人和小鼠PDX模型有关交叉污染检测试剂盒及检测方法技术

本发明专利技术公开了一种人和小鼠PDX模型有关交叉污染检测试剂盒及检测方法。具体提供了一种在PDX模型或CDX模型的储存过程中发生的种间污染与否的基因型检测试剂盒及其利用此试剂盒的检测方法。根据本发明专利技术，可完全掌握小鼠有关基因的污染，检测灵敏性与特异性接近高达100％，可迅速检测，在预测小鼠污染非常有效。因此，本发明专利技术可提前预测人与小鼠有关基因的污染，可用于利用PDX模型或CDX模型的抗癌剂有效性评价，对利用PDX模型或CDX模型的细胞银行作出极大贡献，在医疗行业非常有效。

Cross contamination detection kits and detection methods for human and mouse PDX models

The invention discloses a cross contamination detection kit for human and mouse PDX model and a detection method thereof. Provides a specific storage process in PDX model or CDX model in which pollution and whether or not the genotype detection kit and detection method using this kit. According to the invention, can fully grasp the mouse gene related to pollution, detection sensitivity and specificity to as high as 100%, rapid detection, prediction of pollution is very effective in mice. Therefore, the invention can predict human and mouse genes related to pollution, can be used for the evaluation of the effectiveness of anticancer agent by using PDX or CDX model, make a great contribution to the use of PDX model and CDX model of the cell bank, is very effective in the medical industry.

【技术实现步骤摘要】
人和小鼠PDX模型有关交叉污染检测试剂盒及检测方法
本专利技术是关于在患者来源异种移植(PDX，patientderivedxenograft)模型中，检测患者来源基质肿瘤及小鼠基质肿瘤比率的。随着上述异种移植模型代的建立，人的癌组织及癌细胞消失，转变为小鼠基质，人与小鼠基质比率也随着变化，本专利技术是有关检测癌组织或癌细胞发生根源的方法的。更具体就是包括可检测小鼠与人的基因交叉污染的引物(Primer)及探针(Probe)的检测试剂，及其试剂盒和对人细胞的小鼠遗传因子交叉污染的检测方法。
技术介绍
最近互相竞争研究利用针对患者的抗癌治疗克服癌症。在抗癌治疗药物的开发过程中，决定新药剂能否投入临床试验的临床前评估是为选定高成功率治疗剂的重要过程，此时利用的理想模型要能够满足预测正确治疗反映，理解先行目标分子途径，药动学或药力学分析的简易性等多种条件。现在进行新抗癌治疗剂的临床前评估的三种主要模型有：转基因模型(geneticallyengineeredmodels)，基于人源肿瘤细胞株的异种移植模型(xenograftsderivedfrom人tumorcelllines)及把患者来源肿瘤组织直接移植到免疫缺陷鼠的异种移植模型(tumorgraftsfrompatientsimplanteddirectlyintoimmunodeficientmice)。在过去的几十年，基于代表多种癌的细胞株面板的异种植模型在实际临床中成功预测率低，被指为主要极限。为了克服此极限，提示了把外科切除的患者来源肿瘤组织移植到免疫缺陷鼠的PDX模型。患者来源异种移植(PDX，patientderivedxenograft)及细胞来源异种移植(CDX，cellderivedxenograft)肿瘤模型可提供新药开发所需的临床模型，PDX模型在小鼠模型更好地摘要患者的实际临床状况，广泛用在临床前研究中接近新的抗癌剂。PDX模型是把外科切除的患者组织移植到免疫缺陷鼠并成瘤的过程，异种移植的组织可依次传代培养、冻存及复苏(revive)。并且，在连续的传代过程中，初期保持的患者来源基质渐渐被小鼠基质代替，其绝对量减少，相对的肿瘤和基质的比率维持初时状态。通过在初期和后期传代异种组织进行的基因表现模式的对比，可推测随时间的基质特性变化，并且只对人和小鼠各个选择性基因表现进行矩阵分析，可分离肿瘤与肿瘤周围微环境进行分析。因此，在PDX及CDX肿瘤模型，测量患者来源基质的肿瘤与小鼠基质肿瘤的比率，需要简易检测在传代过程中初期维持的患者来源基质渐渐被小鼠基质细胞代替时可出现的小鼠来源组织交叉污染的方法。在先技术文献，专利文献：(专利文献1)KR2014-0133399A、(专利文献2)US2015-0253340A1、(专利文献3)JP2012-175928A、(专利文献4)JP2007-209281A。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供：在PDX模型测量患者来源基质肿瘤与小鼠基质肿瘤的比率，检测有关交叉污染的试剂盒，及其检测交叉污染的方法。本专利技术提供：在PDX模型或CDX模型移植组织及细胞的连续传代过程中，初期保持的患者来源基质渐渐被小鼠基质细胞代替，此时可发生的小鼠来源组织污染的简易检测方法。比如，本专利技术是有关检测人与小鼠异种移植细胞中包含的患者来源基质肿瘤与小鼠基质肿瘤比率的，包括引物(Primer)与探针(Probe)的检测试剂盒，可利用上述检测试剂盒分析小鼠来源组织的污染。尤其是，上述检测试剂盒在组织，PDX模型或CDX模型等的样本中迅速、正确自动检测污染与否及其基因型时特别有效。并且，根据上述检测方法，可掌握全部小鼠有关基因的污染，检测灵敏性及特异性高达近100％，可迅速检测基因的污染度。本专利技术辨别PDX细胞的检测试剂盒包括：以序列号1-4(即，SEQIDNO.1-4)碱基序列组成的寡核苷酸引物，及以序列号9，10(即，SEQIDNO.9、10)碱基序列组成的寡核苷酸探针。比如，上述以序列号1，2碱基序列组成的寡核苷酸引物可能是人性白蛋白基因扩增用引物，上述以序列号3，4碱基序列组成的寡核苷酸引物是小鼠白蛋白基因扩增用引物。上述以序列号1-4碱基序列组成的寡核苷酸引物与各基因特异部位互补配对，可扩增人性白蛋白基因及小鼠白蛋白基因。因此，利用包括上述以序列号1-4碱基序列组成的寡核苷酸引物，以序列号9，10碱基序列组成的寡核苷酸探针的检测试剂盒，测量人与小鼠异种移植细胞中包含的人性白蛋白基因及小鼠白蛋白基因比率，可分析PDX细胞的污染程度。并且，上述检测试剂盒利用检测扩增基因的标识手段，辨别人与小鼠异种移植细胞中包含的基因比率为特征。在一个实施例中，上述标识手段可使用CY3，CY5，CY5.5，Bodipy，Alexa488，Alexa532，Alexa546，Alexa568，Alexa594，Alexa660，若丹明(Rhodamine)，TAMRA，FAM，FITC，FluorX，ROX，TexasRed，Orangegreen488X，Orangegreen514X，HEX，TET，JOE，Oyster556，Oyster645，Bodipy630/650，Bodipy650/665mCalfluorOrange546，Calfluorred610，Quasar670，HEX，VIC，BHQ，BHQ1，MGB，ZEN及生物素组成的群体中选择一个以上标识手段，最理想的是可使用FAM，HEX，MGB或者BHQ1。本专利技术辨别PDX细胞的检测试剂盒的另一实施例，还可包括：以序列号5-8(即，SEQIDNO.5-8)碱基序列组成的寡核苷酸引物及以序列号11，12(即，SEQIDNO.11、12)碱基序列组成的寡核苷酸探针。比如，上述以序列号5-8碱基序列组成的寡核苷酸引物可能是扩增人性PAPOLA基因的引物，上述以序列号7及8碱基序列组成的寡核苷酸引物是扩增小鼠PAPOLA基因的引物。上述以序列号5-8碱基序列组成的寡核苷酸引物与各基因的特异部位互补配对，可扩增人性PAPOLA基因及小鼠PAPOLA基因。因此，利用包括上述以序列号5-8碱基序列组成的寡核苷酸引物，以序列号11及12碱基序列组成的寡核苷酸探针的检测试剂盒，测量人与小鼠异种移植细胞中包含的人性PAPOLA基因及小鼠PAPOLA基因的比率，可检测PDX细胞的污染程度。因此，本专利技术辨别PDX细胞的检测试剂盒，可包括：以序列号1-8(即，SEQIDNO.1-8)碱基序列组成的寡核苷酸引物及以序列号9，12(即，SEQIDNO.9-12)碱基序列组成的寡核苷酸探针。利用上述检测试剂盒，可以测量人与小鼠异种移植细胞中包含的人性白蛋白基因与小鼠白蛋白基因比率及人性PAPOLA基因与小鼠PAPOLA基因比率。并且，本专利技术利用聚合酶链反应(PCR，polymerasechainreaction)，尤其是利用ConventionalPCR，real-timePCR或ddPCR(DropletDigitalPCR)实时进行聚合酶链反应，可在PDX细胞中测量人与小鼠基因的比率。关于本专利技术，上述’聚合酶链反应’或’PCR(polymerasechainreaction)’是包括一般(非定本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种辨别PDX细胞的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括如SEQ ID NO.1‑4所示的碱基序列组成的寡核苷酸引物和如SEQ ID NO.9、10所示的碱基序列组成的寡核苷酸探针；所述检测试剂盒是利用标识手段辨别人与小鼠异种移植细胞中包含的基因比率为特征的辨别PDX细胞的检测试剂盒。

