Chimeric receptors for engineered cells, including T cells and genetically engineered cells, are provided for adoptive therapy. In some embodiments, chimeric receptors, such as chimeric antigen receptors (CARs), are modified by one or more amino acids in the conjugation region, resulting in lower binding affinity and/or reduced immunogenicity of the peptide fragments in the region to human leukocyte antigen (HLA), including after being given to the target. In some respects, methods and compositions for engineering modification and generation of cells expressing the chimeric receptor, compositions containing the cells, and methods for giving objects are also provided. In some embodiments, a feature generation method for chimeric receptors and engineered cells containing chimeric receptors is used to increase or improve activity, efficacy and/or persistence.
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】修饰的嵌合受体及相关组合物和方法相关申请的交叉引用本申请要求2016年6月9日提交的题为“修饰的嵌合受体及相关组合物和方法(ModifiedChimericReceptorsandRelatedCompositionsandMethods)”的美国临时申请号62/348,130和2015年12月3日提交的题为“修饰的嵌合受体及相关组合物和方法(ModifiedChimericReceptorsandRelatedCompositionsandMethods)”的美国临时申请号62/262,911的优先权，其各自内容通过引用其全文纳入本文。通过引用纳入序列表本申请与电子格式的序列表一同提交。所提供的序列表名称为735042004740SeqList.txt，创建于2016年11月30日，其文件大小为71,888字节。该序列表的电子格式的信息通过引用其全文纳入本文。
本公开在一些方面涉及用于过继治疗的工程改造的细胞的嵌合受体，包括T细胞和基因工程改造的细胞。在一些实施方案中，嵌合受体，例如嵌合抗原受体(CAR)在结合区域中通过一个或多个氨基酸修饰而被修饰，使得该区域的肽片段对人白细胞抗原(HLA)表现出较低的结合亲和性和/或该区域表现出降低的免疫原性，包括给予受试者后。在一些方面，本文还涉及用于工程改造和产生表达该嵌合受体的细胞的方法和组合物、含有所述细胞的组合物、以及其给予对象的方法。在一些实施方案中，嵌合受体和含有嵌合受体的工程改造的细胞的特征产生方法，该方法用于增加或改善的活性、功效和/或持久性。
技术介绍
各种方法可用于使用工程改造的表达重组受体，如嵌...
【技术保护点】
1.一种变体嵌合受体，其包含与参考嵌合受体的接合区域相比具有一个或多个氨基酸序列修饰的经修饰的接合区域，其中：所述参考嵌合受体包含第一结构域和第二结构域，在接合处以连续序列接合，其中参考嵌合受体的接合区域包含直接在所述接合的C‑末端的多至15个连续氨基酸和/或直接在所述接合的N‑末端的多至15个连续氨基酸；和具有经修饰的接合区域的8‑15个氨基酸部分的序列的肽片段对人白细胞抗原(HLA)分子的结合亲和性低于具有参考嵌合受体的接合区域的对应部分的序列的肽片段对相同HLA分子的结合亲和性。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.12.03 US 62/262,911;2016.06.09 US 62/348,1301.一种变体嵌合受体，其包含与参考嵌合受体的接合区域相比具有一个或多个氨基酸序列修饰的经修饰的接合区域，其中：所述参考嵌合受体包含第一结构域和第二结构域，在接合处以连续序列接合，其中参考嵌合受体的接合区域包含直接在所述接合的C-末端的多至15个连续氨基酸和/或直接在所述接合的N-末端的多至15个连续氨基酸；和具有经修饰的接合区域的8-15个氨基酸部分的序列的肽片段对人白细胞抗原(HLA)分子的结合亲和性低于具有参考嵌合受体的接合区域的对应部分的序列的肽片段对相同HLA分子的结合亲和性。2.如权利要求1所述的变体嵌合受体，其中参考嵌合受体的接合区域的对应部分的肽片段具有小于1000nM，小于500nM或小于50nM的结合亲和性。3.一种变体嵌合受体，其包含与参考嵌合受体的接合区域相比具有一个或多个氨基酸序列修饰的经修饰的接合区域，其中：所述参考嵌合受体包含第一结构域和第二结构域，在接合处以连续序列接合，其中所述参考嵌合受体的接合区域包含直接在所述接合的C-末端的多至15个连续氨基酸和/或直接在所述接合的N-末端的多至15个连续氨基酸；和经修饰的接合区域中的全部8-15个氨基酸片段，或全部8、9、10、11、12、13、14，或15个氨基酸片段，对于人HLA分子的平均结合亲和性低于所述参考嵌合受体的接合区域内的全部8-15个氨基酸片段或全部8、9、10、11、12、13、14，或15个氨基酸片段的平均结合亲和性。4.如权利要求1-3中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述结合亲和性或平均结合亲和性低超过2倍、超过5倍、超过10倍、超过25倍、超过50倍或超过100倍。5.一种变体嵌合受体，其包含与参考嵌合受体的接合区域相比具有一个或多个氨基酸序列修饰的经修饰的接合区域，其中：所述参考嵌合受体包含直接连接至第二结构域的第一结构域，在接合处以连续序列接合，其中；所述参考嵌合受体的接合区域包含直接在所述接合的C-末端的多至15个连续氨基酸和/或直接在所述接合的N-末端的多至15个连续氨基酸；和具有对人白细胞抗原(HLA)具有小于1000nM的结合亲和性的经修饰的接合区域的8-15个氨基酸部分的序列的肽片段的数量小于具有对相同HLA具有相同接合亲和性的参考嵌合受体的接合区域的8-15个氨基酸部分的序列的肽片段的数量。6.如权利要求5所述的变体嵌合受体，其中：对HLA具有小于500nM或小于50nM的结合亲和性的经修饰的接合区域内的肽片段的数量减少；或者，小于1000nM的结合亲和性是小于500nM或小于50nM的结合亲和性。7.如权利要求1-6中任一项所述的变体嵌合受体，其中结合亲和性是IC50，并且经修饰的接合区域的肽片段与参考嵌合受体的接合区域的肽片段的结合的比较参考相同的标准肽。8.如权利要求1-7中任一项所述的变体嵌合受体，其中：第一结构域和/或第二结构域包括天然人蛋白质的结构域；和/或第一结构域和/或第二结构域包括细胞外结合结构域、铰链结构域、跨膜结构域或胞内信号传导结构域，其中胞内信号传导结构域任选地是共刺激信号传导结构域或活化性胞质信号传导结构域。9.如权利要求1-8中任一项所述的变体嵌合受体，其中第一结构域和第二结构域不存在于人对象体内的相同分子中。10.如权利要求1-9中任一项所述的变体嵌合受体，其中，第一结构域和第二结构域分别是胞外配体结合结构域和铰链结构域、铰链结构域和跨膜结构域、跨膜结构域和胞内共刺激信号传导结构域、以及胞内共刺激信号传导结构域和活化性胞质信号传导结构域，其可包括所述结构域的功能部分。11.如权利要求1-10中任一项所述的变体嵌合受体，其中，第一结构域是跨膜结构域或其功能部分，且第二结构域是共刺激信号传导结构域或其功能部分。12.如权利要求11所述的变体嵌合受体，其中，所述跨膜结构域是CD28跨膜结构域或其功能部分或变体，并且，所述共刺激信号传导结构域是4-1BB信号传导结构域或其功能部分或变体。13.如权利要求1-12中任一项所述的变体嵌合受体，其中参考嵌合受体的接合区域包含直接在所述接合的C-末端的多至13个连续氨基酸和/或直接在所述接合的N-末端的多至15个连续氨基酸。14.如权利要求1-13中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述肽片段包括长度在8至15个或约8至15个氨基酸之间的氨基酸序列，或包括长度至少或至少约为或是或约是8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸的氨基酸序列。15.如权利要求1-14中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述变体嵌合受体包含：与第一结构域具有至少95％序列相同性的结构域和/或与第二结构域具有至少95％序列相同性的结构域；与第一结构域序列相同的结构域，和与第二结构域具有至少95％序列相同性的结构域；或与第一结构域具有至少95％序列相同性的结构域和与第二结构域序列相同的结构域，其中，相较于所述参考嵌合受体的第一结构域和/或第二结构域，在包含经修饰的接合区域的部分中，所述变体嵌合受体中存在的结构域的至少之一或两者是经修饰的。16.如权利要求1-15中任一项所述的变体嵌合受体，其中：所述变体嵌合受体与所述参考嵌合受体具有至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更多序列相同性；和/或与参考嵌合受体相比，所述变体嵌合受体包含多至1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个氨基酸修饰。