一种影响猪红细胞数目的SNP分子标记制造技术

本发明专利技术属于猪分子标记筛选领域，涉及一种影响猪红细胞数目的SNP分子标记。该分子标记尤其与80日龄猪红细胞数性状SNP分子标记相关，克隆自登陆号为MARC0065518基因，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与聚肌胞感染后猪红细胞数目相关的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第101位碱基处有一个T/C的等位基因突变,该突变使SEQ ID NO：1序列产生了多态性。且当SEQ ID NO：1上的第101位核苷酸为C时，表明猪具有更高的红细胞数目。本发明专利技术公开了筛选分子标记的方法及其关联分析的应用。本发明专利技术为猪免疫性状尤其是红细胞数目的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

A SNP marker affecting pig erythrocyte counts *

【技术实现步骤摘要】
一种影响猪红细胞数目的SNP分子标记
本专利技术属于猪分子标记筛选
，具体涉及一种影响猪红细胞数目的SNP分子标记，尤其与80日龄猪红细胞数性状SNP分子标记相关。本专利技术的分子标记可用于猪红细胞数目(RBC)性状的预测。
技术介绍
近年来随着我国畜牧业的迅速发展，在育种实践中人们单纯追求高产性能导致畜禽的抵抗力不断降低，集约化养殖程度的提高和饲养条件的改变又引起了许多新传染病的发生和流行(严燕，2007)。据统计，发展中国家畜牧业每年因疾病造成的经济损失超30％，局部地区甚至高达50％，而发达国家通常的17％(王超，2014)。猪病的频发已成为我国生猪业面临的重大问题，严重制约了养猪业的发展，不仅造成巨大的经济损失，而且还带来了其他问题，如环保问题，抗生素残留问题，食品安全问题等。可见做好疾病防控是生猪业发展的前提条件。在猪生产中，疾病尤其是病毒性传染病严重威胁着猪的健康，即使预防接种和药物治疗发挥了重要作用，但其并不能完全控制和消灭传染病的发生与流行，而且药物和疫苗的大量使用使得病原微生物变异加快，疫病控制更加困难(孙寿永，2005)。在这种背景下，借助于现代分子遗传育种的理论和手段从遗传本质上提高动物对病原的抗性,加强免疫功能,开展抗病育种具有治本的功效(袁峥嵘，2007)。抗病育种巨大的潜在经济效益以及某些畜病作为研究人类疾病动物模型的诱人前景,使动物抗病育种逐步成为动物育种家们关注的焦点。决定动物抗病性强弱最重要的因素便是免疫系统，免疫系统决定了动物抵抗细菌、病毒的能力(阳建辉，2011)。在对免疫系统的研究中一般会选用和病原微生物作用机理相似的免疫刺激剂。PolyI:C是聚肌苷酸和聚胞苷酸的共聚物，是一种人工合成的dsRNA，作为天然dsRNA的拟似物，能够模拟病毒感染后所形成的dsRNA，刺激机体产生抗病毒免疫反应和炎症反应，免疫学研究中常用其作为免疫刺激剂，来模拟RNA病毒感染的致病机制，为提高机体免疫机能寻找有效方法(王继英等，2015)。血红细胞源于骨髓多能干细胞,在全血中容积百分比约50％,是血液的最主要的细胞成分。过去一直认为,红细胞结构简单,其功能亦单一,仅是运输O2和CO2的工具。随着免疫学的深入发展,人们开始对红细胞有了全新的认识。从20世纪50年代到70年代,人们首次发现红细胞具有免疫黏附功能,而且发现黏附的复合物更易被白细胞吞噬，更有人证实了人类红细胞所具有的免疫黏附功能是通过补体C3b受体实现的，且红细胞上分离纯化了I型补体C3受体(CR1),其总数的95％以上都在红细胞膜上(甘慧等，2005)。现已证实,红细胞具有黏附、杀伤抗原,清除免疫复合物,参与机体免疫调控的作用,而且其自身存在完整的自我调控系统,是完整机体免疫系统中的重要组成部分(崔恒敏等，2003)。免疫物质是免疫细胞行使免疫功能的物质基础,红细胞的免疫相关物质包括:补体受体CR1、CR3、淋巴细胞功能相关抗原CD44、人类补体膜辅助因子蛋白(MCP)、降解加速因子(DAF)、过氧化物酶、过氧化物歧化酶(SOD)、阿片肽受体、NK细胞激活因子(NKEF)以及红细胞趋化因子受体等(DenommeGA等，2004)。而红细胞的免疫功能是红细胞膜上补体受体具有免疫粘附、携带及清除循环液相中抗原异物的功能,尤其是清除CIC为红细胞最主要的免疫功能，不仅如此，它还具有识别呈递抗原，杀死细胞样，以及对吞噬细胞及淋巴细胞起调控作用的功能(郭峰等，2002)。并且，动物机体红细胞数目远远大于白细胞数，毫无疑问，猪RBC的正常与否与其抗病能力具有紧密的联系。随着临床兽医学的快速发展，许多检测技术得到推广应用，血常规检测具有重复性好、方便快捷、高效等特点，可以通过红细胞数来判断猪的健康程度。所以筛选出与猪RBC显著相关的分子标记及基因对抗病育种具有重要意义。本专利技术中发现的SNP与猪RBC性状的相关性达到了显著水平，为家猪免疫及生长性状的研究提供了新的遗传资源。