与多重基因组获得和丢失分析相关的方法和组合物技术

本发明专利技术提供了用于检测基因组DNA获得和丢失的组合物和方法。本发明专利技术的分析的实施方案包括使用一种与基底相连的复合核酸探针，所述复合核酸探针与参照基因组的基因组区域中的两个或者更多个基因组座位特异性杂交。所述基因组区域的特征在于具有第一末端和第二末端以及置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域。所述复合核酸探针包含基本上与含有所述第一末端的完整第一基因组座位以及基本上与含有所述第二末端的完整第二基因组座位特异性杂交的核酸序列。本发明专利技术提供了包括对两个或者更多个基因组DNA参照进行评估的方法和组合物。

Methods and compositions related to multiple genome acquisition and loss analysis

The present invention provides compositions and methods for detecting genomic DNA acquisition and loss. The implementation includes the use of a substrate and connected composite nucleic acid probe scheme analysis of the present invention, the composite nucleic acid probe and reference genome genomic regions in two or more genomic loci specific hybridization. The genomic region is characterized by having the first end and the second terminal, and at least 400KB intermediate region between the first end and the second end. Nucleic acid sequence hybridization complete second genomic loci specific genomic loci of the first complete composite nucleic acid probe contains basically with the first end, basically comprising the second end of the. The present invention provides methods and compositions for evaluation of two or more genomic DNA references.

【技术实现步骤摘要】
与多重基因组获得和丢失分析相关的方法和组合物本申请为分案申请，其原申请的申请日为2008年11月24日，申请号为200880126212.7，名称为“与多重基因组获得和丢失分析相关的方法和组合物”。相关申请的参引本申请要求2008年11月21日提交的流水号为12/275,895的美国专利申请的优先权，所述美国专利申请为2008年3月26日提交的流水号为12/055,919的美国专利申请的部分继续申请，美国专利申请No.12/055,919要求2007年12月5日提交的流水号为60/992,489的美国临时专利申请的优先权。每一份申请的全部内容通过参引纳入本申请。
本文描述的技术大体涉及核酸检测用方法和组合物。更具体而言，所描述的是基因组获得和丢失分析用方法和组合物。
技术介绍
通过对基因组获得和丢失的检测分析可以对构成疾病、行为和认知病症以及其他遗传病变的病因的遗传性异常进行检测和诊断。Array-CGH(aCGH)是一种多重分析方法，其中固定的DNA探针捕获来自测试样本和参照样本的经标记的互补基因组DNA序列。每一个探针都会产生一个由探针序列界定的组成序列中的一个序列的测试量/参照本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分析DNA样本的方法，包括：提供一种与基底相连的复合核酸探针，所述复合核酸探针含有与参照基因组的基因组区域中的两个或者更多个基因组座位特异性杂交的核酸序列，所述基因组区域的特征在于具有第一末端和第二末端以及置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域，其中所述复合核酸探针包含基本上与含有所述第一末端的完整第一基因组座位以及基本上与含有所述第二末端的完整第二基因组座位特异性地杂交的核酸序列；使所述与基底相连的复合核酸探针与样本基因组DNA杂交；使所述与基底相连的复合核酸探针与参照基因组DNA杂交；检测指示所述与基底连接的复合核酸探针与所述样本基因组DNA特异性杂交的第一信号，以及...

