用于诊断和/或预后妇科癌症的方法技术

本发明专利技术涉及一种体外用于诊断受试者上皮性卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌的方法，所述方法包括在受试者样本中确定MDS1和EVI1复合(MECOM)基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数；其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是受试者患有上皮性卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌透明细胞肾癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌、宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌透明细胞肾癌和/或确定受试者的卵巢癌是原发性还是继发性卵巢癌和/或手术治疗后疾病进展的风险，和/或手术后化疗有效性的指示。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于诊断和/或预后受试者癌症的方法，尤其涉及但不限于通过分析MDSl和EVIl复合基因座(也称为MECO基因座)来诊断和/或预后受试者癌症的方法。
技术介绍
癌症是世界上导致癌症(死亡)的主要原因之一。卵巢癌、宫颈癌和其他癌都是影响全球女性的很常见的癌症。在所有影响女性的癌症中，上皮性卵巢癌(EOC)在世界上的女性癌症死亡率中排名第五，在年龄组40-59岁中排名第四，总的来说患有EOC的女性5年存活率仅有46%。尽管如此，这是外科手术技术的进步，并且出现了更定向的治疗法如贝伐单抗(bevacizimab)。低存活率被解释为是由于在早期阶段缺乏对EOC的诊断，显著数量的患者多年来对化疗产生抗性，并且对于晚期的难治愈的疾病缺乏有效的治疗。如果在疾病的早期得出EOC诊断，则5年存活率将提高到95%。 EOC包括3种主要的组织学亚型:浆液型、粘蛋白型和子宫内膜型。浆液型EOC包括浆液性脑瘤、浆液性良性囊腺瘤、带有上皮细胞增殖活性和核异常但没有浸润的破坏性生长(低潜力或临界恶性)的浆液性囊腺瘤以及浆液性囊腺癌。粘蛋白型EOC包括粘蛋白性囊瘤、粘蛋白性良性囊腺瘤、 带有上皮细胞增殖活动和核异常但没有浸润的破坏性生长(低潜力或临界恶性)的粘蛋白性囊腺瘤，以及粘蛋白性囊腺癌。子宫内膜型EOC包括子宫内膜性肿瘤(与子宫内膜中的腺癌相似)、子宫内膜良性囊肿、带有上皮细胞增殖活动和核异常但没有浸润的破坏性生长(低潜力或临界恶性)的子宫内膜肿瘤，以及子宫内膜腺癌。还存在两种另外的较不普遍的组织学亚型:透明细胞和未分化的细胞。 EOC也可以通过“阶段”分类，这取决于它们在卵巢外扩散有多远。因此，阶段I被定义为将卵巢癌限制在一个或两个卵巢中。阶段II被定义为卵巢癌已经扩散至盆腔器官(例如子宫、输卵管)，但还没有扩散至腹部器官。阶段III被定义为卵巢癌已经扩散至腹部器官或淋巴系统(例如盆腔或腹部淋巴结、肝脏上、肠上)。最后，阶段IV被定义为卵巢癌已经扩散至远端位点(例如肺，肝脏内部，、脑、颈部淋巴结)。 EOC还可以根据癌细胞的外观分级。低级(或I级)意思是癌细胞看起来非常像卵巢的正常细胞；它们通常生长缓慢且不太可能扩散。中级(或2级)意思是细胞比低级细胞看起来更异常。高级(或3级)意思是细胞看起来非常异常。它们可能生长更快且更有可能扩散。 因此,EOC和大多数其他癌一样是复杂的异质性疾病,受多种遗传和表观遗传改变的影响和控制引起地增强型攻击性表型。现在公认的是，单个肿瘤的特性及其生命过程由于时间推移导致获得了多个体细胞突变(例如TP53、PTEN、RAS)和主体对环境因素做出的持续性演变的反应。从治疗的观点来看，EOC被考虑为是最佳地复杂的与在肿瘤表型、疾病结果和响应于治疗中表现出极大地天然异质性的疾病相关的集合。 因此，主要的挑战是确定和彻底地验证可以准确描述归于EOC异质性的诊断性和预后性的生物标记。另外，需要准确的预测性生物标记以指导现行的治疗规程，并指导新的靶向治疗的开发和应用。CA-125(MUC16，癌抗原125)蛋白是目前所认为的最好的上皮性卵巢癌的诊断标记。然而，MUC16检测的真阳性比率只占阶段I的EOC患者的50%左右，而对于阶段1-1V的患者真阳性返回到80%以上。大约25%的EOC尤其是在早期阶段不产生可靠检测的CA-125，因此它在临床条件中的应用是有限的。有报道称，在90%以上的EOC中CA-125被推荐与人附睾蛋白4(HE4)联合使用。如此不好的预后性统计数据表明，迫切需要提高对潜在的EOC的分子机制的了解，以便开发出更好的预后和预测分析，以及确定新的治疗靶向。 目前，大约有15种致癌基因对于卵巢癌被认为是尤其重要的，这15种致癌基因中包括EVIl在内的11种致癌基因已被示出在肿瘤细胞基因组中扩增。由位于3q26基因区域的MECOM基因座(EntrezGenelD:2122)编码的原癌基因EVIl (异位病毒整合位点I)在许多癌症中扩增。