与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性位点及其应用。本发明专利技术所保护的技术方案是检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用。可将检测rs12252的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查HCV感染肝硬化患者的产品。

【技术实现步骤摘要】
与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性位点及其应用
本专利技术涉及生物医学领域中，与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性位点及其应用。
技术介绍
干扰素诱导的跨膜蛋白3(IFITM3，interferon-inducedtransmembraneprotein-3，也被称为1-8U)的基因最初确定于1984年，系从INF治疗神经母细胞瘤筛选cDNA过程中发现，其克隆来源于人淋巴细胞的cDNA文库。IFITM3可在大多数组织中翻译表达，并高度诱导干扰素表达。以往的研究表明IFITM3属于鼠基因家族，其较短，含有2个跨膜结构域的蛋白(5-18kDa)，具有较高的核心序列相似性，但N和C-末端存在进化差异。人类的同源基因(IFITM1，IFITM2，和IFITM3)均聚集在11号染色体上一个18-kb的基因组序列内，并介导细胞的发育过程，包括细胞粘附，免疫细胞调节，生殖细胞归巢和成熟。干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)是一种具有广谱抗囊膜病毒活性的蛋白，IFITM3是由I型或II型干扰素(IFN)诱导产生的，它可以通过抑制流感病毒和其他包膜病毒进入细胞而限制病毒复制，缺失IFITM3基因后，IFN的抗病毒作用会明显变弱。丙型肝炎病毒(HCV)感染是一个全球性的健康问题，全球有超过1.7亿感染者，中国约有25-50万人。丙型肝炎病毒感染是发展为慢性肝病的主要危险因素，约三分之一的慢性HCV感染者最终发展为肝硬化或肝细胞癌，这是癌症相关死亡的第二大原因。前期临床研究还证实IFITM3基因中的rs12252SNP位点多态性与流感重症和HIV感染快速进展相关，而与HCV感染疾病进展相关性尚不可知。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是如何筛查肝硬化患者，尤其是HCV感染者中的肝硬化患者。为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了下述1-6中任一用途：1、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查或辅助筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用；2、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测HCV感染肝硬化易感性产品中的应用；3、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测或辅助检测与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；4、检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性的产品中的应用；5、人基因组中rs12252的多态性或基因型在制备筛查或辅助筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用；6、人基因组中rs12252的多态性或基因型在制备检测或辅助检测HCV感染肝硬化易感性产品中的应用。rs12252是人染色体11p5.5上的一个二等位多态性的SNP位点，该变异是转换(T/C，在其互补链上则为A/G)。rs12252基因型是CC、CT或TT。其中，CC是rs12252位点为C的纯合型，TT是rs12252位点为T的纯合型，CT是rs12252位点为T和C的杂合型。所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型具体可通过检测rs12252的核苷酸种类确定。上述用途中，所述人可为中国人。为解决上述技术问题，本专利技术还提供了含有检测或辅助检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质的产品。本专利技术所提供的含有检测或辅助检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质的产品，为a)-h)中的任一种产品：a)检测或辅助检测与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；b)鉴定或辅助鉴定与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；c)筛查或辅助筛查HCV感染肝硬化患者产品；d)检测或辅助检测HCV感染肝硬化易感性产品。上述产品中，所述人可为中国人。本专利技术中，所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质可包括扩增包括rs12252在内的基因组DNA片段的PCR引物对，还可包括限制性内切酶MscI。所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质也可仅为扩增包括rs12252在内的基因组DNA片段的PCR引物对，也可为所述引物对与限制性内切酶MscI。本专利技术中，所述PCR引物对可为序列表中SEQIDNo.1所示的单链DNA和序列表中SEQIDNo.2所示的单链DNA。实验证明，rs12252的C等位基因在HCV感染肝硬化患者群体中的比例分别高于该等位基因在健康人群和慢性HCV感染患者群体中的比例，具有统计学差异，说明rs12252的C等位基因为HCV感染肝硬化的风险等位基因。rs12252的三个基因型中，CC基因型的个体在HCV感染肝硬化患者群体中的比例高于该基因型的个体在健康人群中的比例，CT和TT基因型的个体在HCV感染肝硬化患者群体中的比例分别低于相应基因型的个体在健康人群中的比例；CC基因型的个体在HCV感染肝硬化患者群体中的比例高于该基因型的个体在慢性HCV感染患者群体中的比例，CT和TT基因型的个体在HCV感染肝硬化患者群体中的比例分别低于相应基因型的个体在慢性HCV感染患者群体中的比例。与携带TT和CT基因型的个体相比，携带CC基因型的个体肝硬化的风险增加，OR值为2.103[95％置信区间(95％CI)＝1.225-3.610；P<0.001]。说明rs12252多态性位点与HCV感染肝硬化显著关联。CC基因型的HCV感染个体易感肝硬化，CT和TT基因型的HCV感染个体不易感肝硬化，即与CT和TT基因型的HCV感染个体相比，CC基因型的HCV感染个体易感肝硬化。在实际应用中，可将检测rs12252的多态性或基因型的物质与其它物质(如检测其它的与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备筛查或辅助筛查HCV感染肝硬化患者的产品。其中，检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质可为通过下述至少一种方法确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱、SNP芯片、TaqMan探针技术和SequenomMassArray技术。其中，利用SequenomMassArray技术确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括PCR引物对、基于单碱基延伸反应的延伸引物、磷酸酶(如虾碱性磷酸酶(shrimpalkalinephosphatase，SAP))、树脂、芯片、MALDI-TOF(matrix-assistedlaserdesorption/ionization–timeoffligh，基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱)以及SequenomMassArray技术所需要的其他试剂和仪器；利用限制性酶切片段长度多态性确定rs12252的多态性或基因型所需的试剂和/或仪器包括PCR引物对和限制性内切酶；SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片，及基于荧光分子DNA结合反应的芯片。本专利技术的一个实施例中，采用限制性酶切片段长度多态性确定rs12252的多态性和基因型。所述PC本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用。

【技术特征摘要】
1.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用。2.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测HCV感染肝硬化易感性产品中的应用。3.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备检测与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。4.检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定与HCV感染肝硬化相关的单核苷酸多态性的产品中的应用。5.根据权利要求1-4中任一所述的应用，其特征在于：所述检测人基因组中rs12252的多态性或基因型的物质包括扩增包括rs12252在内的基因组DNA片段的PCR引物对和/或限制性内切酶MscI。6.人基因组中rs12252的多态性或基因型在制备筛查HCV感染肝硬化患者产品中的应用。7.人基...

【专利技术属性】
技术研发人员：张永宏，覃岭，赵艳，李宁，
申请(专利权)人：首都医科大学附属北京佑安医院，
类型：发明
国别省市：北京,11