用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置制造方法及图纸

本申请公开了一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置。本申请的基因芯片，其包含捕获811个基因的探针。本申请的基因芯片，根据肿瘤基因组数据库，设计了811个芯片捕获区域，通过对这811个芯片捕获区域进行特异性的捕获测序，能真实有效的反映人全基因组上肿瘤突变负荷的变化趋势，特别适用于中国人群肿瘤突变负荷分析。本申请的基因芯片能替代传统全外显子测序检测肿瘤突变负荷，缩小了测序数据量，减小了肿瘤突变负荷检测成本，缩短了检测周期，为肿瘤突变负荷临床检测提供了一种相对便宜，且快速、高效、准确的解决方案，本申请基因芯片及基于基因芯片的肿瘤突变负荷检测方法对免疫治疗用药具有显著的临床指导意义。

【技术实现步骤摘要】
用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置
本申请涉及肿瘤突变负荷检测领域，特别是涉及一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置。
技术介绍
肿瘤是由基因组变异引起的疾病。免疫检查点抑制剂开辟了肿瘤治疗的新时代，但由于缺乏合适的临床分子标志物，PD-1/PD-L1药物的受益人群无法被高效的筛选，只有20％-30％。肿瘤突变负荷(缩写TMB)是反应肿瘤细胞中总的基因突变程度的一个指标，通常以每百万碱基(Mb)的肿瘤基因组区域中包含的肿瘤体细胞突变总数来表示。不同类型的肿瘤、同一种肿瘤中不同人群的TMB水平会不一样，并且在平均TMB水平比较高的肿瘤中，也并不是所有患者的TMB水平都比较高，不同肿瘤类别中存在高TMB水平的人群比例也都不一样；已有研究表明高TMB的水平能大概率预测肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等肿瘤对免疫检查点抑制剂药物响应概率。鉴于TMB作为标志物在临床试验已取得一些良好的效果，已有国内外已有一些大型的公司或药企单独或合作进行TMB生物标志物的开发，研究将TMB纳入免疫检查点抑制剂药物临床试验的检测范围。作为分子标志物，临床上有高效准确检测TMB的需求。目前市场上本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包含捕获表1所示基因的探针，表1

【技术特征摘要】
1.一种用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片包含捕获表1所示基因的探针，表12.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片还包含检测拷贝数变异的SNP位点的探针，所述SNP位点为选自CancerGeneCensus基因列表的基因的SNP位点，且所述SNP位点不在表1所示基因的捕获区域内；所述SNP位点的选择条件为中国人群中突变频率在0.3-0.7区间的SNP位点，并且，平均每百万碱基选择6个SNP位点。3.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于：所述基因芯片还包含检测SNP质控位点的探针，所述SNP质控位点为根据CellLinesProject数据库设计的，中国人群中突变频率在0.4-0.6区间的位点。4.根据权利要求3所述的基因芯片，其特征在于：所述SNP质控位点包括rs1327118、rs1402695、rs1414904、rs1131498、rs1079820、rs1805087、rs1032807、rs1801262、rs1515002、rs1392265、rs11096957、rs1426003、rs1363333、rs3734440、rs156318、rs1843026、rs1368136、rs1105176、rs156697、rs12828016、rs1395936、rs1541836、rs1805034、rs1030687、rs171953、rs753381、rs1293153、rs1541290。5.根据权利要求1-4任一项所述基因芯片的制备方法，其特征在于：包括基因芯片的捕获区域设计，所述捕获区域设计包括以下步骤，外显子突变概率统计步骤：包括1)统计COSMIC数据库中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pa；2)统计ICGC数据库中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pb；3)分别统计中国人群食管癌基因组数据、中国人群肺癌基因组数据和中国人群胃癌基因组数据中，每个基因的每个外显子上的突变碱基数，外显子上的突变碱基数除以相应的外显子的总长度，即得到该外显子出现突变碱基的概率，标记为pc；外显子打分和初筛步骤：包括按照公式pa×0.3+pb×0.2+pc×0.5对每个外显子进行打分；此打分的分值代表外显子对肿瘤突变负荷变化的贡献程度，去除贡献程度为0的外显子，其余外显子作为候选外显子；外显子加权分值计算步骤：包括根据CancerGeneCensus基因列表进行加权分值计算，具体包括，所有候选外显子中，属于CancerGeneCensus基因列表的外显子权重为1，不属于CancerGeneCensus基因列表的外显子权重为0.5，所有候选外显子的分值各自乘以其权重，即获得各外显子的加权分值；外显子筛选步骤：包括对所有候选外显子进行筛选，筛选公式为：S＝∑(-0.5*s)+(1*x)+(1*r)其中s为候选外显子的区域大小、x为外显子加权分值，r为所选区域肿瘤突变负荷结果与外显子的pearson相关系数；使用遗传算法对每组外显子组合进行评估，取其中得分最高的作为最终捕获区域。6.根据权利要求5所述的制备方法，其特征在于，还包括检测拷贝数变异SNP位点设计步骤，根据设计的用于检测拷贝数变异的SNP位点制备探针；所述用于检测拷贝数变异的SNP位点为选自CancerGeneCensus基因列表的基因的SNP位点，且所述SNP位点不在表1所示基因的捕获区域内，SNP位点的具体选择条件为中国人群中突变频率在0.3-0.7区间的SNP位点，并且，平均每百万碱基选择6个SNP位点。7.根据权利要求5所述的制备方法，其特征在于：还包括SNP质控位点设计步骤，根据设计的SNP质控位点制备探针；...

【专利技术属性】
技术研发人员：李淼，王佳茜，陈超，张艳鹏，高志博，
申请(专利权)人：深圳裕策生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44