ABCB1、CYP3A5基因检测引物组、试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术涉及基因工程及分子生物学领域，提供一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组，用于对含待测位点的核酸片段进行特异性扩增，所述待测位点包括ABCB1基因上的rs1045642位点和CYP3A5基因上的rs776746位点，所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物。本发明专利技术还提供了一种基因检测试剂盒及检测方法。本发明专利技术的基因检测引物组能够对含上述待测位点的核酸片段进行特异性扩增，使得对ABCB1、CYP3A5基因突变检测灵敏度高、假阳性率低；本发明专利技术采用第二代高通量基因测序技术对待测位点的基因型进行检测，使得检测周期短，通量高。

ABCB1 and CYP3A5 gene detection primers, kits and detection methods

The present invention relates to the field of genetic engineering and molecular biology, and provides an ABCB1 and CYP3A5 gene detection primer group for specific amplification of nucleic acid fragments containing sites to be tested, which includes rs1045642 and rs776746 sites on ABCB1 gene and CYP3A5 gene. The primer group includes rs1045642 primer group and rs776746 primer group. The invention also provides a gene detection kit and a detection method. The gene detection primer group of the invention can specifically amplify the nucleic acid fragments containing the above-mentioned sites, so that the detection sensitivity of ABCB1 and CYP3A5 gene mutation is high and the false positive rate is low. The invention adopts the second generation high-throughput gene sequencing technology to detect the genotypes of the sites to be detected, so that the detection cycle is short and the flux is high.

【技术实现步骤摘要】
ABCB1、CYP3A5基因检测引物组、试剂盒及检测方法
本专利技术涉及基因工程及分子生物学领域，更具体地说，涉及一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组、试剂盒及检测方法。
技术介绍
紫杉醇是一种三环二萜类化合物，具有独特的抗肿瘤机制，其广泛的抗癌谱和确切的临床疗效已得到人们的重视。后经研究发现紫杉醇是一种微管的特异性稳定剂，可促进微管的装配和保持微管稳定。当细胞与紫杉醇接触后，会在细胞内积累大量的微管，而这些微管的积累将干扰细胞的各种正常功能，特别是使细胞分裂停止于有丝分裂期，阻断了细胞的正常分裂。基于上述机制，紫杉醇是目前所研究报道的惟一一种能控制癌细胞生长的植物药。学者们推测紫杉醇的不良反应的产生主要是因为紫杉醇作用于细胞内微管系统，而该系统遍布于体内所有的细胞，故紫杉醇的作用未能特异地靶向癌细胞，而是普遍作用于体内各种细胞。研究表明人ABCB1基因通过ATP水解提供动力将底物外排至细胞外，可将肿瘤药物逆浓度梯度从胞浆内泵至胞浆外，从而降低化疗药物诱导的细胞凋亡并导致肿瘤细胞耐药。有研究认为，人CYP3A5基因突变是导致其表达水平发生改变的主要调控方式，同时也能影响其代谢酶的活性，最终表现为代谢底物的能力和速率发生不同程度的改变，是导致临床用药出现个人、种族间差异最重要的原因。已发现的ABCB1基因多态性如ABCB1C3435T（rs1045642）突变导致细胞外泵能力降低，表现在肿瘤细胞中，则使疗效更好。CYP3A5*3（rs776746）基因型是CYP3A5基因的第3内含子的6986A>G突变产生的，CYP3A5的表达水平及其酶的活性密切相关。CYP3A5*3基因型导致mRNA的剪接发生改变，使翻译提早终止，蛋白质截短，导致CYP3A5酶活性降低甚至消失，是人群中CYP3A5基因最主要的基因多态性。通过对患者的两种基因进行检测，得到特定位点的基因型，以基因检测结果作为中间结果的信息的方法，不属于疾病的诊断方法；以基因型的检测结果来确定药物的选择，就可以实现个体化用药，避免对免疫抑制剂不良反应。目前对基因突变和基因多态性的检测，常见有直接测序法、基因芯片杂交法、Taqman荧光探针法、等位基因特异性扩增法（AmplificationRefractoryMutationSystemRealTimePCR，ARMS-RTPCR）、等位基因特异性扩增法（AmplificationRefractoryMutationSystemRealTimePCR，ARMS-RTPCR）等。上述方法灵敏度低、假阳性率高、耗时较长，通量小。因此，需要一种新的检测ABCB1、CYP3A5基因突变的试剂盒及检测方法，使得对ABCB1、CYP3A5基因突变的灵敏度高，假阳性率低，且检测周期短。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组、试剂盒及检测方法，旨在解决现有技术中ABCB1、CYP3A5基因检测灵敏度低、假阳性率高、周期长，通量小的技术问题。本专利技术提供了一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组，用于对含待测位点的核酸片段进行特异性扩增，所述待测位点包括ABCB1基因上的rs1045642位点和CYP3A5基因上的rs776746位点，所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物组；所述rs1045642引物组包括rs1045642外引物组和rs1045642内引物组，所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQIDNO:1以及rs1045642外下游引物SEQIDNO:3；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引物SEQIDNO:2以及rs1045642内下游引物SEQIDNO:4；所述rs776746引物组包括rs776746外引物组和rs776746内引物组，所述rs776746外引物组包括rs776746外上游引物SEQIDNO:5以及rs776746外下游引物SEQIDNO:7；所述rs776746内引物组包括rs776746内上游引物SEQIDNO:6以及rs776746内下游引物SEQIDNO:8。一种ABCB1、CYP3A5基因检测试剂盒，所述试剂盒包括所述的ABCB1、CYP3A5基因检测引物组。优选的，所述接头上含有标签序列，所述接头用于直接与含rs1045642位点和rs776746位点的扩增产物连接。优选的，所述试剂盒还包括荧光标记的寡聚核苷酸探针和无荧光标记的寡聚核苷酸探针。优选的，所述试剂盒还包括测序引物，所述测序引物包括对含rs1045642位点的文库分子进行测序的rs1045642测序引物SEQIDNO:9、对含rs776746位点的文库分子进行测序的rs776746测序引物SEQIDNO:10。一种ABCB1、CYP3A5基因检测方法，包括以下步骤：A、利用引物组，分别对含rs1045642位点和rs776746位点的样本进行扩增，得扩增产物；所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物；所述rs1045642引物组包括rs1045642外引物组和rs1045642内引物组，所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQIDNO:1以及rs1045642外下游引物SEQIDNO:3；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引物SEQIDNO:2以及rs1045642内下游引物SEQIDNO:4；所述rs776746引物组包括rs776746外引物组和rs776746内引物组，所述rs776746外引物组包括rs776746外上游引物SEQIDNO:5以及rs776746外下游引物SEQIDNO:7；所述rs776746内引物组包括rs776746内上游引物SEQIDNO:6以及rs776746内下游引物SEQIDNO:8；B、在所述扩增产物上连接接头，得到文库分子；C、采用第二代高通量基因测序技术对所述文库分子进行测序，确定待测位点的基因型。优选的，所述步骤A包括以下步骤：A1、采用rs1045642外引物组扩增ABCB1基因，得第一rs1045642扩增产物；采用rs776746外引物组扩增CYP3A5基因，得第一rs776746扩增产物；所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQIDNO:1以及rs1045642外下游引物SEQIDNO:3；所述rs776746外引物组包括rs776746外上游引物SEQIDNO:5以及rs776746外下游引物SEQIDNO:7；A2、采用rs1045642内引物组对第一rs1045642扩增产物进行扩增，得第二rs1045642扩增产物；采用rs776746内引物组对第一rs776746扩增产物为进行扩增，得第二rs776746扩增产物；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引物SEQIDNO:2以及rs1045642内下游引物SEQIDNO:4；所述rs776746内引物组包括rs776746内上游引物SEQIDNO:6以及rs776746内下游引物SEQIDNO:8。优选的，所述步骤B中还包括对第二rs1045642扩增产物、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组，用于对含待测位点的核酸片段进行特异性扩增，其特征在于，所述待测位点包括ABCB1基因上的rs1045642位点和CYP3A5基因上的rs776746位点，所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物；所述rs1045642引物组包括rs1045642外引物组和rs1045642内引物组，所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQ ID NO:1以及rs1045642外下游引物SEQ ID NO:3；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引物SEQ ID NO:2以及rs1045642内下游引物SEQ ID NO:4；所述rs776746引物组包括rs776746外引物组和rs776746内引物组，所述rs776746外引物组包括rs776746外上游引物SEQ ID NO:5以及rs776746外下游引物SEQ ID NO:7；所述rs776746内引物组包括rs776746内上游引物SEQ ID NO:6以及rs776746内下游引物SEQ ID NO:8。

