用于癌症转移的预后和治疗的方法技术

本发明专利技术涉及用于预后三阴性(包括基底样)乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A和B)的骨转移的方法，所述方法包括确定c-MAF基因在原发性肿瘤样品中是否被扩增。同样地，本发明专利技术还涉及用于确定相对于在其它器官中的转移而言发生骨转移的倾向的方法，其包括测定c-MAF基因的表达水平、扩增或易位。本发明专利技术还涉及用于预测患有乳腺癌的受试者的早期骨转移的方法。本发明专利技术还涉及作为用于治疗三阴性(包括基底样)乳腺癌转移或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A和B)转移的治疗剂的c-MAF抑制剂。本发明专利技术涉及用于预测骨转移和预测患有骨转移的受试者的临床结果的试剂盒。最后，本发明专利技术涉及用于乳腺癌受试者的分型和用于将乳腺癌受试者分类至组群中的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】参考序列表将与申请一起以电子方式提交的序列表(\3190_001PC03_SEQIDListing_ascii.txt\,48,269个字节，于2013年3月15日创建的)通过引用整体并入本文。专利技术背景专利
本专利技术涉及基于测定原发性肿瘤样品中c-MAF基因的水平、16q23或16q22-24基因座的扩增或易位而对三阴性(包括基底样)乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A型和luminal B型)的骨转移预后。同样地，本专利技术还涉及用于设计具有三阴性(包括基底样)乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌的受试者的个体化治疗(customized therapy)的方法，其包括测定c-MAF基因表达水平、16q23或16q22-24基因座扩增或易位。最后，本专利技术涉及c-MAF抑制剂用作治疗三阴性(包括基底样)乳腺癌转移或ER+乳腺癌转移，特别地骨转移的治疗剂的用途。背景领域乳腺癌是世界上第二大类癌症(10.4％，排在肺癌之后)和癌症致死的第五大病因(排在肺癌、胃癌、肝癌和结肠癌之后)。在妇女中，乳腺癌是癌症致死的最大病因。在2005年，乳腺癌世界上导致502,000例死亡(癌症导致的死亡的7％；所有死亡的大概1％)。自1970年代以来在世界范围内病例数目已显著增加，这是部分归因于西方世界现代生活方式的现象。按照TNM系统对乳腺癌进行分期。(参见美国癌症联合会.AJCC Cancer Staging Manual.第6版New York,NY:Springer,2002，将其通过引用整体并入本文)。预后与分期的结果密切相关，分期也用于在临床试验和医疗实践中对患者分配治疗法。关于分期的信息如下：TX：原发性肿瘤不能被评估。T0：无肿瘤证据存在。Tis：原位癌，无侵袭。T1：肿瘤为2cm或更小。T2：肿瘤超过2cm但小于5cm。T3：肿瘤超过5cm。T4：在乳腺或皮肤中生长的任何尺寸的肿瘤，或炎性乳腺癌。NX：附近的淋巴结不能被评估。N0：癌症未扩散至局部淋巴结。N1：癌症已扩散至1至3个腋淋巴结或一个乳房内淋巴结。N2：癌症已扩散至4至9个腋淋巴结或多个乳房内淋巴结。N3：下列情形之一：·癌症已扩散至10或更多个腋淋巴结，或癌症已扩散至锁骨下淋巴结，或癌症已扩散至锁骨上淋巴结或癌症影响腋淋巴结并且已扩散至乳房内淋巴结，或癌症影响4或更多个腋淋巴结并且最少量的癌症在乳房内淋巴结中或前哨淋巴结活检组织中。·MX：远端扩散(转移)的存在不能被评估。M0：不存在远端扩散。M1：已产生至远端器官(不包括锁骨上淋巴结)的扩散。大多数具有实体瘤癌症的患者在转移后死亡的事实意味着理解使得肿瘤能够转移的分子和细胞机制是至关重要。最近的出版物已显示转移是如何通过复杂然而知之甚少的机制引起的，以及不同的转移细胞类型如何具有朝向特定器官的向性。这些组织特异性转移细胞具有一系列允许它们定殖特定器官的获得性功能。所有细胞在其表面上、其细胞质中和细胞核中具有受体。某些化学信使例如激素结合所述受体，这引起细胞的变化。存在3种可影响乳腺癌细胞的重要受体：雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和HER2/neu。为了命名具有这些受体的任何受体的细胞，当受体不存在时赋予其正号，如果受体不存在则赋予其负号：ER阳性(ER+)、ER阴性(ER-)、PR阳性(PR+)、PR阴性(PR-)、HER2阳性(HER2+)和HER2阴性(HER2-)。受体状态已成为所有乳腺癌的至关重要的评估，因为其决定使用特定治疗例如他莫昔芬或曲妥珠单抗的适合性。无监督基因表达阵列特征谱已通过内在亚型例如luminal A、luminal B、HER2+/ER-和基底样亚型的鉴定提供了乳腺癌的异质性的生物学证据。