用于在基因材料样本中检测微小变异体的方法和系统技术方案

一种用于确定微小变异体的计算机实施的方法。所述方法包含接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，以及使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰。所述方法可进一步包含在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于峰特性的评估将候选变异体分类为真正变异体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于在基因材料样本中检测微小变异体的方法和系统
技术介绍
生物分析装置，包含诸如平板凝胶和毛细电泳法测序仪之类的DNA测序系统，通常利用一种经由分离介质中的迁移来分离DNA片段的方法。通常在分离的片段穿过检测区域时读取与每个片段相关的标签((例如)荧光染料)。结果是一系列迹线，有时被称作电泳图，其中每根迹线与标签随时间而变的丰度有关。对每根迹线中的峰的解释会得到对于样本的基因序列的确定。这些解释，有时被称作碱基判定，可以手动地或以自动方式(例如使用经过编程的计算机)执行。信号的解释方法是碱基判定处理的重要因素，并且可能很大地影响结果的质量。基因材料(DNA或RNA)的样本可能含有基因材料的多于一个变异。一个例子是大多数病毒的基因档案相同但是有些病毒有轻微变异的病毒群体中提取的样本。另一个是例子是大多数基因材料是正常的但是有几个基因材料是从癌组织中提取的血液样本。在这些情形下，大多数基因材料是相同的，而对应于最常见的基因材料的DNA或RNA的碱基被称作主要碱基。较不常见的基因材料的碱基序列大部分与常见材料是相同的，但是在几个碱基位置是不同的。这些差别可被称为微小变异体。本文中论述的方法涉及精本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种计算机实施的用于确定微小变异体的方法，所述方法包括：接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰，在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于对峰特性的评估，将候选变异体分类成真正变异体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.08.15 US 62/038,161;2014.12.15 US 62/092,135;1.一种计算机实施的用于确定微小变异体的方法，所述方法包括：接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰，在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于对峰特性的评估，将候选变异体分类成真正变异体。2.根据权利要求1所述的计算机实施的方法，其进一步包括：接收来自对照样本的电泳图序列数据。3.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其中所述信号特征包含将所述非主要峰的特性与所述主要峰的特性比较的特征。4.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其中所述信号特征包含将所述非主要峰的特性与下面定位有所述非主要峰的主要峰的特性比较的特征。5.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其进一步包括：识别所述对照样本的所述电泳图中的任何非主要峰，使用至少一个信号特征表征所述对照样本的所识别的非主要峰，以及在所述测试样本和对照样本的所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别所述测试样本中的候选变异体。6.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其进一步包括：接收正向和反向朝向的电泳图序列数据，识别正向朝向和反向朝向上的任何非主要峰，使用至少一个信号特征来表征在正向朝向和反向朝向上识别的非主要峰，以及在正向朝向和反向朝向上识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，其中在一个朝向上找到的每个候选变异体在相反朝向的所述电泳图中得到确认。7.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其进一步包括：使用所述对照样本使所述测试样本中的噪声最小化，所述最小化包括：从所述电泳图中移除所述主要序列数据以生成测试样本和对照样本的非主要电泳图，通过修改所述对照非主要电泳图，使所述对照非主要电泳图与测试非主要电泳图之间的差异最小化，从所述测试电泳图中减去所述对照样本的所述经过修改的非主要电泳图。8.根据前述权利要求中任一项所述的计算机实施的方法，其中来自所述对照样本的所述电泳图序列数据是所述对照电泳图的数字版本，所述数字版本由与所述测试样本具有相同主要序列的第一电泳图数据库建构而成。9.根据权利要求8所述的计算机实施的方法，其中所述对照电泳图的所述数字版本由不与所述测试样本具有相同主要序列的第二电泳图数据库数字合成，其中从所述第二数据库将序列片段编织在一起以建构与所述测试样本的主要序列匹配的主要序列。10.一种编码有处理器可执行的用于确定微小变异体的指令的非暂时性计算机可读存储媒体，所述指令包括用于以下操作的指令：接收来自测试样本的电泳图序列数据，识别所述电泳图中的任何非主要峰，使用至少一个信号特征表征所识别的非主要峰，在所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别候选变异体，评估所述所识别的候选变异体中的每个候选变异体的至少一个峰特性，以及基于对峰特性的评估，将候选变异体分类成真正变异体。11.根据权利要求10所述的非暂时性计算机可读存储媒体，其进一步包括用于以下操作的指令：接收来自对照样本的电泳图序列数据。12.根据权利要求10到11中任一项所述的非暂时性计算机可读存储媒体，其中所述信号特征包含将所述非主要峰的特性与所述主要峰的特性比较的特征。13.根据权利要求10到12中任一项所述的非暂时性计算机可读存储媒体，其中所述信号特征包含将所述非主要峰的特性与下面定位有所述非主要峰的主要峰的特性比较的特征。14.根据权利要求10到13中任一项所述的非暂时性计算机可读存储媒体，其进一步包括用于以下操作的指令：识别所述对照样本的所述电泳图中的任何非主要峰，使用至少一个信号特征来表征所述对照样本的所识别的非主要峰，以及在所述测试样本和对照样本的所识别的非主要峰之间分析所述至少一个信号特征以识别所述测试样本中的候选变异体。15.根据权利要求10到14中任一项所述的非暂时性计算机可读存储媒体，其进一步包...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·梁，E·施赖伯，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国,US