【技术特征摘要】
1.一种ABCB1、CYP3A5基因检测引物组，用于对含待测位点的核酸片段进行特异性扩增，其特征在于，所述待测位点包括ABCB1基因上的rs1045642位点和CYP3A5基因上的rs776746位点，所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物；所述rs1045642引物组包括rs1045642外引物组和rs1045642内引物组，所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQIDNO:1以及rs1045642外下游引物SEQIDNO:3；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引物SEQIDNO:2以及rs1045642内下游引物SEQIDNO:4；所述rs776746引物组包括rs776746外引物组和rs776746内引物组，所述rs776746外引物组包括rs776746外上游引物SEQIDNO:5以及rs776746外下游引物SEQIDNO:7；所述rs776746内引物组包括rs776746内上游引物SEQIDNO:6以及rs776746内下游引物SEQIDNO:8。2.一种ABCB1、CYP3A5基因检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1所述的ABCB1、CYP3A5基因检测引物组。3.根据权利要求2所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括接头，所述接头上含有标签序列，所述接头用于直接与含rs1045642位点和rs776746位点的扩增产物连接。4.根据权利要求2所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括荧光标记的寡聚核苷酸探针和无荧光标记的寡聚核苷酸探针。5.根据权利要求2所述的基因检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括测序引物，所述测序引物包括对含rs1045642位点的文库分子进行测序的rs1045642测序引物SEQIDNO:9、对含rs776746位点的文库分子进行测序的rs776746测序引物SEQIDNO:10。6.一种ABCB1、CYP3A5基因检测方法，其特征在于，包括以下步骤：A、利用引物组，分别对含rs1045642位点和rs776746位点的样本进行扩增，得扩增产物；所述引物组包括rs1045642引物组、rs776746引物；所述rs1045642引物组包括rs1045642外引物组和rs1045642内引物组，所述rs1045642外引物组包括rs1045642外上游引物SEQIDNO:1以及rs1045642外下游引物SEQIDNO:3；所述rs1045642内引物组包括rs1045642内上游引...

【专利技术属性】
技术研发人员：盛司潼，徐云，符兆威，
申请(专利权)人：武汉康昕瑞基因健康科技有限公司，
类型：发明
国别省市：湖北,42