肝用鹅肥肝重的辅助选择标记及利用分子标记辅助选择方法技术

本发明专利技术属于家禽育种技术领域，具体涉及一种肝用鹅肥肝重的辅助选择标记，具有SNP位点，该位点位于在IGFBP5基因起始密码子上游第574 bp位，为574 G/A。本发明专利技术还公开了一种利用分子标记辅助选择肝用鹅肥肝重性状的方法：选定待测的朗德鹅个体，抽取血液并提取DNA，利用引物对进行聚合酶链式反应PCR并检测产物，对PCR产物测序并判定基因型，依据基因型挑选多态性位点具有AA基因型个体都留着种用。本发明专利技术方法不仅可避免屠宰测定法带来的高成本和大工作量大，以及优秀个体不能留作种用的缺点，而且可用于大规模选种，加快育种进程。

Assisted Selection Markers for Fatty Liver Weight of Liver Goose and Molecular Marker Assisted Selection Method

The invention belongs to the technical field of poultry breeding, and specifically relates to an auxiliary selection marker for the weight of fatty liver of liver geese, which has an SNP locus located at 574 bp upstream of the IGFBP5 gene initiation codon and 574 G/A. The invention also discloses a method of using molecular marker to assist selection of fatty liver weight traits of goose for liver use: selecting the individual to be tested, extracting blood and extracting DNA, using primers to carry out polymerase chain reaction (PCR) and detect products, sequencing and determining genotypes of PCR products, and selecting polymorphic loci with AA according to genotypes. Genotypes are reserved for seed use. The method of the invention can not only avoid the high cost and heavy workload brought by slaughter determination method, and the disadvantage that excellent individuals can not be reserved for seed use, but also can be used for large-scale selection and speed up the breeding process.