【技术特征摘要】
2016.05.03 KR 10-2016-00544581.一种辨别PDX细胞的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括如SEQIDNO.1-4所示的碱基序列组成的寡核苷酸引物和如SEQIDNO.9、10所示的碱基序列组成的寡核苷酸探针；所述检测试剂盒是利用标识手段辨别人与小鼠异种移植细胞中包含的基因比率为特征的辨别PDX细胞的检测试剂盒。2.根据权利要求1所述的检测试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒还包括如SEQIDNO.5-8所示的碱基序列组成的寡核苷酸引物和如SEQIDNO.11、12所示的碱基序列组成的寡核苷酸探针；所述检测试剂盒是以检测人与小鼠异种移植细胞中包含的人的PAPOLA基因及小鼠PAPOLA基因比率为特征的辨别PDX细胞的检测试剂盒。3.根据权利要求1所述的检测试剂盒，其特征在于，所述标识手段是CY3，CY5，CY5.5，Bodipy，Alexa488，Alexa532，Alexa546，Alexa568，Alexa594，Alexa660，若丹明，TAMRA，FAM，FITC，FluorX，ROX，TexasRed，Orangegreen488X，Orangegreen514X，HEX，TET，JOE，Oyster556，Oyster645，Bodipy630/650，Bodipy650/665mCalfluorOrange546，Calfluorred610，Quasar670，HEX，VIC，BHQ，BHQ1，MGB，ZEN及生物素组成的群中选择一个以上的标识手段。4.根据权利要求1所述的检测试剂盒，其特征在于，所述寡核苷酸引物的浓度是1pmol以上。5.一种辨别对人细胞的小鼠基因的污染程度的方法，其特征在于，所述方法是利用以如SEQIDNO.1-4所示的碱基序列组成的寡核苷酸引物，把人性...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔尹罗，李闰秀，
申请(专利权)人：瑷备恩有限公司，
类型：发明
国别省市：韩国,KR