一种用于急性髓系白血病药物指示的方法及装置制造方法及图纸

本发明专利技术实施例提供了一种用于急性髓系白血病药物指示的方法及装置，方法包括：从预设的目标样本中筛选出目标评估基因，所述目标评估基因为STAB1基因；获取正常核型急性髓系白血病CN‑AML患者的目标评估基因；根据CN‑AML患者目标评估基因的基因表达量对所述CN‑AML患者进行分层，将所述CN‑AML患者分为预后良好组及预后不良组；对处于预后不良组的CN‑AML患者指示相应的药物信息；如此，因目标评估基因只有一个，因此能简单地对CN‑AML患者进行预后评估和疾病分层；另外所述目标评估基因为STAB1基因，因STAB1基因为膜蛋白基因，因此能利用现有的检测设备快速检测出，提高了检测效率。

Method and device for drug indication of acute myeloid leukemia

An embodiment of the present invention provides a method and device for an acute myeloid leukemia drug indication. The method includes: screening the target evaluation gene from a predetermined target sample, the target evaluation based on the STAB1 gene; obtaining the target evaluation gene of the normal karyotype acute myeloid leukemia CN AML patient; according to the CN AML AML The gene expression of the target evaluation gene was stratified for the CN AML patients, and the CN AML patients were divided into a good prognosis group and a poor prognosis group, and the corresponding drug information was indicated for the CN AML patients in the poor prognosis group, so that only one of the target evaluation genes could be simply entered for the CN AML patients. In addition, the target assessment based on the STAB1 gene, because the STAB1 gene is a membrane protein gene, can be quickly detected by the existing detection equipment and improve the detection efficiency.