【技术实现步骤摘要】
肝用鹅肥肝重的辅助选择标记及利用分子标记辅助选择方法
本专利技术属于家禽育种
具体涉及一种利用候选基因核苷酸多态性辅助选择肝用鹅的肥肝重，以培育优良肝用鹅。可供肥肝鹅育种企业和研究单位使用。
技术介绍
不同品种间和同一品种内鹅的产肝性能差异大，说明遗传因素是重要影响因素。因此，通过遗传育种手段可改善肥肝鹅的生产性能，然而表型选择和屠宰测定对产肝性能的改良效果不佳或代价大。相比而言，标记辅助选择不仅可避免屠宰活禽带来的高成本、间接选择问题，还可显著提高选择的准确性和有效性，加快选育进程。所谓标记辅助选择是利用遗传标记与致因基因连锁而导致的标记与生产性状的关联，对生产性状进行选择，以挑选出优良个体。由于鹅肥肝形成常伴随腹脂和胴体重增加，而腹脂和胴体对鹅肥肝生产企业来说是副产品或废弃物，因此，肝用鹅的选种目标应该包括两个方面：一是增加肥肝重，二是减少肥肝鹅的腹脂重和胴体重，这样可显著提高鹅肥肝生产的经济效益。标记辅助选择育种成功的关键在于找到有效的遗传标记。遗传标记有两个来源：关联分析和功能已知的候选基因。单核苷酸多态性(SNP)是一种最为常见的分子标记，可通过测序筛查获得。目前有关肝用鹅的辅助选择标记还很少。胰岛素样生长因子(IGF-Ⅰ，IGF-Ⅱ)及其受体(IGF1R、IGF2R)构成的系统在动物胚胎和出生后的生长中扮演重要角色。胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFbindingprotein，IGFBP)对IGF及其受体的生物学作用具有调节作用。有研究表明IGFBP通过与循环中的IGF结合来影响其生物可用性和半衰期。除了能够调节IGF的转运和存贮外，IGFBP还具有其他生物学活性。IGFBP5是IGFBP家族的一个成员，碳水化合物日粮饲喂引起的胰岛素抵抗与皮下脂肪组织中的IGFBP5表达抑制相关联，而且IGFBP5的多态性位点与血液中的脂联素水平相关联。此外，相对于瘦肉型猪，肥胖型猪皮下脂肪中IGFBP5的表达量抑制与背膘厚度显著相关。这些发现提示IGFPB5与脂肪沉积有关。对于肝用鹅来说，肥肝才是产品，而腹脂和胴体是副产品。在胴体重、腹脂重不明显增加的情况下，肥肝重的显著增加意味着肥肝生产效率和经济效益的急剧改善。然而目前除了屠宰测定方法外，还没有较好的方法测定或预测肝用鹅肥肝重的方法。筛选与肝用鹅肥肝重关联的遗传标记，并利用这种遗传标记来辅助选择肝用鹅的肥肝重，将不失为一种有效的解决方法。
技术实现思路
本专利技术旨在解决对肝用鹅肥肝重标记辅助选择的问题。本专利技术通过对朗德鹅IGFBP5基因进行核酸多态性分析，筛查到一个SNP位点。在此基础上，通过关联分析，确立该SNP与肥肝重显著关联，而与肥肝鹅的胴体重和腹脂重不存在显著关联。因此，该SNP可用于选择肥肝重较大的肝用鹅而不显著增加胴体生和腹脂，有助于提高鹅肥肝生产的经济效益。本专利技术方法不仅可避免屠宰测定法带来的高成本和大工作量大，以及优秀个体不能留作种用的缺点，而且可用于大规模选种，加快育种进程。本专利技术的第一个目的是提供一种肝用鹅肥肝重的辅助选择标记，具有SNP位点，该位点位于在IGFBP5基因起始密码子上游第574bp位，为574G/A。这个位点即为需要检测的SNP位点，其左、右侧的碱基序列为TTTGCTGTGTGATAGTCCTGGGCCTTGGC(G/A)TCAT。本专利技术的第二个目的是提供一种利用分子标记辅助选择肝用鹅肥肝重性状的方法：选定待测的朗德鹅个体，抽取血液并提取DNA，利用引物对进行聚合酶链式反应PCR并检测产物，对PCR产物测序并判定基因型，依据基因型挑选多态性位点具有AA基因型个体都留着种用；所述引物对为：上游引物：5’-CTCAGGAGCTAAACCGTATTCAA-3’；下游引物：5’-CCTCGTGCCCAAGGATGT-3’。利用分子标记辅助选择肝用鹅肥肝重性状的方法，包括以下步骤。1)选定待测的朗德鹅个体：从朗德鹅(或其他品种的鹅)育种群体中挑选体重均匀的健康个体。2)抽取血液并提取DNA：从检测个体的翅静脉中抽取0.1mL的血液。利用DNA提取试剂盒，提取DNA模板。3)聚合酶链式反应及产物检测：利用提取的DNA作PCR中的模板和提供的PCR试剂盒进行PCR。取5μL产物进行1.5％琼脂糖凝胶电泳，如呈现772bp大小的单一条带，则将PCR产物送测序公司检测。4)测序并判定基因型：将PCR产物和引物送测序公司测序，依据测序结果确定基因型。5)依据基因型挑选合格的个体，凡是在多态性位点具有AA基因型个体都留着种用。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：1)目前尚未见有关于对肝用鹅填饲后的肥肝重进行选择的报道。本专利技术提供了对该性状进行选择而不明显增加腹脂重和胴体重的方法，应用本专利技术可快速提高育种群体个体填饲后的肥肝重，显著改善育种群体的种质。因此，本专利技术为肝用鹅提供了一种快速选种的方法，显著缩短选育时间。2)相对于表型选择，本专利技术准确有效，明显提高育种效率。3)本专利技术不涉及屠宰测定，显著减少工作量和测定成本，且可以大规模操作，是一种质优价廉的方法。附图说明图1A是IGFBP5基因SNP位点不同碱基所对应的序列比对图；图1B是IGFBP5基因SNP位点不同碱基AG所对应的测序峰图；图1C是IGFBP5基因SNP位点不同碱基GG所对应的测序峰图；注：以每只鹅的基因组DNA为模板，利用上游引物：5’-CTCAGGAGCTAAACCGTATTCAA-3’和下游引物：5’-CCTCGTGCCCAAGGATGT-3’进行PCR扩增，可获得一个772bp大小的单一产物。该产物经测序，可获得不同个体在IGFBP5基因起始密码子上游第574bp位置的碱基信息(见上图A中的红框标记的碱基)。这个位点即为需要检测的SNP位点，其左、右侧的碱基序列为TTTGCTGTGTGATAGTCCTGGGCCTTGGC(G/A)TCAT。该位点碱基所对应的测序图见B、C。图B代表AG基因型(黑色竖线对应的两个色谱峰为碱基A和G)，为杂合子，而图C代表GG基因型(黑色竖线对应的碱基为C)，为纯合子。如果该位点仅出现一个单一的A峰，则表明所测的个体为纯合子，基因型为AA(未显示)。具体实施方式下面以一批117只朗德鹅为例具体阐述本专利技术：1)选定待测的朗德鹅个体：从一批朗德鹅群体中挑选了117个体重均匀的健康的个体。2)抽取血液并提取DNA：从检测个体的翅静脉中抽取0.1mL的血液。利用DNA提取试剂盒，提取DNA模板。3)聚合酶链式反应及产物检测：利用提取的DNA作PCR中的模板和提供的PCR试剂盒(所含试剂的清单详见附表1)进行PCR(反应体系详见附表2，反应条件详见附表3)。取5μL产物进行1.5％琼脂糖凝胶电泳，如呈现772bp大小的单一条带，则将PCR产物送测序公司检测。4)测序并判定基因型：将PCR产物和引物(引物同附表1中的引物)送测序公司测序，依据测序结果确定基因型(参见附图1A、1B、1C)。5)关联分析：为了分析该多态性位点与肝用鹅生产性状的关系，本例对这批朗德鹅进行了填饲与屠宰测定。屠宰测定指标包括：肥肝重、腹脂重和胴体重。根据统计分析，可以看出该多态性位点与肥肝重显著关联，而与胴体重、肥肝重的关联不显著(详见附表4)。数据表明AA本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种肝用鹅肥肝重的辅助选择标记，具有 SNP位点，该位点位于在IGFBP5基因起始密码子上游第574 bp位，为574 G/A。

