数字蛋白质定量制造技术

描述了用于采用高通量测序进行单细胞分辨率，定量蛋白质组学分析的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】数字蛋白质定量相关申请的交叉引用本申请要求于2015年12月30日提交的美国临时专利申请号62/273,249的优先权，该文的全部内容通过引用纳入本文用于所有目的。
技术介绍
下一代测序方法已允许在整个生物体到单细胞水平对数千种核酸标志物进行定量分析。不同的是，事实证明对于其它生物组分(例如蛋白质)的定量分析要困难得多。方法如FACS、ELISA和基于珠的多重法受限于灵敏性的缺乏、样品通量，和可同时分析的标志物的数量。方法如大量细胞计数法(masscytometry)需要昂贵且专门的重原子标记才能工作，并且对于所有(除最富有经验的)用户而言受限于数十种同时标志物。
技术实现思路
本文描述了用于在单细胞水平对生物组分(例如蛋白质)进行定量分析的方法和组合物。该分析通过将单细胞的生物组分水平编码为寡核苷酸条码序列来进行。所述方法和组合物涉及结合元件(例如，抗体或适配体)文库的生成和应用，其中各结合元件带有可识别寡核苷酸条码的标签。所述结合元件特异性结合不同靶配体(例如，蛋白质，抗原等)。所述结合元件可与单细胞的一组靶配体接触，以形成结合-元件：配体复合物。所述结合-元件配体复合物的水平可通过对结合本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.多个混合物分区，其中个体混合物分区包含：i)多个固定的蛋白质，其中所述个体混合物分区中的所有固定的蛋白质均来自一个细胞；和ii)至少约10个结构不同的抗体的文库，其中所述结构不同的抗体对于所述固定的蛋白质的结构不同的靶表位具有特异性结合亲和性并与之结合，并且其中，所述结构不同的抗体采用任选可切割接头偶联至靶标‑表位特异性寡核苷酸，其中，所述靶标‑表位特异性寡核苷酸包含：a)靶标‑表位特异性条码序列，其中，所述靶标‑表位特异性条码序列对于任一结构不同的抗体而言是相同的，且对于所有其它结构不同的抗体而言是不同的；和b)任选地，独特分子标识符序列，其中，所述任选的独特分子标识符序列对于靶标‑表位...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.30 US 62/273,2491.多个混合物分区，其中个体混合物分区包含：i)多个固定的蛋白质，其中所述个体混合物分区中的所有固定的蛋白质均来自一个细胞；和ii)至少约10个结构不同的抗体的文库，其中所述结构不同的抗体对于所述固定的蛋白质的结构不同的靶表位具有特异性结合亲和性并与之结合，并且其中，所述结构不同的抗体采用任选可切割接头偶联至靶标-表位特异性寡核苷酸，其中，所述靶标-表位特异性寡核苷酸包含：a)靶标-表位特异性条码序列，其中，所述靶标-表位特异性条码序列对于任一结构不同的抗体而言是相同的，且对于所有其它结构不同的抗体而言是不同的；和b)任选地，独特分子标识符序列，其中，所述任选的独特分子标识符序列对于靶标-表位特异性寡核苷酸的每个分子而言是不同的。2.所述多个混合物分区，其中，所述文库包含至少约10且不多于约10,000个结构不同的抗体。3.如权利要求1或2所述的多个混合物分区，其中，所述个体混合物分区还包含：iii)多个分区特异性寡核苷酸，个体分区特异性寡核苷酸包含分区特异性条码序列，其在任一混合物分区的所有分区特异性寡核苷酸之间是相同的，且不同于所述多个的其它混合物分区中的所有分区特异性条码序列，和任选地，独特分子标识符序列，其中，所述独特分子标识符序列对于分区特异性条码寡核苷酸的每个分子而言是不同的。4.如权利要求3所述的多个混合物分区，其中，个体混合物分区的分区特异性寡核苷酸共价连接至珠。5.如权利要求3所述的多个混合物分区，其中，个体混合物分区的分区特异性寡核苷酸采用可切割接头共价连接至珠。