与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供与绵羊产羔相关的SNP分子标记及其应用，该分子标记位于绵羊第12号染色体第55865867位(NW_014639021.1)，是Pappa2基因SNP标记。本发明专利技术提供了用于检测该SNP标记的特异性引物组合，特异性引物组合的序列如SEQ ID NO.1‑3所示，基于Sequenom

SNP Molecular Markers Related to Lambing in Sheep and Their Application

The present invention provides a SNP molecular marker related to lambing and its application. The SNP molecular marker is located at 55867 (NW_014639021.1) of chromosome 12 of sheep and is a SNP marker of Pappa2 gene. The invention provides a specific primer combination for detecting the SNP marker. The sequence of the specific primer combination, as shown in SEQ ID NO.1 3, is based on Sequenom.

【技术实现步骤摘要】
与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用
本专利技术涉及分子生物学
，具体涉及与中国山羊产奶性状相关的SNP分子标记、以及检测中国山羊产奶性状的方法。
技术介绍
产羔数性状是绵羊最重要的经济性状之一，因其受微效多基因控制且遗传力低，难以用常规育种方法来快速改良，而分子技术能有效快速地提高其遗传进展，因此鉴定与产羔数相关的主效基因或分子遗传标记是现代分子育种的关键。2001年，MichaelT.Overgaard等在JBC发表文章称，他们在哺乳动物细胞中表达了重组的PAPP-A2，发现重组的PAPP-A2蛋白的1558个氨基酸残基的多肽是由1791个氨基酸残基的前蛋白原(prepro-protein)加工而来的。和PAPP-A不同，PAPP-A2在非还原的SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳中是以一个大概220kDa的单体迁移。PAPP-A2的前体和PAPP-A是不同源的，但是成熟的PAPP-A2和PAPP-A有45％的氨基酸残基相同。PAPP-A可以特异性地剪切胰岛素样生长因子结合蛋白4(Insulin-likeGrowthFactor-bindingProtein-4，IGFBP-4)。IGFBP-4是6个已知的胰岛素生长因子IGF-I和IGF-II的调节因子之一。Overgaard等的研究发现PAPP-A2可以特异性地剪切胰岛素样生长因子结合蛋白5(Insulin-likeGrowthFactor-bindingProtein-5，IGFBP-5)在Ser-142和Lys-144之间的一个位点，从而使得IGFI和IGFII产生活性，该基因和生长以及繁殖相关性状有紧密联系。，PAPP-A2很有可能是IGFBP-5在很多组织中的候选蛋白酶。2014年，研究发现，Pappa2基因通过IGFBP-5信号通路发挥功能.2015年，ChristiansJK等人在小鼠中发现pappa2基因敲除后，IGFBP-5在卵巢中的表达量显著增加，同时有研究指出在小鼠中IGFBP-5和卵泡发育密切相关。2004年，Conoveretal.研究发现Pappa2基因敲除小鼠的体型大小是野生型小鼠的60％。2010年，Nyegaardetal等人揭示了Pappa2基因敲除小鼠的卵巢功能和繁殖力都有所下降。2011年，CherylA.Conover获得了Pappa2基因双敲除的小鼠，检测了在野生型小鼠中PAPP-A2的mRNA的组织特异性表达，且鉴定了缺失PAPP-A2的小鼠的表型。PAPP-A2在组织中的表达和PAPP-A并不相关。研究发现在胎盘中有最高水平的PAPP-A2的表达，在胚胎、骨骼肌、繁殖相关组织中也有高水平的PAPP-A2的表达。纯合的Pappa2基因敲除小鼠在出生时大小正常。但是，出生后的生长速度却比正常小鼠更迟缓。雄性的双敲小鼠的体重较正常小鼠降低了10％，雌性双敲小鼠体重降低了25-30％。双敲的成年小鼠的股骨长和体长也变短了。Pappa2的敲除会影响动物幼崽的体重和骨骼发育情况。并且研究发现和野生型相比，Pappa2基因敲除的小鼠虽然也可以繁殖，但是产仔数和野生型比更少，第一次产仔时间和胎次间隔时间也更长，也就是说Pappa2基因敲除后小鼠的繁殖力下降。同年，在荷斯坦奶牛上发现Pappa2基因和奶牛的繁殖健康有关，并且鉴定出了一个SNP和奶牛的繁殖性状和生产性状相关。2009年一些研究发现，对于人类妊娠高血压的患者，血清中Pappa2基因的表达水平升高，可能是导致死胎的原因，Pappa2和人的生殖密切相关。基于Pappa2基因在小鼠，奶牛和人上的研究发现，推测PAPP-A2应该也是与哺乳动物繁殖力相关的一个很重要的因子。因此，申请人试图在绵羊上开展Pappa2基因的功能研究。对它们在多态性、组织表达与绵羊繁殖性能相关性方面进行研究，这将为进一步阐明绵羊多羔性状的分子遗传学机制提供较好的科学思路。目前关于Pappa2基因在绵羊繁殖过程中的具体作用研究几乎没有，因此，对其进行研究有助于挖掘出更多与绵羊产羔数相关的分析标记。传统的基因型检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerasechainreaction-restrictionfragmentlengthpolymorphism)和PCR-SSCP(polymerasechainreaction-singlestrandconformationpolymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记及其应用，并提供了一种利用SequenomSNP技术检测绵羊Pappa2基因型的方法。本专利技术的技术方案如下：本申请通过对10个绵羊品种99个绵羊个体进行全基因组重测序并将其分为单羔组和多羔组。在99个绵羊的重测序结果中通过Fst值计算获得了大量的有效SNP位点并筛选获得一些基因，其中包括Pappa2基因。然后在5个绵羊品种中做了基因分型，并且在380只小尾寒羊中做了产羔数的关联分析，发现与产羔数相关。进一步克隆了这个基因，并做了组织表达谱和表达量的分析，并做了生物信息学分析。本专利技术首先提供一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记，其含有一个与绵羊多羔相关的SNP位点，该位点位于绵羊第12号染色体55865867bp位点(NW_014639021.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年11月)，该位点的碱基存在C/G突变，与绵羊多羔具有显著的相关性。基于此，本专利技术提供一种检测绵羊多羔候选基因Pappa2基因型的方法，通过对绵羊第12号染色体55865867bp位点(NW_014639021.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年11月)的核苷酸进行单核苷酸型检测，根据检测结果判定绵羊Pappa2基因为AA、CA或CC。本专利技术利用SequenomSNP技术实现单核苷酸型检测。本专利技术首先提供用于检测绵羊Pappa2基因型或上述SNP分子标记的特异性引物组合：上游引物F：5’-ACGTTGGATGTTTGGCTGCTTACTCCCTTC-3’；下游引物R：5’-ACGTTGGATGGTTTGCACATCATACCGTCC-3’；延伸引物的核苷酸序列如下：S1：5’-AGATTTACCAGAGCACC-3’。本专利技术提供含有所述特异性引物组合的用于SequenomSNP技术检测绵羊Pappa2基因型的试剂盒。进一步地，所述试剂盒还包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2+、PCR反应缓冲液、标准阳性模板和SAP酶。本专利技术提供了上述SNP分子标记或特异性引物组合或含有该特异性引物组合的试剂盒在绵羊分子辅助育种中的应用。本专利技术提供了上述SNP分子标记或特异性引物组合或含有该特异性引物组合的试剂盒在鉴定绵羊多羔性状中的应用。本专利技术提供的利用SequenomSNP技术检测绵羊Pappa2基因型的方法，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用上游引物F和下游引物R，进行PCR扩增反应；上游引物F：5’-ACGTTGGATGTTTGGCTGCTTACTCCCTTC-3’；下游引物R：5’-ACGT本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记，其特征在于，位于绵羊第12号染色体第55865867bp处，该SNP分子标记的多态性为C/G。