【技术实现步骤摘要】
一种用于急性髓系白血病药物指示的方法及装置
本专利技术属于分子生物
，尤其涉及一种用于急性髓系白血病药物指示的方法及装置。
技术介绍
急性髓性白血病(AML，AcuteMyeloidLeukemia)是一种以造血干细胞分化受阻导致不同阶段未成熟细胞异常增殖而正常造血组织减少为特征的恶性克隆性疾病，严重影响人类的健康。根据细胞遗传学分层可将AML预后分为低危组、中危组和高危组，其中，被划分在中危组的核型正常的(CN-AML，CytogeneticallynormalAcuteMyeloidLeukemia)患者约占全部AML患者50％，这类患者存在明显异质性，预后存在明显差异。目前可在CN-AML患者中检测到分子遗传学的变化，包括与CN-AML预后相关的基因突变和基因表达的改变，然后利用分子遗传学并结合联用多项临床指征，比如：基因突变、患者年龄、细胞遗传学水平及基因表达等进行联合打分可以实现CN-AML患者的预后评估。但是这种评估方法一般需要筛选出多个评估基因、导致基因筛选过程、联合打分的过程都非常繁琐，且不能有效地进行预后评估的疾病分层，更不能对相应层级的患者指示对应的药物信息，导致临床不能根据相应的药物指示信息快速制定治疗方案，延误治疗时机。
技术实现思路
针对现有技术存在的问题，本专利技术实施例提供了一种用于正常核型急性髓系白血病药物指示的方法及装置，用于解决现有技术中因评估基因太多，导致筛选基因的过程繁琐，且不能有效、简易地利用评估基因对CN-AML患者进行预后评估和疾病分层，不能对相应层级的患者指示对应的药物信息，导致临床不能根据相应的药物指示快速制定治疗方案，延误治疗时机的技术问题。本专利技术提供一种用于急性髓系白血病药物指示的方法，所述方法包括：从数据库中获取目标样本的基因表达信息，所述目标样本为正常核型急性髓系白血病CN-AML患者的样本；根据预设的生存时间为分类标准，将所述目标样本分为第一类样本及第二类样本，所述第一类样本为生存时间小于2年的样本，所述第二类样本为生存时间大于2年的样本；根据预设的第一筛选条件对所述第一类样本及所述第二类样本的基因进行筛选，获取多个差异表达基因；根据预设的第二筛选条件对所述多个差异表达基因进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因；从所述数据库中获取影响所述CN-AML预后的临床因子，根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响急性髓系白血病AML生存的经验预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取各独立预后基因；根据预设的验证样本集分别对每个独立预后基因进行验证，根据验证结果确定出所述目标评估基因，所述目标评估基因为STAB1基因；获取正常核型急性髓系白血病CN-AML患者的目标评估基因；根据CN-AML患者目标评估基因的基因表达量对所述CN-AML患者进行分层，将所述CN-AML患者分为预后良好组及预后不良组；对处于预后不良组的CN-AML患者指示相应的药物信息。上述方案中，所述从数据库中获取目标样本的基因表达信息，包括：从癌症基因数据库TCGA中获取预设数量样本的基因表达信息；根据目标样本的样本标识，从所述预设数量样本中提取目标样本的基因表达信息。上述方案中，所述根据预设的第一筛选条件对所述第一类样本及所述第二类样本的基因进行筛选，获取多个差异表达基因，包括：根据所述第一筛选条件对所述第一类样本中的所有基因及所述第二类样本中的所有基因进行筛选，获取多个所述差异表达基因；其中，所述第一筛选条件为假阳性基因的假阳性率FDR<0.05且基因的差异倍数fold-change>1.5。上述方案中，所述根据预设的第二筛选条件对所述多个差异表达基因进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因，包括：获取每个差异表达基因分别在所述目标样本中的生存资料，所述生存资料包括：每个差异表达基因的基因表达量、每个差异表达基因对应样本的生存时间及生存状态；基于所述每个差异表达基因的生存资料，利用KM统计工具中的曲线函数对每个差异表达基因进行生存分析，生成各差异表达基因的第一KM生存曲线；从所述各第一KM生存曲线获取每个差异表达基因的第一显著值；根据预设的第二筛选条件对每个差异表达基因的第一显著值进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因；其中，所述第二筛选条件为P≤0.05；所述P为显著值。上述方案中，所述根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响AML生存的预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取各独立预后基因，包括：根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响所述AML生存的预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取每个所述预后相关差异表达基因的第二显著值；根据预设的第二筛选条件对所述各所述预后相关差异表达基因的第二显著值进行筛选，获取各独立预后基因；其中，所述第二筛选条件为P≤0.05；所述P为显著值；所述影响所述CN-AML预后的临床因子包括：年龄Age、FMS样的酪氨酸激酶3(FLT3)突变、DNA甲基转移酶3A(DNMT3A)突变、异磷酸脱氢酶1(IDH1)突变、异磷酸脱氢酶2(IDH2)突变、RUNT相关转录因子1(RUNX1)突变及线粒体基因B(MTCYB)突变、核磷蛋白(NPM1)突变及威廉姆斯肿瘤抑制因子1(WT1)突变；所述影响AML生存的经验预后因子包括：NPM1突变、IDH1突变、IDH2突变及WT1突变。上述方案中，所述根据预设的验证样本集分别对每个独立预后基因进行验证，根据验证结果确定一个目标评估基因，包括：获取每个独立预后基因分别在所述验证样本集中的各基因表达量，所述验证样本集中包括多个验证样本；获取每个独立预后基因分别在每个验证样本中的生存资料，所述生存资料包括：每个独立预后基因的基因表达量、每个独立预后基因对应样本的生存时间及生存状态；基于所述每个独立预后基因的生存资料，利用KM统计工具中的曲线函数对每个独立预后基因进行生存分析，生成各独立预后基因分别在各所述验证样本中的第二KM生存曲线；从所述各第二KM生存曲线获取每个独立预后基因在各验证样本中的第三显著值；获取符合所述第二筛选条件的每个独立预后基因各验证样本中的第三显著值的数量，符合第二筛选条件的数量最多的第三显著值对应的独立预后基因为所述目标评估基因。上述方案中，所述根据CN-AML患者目标评估基因的基因表达量对所述CN-AML患者的预后生存时间进行分层，包括：获取所述目标评估基因在目标样本中的各基因表达量；确定各基因表达量的中位数；当所述CN-AML患者目标评估基因的基因表达量大于所述中值时，确定所述CN-AML患者的目标评估基因为高表达基因，将所述当前CN-AML患者分为预后不良组；当所述CN-AML患者目标评估基因的基因表达量小于所述中值时，确定所述CN-AML患者的目标评估基因为低表达基因，将所述当前CN-AML患者分为预后良好组。上述方案中，所述对处于预后不良组的CN-AML患者指示相应的药物信息，包括：获取对目标药物敏感或耐药的基因以及癌症药物数据库中多个药物的拮抗剂的半抑制浓度IC50值，所本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于急性髓系白血病药物指示的方法，其特征在于，所述方法包括：从数据库中获取目标样本的基因表达信息，所述目标样本为正常核型急性髓系白血病CN‑AML患者的样本；根据预设的生存时间为分类标准，将所述目标样本分为第一类样本及第二类样本，所述第一类样本为生存时间小于2年的样本，所述第二类样本为生存时间大于2年的样本；根据预设的第一筛选条件对所述第一类样本及所述第二类样本的基因进行筛选，获取多个差异表达基因；根据预设的第二筛选条件对所述多个差异表达基因进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因；从所述数据库中获取影响所述CN‑AML预后的临床因子，根据影响所述CN‑AML预后的临床因子及影响急性髓系白血病AML生存的经验预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取各独立预后基因；根据预设的验证样本集分别对每个独立预后基因进行验证，根据验证结果确定出所述目标评估基因，所述目标评估基因为STAB1基因；获取正常核型急性髓系白血病CN‑AML患者的目标评估基因；根据CN‑AML患者目标评估基因的基因表达量对所述CN‑AML患者进行分层，将所述CN‑AML患者分为预后良好组及预后不良组；对处于预后不良组的CN‑AML患者指示相应的药物信息。...