EVIl蛋白被认为是进化上保守的转录因子，所述转录因子在人类和小鼠之间共享94%的氨基酸序列同源性。在成人组织中，EVIl蛋白在肾、肺、胰腺、脑和卵巢中高度表达。在小鼠胚胎中，EVIl蛋白在泌尿系统、肺和心脏中高度表达，且其活性对于胚胎发育是非常重要的。大多数的EVIl研究描述了其在病理学中的重要性。如果在血细胞中过度表达，已显示出EVIl产生了若干的可变剪接转录，并导致包括骨髓性白血病的各种造血系统疾病。已发现EVIl在高达21%的患有急性髓细胞样白血病(AML)的患者的血液中过度表达。在4%的AML病例中基因区域3q异常。不管MECOM基因座的单独扩增，EVII的高度表达最近被发现是卵巢癌患者的显著存活因子。基因区域3q25_27在各种器官(如卵巢癌、宫颈癌、肺癌、食道癌、结肠癌、头颈部和前列腺)的癌症中扩增。MECOM的扩增也与EOC的化疗抗性有关。 然而，有关MECOM基因座在卵巢癌发展中的作用的信息一直是矛盾的。在最近的研究中，对比不同类型的正常组织，虽然在浆液性卵巢癌组织、输卵管伞端和良性肿瘤中检测出EVIl的明显的高度表达，但是在0VCAR8细胞培养(JazaeriAA，2010)的测试中，没有揭露EVIl转录表达对肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡或双链DNA断裂没有影响。在另一个研究报道中称，MECOM基因座的扩增可能与卵巢癌的有利的患者预后相关(Nanjundan等，2007)。 因此，仍然有必要确定EVIl是否可以用作EOC诊断中的生物标记以及找到EOC的诊断和预后的改进方法。
技术实现思路
目前，用于检测EOC的标记在大规模人群的应用中(尤其是在卵巢癌的早期阶段)缺乏足够的灵敏度和特异性。本专利技术试图通过提出MECOM基因座及其包括非限制性例子的基因来填补这一空白，EVIl和/或MDSl比MUC16以及其它被广泛接受的生物标记是更敏感和更具特异性的诊断标记。特别地，本专利技术涉及识别临床上不同子组的EOC患者的以下几个方面之一的区别特征: -卵巢肿瘤的原发性起源(原发性EOC相对于继发性转移)， -卵巢癌的存在， -肿瘤的恶性潜能， -患者的存活预后，和 -治疗的有效性。 在肿瘤样本中综合分析至少一个来自MDSl和/或EVIl复合基因座(也称为MECOM基因座)的基因的DNA拷贝数差异和/或基因表达水平实现患者组的识别。MECOM基因座的DNA拷贝数值及EVIl和MDSl基因表达水平的截断值分别被获得用于MECOM基因座的基因:EVI1和MDS1，所述的EVIl和MDSl基因属于通过选择标准最大程度地分开患者组的这一基因座。 特别地，单个患者的诊断过程可包括以下步骤: -获得肿瘤样本材料； -测量EVII和/或MDSI基因的DNA拷贝数值； -测量EVIl和/或MDSl基因的基因表达水平(使用mRNA的非限制性例子)； -分别对比在上述步骤测量中获得的值与所述DNA拷贝数和/或表达截断值。 ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平(使用mRNA的非限制性例子)；和/或 (ii)MECOM基因座中至少一个基因的DNA拷贝数值； 其中，相对至少一个表达本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种体外用于诊断受试者上皮性卵巢癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定：(i)MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或(ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数；其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是受试者患有上皮性卵巢癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌的指示。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2011.11.18 SG 201108632-91.一种体外用于诊断受试者上皮性卵巢癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定: ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或 (ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数； 其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是受试者患有上皮性卵巢癌和/或倾向于患有上皮性卵巢癌的指示。2.