用于确定癌症对象之预后的方法和核酸技术

本发明专利技术涉及用于确定癌症对象之预后的方法和核酸。本发明专利技术提供了用于确定患癌症对象之预后的方法、核酸及试剂盒。本发明专利技术公开了基因组序列，其甲基化模式具有用于下列的应用：改进的对所述病症的检测，从而实现改进的对患者的诊断和治疗。

Method and nucleic acid for determining prognosis of cancer patients

The invention relates to a method and nucleic acid for determining the prognosis of cancer objects. The invention provides a method, nucleic acid and kit for determining the prognosis of a cancer patient. The invention discloses the genome sequence, and its methylation pattern has the following applications: improved detection of the disease, thus improving the diagnosis and treatment of the patient.

【技术实现步骤摘要】
用于确定癌症对象之预后的方法和核酸本申请是申请号为201280033813.X的中国专利申请的分案申请，原申请是2012年7月9日提交的PCT国际申请PCT/EP2012/063436于2014年1月7日进入中国国家阶段的申请。
本专利技术涉及可用于以下的基因组DNA标志物：确定癌症对象的预后；确定癌症对象的医学治疗；确定来自癌症对象的肿瘤是否指示所述肿瘤是侵袭性的或具有转移潜能或者指示所述对象的存活时间减少；检测对象中侵袭性形式的癌症；选择用于癌症治疗的癌症对象；或者确定对象中的肿瘤负荷或癌症负担。一些特定实施方案提供了可用于确定患癌症对象之预后的方法、核酸、核酸阵列以及试剂盒。
技术介绍
用于确定癌症患者之预后的方法并且因而用于确定癌症患者之治疗的方法和试剂包括基于多种标准来确定肿瘤的分期。通常来说，该确定包括侵入性方法以观察组织形态学的组织学变化及肿瘤侵袭进入相邻组织和转移的水平。特别地，结直肠癌在欧洲和美国是第二常见的癌症(在2006年，分别为412,900例和150,000例)。在75％的病例中，通过手术除去疾病。但是，有30％至40％的II至III期结直肠癌患者复发，大多数在最初诊断的3至5年内。此外，只有16％至66％的患者在复发诊断时是有症状的，并且在这些肿瘤中，只有1.7％至7％可切除。因此，93％至98.3％的复发病例是在切除足以除去所有肿瘤或肿瘤细胞的时间之后鉴定出来的。参见Fakih，M.G.MD，CEAMonitoringinColorectalCancer，WhatYouShouldKnow，第20卷：第6期：2006。目前有关II期和更晚期肿瘤的切除后监视的现有操作指南包括：每3至6个月监测CEA(癌胚抗原)，进行2年，然后每6个月，进行总计5年；和/或在1年后进行结肠镜检查，任选地每两年重复。就在手术前对CEA呈阳性的结直肠I期和II期患者而言，通过基于CEA的监测只能监测3％至32％的患者，剩下68％至97％的用CEA根本无法监测的I&II期患者。此外，CEA灵敏度取决于复发部位，使得3％至32％的可以被监测的患者中只有一部分可以获益。目前，在预测结直肠癌(CRC)患者之结局中唯一有效的预后标志物是肿瘤-结-转移(Tumor-Node-Metastasis，TNM)分期体系。该体系的参数一般是定性的，并且不为进一步区分标准风险患者的风险(其构成大多数II期结肠癌)提供信息。约30％的结肠癌患者患有II期疾病。现有国家综合癌症网络(CurrentNationalComprehensiveCancerNetwork，NCCN)指南不推荐对所有II期结肠癌患者常规地使用辅助化学治疗，而是在高复发风险的情况下考虑辅助治疗。估计整个II期患者群体的5年存活率为75％至80％。尽管单独采用手术具有这些相对高的治愈率，但癌症将在显著比例的II期患者中复发。将具有低疾病复发风险的患者与具有较高疾病复发风险的患者区分开的标志物的鉴定将有助于鉴定可以成为辅助化学治疗候选的那些患者。到目前为止，II期结肠癌的生物标志物仍限于临床诊断，并未用于预后或临床结局。为了试图改善预后信息以及预测全身治疗的益处，已描述了若干蛋白质和遗传标志物。不同于其他类型的癌症，到目前为止，所研究的标志物均未进入结直肠癌的临床管理(KRAS突变除外)。CpG岛甲基化：CpG岛的异常甲基化已示出导致先前已与多种细胞增殖病症(包括癌症)的发病机制相关联之某些基因的转录沉默。CpG岛是富含CpG二核苷酸的序列，并且通常可见于全部人基因中约50％的5’区。在这些岛中胞嘧啶的甲基化导致基因表达丧失，并且在X染色体的失活和基因组印记(genomicimprinting)中已有报道。DNA甲基化和疾病预后：在许多公开例如EP1692316和WO2007/085497中，已示出DNA甲基化与患者预后相关。需要更好的方法来确定患者的预后、临床结局、肿瘤负荷、癌症负担、和/或在从初始诊断开始并在治疗过程期间持续的任意点纳入治疗组中，包括使用最低侵入性测试技术来确定再发、缓解或复发状态的能力。
技术实现思路
本专利技术提供了用于确定癌症对象之预后的方法，其包括以下步骤：测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗前水平；测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗后水平，由此与治疗前样品相比，治疗后样品中甲基化基因组DNA或片段的量增加或相当指示对所述对象进行额外癌症治疗。在一个实施方案中，与治疗前样品相比，治疗后样品中甲基化基因组DNA或片段的量增加指示所述癌症是侵袭性的或具有转移潜能或所述对象的存活时间减少。在一个优选的实施方案中，本专利技术的方法提供了用于确定癌症对象之预后的方法，其包括以下步骤：a)测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗前水平；b)测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗后水平；以及c)将甲基化DNA的所测量的治疗后水平与所测量的治疗前水平进行比较，由此与治疗前样品相比，治疗后样品中甲基化基因组DNA或片段的量增加或相当指示不良预后，因此，所述对象需要额外的癌症治疗。在该方法的一个优选的实施方案中，该方法包括如下步骤c)和d)：c)将甲基化DNA的所测量的治疗后水平与所测量的治疗前水平进行比较，和d)基于步骤c)的比较结果确定癌症对象的预后，由此与治疗前样品相比，治疗后样品中甲基化基因组DNA或片段的量增加或相当指示不良预后，因此，所述对象需要额外的癌症治疗。稳定的或者甚至水平提高的甲基化基因组DNA优选地指示所选治疗未能除去释放甲基化DNA片段的癌细胞，或者尽管经历了治疗，这些癌细胞的数目仍增加，即，癌进一步生长。与此相反，水平降低的甲基化基因组DNA优选地指示癌细胞的数目减少，即，该治疗成功地减少了患者的肿瘤负荷。特别地，降低至低于检出水平之水平指示可能已经从患者清除了所有癌细胞，即，癌症的治愈。通常来说，认为对治疗应答不良的癌症是侵袭性的。如果所施用的癌症治疗是局部治疗，则甲基化基因组DNA的水平降低至低于检出限的水平优选地指示癌症的治愈。本领域技术人员将理解，根据临床研究的结局(outcome)，可以定义用于定义患者之“治愈”的其他阈值水平。可以通过(医学)统计学领域中常用的统计学方法来实现这样的阈值水平的建立。但是，如果在局部治疗之后测量的甲基化基因组DNA的水平高于该检出水平，则其优选地指示局部治疗不足以实现完全治愈。如果癌症已扩散超出受局部治疗影响的区域，则通常是这种情况。因此，即使在甲基化基因组DNA水平降低的情况下，可检测水平的甲基化基因组DNA的持续存在也指示不良预后，这是因为扩散超过其最初部位的癌症通常更难以治疗。对癌症患者的进一步治疗进行选择取决于该患者的预后。如果预后良好，则后续治疗无需具有像不良预后一样的攻击性。因为患者的预后是对癌症患者进一步治疗进行选择的一个重要参数，所以本专利技术提供了用于确定癌症对象之医学治疗的方法，其包括以下步骤：测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗前水平；测量获自所述对象的生物样品中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗后水平，由本文档来自技高网...