17.如权利要求12-16中任一项所述的变体嵌合受体，其中CD28跨膜结构域包括SEQIDNO：2、103或104中所示的氨基酸序列或其功能部分或变体，该功能部分或变体包含与SEQIDNO：2、103或104具有至少95％序列相同性的序列；并且4-1BB共刺激信号传导结构域包括SEQIDNO：3所示的氨基酸序列或其功能部分或变体，该功能部分或变体包括与SEQIDNO：3具有至少95％序列相同性的序列。18.如权利要求12-17中任一项所述的变体嵌合受体，其中第一结构域和第二结构域一起包含SEQIDNO:5所示的氨基酸序列或其功能部分或变体，所述功能部分或变体包含与SEQIDNO:5显示至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列相同性的氨基酸序列。19.如权利要求12-18中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述第一结构域和第二结构域一起包含SEQIDNO：5所示的氨基酸序列。20.如权利要求12-19中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述一个或多个修饰位于残基13和42之间的部分内或氨基酸残基15和40之间的部分内，参考SEQIDNO：5中所示的编号。21.如权利要求1-20中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述一个或多个修饰包括氨基酸插入、替代或缺失和/或其中所述一个或多个修饰中的每一个单独地包含氨基酸插入、替代或缺失。22.如权利要求1-21中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述第一和/或第二结构域包含跨膜结构域，其中所述一个或多个修饰不是或不包含跨膜结构域中的疏水部分内的修饰或疏水氨基酸残基处的修饰或疏水氨基酸残基的修饰，所述跨膜结构域任选地是CD28跨膜结构域；或者所述一个或多个修饰包括跨膜结构域内疏水性氨基酸残基的修饰，所述跨膜结构域任选地是CD28跨膜结构域，其中所述修饰是或包括疏水性氨基酸被另一不同的疏水性氨基酸残基取代；或者所述一个或多个修饰不是或不包括跨膜结构域中的疏水部分内的修饰或疏水氨基酸残基处的修饰或疏水氨基酸残基的修饰，除非是用另一疏水氨基酸残基的取代，所述跨膜结构域任选地是CD28跨膜结构域。23.如权利要求12-22中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述一个或多个修饰包含对应于残基28和42之间的氨基酸残基的氨基酸残基处的修饰，参考SEQIDNO：5所示的编号。24.如权利要求1-23中任一项所述的变体嵌合受体，其中氨基酸修饰是插入，并且变体嵌合受体包括在结构域之间的接合处附近的氨基酸残基之间的插入，其任选地对应于氨基酸残基27和28，参考SEQIDNO:5所示的编号。25.如权利要求24的变体嵌合受体，包括插入1、2、3、4或5个氨基酸残基。26.如权利要求24或25所述的变体嵌合受体，其中所述插入是任何氨基酸残基，其任选地是天冬酰胺(N)。27.如权利要求12-26中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述一个或多个修饰包含氨基酸替代，并且所述氨基酸替代位于对应于选自28、31或34的残基的一个或多个残基处，参考SEQIDNO：5中所示的编号。28.如权利要求27所述的变体嵌合受体，其中氨基酸替代是针对任何其他氨基酸残基，其任选地选自：亮氨酸(L)、天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q)、丙氨酸(A)、丝氨酸(S)或组氨酸(H)。29.如权利要求27或28所述的变体嵌合受体，其中所述氨基酸替代对应于或是选自下述的替代：K28A、K28H、K28L、K28Q、K28S、R31A、R31H、R31L、R31N、R31S、L34A和L34S，参考SEQIDNO:5所示编号。30.如权利要求27-29中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述氨基酸替代不包含对应于L34A或L34S的单个氨基酸替代，参考SEQIDNO：5中所示的编号。31.如权利要求27-30中任一项所述的变体嵌合受体，其中所述氨基酸替代是或对应于选自下...
【专利技术属性】
技术研发人员：L·J·汤普森，R·F·杜博斯，A·布拉曼戴姆，
申请(专利权)人：朱诺治疗学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国,US
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