—种体外用于确定患有上皮性卵巢癌的受试者的存活预后的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定: ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或 (ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数； 其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是确定患有上皮性卵巢癌的受试者的存活预后的指示。3.—种体外用于确定受试者上皮性卵巢癌的治疗有效性的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定: ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或 (ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数； 其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是治疗有效性的指示。4.一种体外用于确定受试者的上皮性卵巢癌是原发性的还是继发性的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定: ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或 (ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数； 其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是所述癌是原发性的还是继发性的指示。5.根据权利要求1-4任一项所述的方法，其中，所述上皮性卵巢癌是腺癌或恶性卵巢癌。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述上皮性卵巢癌是原发性上皮性卵巢癌。7.—种体外用于诊断受试者宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌和/或倾向于患有宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌的方法，所述方法包括在所述受试者的样本中确定: ⑴MECOM基因座中至少一个基因的基因表达水平；和/或 (ii)所述MECOM基因座中至少一个基因的拷贝数； 其中，相对至少一个表达截断值的水平和/或相对至少一个拷贝数截断值的拷贝数是受试者患有宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌和/或倾向于患有宫颈癌、子宫内膜异位症、透明细胞肾癌的指示。8.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述基因表达水平通过测量所述MECOM基因座的基因的mRNA或蛋白质表达确定。9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述方法包括确定样本中所述MECOM基因座的EVIl和/或MDSl的基因表达水平。10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述方法包括确定样本中的选自由MUC16、WFDC2、ERBBl、ERBB2、ERBB3、EGF、NGRl 和 TGFA 组成的组中的至少一个另一基因的基因表达水平。11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中，所述方法包括确定所述受试者的所述MECOM基因座上的EVIl和/或MDSl的拷贝数。12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在所述受试者诊断前确定存活预后和/或确定治疗有效性的训练阶段；所述训练阶段包括以下用于所述MECOM基因座中所述基因的步骤: 对于用已知的有关卵巢癌诊断的训练受试者群中的每一个，确定所述训练受试者中基因的基因表达水平；和/或 确定表达截断值，并根据每个训练受试者中基因的基因表达水平是否超过所述表达截断值将所述训练受试者分成两组； 其中，所述训练受试者包括两群训练受试者，每群都与不同的诊断相关，并且所述表达截断值最大限度地减小了将所述训练受试者划分成的两组和将所述训练受试者划分成的两群之间的差异。13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在所述受试者诊断之前确定存活预后和/或确定治疗有效性的训练阶段，所述训练阶段包括以下用于所述MECOM基因座中每个所述基因的步骤: (i)对于用已知的有关卵巢癌诊断的训练受试者群中的每一个，确定所述训练受试者中基因的基因表达水平和拷贝数； (?)评估样本拷贝数，并根据每个训练受试者中基因的拷贝数是高于还是低于所述样本拷贝数将所述训练受试者分成两个队列； (iii)对于每个所述队列，根据每...

【专利技术属性】
技术研发人员：阿尔森·巴特格夫，安娜·伊夫希纳，弗拉基米尔·库兹涅佐夫，
申请(专利权)人：新加坡科技研究局新科研，
类型：发明
国别省市：新加坡;SG