【技术保护点】
测量基因的甲基化DNA或其片段的试剂在制备用于在移除原发性肿瘤的治疗后且在移除原发性肿瘤后所进行的治疗之前确定癌症对象之预后的试剂盒中的用途，所述确定包括：a.测量原发性肿瘤移除前获自所述对象的生物样品(治疗前样品)中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗前水平；b.测量原发性肿瘤已被移除之后且在移除原发性肿瘤后所进行的治疗之前获自所述对象的生物样品(治疗后样品)中所述基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗后水平，由此与所述治疗前样品相比，所述治疗后样品中所述甲基化基因组DNA或片段的量增加或相当指示对所述对象进行额外癌症治疗。

【技术特征摘要】
2011.07.08 US 61/505,9191.测量基因的甲基化DNA或其片段的试剂在制备用于在移除原发性肿瘤的治疗后且在移除原发性肿瘤后所进行的治疗之前确定癌症对象之预后的试剂盒中的用途，所述确定包括：a.测量原发性肿瘤移除前获自所述对象的生物样品(治疗前样品)中基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗前水平；b.测量原发性肿瘤已被移除之后且在移除原发性肿瘤后所进行的治疗之前获自所述对象的生物样品(治疗后样品)中所述基因之甲基化基因组DNA或其片段的治疗后水平，由此与所述治疗前样品相比，所述治疗后样品中所述甲基化基因组DNA或片段的量增加或相当指示对所述对象进行额外癌症治疗。2.根据权利要求1所述的用途，其中所述基因是SEPTIN9(SEQIDNO：2或3)或RASSF2a(SEQIDNO：16)。3.根据权利要求1或2中任一项所述的用途，其中所述癌症选自：a.结肠癌；和b.结直肠癌。4.根据权利要求3所述的用途，其中所述癌症的分期为I期结直肠癌、II期结直肠癌、III期结直肠癌或IV期结直肠癌。5.根据权利要求1至4中任一项所述的用途，其中所述移除原发性肿瘤的治疗选自：a.手术或切除；b.免疫治疗；c.化学治疗；d.放射治疗；e.靶向实体肿瘤的治疗；f.靶向软组织肿瘤的治疗；以及g.靶向血液癌症的治疗。6.根据权利要求1至5中任一项所述的用途，其中所述生物样品选自：a.组织；b.尿；c.粪便；d.灌洗流体；e.血液；f.血清；以及g.血浆。7.根据权利要求1至6中任...

【专利技术属性】
技术研发人员：约恩·莱温，曼纽尔·克里斯平，
申请(专利权)人：表观基因组股份有限公司，
类型：发明
国别省市：德国,DE