用于检测结直肠癌的方法技术

本发明专利技术涉及药物基因组学领域，并且特别地涉及在生物样品(例如含有来自癌细胞的循环DNA的体液)中检测源自结直肠癌细胞的甲基化基因组DNA的存在或不存在。这种检测可用于结直肠癌的早期且可靠的诊断，并且本发明专利技术提供了适合于该目的的方法和寡核苷酸。适合于该目的的方法和寡核苷酸。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测结直肠癌的方法


[0001]本专利技术涉及药物基因组学领域，并且特别地涉及在生物样品(例如含有来自癌细胞的循环DNA的体液)中检测源自结直肠癌细胞的甲基化基因组DNA的存在或不存在。这种检测可用于结直肠癌的早期且可靠的诊断，并且本专利技术提供了适合于该目的的方法和寡核苷酸。

技术介绍

[0002]结直肠癌(colorectal cancer，CRC)涵盖起源于结肠和直肠的肿瘤。结直肠癌是全球第三大常见癌症，但是是第二大常见癌症杀手。当结直肠癌在早期阶段发现时，5年相对存活率为约90％。然而，在晚期阶段时，结直肠癌是无法治愈的。常规的CRC筛查涉及可视检查或基于粪便的测试。可视检查使用放入直肠的观测仪器(例如结肠镜检查或乙状结肠镜检查)或者非侵入性成像技术(例如x射线或CR结肠造影(虚拟结肠镜检查))来检查结肠和直肠结构的异常区域。粪便测试例如FIT(粪便免疫化学测试)或gFOBT(基于愈创木脂的粪便隐血测试)通常在粪便样品中检测血液或息肉。粪便测试具有相对低的灵敏度和特异性，并且就参与者的依从性、满意度和重新筛查意愿而言也是有问题的。侵入性可视检查是不舒服的，并且引发出血、流泪和感染的风险。因此，处于风险中的对象经常避免侵入性可视检查。非侵入性成像技术将对象暴露在辐射下，并且经常漏掉小的息肉。
[0003]DNA甲基化模式在癌细胞中被极大地改变，并且因此可用于区分癌细胞与正常组织。因此，DNA甲基化模式被用于诊断所有类型的癌症。挑战之一是鉴定这样的基因或基因组区域，该基因或基因组区域(i)在CRC中是异常甲基化的和(ii)提供适合于检测CRC的诊断能力，即其提供足够的灵敏度和特异性。
[0004]本专利技术人的目标是提供更多的基因或基因组区域，该基因或基因组区域在CRC中是异常甲基化的并且还具有良好且理想地改善的灵敏度和/或特异性。本专利技术人的目的还在于提供特别适合于检测CRC的这样的基因或基因组区域的组合。因此，特别强调了使用体液样品进行检测，因为体液样品的使用允许对广泛(例如处于风险中)的群体进行微创筛查。
[0005]CRC越早期，治疗选择和治愈患者的机会就越好。因此，非常希望用对象会毫不犹豫地接受的测试尽可能早且可靠地诊断CRC。
[0006]专利技术概述
[0007]在第一方面中，本专利技术涉及检测DNA甲基化的方法，其包括在对象的包含基因组DNA的生物样品中检测至少一种基因组DNA多核苷酸中的DNA甲基化的步骤，所述基因组DNA多核苷酸选自由具有包含在以下中的序列的多核苷酸组成的组：
[0008]SEQ ID NO：16(mADCYAP1)，SEQ ID NO：56和/或SEQ ID NO：61(mANKRD13B)，SEQ ID NO：41和/或SEQ ID NO：46(mCLEC14A)，SEQ ID NO：71(mCRMP1)，SEQ ID NO：81和/或SEQ ID NO：86(mEYA4)，SEQ ID NO：31(mKHDRBS2)，SEQ ID NO：96和/或SEQ ID NO：101(mMSC)，SEQ ID NO：111和/或SEQ ID NO：116(mNGFR)，SEQ ID NO：126(mNKX2)，SEQ ID NO：141和/
或SEQ ID NO：146(mRASSF2)，SEQ ID NO：1(mSEPT9)，SEQ ID NO：161(mSND1)，SEQ ID NO：171(mTBX18)，SEQ ID NO：186和/或SEQ ID NO：191(mTFAP2E)，SEQ ID NO：201和/或SEQ ID NO：206(mTMEFF2)，或SEQ ID NO：216(mVAX1)，
[0009]其中基因组DNA可包含源自结直肠癌(CRC)细胞的DNA。
[0010]在第二方面中，本专利技术涉及用于检测对象中CRC的存在或不存在的方法，其包括根据第一方面的方法检测DNA甲基化，其中存在检测到的甲基化基因组DNA表示存在CRC，不存在检测到的甲基化基因组DNA表示不存在CRC。
[0011]在第三方面中，本专利技术涉及选自引物和探针的寡核苷酸，其包含与以下中的一者的一段连续核苷酸基本上相同的序列：
[0012]SEQ ID NO 17
‑
20(mADCYAP1)，57
‑
60和/或62
‑
65(mANKRD13B)，42
‑
45和/或47
‑
50(mCLEC14A)，72
‑
75(mCRMP1)，82
‑
85和/或87
‑
90(mEYA4)，32
‑
35(mKHDRBS2)，97
‑
100和/或102
‑
105(mMSC)，112
‑
115和/或117
‑
120(mNGFR)，127
‑
130(mNKX2)，142
‑
145和/或147
‑
150(mRASSF2)，2
‑
5(mSEPT9)，162
‑
165(mSND1)，172
‑
175(mTBX18)，187
‑
190和/或192
‑
195(mTFAP2E)，202
‑
205和/或207
‑
210(mTMEFF2)，或217
‑
220(mVAX1)。
