三维基质中捕获所述探针。42.如权利要求41所述的方法，还包括检测所述探针。43.如权利要求42所述的方法，还包括经由所述探针对靶序列进行测序。44.如权利要求41所述的方法，其中，所述使所述探针流入包括使与生物分子偶联的探针流入，所述生物分子待通过所述探针检测。45.如权利要求44所述的方法，其中，所述捕获所述探针包括经由所述接合部分捕获所述探针。46.一种用于鉴定一种或多种生物分子的方法，所述方法包括：(a)提供容器，所述容器包含所述一种或多种生物分子以及聚合的三维基质，所述聚合的三维基质包含(i...
【专利技术属性】
技术研发人员：G·M·丘奇，E·R·道哈瑟，R·C·特瑞，
申请(专利权)人：哈佛学院董事及会员团体，
类型：发明
国别省市：美国,US
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。