【技术特征摘要】
2007.12.05 US 60/992,489;2008.03.26 US 12/055,919;1.一种分析DNA样本的方法，包括：提供一种与基底相连的复合核酸探针，所述复合核酸探针含有与参照基因组的基因组区域中的两个或者更多个基因组座位特异性杂交的核酸序列，所述基因组区域的特征在于具有第一末端和第二末端以及置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域，其中所述复合核酸探针包含基本上与含有所述第一末端的完整第一基因组座位以及基本上与含有所述第二末端的完整第二基因组座位特异性地杂交的核酸序列；使所述与基底相连的复合核酸探针与样本基因组DNA杂交；使所述与基底相连的复合核酸探针与参照基因组DNA杂交；检测指示所述与基底连接的复合核酸探针与所述样本基因组DNA特异性杂交的第一信号，以及指示所述与基底相连的复合核酸探针与所述参照基因组DNA特异性杂交的第二信号；并且比较所述第一信号和所述第二信号，从而检测所述第一信号和第二信号之间的差异，所述第一信号和第二信号之间的差异指示所述样本DNA和所述参照DNA之间的差异，由此分析所述DNA样本。2.权利要求1的方法，还包括：使所述与基底相连的复合核酸探针与第二种参照基因组DNA杂交；检测指示所述与基底相连的复合核酸探针与所述第二种参照基因组DNA特异性杂交的第三信号；并且比较所述第一信号和所述第三信号，从而检测所述第一和第三信号之间的差异，所述第一和第三信号之间的差异指示所述样本DNA与所述第二种参照DNA之间的差异，由此分析所述DNA样本。3.一种分析样本DNA的方法，包括：提供包含两个或者更多个编码颗粒系列的混合物的多重试剂，所述编码颗粒系列被编码，从而使得每一编码颗粒系列的各个颗粒均可检测地区别于其他每一编码颗粒系列的各个颗粒，所述编码颗粒含有所连接的与参照基因组的至少一个基因组座位特异性杂交的核酸序列，其中至少一个编码颗粒系列含有所连接的复合核酸探针，所述复合核酸探针包含与参照基因组的基因组区域中两个或者更多个基因组座位特异性杂交的核酸序列，所述基因组区域的特征在于具有第一末端和第二末端以及置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域，其中所述复合核酸探针包含基本上与含有所述第一末端的完整第一基因组座位、以及基本上与含有所述第二末端的完整第二基因组座位特异性杂交的核酸序列；使所述多重试剂与样本基因组DNA杂交；使所述多重试剂与参照基因组DNA杂交；检测指示所述连接的核酸序列与可检测地标记的DNA特异性杂交的第一信号；检测指示所述连接的核酸序列与可检测地标记的参照DNA特异性杂交的第二信号；鉴定所述编码颗粒，从而将颗粒编码情况与所述第一信号联系起来；鉴定所述编码颗粒，从而将颗粒编码情况与所述第二信号联系起来；并且比较各个编码颗粒系列的所述第一信号和第二信号，其中所述第一和第二信号之间的差异指示所述样本和参照DNA之间的差异，由此分析DNA。4.一种用于分析DNA的试剂，包含：与固体基底相连的第一复合核酸探针，所述第一复合核酸探针包含与参照基因组的基因组区域中两个或者更多个基因组座位特异性杂交的核酸序列，所述基因组区域的特征在于具有第一末端和第二末端以及置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域，其中所述第一复合核酸探针包含基本上与含有所述第一末端的完整第一基因组座位、以及基本上与含有所述第二末端的完整第二基因组座位特异性杂交的核酸序列。5.权利要求4的用于分析DNA的试剂，还包含：与固体基底相连的第二复合核酸探针，所述第二复合核酸探针包含与参照基因组的第二基因组区域中两个或者更多个基因组座位特异性杂交的核酸序列，所述第二基因组区域的特征是具有第一末端和第二末端，并且具有置于所述第一末端和第二末端之间的至少400kb的中间区域，其中所述第二复合核酸探针包含基本上与含有所述第二基因组区域第一末端的完整第一基因组座位、以及基本上与含有所述第二基因组区域第二末端的完整第二基因组座位基本上特异性杂交的核酸序列。6.一种制备用于分析DNA的与基底相连的复合核酸探针的方法，包括：分离基本上与含有参照基因组的基...

【专利技术属性】
技术研发人员：K·E·阿得勒，
申请(专利权)人：珀金埃尔默健康科学公司，
类型：发明
国别省市：美国,US