一种位于KCTD1基因的与放疗引起的放射性脑损伤相关的SNP标志物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了KCTD1基因上的SNP位点rs9304497作为与肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险相关的标志物的应用。同时，制备得到一种预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒，利用该试剂盒检测SNP标志物分型，联合患者临床信息可以更加全面准确的评估鼻咽癌患者发生放射性脑损伤的患病风险。将本发明专利技术运用于临床中，针对高危患者提前采取保护措施，有助于实现患者的个体化治疗，提高鼻咽癌患者的长期生存质量。同时，可以为其他放疗引起的正常组织损伤的风险预测提供方法和策略上的借鉴。

A SNP marker related to radiation induced brain injury in KCTD1 gene and its application

The invention discloses the application of the SNP site rs9304497 on the KCTD1 gene as a marker related to the risk of radiation brain injury caused by tumor radiotherapy. At the same time, a kit for predicting the risk of radiation-induced brain injury caused by tumor radiotherapy was prepared. The kit was used to detect SNP markers typing, and combined with clinical information, the risk of radiation-induced brain injury in patients with nasopharyngeal carcinoma could be more comprehensively and accurately assessed. The invention is applied in clinic, and adopts protective measures in advance for high-risk patients, which is helpful for realizing individualized treatment of patients and improving the long-term quality of life of patients with nasopharyngeal carcinoma. At the same time, it can provide methods and strategies for the risk prediction of other radiation-induced normal tissue injury.