[0013]在第四方面中，本专利技术涉及至少包含第一和第二根据第三方面的寡核苷酸的试剂盒。
[0014]在第五方面中，本专利技术涉及第一方面的方法、第三方面的寡核苷酸或第四方面的试剂盒用于检测CRC或者用于监测具有提高的发生CRC的风险、被怀疑患有CRC或曾患有CRC的对象的用途。
[0015]在第六方面中，本专利技术涉及第一方面或第二方面的方法，或者第五方面的用途，其包括治疗在其生物样品中检测到DNA甲基化的对象的CRC的步骤。
附图说明
[0016]图1：靶区域的图谱。关于对SEQ ID NO的说明，参见表3。
[0017]图2：单一标志物性能和甲基化差异。灰色方块示出了标志物B至P的共甲基化(comethylation)(如通过与测定匹配的读序所检测的与测定中所有扩增的DNA相关的完全甲基化片段的CoM数)，其通过灰度颜色以线性标度或者通过大小以对数标度归一化为0至1的范围，如在底部图例中所示。在一式三份的实时PCR中测量的标志物A的阳性(如通过Epi proColon诊断测试测量的x/3 pos Septin 9)显示为0至3的数字。105名结直肠癌患者(CRC)和69名无疾病证据(no evidence of disease，NED)个体的血浆样品垂直分组成两个诊断组。在底部处的数字是来自响应者操作特征曲线的曲线下面积。右侧的灰色条和数字是如在PCR中扩增本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.检测DNA甲基化的方法，其包括在对象的包含基因组DNA的生物样品中检测至少一种基因组DNA多核苷酸中的DNA甲基化的步骤，所述基因组DNA多核苷酸选自由具有包含在以下中的序列的多核苷酸组成的组：SEQ ID NO：16(mADCYAP1)，SEQ ID NO：56和/或SEQ ID NO：61(mANKRD13B)，SEQ ID NO：41和/或SEQ ID NO：46(mCLEC14A)，SEQ ID NO：71(mCRMP1)，SEQ ID NO：81和/或SEQ ID NO：86(mEYA4)，SEQ ID NO：31(mKHDRBS2)，SEQ ID NO：96和/或SEQ ID NO：101(mMSC)，SEQ ID NO：111和/或SEQ ID NO：116(mNGFR)，SEQ ID NO：126(mNKX2)，SEQ ID NO：141和/或SEQ ID NO：146(mRASSF2)，SEQ ID NO：1(mSEPT9)，SEQ ID NO：161(mSND1)，SEQ ID NO：171(mTBX18)，SEQ ID NO：186和/或SEQ ID NO：191(mTFAP2E)，SEQ ID NO：201和/或SEQ ID NO：206(mTMEFF2)，或SEQ ID NO：216(mVAX1)，其中所述基因组DNA可包含源自结直肠癌(CRC)细胞的DNA。2.权利要求1所述的方法，其中在选自所述组的至少两种、优选至少三种基因组DNA多核苷酸中检测DNA甲基化。3.权利要求1或2所述的方法，其包括以下步骤：(a)将所述生物样品的基因组DNA中在5位未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶或不与鸟嘌呤杂交的另一碱基；以及(b)通过检测步骤(a)的经转化DNA中的未转化胞嘧啶来检测所述基因组DNA中的DNA甲基化。4.权利要求1至3中任一项所述的方法，其中检测所述DNA甲基化包括确定甲基化基因组DNA的量。5.权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述生物样品是结肠或直肠组织样品或液体活检物，优选血液样品、包含来自血液的无细胞DNA的样品、血液来源的样品或唾液样品。6.权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述基因组DNA是无细胞DNA。7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述对象被怀疑患有CRC、具有提高的发生CRC的风险、曾患有CRC或患有CRC。8.用于检测对象中结直肠癌(CRC)的存在或不存在的方法，其包括根据权利要求1至7中任一项所述检测DNA甲基化，其中存在检测到的甲基化基因组DNA表示存在CRC，不存在检测到的甲基化基因组DNA表示不存在CRC。9.用于监测被怀疑患有CRC、具有提高的发生结直肠癌(CRC)的风险或曾患有CRC的对象的方法，其包括重复地根据权利要求8所述检测DNA甲基化，其中存在检测到的甲基化基因组DNA表示存在CRC，不存在检测到的甲基化基因组DNA表示不存在CRC。10.选自引物和探针的寡核苷酸，其包含与以下之一段连续核苷酸基本上相同的序列：SEQ ID NO 17至20中的一者(mADCYAP1)、SEQ ID NO 57至60中的一者和/或SEQ ID NO 62至65中的一者(mANKRD13B)、SEQ ID NO 42至45中的一者和/或SEQ ID NO 47至50中的一者(mCLEC14A)、SEQ ID NO 72至75中的一者(mCRMP1)、SEQ ID NO 82至85中的一者和/或SEQ ID NO 87至90中的一者(mEYA4)、SEQ ID NO 32至35中的一者(mKHDRBS2)、SEQ ID...

【专利技术属性】
技术研发人员：约恩，
申请(专利权)人：表观基因组股份有限公司，
类型：发明
国别省市：