三阴性癌被定义为不表达雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)HER2的基因的肿瘤。该亚组占据所有类型的乳腺癌的15％，在绝经前非洲和非裔美洲妇女中出现的乳腺癌中占更大比例。三阴性乳腺癌具有与雌激素受体阳性乳腺癌极不相同的复发模式：前3-5年的复发风险要高得多，但之后急剧下降并且显著低于雌激素受体阳性乳腺癌的复发风险。基底样亚型的特征在于ER和HER2基因簇的低表达，因此在临床测试中通常是ER-阴性的、PR-阴性的和HER2-阴性的；为此，其通常被称为\三阴性\乳腺癌(Breast cancer Research 2007,9(Suppl1):S13)。基底样癌症表达通常见于正常乳腺的“基底”/肌上皮细胞的基因，包括高分子量细胞角蛋白(5/6,14和17),P-钙粘蛋白,窖蛋白1和2,巢蛋白,αB结晶体和表皮生长因子受体(Reis-Fiho J.等人,http://www.uscap.org/site～/98th/pdf/companion03h03.pdf)。鉴于没有国际上接受的基底样乳腺癌的定义，因此关于三阴性与基底样乳腺癌是否同义，一直存在许多混淆就不足为怪了。尽管几个组已互换使用这些术语，但应当指出的是，并非所有基底样癌症缺乏ER、PR和HER2，并且并非所有三阴性癌症都显示基底样表型。绝大部分三阴性癌具有基底样表型。同样地，绝大部分表达‘基底’标志物的肿瘤是三阴性的。然而，应当指出，有大量三阴性癌症不表达基底标志物，有少量、但仍显著量的基底样癌症亚组表达激素受体或HER2。Bertucci等人(Int J Cancer.2008Jul 1；123(1):236-40)已直接解决了该问题，并且确认，并非所有通过基因表达谱表征分析的三阴性肿瘤被分类为基底样癌症(即仅71％具有基底样表型)以及并非所有通过表达阵列分类的基底样乳腺癌都显示三阴性表型(即77％)。当利用可能的辅助激素疗法(利用他莫昔芬或芳香酶抑制剂)、疗法疗法和/或放射疗法使肿瘤局部化时，治疗乳腺癌的基础是手术。目前，用于手术后治疗(辅助疗法)的建议遵照一个模式。这一模式会发生改变，因为每两年会在St.Gallen,Switzerland举行世界会议来讨论世界多中心研究的实际结果。同样地，按照国立卫生研究院(NIH)的共同标准来评论所述模式。基于这些标准，超过85-90％的在淋巴结中不具有转移的患者为接受辅助全身性疗法的候选者。目前，PCR测定例如Oncotype DX或微阵列测定例如MammaPrint可基于特定基因的表达来预测乳腺癌复发的风险。2007<本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于预测三阴性(包括基底样)乳腺癌在患有所述癌症的受试者中骨转移的体外方法，所述方法包括i)测定所述受试者的样品中c‑MAF基因的表达水平，和ii)将步骤i)中获得的表达水平与参照值相比较，其中所述基因的表达水平相对于所述参照值升高表明发生骨转移的风险增加。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2012.04.09 EP 123821399;2012.04.09 US 61/621,949;21.一种用于预测三阴性(包括基底样)乳腺癌在患有所述癌症的受试者中骨转移的体外方法，所述方法包括
i)测定所述受试者的样品中c-MAF基因的表达水平，和
ii)将步骤i)中获得的表达水平与参照值相比较，
其中所述基因的表达水平相对于所述参照值升高表明发生骨转移的风险增加。
2.一种用于预测患有三阴性(包括基底样)乳腺癌骨转移的患者的临床结果的体外方法，所述方法包括
i)定量所述受试者的样品中c-MAF基因的表达水平，和
ii)将步骤i)中获得的表达水平与参考值相比较，
其中所述基因的表达水平相对于所述参照值升高表示不良临床结果。
3.一种用于为患有三阴性(包括基底样)乳腺癌的受试者设计个体化治疗法的体外方法，所述包括
i)定量所述受试者的样品的c-MAF基因表达水平，和
ii)将i)中获得的表达水平与参照值相比较，
其中如果所述表达水平相对于所述参照值升高，则所述受试者适宜于接受目的在于预防和/或治疗骨转移的疗法。
4.一种用于为患有三阴性(包括基底样)乳腺癌的受试者设计个体化治疗法的体外方法，其包括：
iii)定量所述受试者的样品的c-MAF基因表达水平，和
iv)将i)中获得的表达水平与参照值相比较，
其中如果所述表达水平相对于所述参照值未升高，则所述受试者不适宜于接受目的在于预防和/或治疗骨转移的疗法。
5.权利要求1的体外方法，其中所述基因的表达水平高于平均值表明骨转移的风险增加，并且该风险与c-MAF表达水平成正比。
6.一种用于测定患有乳腺癌的受试者中发生骨转移的风险的体外 方法，所述方法包括测定所述受试者的样品中c-MAF基因的表达水平，其中所述基因的表达水平高于平均值+1个标准差表示早期骨转移的风险增加。
