一种白血病驱动基因的高通量检测方法技术

本发明专利技术公开了一种白血病基因突变和基因融合的高通量检测方法，本方法选取目前白血病最常见的突变基因和融合基因，结合第二代高通量测序技术，更全面的检测白血病的基因突变和融合情况。第二代高通量测序技术比目前多采用经典的Sanger测序方法检通量大、测序时间段、精确度高、费用低和信息量丰富，可以在短时间内对目标基因进行精确定位和分析。本方法在高通量检测技术的帮助下，可以为临床医生提供更为详尽的基因突变和融合谱来综合判断白血病的预后、指导个性化治疗。

【技术实现步骤摘要】
一种白血病驱动基因的高通量检测方法
本专利技术涉及一种白血病驱动基因的高通量检测方法，尤其涉及一种白血病基因突变情况的检测方法。
技术介绍
白血病(leukemia)也称作“血癌”，是一种造血干细胞的恶性克隆性疾病(clonaldisorder)。几乎所有年龄段的人们都有患上白血病的可能。2012年全世界范围内大约352000人患有不同类型的白血病，其中265000人死于这种恶性肿瘤。在所有白血病患者中，大约90％是成年人。白血病在儿科恶性肿瘤的发病率中居第一位，它的死亡率在导致儿童及35岁以下成年人死亡的恶性肿瘤中排首位。白血病有多种类型，按照病程进展的速度分为急性和慢性，主要包括四种类型：慢性骨髓性白血病(ChronicMyelocyticLeukemia,CML)，慢性淋巴性白血病(ChronicLymphocyticLeukemia,CLL)，急性骨髓性白血病(AcuteMyelocyticLeukemia,AML)和急性淋巴性白血病(AcuteLymphocyticLeukemia,ALL)。白血病病因是由于细胞内DNA变异形成的骨髓中造血组织生成大量不成熟、无法正常工作的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于白血病基因突变和基因融合的高通量测序检测方法，包括白血病高频突变基因和融合基因高通量测序检测方法；白血病高频突变基因和融合基因高通量测序的方法包括如下步骤：(1)根据人类基因组HG19，调取白血病高频突变基因和融合基因的外显子和内含子序列；常见白血病基因列表如下：

【技术特征摘要】
1.一种用于白血病基因突变和基因融合的高通量测序检测方法，包括白血病高频突变基因和融合基因高通量测序检测方法；白血病高频突变基因和融合基因高通量测序的方法包括如下步骤：(1)根据人类基因组HG19，调取白血病高频突变基因和融合基因的外显子和内含子序列；常见白血病基因列表如下：调取外显子的序列包含列表基因的基因区域，以及己知各个转录本的启动子和内含子区域;(2)对每个区域中非重复区域设计120bp的探针序列，每个序列沿着基因位置挪动设计，探针之间的挪动大小60bp;(3)采用原位合成技术，在芯片上大量合成设计的探针，并利用多聚酶链式反应和转录的方法扩增出大量的带有生物素标记的探针，并制作白血病驱动基因捕获试剂盒;所述试剂盒筛查方法包括如下步骤:从病人血液中提取1-3ugDNA，然后利用白血病常见驱动基因探针将目的基因序列捕获出来，再用测序仪(IlluminaNextseq500)进行高通量测序，进而分析，找出与白血病相关驱动基因的所有突变信息，从而得到患者白血病的变异情况，以达到准确基因诊断的目的。2.根据权利要求1所述的一种白血病驱动基因的检测方法，其特征在于：采用测序仪进行高通量测序，分析的过程包括单核苷酸多态性分析过程、所述括入缺失标记分析流程、大片段扩增确实分析流程和基因融合分析流程;所述单核苷酸多态性分析过程包括如下步骤:(1)测序仪获取原始短序列;(2)去除测序数据中的接头和低质量数据;(3)把短序列定位到人类基因组数据相应的位置上;(4)统计测序结果信息，短序列数量、目标区域覆盖大小、平均测序深度等;(5)过滤低质量值和低覆盖度的单核苷酸;(6)利用CCDS、人类基因组数据库、dbSNP信息对单核苷酸进行注释，确定突变位点发生的基因、坐标、mRNA位点、氨基酸改变、单核苷酸功能、SIFT预测单核苷酸影响蛋白功能预测;(7)根据疾病样品和正常样品信息，选出疾病样品所共有的而在正常组中不存在的单核苷酸作为候选的单核苷酸，在候选的单核苷酸中去除掉在dbSNP、HAPMAP、1000人类基因组、其他外显子测序项目中出现的单核苷酸，同时，过滤掉SIFT预测对蛋白功能无影响的单核苷酸作为最后疾病相关的候选...

【专利技术属性】
技术研发人员：张道允，巩子英，叶建伟，王伟，
申请(专利权)人：嘉兴允英医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：浙江,33