【技术特征摘要】
1.一种与绵羊多羔相关的SNP分子标记，其特征在于，位于绵羊第12号染色体第55865867bp处，该SNP分子标记的多态性为C/G。2.用于检测权利要求1所述SNP分子标记的特异性引物组合，其特征在于，包括：上游引物F：5’-ACGTTGGATGTTTGGCTGCTTACTCCCTTC-3’；下游引物R：5’-ACGTTGGATGGTTTGCACATCATACCGTCC-3’；延伸引物的核苷酸序列如下：S1：5’-AGATTTACCAGAGCACC-3’。3.基于SequenomSNP技术用于检测绵羊Pappa2基因型的试剂盒，其特征在于，含有权利要求2所述的特异性引物组合。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，还包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2+、PCR反应缓冲液、标准阳性模板和SAP酶。5.权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述的特异性引物组合或权利要求3所述的试剂盒在绵羊分子辅助育种中的应用。6.权利要求1所述SNP分子标记或权利要求2所述的特异性引物组合或权利要求3所述的试剂盒在鉴定绵羊多羔性状中的应用。7.利用SequenomSNP技术检测绵羊Pappa2基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：1)提取待测绵羊的基因组DNA；2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用上游引物F和下游引物R，进行PCR扩增反应；所述上游引物F：5’-ACGTTGGATGTTTGGCTGCTTACTCCCTTC-3’；下游引物R：5’-ACGTTGGATGGTTTGCACATCATACCGTCC-3’...

【专利技术属性】
技术研发人员：储明星，胡文萍，梁奔梦，董新龙，刘秋月，狄冉，王翔宇，汤继顺，郭晓飞，魏彩虹，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京,11