【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于癌症免疫疗法的CRISPR-CAS相关方法、组合物和组分相关申请的交叉引用本申请要求2014年4月18日提交的美国临时申请序列号61/981,636、和2015年3月25日提交的美国临时申请序列号62/138,246的权益,将其披露通过引用而特此结合。序列表本说明书参考了序列表(在2015年4月17日以名为“SEQUENCELISTING2011271-0005EM034PCT.txt”的.txt文件电子提交)。所述.txt文件生成于2015年4月17日并且大小为11,400,000个字节。将序列表的整个内容通过引用而特此结合。专利
本专利技术涉及用于编辑靶核酸序列或调节靶核酸序列表达的CRISPR/CAS相关方法、组合物和组分,及其与包含工程化T细胞或T细胞前体的过继性转移的癌症免疫疗法的结合应用。背景基因工程化T细胞的过继性转移已经作为癌症治疗模式进入临床测试。典型地,所述途径由以下步骤组成:1)通过单采从受试者获得白细胞;2)选择/富集T细胞;3)通过细胞因子处理激活T细胞;4)通过逆转录病毒转导、慢病毒转导或电穿孔引入经克隆的T细胞受体(TCR)基因或嵌合抗原受体(CAR)基因;5)通过细胞因子处理扩增T细胞;6)调理受试者,通常通过淋巴细胞耗减(lymphodepletion);并且7)将工程化T细胞输注到受试者体内。经克隆的TCR基因(TRAC和TRBC)的来源包括从患有具体恶性肿瘤的个体中分离的稀有T细胞群以及从用特定肿瘤抗原或肿瘤细胞免疫的T细胞受体人源化小鼠中分离的T细胞克隆。过继性转移后,TCR工程化T细胞识别肿瘤细胞表面上的由 ...
【技术保护点】
gRNA分子,所述gRNA分子包含与来自FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC或TRBC基因的靶结构域互补的靶向结构域。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.04.18 US 61/981,636;2015.03.25 US 62/138,2461.gRNA分子,所述gRNA分子包含与来自FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC或TRBC基因的靶结构域互补的靶向结构域。2.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域被配置成在T细胞靶敲除位置的500、400、300、200、100、50、25、或10个核苷酸内提供选自双链断裂和单链断裂的切割事件。3.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域被配置成靶向足够接近T细胞靶敲低位置的无酶促活性Cas9(eiCas9)或eiCas9融合蛋白,以减少、降低或阻遏FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的表达。4.如权利要求3所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域被配置成靶向FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的启动子区。5.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域包含与来自表1A-I、表2A-I、表3A-H、表4A-I、表5A-I、表6A-I、表7A-H、表8A-H、表9A-I、表10A-I、表11A-I、表12A-I、表13A-K、表14A-K、表15A-F、表16A-K、表17A-K、表18A-K、表19A-J、表20A-J、表21A-K、表22A-K、表23A-J、表24A-K、表25A-G、表26A-G、表27、表29、表31、或表32中任一项的靶向结构域序列相同、或与之相差不多于3个核苷酸的序列。6.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表1A-F或表13A-K中的那些。7.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表2A-I或表14A-K中的那些。8.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表3A-H或表15A-F中的那些。9.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表4A-I或表16A-K中的那些。10.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表5A-I或表17A-K中的那些。11.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表6A-I或表18A-K中的那些。12.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表7A-H、表19A-J、表31或表32中的那些。13.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表8A-H或表20A-J中的那些。14.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表9A-I或表21A-K中的那些。15.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表10A-I或表22A-K中的那些。16.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表11A-I或表23A-J中的那些。17.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表12A-I或表24A-K中的那些。18.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表25A-G或表29中的那些。19.如权利要求1所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域选自表26A-G或表27中的那些。20.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述gRNA是模块化gRNA分子。21.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述gRNA是嵌合gRNA分子。22.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个或更多个核苷酸。23.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个核苷酸。24.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是18个核苷酸。25.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是19个核苷酸。26.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是20个核苷酸。27.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是21个核苷酸。28.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是22个核苷酸。29.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是23个核苷酸。