【技术实现步骤摘要】
一种位于KCTD1基因的与放疗引起的放射性脑损伤相关的SNP标志物及其应用
本专利技术涉及基因工程和肿瘤学
，更具体地，涉及一种位于KCTD1基因的与放疗引起的放射性脑损伤相关的SNP标志物及其应用。
技术介绍
放疗是鼻咽癌首选的治疗方式，而放疗引起的放射性脑损伤是鼻咽癌患者最严重的晚期不良反应之一。该不良反应往往具有不可逆性，其临床症状包括头晕、头痛、记忆下降、认知功能障碍等，极大地影响患者的生活质量。放射性脑损伤一旦发生，治疗颇为困难，临床上一般给予激素、神经节苷脂或胞二磷胆碱等药物治疗，或者高压氧或手术治疗。近年来发现贝伐单抗和神经生长因子也有一定的疗效。这些治疗方式大多数只能一定程度上缓解患者的症状，而且部分药物长期使用将可能引起其他的不良反应。因此，对接受放疗的鼻咽癌患者进行放射性脑损伤发病风险预测，对高危个体提前采取针对性的保护措施，实现鼻咽癌的个体化治疗，显得尤为重要。研究表明，多种临床因素与放射性脑损伤的发病风险相关，例如，放疗剂量、肿瘤分期、放疗技术等。然而，在相同的临床因素和治疗手段下，放射性脑损伤的发生及严重程度在不同的病人中仍具有很大差异，这提示，遗传因素可能是放射性脑损伤发生的重要内因。目前的研究发现，单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism,SNP）是引起正常组织放射性损伤的重要遗传因素。关于放疗引起的正常组织损伤的遗传易感性研究分为候选基因研究和全基因组关联研究。候选基因研究重点关注了DNA损伤修复、细胞周期、炎症反应等通路上的基因在放疗引起的皮肤纤维化、消化道黏膜反应、勃起功能障碍、放射性食管炎和放射性肺炎等急性/晚期副反应中的作用；而全基因组关联研究成功揭示了与乳腺癌和前列腺癌早期/晚期不良反应显著相关的易感位点。这些发现提示我们，遗传因素在放射敏感性的个体差异中起到了重要的作用。然而，目前关于放射性脑损伤的相关遗传学研究还未见报道。若能筛选出与放疗引起的放射性脑损伤相关的SNP位点，并研制出相应的诊断试剂盒，将可以对放射性脑损伤高危病人进行预测和提前干预，同时还可以推广应用到除了鼻咽癌之外的其他接受治疗性或预防性放疗的肿瘤，提高肿瘤病人的生活质量。
技术实现思路
本专利技术的目的是为了克服现有技术的不足，提供位于KCTD1基因的与放疗引起的放射性脑损伤相关的SNP标志物及其检测方法。本专利技术的第一个目的是提供KCTD1基因上的SNP位点rs9304497作为与肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险相关的标志物的应用。本专利技术的第二个目的是提供一对用于检测以上所述的SNP位点的特异性扩增引物。本专利技术的第三个目的是提供一对用于检测以上所述的SNP位点的特异性探针。本专利技术的第四个目的是提供以上所述SNP标志物，以上所述特异性扩增引物或以上所述特异性探针在制备于预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒中的应用。本专利技术的第五个目的是提供一种用于预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒。为了实现上述目的，本专利技术是通过以下技术方案予以实现的：专利技术人通过分离和研究接受放疗并在放疗后不同时间发生放射性脑损伤的鼻咽癌患者外周血DNA中的单核苷酸多态性，寻找与放射性脑损伤高度相关的高特异性和敏感性的SNP，并研制出便于临床应用的风险预测试剂盒，为放射性脑损伤的预防和控制提供理论依据，为探索和发现具有潜在治疗价值的新药物提供线索。因此本专利技术要求保护KCTD1基因上的SNP位点rs9304497作为与肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险相关的标志物的应用。优选地，所述肿瘤为鼻咽癌。优选地，对样本进行危险评分，当危险评分大于2.62时该样本是放射性脑损伤的高危人群，危险评分小于2.62时该样本是放射性脑损伤的低危人群；危险评分=（0.6034×T分期的评分）+（-0.8684×放疗技术的评分）+（0.0196×年龄的评分）+（0.4727×rs9304497分型的评分）；公式中，T分期的评分：对于临床变量T分期，T1=“0”，T2=“1”，T3=“2”，T4=“3”；放疗技术的评分：对于放疗技术，传统适形放疗=“0”，调强放疗=“1”；年龄的评分：以实际的年龄代入；分型的评分：对于SNP分型，野生纯合型=“0”，杂合型=“1”，突变纯合型=“2”。一对用于检测以上所述的SNP位点的特异性扩增引物。优选地，其核苷酸序列如SEQIDNo：1～2所示。一对用于检测以上所述的SNP位点的特异性探针。优选地，其核苷酸序列如SEQIDNo：3～4所示。以上所述SNP标志物，以上所述特异性扩增引物或以上所述特异性探针在制备用于预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒中的应用，也属于本专利技术的保护范围。一种用于预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒，包含有能对以上所述SNP位点进行分型检测的组分。优选地，所述组分包括以上所述特异性扩增引物和/或以上所述特异性探针。优选地，所述组分包括核苷酸序列如SEQIDNo：1～2所示的特异性扩增引物和/或核苷酸序列如SEQIDNo：3～4所示的特异性探针。优选地，所述试剂盒还含有PCR反应酶和试剂。优选地，PCR反应酶和试剂包括反应酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、去离子水；还可以包含标准品和对照品。优选地，PCR反应体系为：正向引物、反向引物和分型探针混合物0.3μl，dNTPMixture(10mM)0.2μl，MgCl2(25mM)0.4μl，反应buffer1μl，反应酶0.1μl，2μl双蒸水和1μl待测DNA。优选地，所述试剂盒的PCR反应程序为：60℃，30s，1个循环；95℃，10min，1个循环；95℃，15s和60℃，1min，45个循环；60℃，30s，1个循环。优选地，所述试剂盒的使用方法，包括以下步骤：S1.统计样品SNP分型，临床变量T分期，放疗技术，年龄进行评分。对于SNP分型，野生纯合型=“0”，杂合型=“1”，突变纯合型=“2”；对于临床变量T分期T1=“0”，T2=“1”，T3=“2”，T4=“3”；对于放疗技术，传统适形放疗=“0”，调强放疗=“1”；对于年龄的评分以实际的年龄（连续型变量）代入。S2.根据各项评分计算危险评分，公式如下：危险评分=（0.6034×T分期的评分）+（-0.8684×放疗技术的评分）+（0.0196×年龄的评分）+（0.4727×rs9304497分型的评分）。当危险评分大于2.62时该样本是放射性脑损伤的高危人群，危险评分小于2.62时该样本是放射性脑损伤的低危人群。具体地说，本专利技术解决问题的技术方案包括：（1）建立统一标准的标本库和数据库：以标准操作程序（SOP）采集符合标准的血液标本，系统收集完整的人口学资料和临床资料。（2）对患者进行定期MR随访，并根据MR影像进行放射性脑损伤诊断。（3）基因型检测：对具有完整临床资料和放疗后MR随访的病人，利用全基因组SNP芯片，寻找与放射性脑损伤相关的SNP。（4）对于筛选出来的显著相关的SNP，进一步采用TaqMan(AppliedBiosystems)基因分型平台进行检测，验证将其应用于风险预测的可重复性。（5）预测肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险的试剂盒的研制：根据进展为放射性脑损伤的患者和没有进本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.KCTD1基因上的SNP位点rs9304497作为与肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险相关的标志物的应用。

【技术特征摘要】
1.KCTD1基因上的SNP位点rs9304497作为与肿瘤放疗引起的放射性脑损伤发病风险相关的标志物的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，对样本进行危险评分，当危险评分大于2.62时该样本是放射性脑损伤的高危人群，危险评分小于2.62时该样本是放射性脑损伤的低危人群；危险评分=（0.6034×T分期的评分）+（-0.8684×放疗技术的评分）+（0.0196×年龄的评分）+（0.4727×rs9304497分型的评分）；公式中，T分期的评分：对于临床变量T分期，T1=“0”，T2=“1”，T3=“2”，T4=“3”；放疗技术的评分：对于放疗技术，传统适形放疗=“0”，调强放疗=“1”；年龄的评分：以实际的年龄代入；分型的评分：对于SNP分型，野生纯合型=“0”，杂合型=“1”，突变纯合型=“2”。3.一对用于检测权利要求1中所述的SNP位点的特...

【专利技术属性】
技术研发人员：贾卫华，王曈旻，沈国平，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：广东,44