【技术特征摘要】
1.一种肝用鹅肥肝重的辅助选择标记，具有SNP位点，该位点位于在IGFBP5基因起始密码子上游第574bp位，为574G/A。2.利用分子标记辅助选择肝用鹅肥肝重性状的方法，其特征是，所述方法为：选定待测的朗德鹅个体，抽取血液并提取DNA，利用引物对进行聚合酶链式反应PCR并检测产物，对PCR产物测序并判定基因型，依据基因型挑选多态性位点具有AA基因型个体都留着种用；所述引物对为：上游引物：5’-CTCAGGAGCTAAACCGTATTCAA-3’；下游引物：5’-CCTCGTGCCCAAGGATGT-3’。3.根据权利要求2所述的利用分子标记辅助选择肝用鹅肥肝重性状的方法，其特征是，所述方法具体为：1）选定待测的朗德鹅个体：从朗德鹅育种群体中挑选体重均匀的健康个体；2）抽取血液并提取DNA：从检测个体的翅静脉中抽取血液；利用DNA提取试剂盒，提取DNA模板；3）聚合酶链式反应及产物检测：利用提取的DNA作PCR中的模板和所述引物对进行PCR；取PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳；4）测序并判定基因型：如呈现772bp大小的单一条带，则对PCR产物和引物测序，依据测序结果确定基因型；5）依据基因型挑选合...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘龙，刘立东，李富原，耿拓宇，龚道清，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：江苏,32