6.如权利要求5所述的多个混合物分区，其中，所述可切割接头选自下组：包含尿嘧啶核苷酸的接头、包含二硫键的接头，和包含限制性核酸内切酶切割位点的接头。7.如权利要求4-6中任一项所述的多个混合物分区，其中，所述珠包含交联的琼脂糖。8.如前述权利要求中任一项所述的多个混合物分区，其中，所述靶标-表位特异性寡核苷酸采用可切割接头共价连接至结构不同的抗体。9.如权利要求8所述的多个混合物分区，其中，所述可切割接头选自下组：包含尿嘧啶核苷酸的接头、包含二硫键的接头，和包含限制性核酸内切酶切割位点的接头。10.如前述权利要求中任一项所述的多个混合物分区，其中，个体混合物分区还包含通用引物，其中，所述通用引物包含具有通用引发序列的3’引发区域，所述通用引发序列杂交至靶标-表位特异性寡核苷酸的通用引物结合位点，或其反向互补物，和任选地，独特分子标识符序列，其中，所述独特分子标识符序列对于通用引物的每个分子而言是不同的。11.如权利要求10所述的多个混合物分区，其中，个体混合物分区包含分区特异性寡核苷酸，并且其中，分区特异性寡核苷酸还包含3’引发区域，所述3’引发区域杂交至靶标-表位特异性寡核苷酸的分区特异性寡核苷酸引物结合位点，或其反向互补物，其中，靶标-表位特异性寡核苷酸的3’通用引物结合位点和分区特异性寡核苷酸引物结合位点处于双链靶标-表位特异性寡核苷酸的相反链上，并侧接靶标-表位特异性条码序列，和任选地，独特分子标识符序列。12.如权利要求11所述的多个混合物分区，其中，分区特异性寡核苷酸的3’引发区域的长度是至少12且不多于40个核苷酸。13.如权利要求10-12中任一项所述的多个混合物分区，其中，通用引发序列的长度是至少12且不多于25个核苷酸。14.如前述权利要求中任一项所述的多个混合物分区，其中，靶标-表位特异性条码序列的长度是至少4个核苷酸且不多于100个核苷酸。15.如前述权利要求中任一项所述的多个混合物分区，其中，靶标-表位特异性寡核苷酸包含独特分子标识符序列。16.如前述权利要求中任一项所述的多个混合物分区，其中，独特分子标识符序列的长度是至少4个核苷酸且不多于15个核苷酸。17.多个混合物分区，其中个体混合物分区包含：i)多个固定的蛋白质，其中所述个体混合物分区中的所有固定的蛋白质均来自一个细胞；ii)至少约10个结构不同的抗体的文库，其中所述结构不同的抗体对于所述固定的蛋白质的结构不同的靶表位具有特异性结合亲和性并与之结合；iii)多个双链靶标-表位特异性寡核苷酸，其中，个体双链靶标-表位特异性寡核苷酸共价连接至相应的个体结构不同的抗体，从相应的个体结构不同的抗体切割，或包含共价连接至相应的个体结构不同的抗体或从相应的个体结构不同的抗体切割的寡核苷酸的反向互补物，并且其中，靶标特异性寡核苷酸包含：a)靶标-表位特异性条码序列，其中，所述靶标-表位特异性条码序列对于任一结构不同的抗体而言是相同的，且对于所有其它结构不同的抗体而言是不同的；b)任选的独特分子标识符序列，其中，独特分子标识符序列对于每个靶标-表位特异性寡核苷酸而言是不同的；c)分区特异性条码序列，其在任一混合物分区的所有分区特异性寡核苷酸之间是相同的，并且不同于所述多个混合物分区中其它混合物分区中的分区特异性条码序列；d)第一5’区域，其包含第一测序引物结合区域；和e)第二5’区域，其包含第二测序引物结合区域，其中该第一和第二引物结合区域处于双链靶标-表位特异性寡核苷酸的相反链上，彼此结构不同，并且侧接靶标-表位特异性条码序列，分区特异性条码序列，和任选的通用分子标识符序列。18.包含多个双链多核苷酸的高通量测序文库，其中所述文库代表...

【专利技术属性】
技术研发人员：J·阿格雷丝迪，R·雷伯弗斯基，
申请(专利权)人：生物辐射实验室股份有限公司，生物辐射欧洲有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US