30.如权利要求1-19中任一项所述的gRNA分子,其中所述靶向结构域在长度上是24、25、或26个核苷酸。31.如权利要求1-30中任一项所述的gRNA分子,所述gRNA分子从5’到3’包含:靶向结构域;第一互补结构域;连接结构域;第二互补结构域;近端结构域;以及尾部结构域。32.如权利要求1-30中任一项所述的gRNA分子,所述gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少20个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。33.如权利要求1-30中任一项所述的gRNA分子,所述gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少30个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。34.如权利要求1-30中任一项所述的gRNA分子,所述gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少35个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。35.如权利要求1-30中任一项所述的gRNA分子,所述gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少40个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。36.核酸,所述核酸包含:(a)编码gRNA分子的序列,所述gRNA分子包含与FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC或TRBC基因中的T细胞靶结构域互补的靶向结构域。37.如权利要求36所述的核酸,其中所述gRNA分子是如权利要求1-35中任一项所述的gRNA分子。38.如权利要求36所述的核酸,其中所述靶向结构域被配置成在所述T细胞靶敲除位置的500、400、300、200、100、50、25、或10个核苷酸内提供选自双链断裂和单链断裂的切割事件。39.如权利要求36所述的核酸,其中所述靶向结构域被配置成靶向足够接近T细胞靶敲低位置的无酶促活性Cas9(eiCas9)或eiCas9融合蛋白,以减少、降低或阻遏FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的表达。40.如权利要求36所述的核酸,其中所述靶向结构域被配置成靶向FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的启动子区。41.如权利要求36所述的核酸,其中所述靶向结构域包含与来自表1A-I、表2A-I、表3A-H、表4A-I、表5A-I、表6A-I、表7A-H、表8A-H、表9A-I、表10A-I、表11A-I、表12A-I、表13A-K、表14A-K、表15A-F、表16A-K、表17A-K、表18A-K、表19A-J、表20A-J、表21A-K、表22A-K、表23A-J、表24A-K、表25A-G、表26A-G、表27、表29、表31、或表32中任一项的靶向结构域序列相同、或与之相差不多于3个核苷酸的序列。42.如权利要求36所述的核酸,其中所述靶向结构域选自表1A-I、表2A-I、表3A-H、表4A-I、表5A-I、表6A-I、表7A-H、表8A-H、表9A-I、表10A-I、表11A-I、表12A-I、表13A-K、表14A-K、表15A-F、表16A-K、表17A-K、表18A-K、表19A-J、表20A-J、表21A-K、表22A-K、表23A-J、表24A-K、表25A-G、表26A-G、表27、表29、表31、或表32中的那些。43.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述gRNA是模块化gRNA分子。44.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述gRNA是嵌合gRNA分子。45.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个或更多个核苷酸。46.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个核苷酸。47.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是18个核苷酸。48.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是19个核苷酸。49.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是20个核苷酸。50.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是21个核苷酸。51.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是22个核苷酸。52.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是23个核苷酸。53.如权利要求36-42中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是24、25、或26个核苷酸。54.如权利要求36-54中任一项所述的核酸,所述核酸从5’到3’包含:靶向结构域;第一互补结构域;连接结构域;第二互补结构域;近端结构域;以及尾部结构域。55.如权利要求36-54中任一项所述的核酸,所述核酸包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少20个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。56.如权利要求36-54中任一项所述的核酸,所述核酸包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少30个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。57.如权利要求36-54中任一项所述的核酸,所述核酸包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少35个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。58.如权利要求36-54中任一项所述的核酸,所述核酸包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少40个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。59.如权利要求36-58中任一项所述的核酸,所述核酸进一步包含:(b)编码Cas9分子的序列。60.如权利要求59所述的核酸,其中所述Cas9分子是eaCas9分子。61.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子包括切口酶分子。62.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子在靶核酸中形成双链断裂。63.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子在靶核酸中形成单链断裂。64.如权利要求63所述的核酸,其中所述单链断裂形成于所述靶核酸的与所述gRNA分子的靶向结构域互补的链中。65.如权利要求63所述的核酸,其中所述单链断裂形成于所述靶核酸的不同于与所述gRNA的靶向结构域互补的链的链中。66.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子包含HNH样结构域切割活性,但没有或具有不显著的N-末端RuvC样结构域切割活性。67.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子是HNH样结构域切口酶。68.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子在D10处包含突变。69.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子包含N-末端RuvC样结构域切割活性,但没有或具有不显著的HNH样结构域切割活性。70.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子是N-末端RuvC样结构域切口酶。71.如权利要求60所述的核酸,其中所述eaCas9分子在H840处包含突变。72.如权利要求59所述的核酸,其中所述Cas9分子是eiCas9分子。73.如权利要求72所述的核酸,其中所述Cas9分子是eiCas9-融合蛋白分子(例如eiCas9-转录阻遏因子结构域融合体,例如eiCas9-KRAB结构域融合体)。74.如权利要求36-73中任一项所述的核酸,所述核酸进一步包含:(c)编码在此所描述的第二gRNA分子的序列,所述第二gRNA分子具有与FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、PTPN6、TRAC或TRBC基因的第二靶结构域互补的靶向结构域。75.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA分子是如权利要求1-35中任一项所述的gRNA分子。76.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA的靶向结构域被配置成在所述T细胞靶敲除位置的500、400、300、200、100、50、25、或10个核苷酸内提供选自双链断裂和单链断裂的切割事件。77.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA的靶向结构域被配置成靶向足够接近T细胞靶敲低位置的无酶促活性Cas9(eiCas9)或eiCas9融合蛋白,以减少、降低或阻遏FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的表达。78.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA的靶向结构域被配置成靶向FAS、BID、CTLA4、PDCD1、CBLB、或PTPN6基因的启动子区。79.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA的靶向结构域包含与来自表1A-I、表2A-I、表3A-H、表4A-I、表5A-I、表6A-I、表7A-H、表8A-H、表9A-I、表10A-I、表11A-I、表12A-I、表13A-K、表14A-K、表15A-F、表16A-K、表17A-K、表18A-K、表19A-J、表20A-J、表21A-K、表22A-K、表23A-J、表24A-K、表25A-G、表26A-G、表27、表29、表31、或表32中任一项的靶向结构域序列相同、或与之相差不多于3个核苷酸的序列。80.如权利要求74所述的核酸,其中所述第二gRNA的靶向结构域选自表1A-I、表2A-I、表3A-H、表4A-I、表5A-I、表6A-I、表7A-H、表8A-H、表9A-I、表10A-I、表11A-I、表12A-I、表13A-K、表14A-K、表15A-F、表16A-K、表17A-K、表18A-K、表19A-J、表20A-J、表21A-K、表22A-K、表23A-J、表24A-K、表25A-G、表26A-G、表27、表29、表31、或表32中的那些。81.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子是模块化gRNA分子。82.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子是嵌合gRNA分子。83.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个或更多个核苷酸。84.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是16或17个核苷酸。85.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是18个核苷酸。86.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是19个核苷酸。87.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是20个核苷酸。88.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是21个核苷酸。89.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是22个核苷酸。90.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是23个核苷酸。91.如权利要求74-80中任一项所述的核酸,其中所述靶向结构域在长度上是24、25、或26个核苷酸。92.如权利要求74-91中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子从5’到3’包含:靶向结构域;第一互补结构域;连接结构域;第二互补结构域;近端结构域;以及尾部结构域。93.如权利要求74-92中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少20个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。94.如权利要求74-92中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少30个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。95.如权利要求74-92中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少35个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。96.如权利要求74-92中任一项所述的核酸,其中所述第二gRNA分子包含:在长度上不多于25个核苷酸的连接结构域;在长度上至少40个核苷酸的一起考虑的近端结构域和尾部结构域;以及在长度上17、18、19、20、21、22、23或24个核苷酸的靶向结构域。97.如权利要求74-96中任一项所述的核酸,所述核酸进一步包含第三gRNA分子。98.如权利要求97所述的核酸,所述核酸进一步包含第四gRNA分子。99.如权利要求36所述的核酸,所述核酸进一步包含:(b)编码如权利要求59-73中任一项所述的Cas9分子的序列。100.如权利要求99所述的核酸,其中所述核酸不包含(c)编码第二gRNA分子的序列。101.如权利要求10...
【专利技术属性】
技术研发人员:G·格兰特·威尔斯戴德,阿里·E·弗里德兰,摩根·L·马埃德尔,戴维·A·布姆克罗特,
申请(专利权)人:爱迪塔斯医药公司,
类型:发明
国别省市:美国,US
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