7.权利要求6的方法，其中所述乳腺癌是三阴性、基底样或ER+(包括luminal A和B)乳腺癌。
8.权利要求1至7的任一项的方法，其中所述骨转移是溶骨性转移。
9.一种用于为患有发生骨转移的三阴性(包括基底样)乳腺癌或ER+(包括luminal A和B)乳腺癌的受试者设计个体化治疗法的体外方法，所述方法包括：
i)定量所述受试者的骨转移样品中的c-MAF基因表达水平，和
ii)将步骤(i)中获得的表达水平与参照值相比较，
其中如果c-MAF基因表达水平相对于所述参数值升高，则所述受试者适宜于接受目的在于预防骨降解的疗法。
10.一种用于为患有发生骨转移的三阴性(包括基底样)乳腺癌或ER+(包括luminal A和B)乳腺癌的受试者设计个体化治疗法的体外方法，所述方法包括：
i)定量所述受试者的骨转移样品的c-MAF基因表达水平，和
ii)将步骤(i)中获得的表达水平与参照值相比较，
其中如果c-MAF基因表达水平相对于所述参照值未升高，则所述受试者不适宜于接受预防骨降解的疗法。
11.权利要求3-4或9-10的方法，其中预防骨退化的试剂选自二磷酸盐、RANKL抑制剂、PTH和PTHLH抑制剂或PRG类似物、雷奈酸锶、DKK-1抑制剂、双重MET和VEGFR2抑制剂、雌激素受体调节剂、降钙素和组织蛋白酶K抑制剂。
12.权利要求11的方法，其中所述RANKL抑制剂选自RANKL特异性抗体、RANK特异性纳米抗体和骨保护素。
13.权利要求12的方法，其中所述RANKL特异性抗体为地舒单抗。
14.权利要求12的方法，其中所述RANKL特异性纳米抗体为ALX-0141。
15.权利要求11的方法，其中所述二磷酸盐为唑来膦酸。
16.权利要求11的方法，其中所述双重MET和VEGFR2抑制剂为卡博替尼。
17.权利要求11的方法，其中所述镭-223为alpharadin。
18.权利要求1至17的任一项的方法，其中c-MAF基因表达水平的定量包括定量所述基因的信使RNA或所述mRNA的片段、所述基因的互补DNA(cDNA)或所述cDNA的片段。
19.权利要求18的方法，其中所述表达水平通过定量聚合酶链式反应(PCR)或DNA/RNA阵列或核苷酸杂交技术来定量。
20.权利要求1至17的任一项的方法，其中所述c-MAF基因表达水平的定量包括定量由所述基因编码的蛋白或其变体的水平。
21.权利要求20的方法，其中蛋白质的水平通过western印迹、ELISA、免疫组织化学或蛋白质阵列来定量。
22.权利要求1至21的任一项的方法，其中所述参照值为来自未患有转移的受试者的三阴性乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A和B)样品的c-MAF基因表达水平。
23.一种用于预测三阴性(包括基底样)乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A和B)在患有所述癌症的受试者中发生骨转移的体外方法，所述方法包括确定所述c-MAF基因在所述受试者的样品中相对于参照基因拷贝数是否被扩增，其中c-MAF基因相对于所述参照基因拷贝数的扩增表示发生骨转移的风险增加。
24.一种用于预测三阴性(包括基底样)乳腺癌在患有所述癌症的受试者中发生骨转移的体外方法，其包括确定c-MAF基因在所述受试者的样品中是否被易位。
25.权利要求23-24的任一项的方法，其中所述骨转移是溶骨性转移。
26.一种用于预测患有三阴性(包括基底样)乳腺癌的患者的临床 结果的体外方法，所述方法包括确定c-MAF基因在所述受试者的样品中相对于参照基因拷贝数是否被扩增，其中c-MAF基因相对于所述参照基因拷贝数的扩增表示不良临床预后。
27.一种用于预测患有三阴性(包括基底样)乳腺癌或可选择地ER+乳腺癌(包括luminal A和B)的患者的临床结果的体外方法，所述方法包括确定c-MAF基因在所述受试者的样品中是否被易位，其中c-MAF基因的易位表示不良预后。
28.权利要求24或27的方法，其中基因座16q23或16q22-q24已易位。
29.权利要求24、27或28的任一项的方法，其中基因座16q23或16q22-q24易位至染色体14的基因座14q32。
30.权利要求23至29的任一项的方法，包括进一步确c-MAF基因在患有所述癌症的受试者的样品中相对于参照基因拷贝数是否被扩增，其中c-MAF基因相对于所述参照基因拷贝数的扩增表示发生骨转移的风险增加。
31.权利要求23至30的任一项的方法，其中c-MAF基因的扩增和易位通过测定基因座16q23或16q22-q24的扩增或易位来测定。
32.权利要求23至31的任一项...

【专利技术属性】
技术研发人员：A·阿纳尔，M·塔拉戈纳，M·帕夫洛维茨，E·普拉内特，R·戈米斯，
申请(专利权)人：生物医学研究机构基金会，卡塔兰研究和高级研究院，
类型：发明
国别省市：西班牙;ES