癌症中PD-L1启动子甲基化制造技术

本发明专利技术提供了用于治疗在PD‑L1启动子区中具有中等或低的甲基化水平的受试者中的癌症的方法。本发明专利技术还提供了相关的试剂盒和制品。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】癌症中PD-L1启动子甲基化相关申请的交叉引用本申请要求于2015年5月29日提交的美国临时申请序号62/168,668的优先权，其全部内容通过引用并入本文。在ASCII文本文件上提交序列表以下提交的ASCII文本文件的内容通过整体引用并入本文：序列表的计算机可读形式(CRF)(文件名：146392027040SeqList.txt，记录日期：2016年5月27日，大小：19KB)。
本专利技术涉及分层采用抗PD-L1抗体治疗的癌症患者的方法，所述方法通过在含有来自患者的癌细胞的样品中测定PD-L1启动子区上游区和/或PD-L1内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化水平进行。
技术介绍
PD-L1在许多癌症中过表达，并且通常与不良预后相关(OkazakiT等人,Intern.Immun.200719(7)：813)(ThompsonRH等人,CancerRes2006,66(7)：3381)。有趣的是，大多数肿瘤浸润性T淋巴细胞主要表达PD-1，与正常组织中的T淋巴细胞和外周血T淋巴细胞相反，表明在肿瘤反应性T细胞上PD-1的上调可能导致损害抗肿瘤免疫应答(Blood2009114(8)：1537)。这可能是由于表达PD-L1的肿瘤细胞与表达PD-1的T细胞相互作用，介导PD-L1信号传导的利用，导致T细胞活化减弱和免疫监视的逃避(Sharpe等人,NatRev2002)(KeirME等人,2008Annu.Rev.Immunol.26：677)。因此，抑制PD-L1/PD-1相互作用可能增强CD8+T细胞介导的肿瘤杀伤作用。已经描述了抗PD-L1抗体及其在治疗恶性肿瘤中的用途(参见例如Philips等人(2015)IntImmunol27,39-461；Herbst等人(2014)Nature515,563-567)。某些患者对免疫检查点抑制剂具有原发抗性(参见，例如,Taube等人(2012)SciTranslMed.4,127；Sznol等人(2014)ClinCancerRes.19,1021-34；和Gajewski等人(2011)CurrOpinImmunol.23：286-92)。因此，仍然需要预测癌症患者对抗PD-L1抗体治疗的反应性。本文公开的所有参考文献、出版物和专利申请通过整体引用并入本文。
技术实现思路
在某些实施方案中，本专利技术提供了治疗或延缓受试者中癌症进展的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的抗PD-L1抗体，其中治疗(或延缓进展)基于在来自受试者的含有癌细胞的样品中受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。在某些实施方案中，本专利技术提供了治疗或延缓受试者中癌症进展的方法，只要已发现在来自受试者的含有癌细胞的样品中受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化，该方法包括向受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。在某些实施方案中，本专利技术提供了治疗或延缓癌症进展的方法，所述方法包括：(a)选择患有癌症的受试者，其中在来自受试者的含有癌细胞的样品中所述受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化；和(b)向由此选择的受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。在某些实施方案中，本专利技术提供了一种预测癌症受试者是否可能对抗PD-L1抗体治疗反应的方法，所述方法包括在来自受试者的含有癌细胞的样品中测量PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化水平，其中在PD-L1启动子区中的CpG1上或在PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上中等或低水平的甲基化表明该受试者可能对治疗反应。在某些实施方案中，提供了一种治疗受试者中癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的含有癌细胞的样品中测量PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化水平；和(b)向已被确定为在PD-L1启动子区中的CpG1上或在PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平甲基化的受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。在某些实施方案中，本专利技术提供了鉴定可能对抗PD-L1抗体治疗反应的癌症受试者的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的含有癌细胞的样品中评估PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化；和(b)鉴定在样品中在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平甲基化的受试者。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，所述方法还包括向所述受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和在PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，甲基化水平由亚硫酸氢盐测序确定。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，甲基化水平由亚硫酸氢盐次代测序确定。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，甲基化水平使用甲基化芯片阵列确定。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，来自受试者的样品显示免疫细胞浸润的证据。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，免疫细胞浸润的证据通过western印迹、ELISA、流式细胞术、qPCR、qRT-PCR、转录组分析、微阵列分析或次代测序检测的CD8+淋巴细胞表示。