【技术特征摘要】
1.一种用于急性髓系白血病药物指示的方法，其特征在于，所述方法包括：从数据库中获取目标样本的基因表达信息，所述目标样本为正常核型急性髓系白血病CN-AML患者的样本；根据预设的生存时间为分类标准，将所述目标样本分为第一类样本及第二类样本，所述第一类样本为生存时间小于2年的样本，所述第二类样本为生存时间大于2年的样本；根据预设的第一筛选条件对所述第一类样本及所述第二类样本的基因进行筛选，获取多个差异表达基因；根据预设的第二筛选条件对所述多个差异表达基因进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因；从所述数据库中获取影响所述CN-AML预后的临床因子，根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响急性髓系白血病AML生存的经验预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取各独立预后基因；根据预设的验证样本集分别对每个独立预后基因进行验证，根据验证结果确定出所述目标评估基因，所述目标评估基因为STAB1基因；获取正常核型急性髓系白血病CN-AML患者的目标评估基因；根据CN-AML患者目标评估基因的基因表达量对所述CN-AML患者进行分层，将所述CN-AML患者分为预后良好组及预后不良组；对处于预后不良组的CN-AML患者指示相应的药物信息。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述从数据库中获取目标样本的基因表达信息，包括：从癌症基因数据库TCGA中获取预设数量样本的基因表达信息；根据目标样本的样本标识，从所述预设数量样本中提取目标样本的基因表达信息。3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设的第一筛选条件对所述第一类样本及所述第二类样本的基因进行筛选，获取多个差异表达基因，包括：根据所述第一筛选条件对所述第一类样本中的所有基因及所述第二类样本中的所有基因进行筛选，获取多个所述差异表达基因；其中，所述第一筛选条件为假阳性基因的假阳性率FDR<0.05且基因的差异倍数fold-change>1.5。4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设的第二筛选条件对所述多个差异表达基因进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因，包括：获取每个差异表达基因分别在所述目标样本中的生存资料，所述生存资料包括：每个差异表达基因的基因表达量、每个差异表达基因对应样本的生存时间及生存状态；基于所述每个差异表达基因的生存资料，利用KM统计工具中的曲线函数对每个差异表达基因进行生存分析，生成各差异表达基因的第一KM生存曲线；从所述各第一KM生存曲线获取每个差异表达基因的第一显著值；根据预设的第二筛选条件对每个差异表达基因的第一显著值进行筛选，获取与所述生存时间相关的多个预后相关差异表达基因；其中，所述第二筛选条件为P≤0.05；所述P为显著值。5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响AML生存的预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取各独立预后基因，包括：根据影响所述CN-AML预后的临床因子及影响所述AML生存的预后因子对所述多个预后相关差异表达基因进行多因素比例风险Cox回归分析，获取每个所述预后相关差异表达基因的第二显著值；根据预设的第二筛选条件对所述各所述预后相关差异表达基因的第二显著值进行筛选，获取各独立预后基因；其中，所述第二筛选条件为P≤0.05；所述P为显著值；所述影响所述CN-AML预后的临床因子包括：年龄Age、FMS样的酪氨酸激酶3(FLT3)突变、DNA甲基转移酶3A(DNMT3A)突变、异磷酸脱氢酶1(IDH1)突变、异磷酸脱氢酶2(IDH2)突变、RUNT相关转录因子1(RUNX1)突变及线粒体基因B(MTCYB)突变、核磷蛋白(NPM1)突变及威廉姆斯肿瘤抑制因子1(WT1)突变；所述影响AML生存的经验预后因子包括：NPM1突变、IDH1突变、IDH2突变及WT1突变。6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述根据预设的验证样本集分别对每个独立预后基因进行验证，根据验证结果确...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭安源，林生彦，陈智超，苗亚茹，
申请(专利权)人：华中科技大学鄂州工业技术研究院，
类型：发明
国别省市：湖北,42