使用靶基因表达的数学建模评价TGF‑β细胞信号传导途径的活性制造技术

本发明专利技术涉及一种基于受试者样品中测得的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平，推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法。本发明专利技术还涉及一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的装置、一种非临时性存储介质以及一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机程序。本发明专利技术还涉及一种测量受试者样品中的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平的试剂盒，一种推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的试剂盒，以及所述试剂盒执行此方法的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用靶基因表达的数学建模评价TGF-β细胞信号传导途径的活性
本专利技术总体涉及生物信息学、基因组加工、蛋白质组加工和相关技术的领域。更具体地，本专利技术涉及一种通过数字处理设备执行的计算机执行方法，推断受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性，其中所述推断基于受试者样品中测量的TGF-β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平。本专利技术还涉及一种推断受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性的装置，所述装置包含经配置以执行此方法的数字处理器，一种推断受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性的非临时性存储介质，其存储可由数字处理设备执行以执行此方法的指令，以及一种推断受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性的计算机程序，其包含当所述计算机程序在数字处理设备上运行时，用于引起数字处理设备执行此方法的程序代码装置。本专利技术还涉及一种测量受试者样品中的TGF-β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平的试剂盒，一种推断受试者中TGF-β细胞信号传导途径的活性的试剂盒，以及所述试剂盒执行此方法的用途。
技术介绍
基因组和蛋白质组分析已经基本上实现了医疗领域诸如肿瘤学中的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种通过数字处理设备执行的、推断受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法，其中所述推断包括：接收受试者样品中测得的TGF‑β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平；确定受试者样品中TGF‑β转录因子(TF)元件的活性水平，所述TGF‑βTF元件控制所述三个或更多个TGF‑β靶基因的转录，所述确定基于评估将所述三个或更多个TGF‑β靶基因的表达水平与TGF‑βTF元件的活性水平关联的校准数学模型；基于所确定的所述受试者的样品中的TGF‑βTF元件的活性水平推断所述受试者中的TGF‑β细胞信号传导途径的活性，其中所述三个或更多个TGF‑β靶基因选自：ANGPTL4、CDC...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.10.24 EP 14190270.01.一种通过数字处理设备执行的、推断受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性的计算机执行方法，其中所述推断包括：接收受试者样品中测得的TGF-β细胞信号传导途径的三个或更多个靶基因的表达水平；确定受试者样品中TGF-β转录因子(TF)元件的活性水平，所述TGF-βTF元件控制所述三个或更多个TGF-β靶基因的转录，所述确定基于评估将所述三个或更多个TGF-β靶基因的表达水平与TGF-βTF元件的活性水平关联的校准数学模型；基于所确定的所述受试者的样品中的TGF-βTF元件的活性水平推断所述受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的活性，其中所述三个或更多个TGF-β靶基因选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CDKN2B、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、IL11、SERPINE1、INPP5D、JUNB、MMP2、MMP9、NKX2-5、OVOL1、PDGFB、PTHLH、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI1、SNAI2、TIMP1和VEGFA，优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、IL11、JUNB、PDGFB、PTHLH、SERPINE1、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI2和VEGFA，更优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45B、ID1、IL11、JUNB、SERPINE1、PDGFB、SKIL、SMAD7、SNAI2和VEGFA，最优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、ID1、IL11、JUNB、SERPINE1、SKIL和SMAD7。2.权利要求1的方法，其中所述三个或更多个TGF-β靶基因选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、IL11、JUNB、PDGFB、PTHLH、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI2、VEGFA，更优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45A、GADD45B、HMGA2、ID1、JUNB、PDGFB、PTHLH、SERPINE1、SGK1、SKIL、SMAD4、SMAD5、SMAD6、SMAD7、SNAI2、VEGF。3.权利要求1的方法，其中所述三个或更多个TGF-β靶基因选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45B、ID1、IL11、JUNB、PDGFB、SKIL、SMAD7和SNAI2，更优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、CDKN1A、CTGF、GADD45B、ID1、JUNB、SERPINE1、SKIL、SMAD7、SNAI2和VEGFA。4.权利要求1的方法，其中所述三个或更多个TGF-β靶基因选自：ANGPTL4、CDC42EP3、ID1、IL11、JUNB、SKIL和SMAD7，更优选选自：ANGPTL4、CDC42EP3、ID1、JUNB、SERPINE1、SKIL和SMAD7。5.权利要求1-4任一项的方法，其中所选的三个或更多个TGF-β靶基因包括ANGPTL4和CDC42EP3，更优选ANGPTL4、CDC42EP3、ID1、JUNB、SERPINE1、SKIL和SMAD7。6.权利要求1-5任一项的方法，其还包括：基于受试者中的TGF-β细胞信号传导途径的推断活性确定TGF-β细胞信号传导途径在受试者中是否作为肿瘤促进因子起作用。7.权利要求6的方法，其还包括：为受试者推荐开药，该药纠正TGF-β细胞信号传导途径的促肿瘤作用；其中如果基于TGF-β细胞信号传导途径的推断活性确定TGF-β细胞信号传导途径在受试者中作为肿瘤促进因子起作用，则进行所述推荐。8.权利要求1-7任一项的方法，其中所述校准数学途径模型是概率模型，优选...

【专利技术属性】
技术研发人员：H·J·范奥义任，A·范德斯托尔佩，D·A·M·W·范斯特里普，
申请(专利权)人：皇家飞利浦有限公司，
类型：发明
国别省市：荷兰,NL