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由亚硫酸氢盐测序确定的中等水平的甲基化为约20％至约40％甲基化。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由亚硫酸氢盐测序确定的低水平甲基化小于约20％甲基化。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由亚硫酸氢盐次代测序确定的中等水平的甲基化为约5％至约60％甲基化。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由亚硫酸氢盐次代测序确定的低水平甲基化小于约5％甲基化。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由甲基化芯片阵列确定的中等水平的甲基化为约0.2至约0.3的β值。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，由甲基化芯片阵列确定的低水平甲基化为小于约0.2的β值在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，癌症是肺癌、乳腺癌、膀胱癌或黑素瘤。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，癌症是肺癌，并且其中肺癌是非小细胞肺癌、肺鳞状细胞癌或肺腺癌。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，抗PD-L1抗体抑制PD-L1与PD-1的结合。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，抗PD-L1抗体抑制PD-L1与B7-1的结合。在根据(或应用于)上述任何实施方案的一些实施方案中，抗PD-L1抗体抑制PD-L1与PD-1和B7-1的结合。在根据(或应用于本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种治疗受试者中癌症的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的抗PD‑L1抗体，其中治疗基于在来自受试者的含有癌细胞的样品中受试者在PD‑L1启动子区中的CpG1上和/或PD‑L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.05.29 US 62/168,6681.一种治疗受试者中癌症的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的抗PD-L1抗体，其中治疗基于在来自受试者的含有癌细胞的样品中受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。2.一种治疗受试者中癌症的方法，只要已发现在来自受试者的含有癌细胞的样品中受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化，所述治疗包括向受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。3.一种治疗癌症的方法，所述方法包括：(a)选择患有癌症的受试者，其中在来自受试者的含有癌细胞的样品中所述受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化；和(b)向步骤a)中选择的受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。4.一种预测癌症受试者是否可能对抗PD-L1抗体治疗反应的方法，所述方法包括在来自受试者的含有癌细胞的样品中测量PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化水平，其中在样品中在PD-L1启动子区中的CpG1上或在PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上中等或低水平的甲基化表明所述受试者可能对治疗反应。5.一种治疗受试者中癌症的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的含有癌细胞的样品中测量PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化水平；和(b)向已被确定为在PD-L1启动子区中的CpG1上或在PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平甲基化的受试者施用有效量的抗PD-L1抗体，由此治疗受试者的癌症。6.一种鉴定可能对抗PD-L1抗体治疗反应的癌症受试者的方法，所述方法包括：(a)在来自受试者的含有癌细胞的样品中评估PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上的甲基化；和(b)鉴定在样品中在PD-L1启动子区中的CpG1上和/或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平甲基化的受试者。7.根据权利要求6所述的方法，还包括向所述受试者施用有效量的抗PD-L1抗体。8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上或PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述受试者在PD-L1启动子区中的CpG1上和PD-L1基因内含子1中的一个或多个CpG位点上具有中等或低水平的甲基化。10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中所述甲基化水平由亚硫酸氢盐测序确定。11.根据权利要求9所述的方法，其中中等水平的甲基化为约20％至约40％甲基化。12.权利要求10或11所述的方法，其中低水平的甲基化为低于约20％甲基化。13.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中甲基化水平由亚硫酸氢盐次代测序确定。14.根据权利要求13所述的方法，其中中等水平的甲基化为约5％至约60％甲基化。15.根据权利要求13或14所述的方法，其中低水平的甲基化为低于约5％甲基化。16.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中甲...

【专利技术属性】
技术研发人员：E·卡德尔，M·科瓦内兹，K·瓦尔特，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH