评估样品中甲基化基因座的量的方法技术

提供评估甲基化基因座的量的方法。在某些实施方案中，该方法包括：用MspJI家族成员消化含有基因组基因座的未甲基化和甲基化的拷贝的核酸样品以产生长度在20‑40个核苷酸的范围内的片段群，连接转接序列A和转接序列B至序列X的靶片段的相应端，及量化式A‑X‑B的连接产物的量。还提供了用于实施该方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】评估样品中甲基化基因座的量的方法交叉引用本申请要求于2014年8月13日提交的美国临时申请序列第62/037,057号的权益，本申请为了所有目的通过引用并入。背景5-甲基胞嘧啶是甲基化形式的DNA碱基胞嘧啶，其据信参与转录调控。当胞嘧啶被甲基化时，DNA保持相同的序列，但是甲基化基因的表达可改变。该化学物质的功能在物种之间显著变化：在细菌中，5-甲基胞嘧啶可在多个位点处存在，且通常用作保护DNA免受天然甲基化-敏感限制酶切除的标记物；在植物中，5-甲基胞嘧啶在CpG、CpHpG和CpHpH序列(其中H＝A、C或T)处存在；并且，在真菌和动物中，5-甲基胞嘧啶主要在CpG二核苷酸处发生。大部分真核生物仅甲基化小百分比的这些位点，但在脊椎动物中70-80％的CpG胞嘧啶被甲基化。脊椎动物中的胞嘧啶甲基化通常在CpG位点(胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即其中在DNA序列中胞嘧啶后面紧跟的是鸟嘌呤)处发生。Me-CpG的形成由酶DNA甲基转移酶催化。约80–90％的CpG位点在人DNA中被甲基化，但存在被称为CpG岛的某些区域，其中CpG二核苷酸均未被甲基化。这些与56％的哺乳动物基因的启动子(包本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种评估样品中甲基化基因座的量的方法，其包括：(a)用MspJI家族限制性内切核酸酶消化含有基因组基因座的未甲基化和甲基化拷贝的核酸样品以产生长度在20‑40个碱基对的范围内且具有中心甲基化胞嘧啶的片段群；(b)通过以下步骤连接转接序列A和转接序列B至序列X的靶片段的相应端：(i)在所述转接序列A和B的存在下使式B’‑X’‑A’的夹板寡核苷酸杂交至(a)的片段，其中X’、A’和B’分别与X、A和B互补，和(ii)连接转接序列A、序列X和转接序列B至彼此以产生式A‑X‑B的产物；和(c)定量式A‑X‑B的连接产物的量，从而提供所述核酸样品中所述甲基化基因座的量的估值。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.08.13 US 62/037,0571.一种评估样品中甲基化基因座的量的方法，其包括：(a)用MspJI家族限制性内切核酸酶消化含有基因组基因座的未甲基化和甲基化拷贝的核酸样品以产生长度在20-40个碱基对的范围内且具有中心甲基化胞嘧啶的片段群；(b)通过以下步骤连接转接序列A和转接序列B至序列X的靶片段的相应端：(i)在所述转接序列A和B的存在下使式B’-X’-A’的夹板寡核苷酸杂交至(a)的片段，其中X’、A’和B’分别与X、A和B互补，和(ii)连接转接序列A、序列X和转接序列B至彼此以产生式A-X-B的产物；和(c)定量式A-X-B的连接产物的量，从而提供所述核酸样品中所述甲基化基因座的量的估值。2.如权利要求1所述的方法，其中所述MspJI家族限制性内切核酸酶是MspJI。3.如任何前述权利要求所述的方法，其中所述定量通过测序进行。4.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其中所述定量通过qPCR进行。5.如任何前述权利要求所述的方法，其中转接序列A和B存在于相同的寡核苷酸分子中，并且步骤(b)的产物是环状核酸分子。6.如权利要求5所述的方法，其中所述定量通过以下步骤进行：(i)通过滚环扩增(RCA)扩增所述环状核酸分子，(ii)使RCA产物杂交至标记的寡核苷酸群，所述寡核苷酸杂交至所述RCA产物中的多个位置；和(iii)单独对标记的RCA复合物的数量进行计数。7.如任何前述权利要求所述的方法，其中所述基因座的甲基化与疾病相关。8.如权利要求7所述的方法，其中所述基因座的甲基化与癌症相关。9.如权利要求8所述的方法，其中所述基因座是BMP3、TFPI1、NDRG4、胞裂蛋白9、TFPI2或波形蛋白的基因座10.如权利要求7所述的方法，其中所述基因座的甲基化与肝病相关。11.如任何前述权利要求所述的方法，其中所述样品是从血液获得的无细胞DNA的样品。...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·O·F·达尔，O·J·埃瑞克森，J·巴内尔，
申请(专利权)人：苏州新波生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32