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术存在的缺陷，完善家猪抗病育种分子标记资源的发掘，利用基因芯片技术对SNP进行分型，并使用全基因组关联分析(GWAS)筛选与注射聚肌胞后对猪细胞数目(RBC)性状相关的SNP，该片段与80日龄猪红细胞数性状相关。本专利技术为猪的抗病育种提供了新的分子标记资源。本专利技术的技术方案如下所述：申请人通过基因分型技术并参阅Ensembl，得到登录号为MARC0065518基因上下游100bp的核苷酸片段(SEQIDNO:1所示的序列)。该片段与80日龄猪红细胞数性状相关。具体序列如下所示：AGGGAAAGTAGATTCATTAATTAATCTTTAAAAACGCCTTCCAGATGATGCTGGTACACAGAAACTTTGAGAATCACTGTCCCAGGCCTGCCCTCTCCTGR(T/C)TGCGGGCATCCTAGTGGGTGGATGGGCAAAGGAGCAGCCTCCTAAAAGTCTGGACTCAGAAATGTCACATATTGATAATTTCCTCCACATTTTATTGTCT，上述序列的第101位碱基处的R为T或C(即，SEQIDNO:1所示的序列的101位碱基是突变后的碱基C),该突变使上述序列，即SEQIDNO：1所示的序列产生了多态性。该序列可以作为检测与猪免疫性状相关的分子标记；且当SEQIDNO：1上的第101位核苷酸为C时，表示猪具有更高的红细胞数目。上述序列可以作为检测与猪免疫性状相关的(例如检测与80日龄猪红细胞数性状相关)分子标记应用。申请人提供了一种筛选猪红细胞数目性状相关SNP分子标记的方法，所述的方法包括如下步骤：①提取猪耳朵基因组DNA，并对DNA进行质量检测；②利用基因芯片技术进行分型；③采用基于固定模型和随机模型的方法，利用R统计环境下的MVP软件包进行全基因组关联分析(GWAS)。具体的回归模型如下：(1)固定模型yi＝Mi1b1+Mi2b2+…+Mitbt+Sijdj+ei，其中yi是对第i个个体的观察值；Mi1，Mi2，...，Mit分别是t个假设QTN的基因型；b1，b2，...，bt分别是t个遗传标记的效应值；ei是残差误差，服从正态分布，ei～N(ue,σ2e)，σ2e表示残差方差。(2)随机模型yi＝ui+ei，其中yi是对第i个个体的观察值；ei是残差误差，服从正态分布，ei～N(ue,σ2e)，σ2e表示残差方差；ui是第i个体的总遗传效应，并对影响表型的因素进行了主成分分析，将前三个主成分作为协变量加入模型中。与现有技术相比本专利技术具有的有益效果：本专利技术可通过在体外采用基因芯片技术检测猪的基因型，作为非诊断目的的评价猪的免疫能力，与目前目前常用的PCR-RFLP、ELISA、流式细胞仪等方法相比，本专利技术具有简单、快捷、灵敏度高和特异性好等突出优点。更详细的技术方案请参见说明书的《附图说明》及《具体实施方式》中的实施例。附图说明序列表SEQIDNO：1是本专利技术克隆的登录号为MARC0065518基因上下游100bp核苷酸片段。该片段即是本专利技术筛选的分子标记。序列长度为为201bp，在该序列的101位碱基处的R存在一个T/C等位基因突变。图1：本专利技术的总体技术流程示意图。本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种聚肌细胞感染后的猪红细胞数目性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示：AGGGAAAGTAGATTCATTAATTAATCTTTAAAAACGCCTTCCAGATGATGCTGGTACACAGAAACTTTGAGAATCACTGTCCCAGGCCTGCCCTCTCCTGR(T/C)TGCGGGCATC CTAGTGGGTGGATGGGCAAAGGAGCAGCCTCCTAAAAGTCTGGACTCAGAAATGTCACATATTGATAATTTCCTCCACATTTTATTGTCT，上述序列的第101位碱基处的R为T或C，该突变使上述序列产生多态性。

【技术特征摘要】
1.一种聚肌细胞感染后的猪红细胞数目性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示：AGGGAAAGTAGATTCATTAATTAATCTTTAAAAACGCCTTCCAGATGATGCTGGTACACAGAAACTTTGAGAATCACTGTCCCAGGCCTGCCCTCTCCTGR(T/C)TGCGGGCATC...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘向东，李信颉，赵书红，李新云，南九红，尹立林，唐振双，杜小勇，朱猛进，张杰，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42