用于检测含有mecC的甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌的组合物和方法技术

描述了用于快速检测含有

Compositions and methods for detection of methicillin resistant Staphylococcus aureus containing mecC

Described for rapid detection containing

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测含有mecC的甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌的组合物和方法
本专利技术涉及细菌诊断领域，且更具体地涉及含有mecC核酸序列的甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌（Staphylococcusaureus）(MRSA)的检测。
技术介绍
金黄色葡萄球菌(“S.aureus”或“SA”)是一种兼性厌氧性的革兰氏阳性细菌，其天然储库包括人皮肤和鼻子，并且也可以栖居于创伤。大多数携带金黄色葡萄球菌的人不会表现出感染的迹象；但是，如果正常屏障被攻破，金黄色葡萄球菌可以变成侵袭性的并在体内造成感染。金黄色葡萄球菌可以造成许多疾病，范围从微小皮肤感染（诸如丘疹、疮和脓肿）至重大疾病（诸如肺炎、脑膜炎和脓毒症）。当屏障被攻破时可以感染除了皮肤和鼻子以外的组织，例如，皮肤或粘膜衬里，这会导致疖和痈。金黄色葡萄球菌感染可以通过与被感染者的皮肤接触或与被感染者使用过的物体的接触而在人之间传播。金黄色葡萄球菌具有产生对包括青霉素(甲氧西林、苯唑西林、氯唑西林和氟氯西林)的主要抗生素的抗性的惊人能力，这已经为它赢得了标签“超级细菌（superbug）”。甲氧西林抗性的金黄色葡萄球菌(MRSA)是一种已经变得耐受青霉素的细菌，并且它会引起几种难以治疗的人感染。MRSA还可以被称作苯唑西林抗性的金黄色葡萄球菌(ORSA)和多抗性的金黄色葡萄球菌，而金黄色葡萄球菌的非-甲氧西林抗性株有时被称作甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌(MSSA)。葡萄球菌中甲氧西林抗性所需的基因mecA编码低亲和力青霉素结合蛋白2a(PBP2a)(Niemeyer等人,J.Bacteriol.,(1996),178(18):5464-5471)。最近在来自人类和动物的金黄色葡萄球菌分离物中鉴别出了mecA的一种新变体(mecALGA251)，其已经被重新命名为mecC(Harrison等人,Antimicrob.AgentsChemother.,(2013),57(3):1524-1528)。该同系物与mecA基因具有70%核苷酸同一性，并且它的存在会造成可能被误诊为甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌的诊断问题(Paterson等人,TrendsMicrobiol.,(2014),22(1):42-47)。因而，本领域需要一种快速的且可靠的方法以敏感方式特异性地检测含有mecC的MRSA。专利技术概况本专利技术中的某些实施方案涉及在生物或非生物样品中快速检测含有mecC的金黄色葡萄球菌(mecC-MRSA)的存在或不存在的方法，例如，在单个试管中通过实时聚合酶链式反应对mecC-MRSA的多路检测。实施方案包括检测mecC-MRSA的方法，所述方法包括执行至少一个循环步骤，所述循环步骤可以包括扩增步骤和杂交步骤。此外，实施方案包括被设计成在单个试管中检测mecC-MRSA的引物、引物对、探针和试剂盒。将检测方法设计成靶向mecC基因，这允许人们在单个测试中检测mecC-MRSA。本专利技术提供了检测mecC-MRSA在来自个体的生物样品中的存在或不存在的方法。这样的方法通常包括执行至少一个循环步骤，所述循环步骤包括扩增步骤和染料结合步骤。通常，所述扩增步骤包括使所述样品与多个mecC-MRSA引物对接触以产生一种或多种mecC-MRSA扩增产物（如果mecC-MRSA核酸分子存在于所述样品中），且所述染料结合步骤包括使所述mecC-MRSA扩增产物与双链DNA结合染料接触。这样的方法还包括检测所述双链DNA结合染料向所述扩增产物中的结合的存在或不存在，其中所述结合的存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在，且其中所述结合的不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的不存在。一种代表性的双链DNA结合染料是溴化乙锭。另外，这样的方法也可以包括确定所述mecC-MRSA扩增产物和所述双链DNA结合染料之间的解链温度，其中所述解链温度证实mecC-MRSA的存在或不存在。在一个方面，提供了一种检测在样品中的含有mecC的金黄色葡萄球菌(mecC-MRSA)的方法，所述方法包括：执行扩增步骤，所述扩增步骤包括使所述样品与orfX寡核苷酸引物和mecC-MRSA寡核苷酸引物接触，如果mecC-MRSA存在于所述样品中，则产生扩增产物；执行杂交步骤，所述杂交步骤包括使所述扩增产物与一种或多种可检测的mecC-MRSA寡核苷酸探针接触；和检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的不存在；其中所述mecC-MRSA寡核苷酸引物包含选自SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7和8的序列或其互补物。在所述方法的一些实施方案中，所述杂交步骤包括：使所述扩增产物与探针接触，所述探针用供体荧光部分和对应的受体荧光部分标记，且所述检测步骤包括：检测探针的供体荧光部分和受体荧光部分之间的荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在，其中所述荧光的存在或不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在或不存在。在一些实施方案中，所述可检测的mecC-MRSA寡核苷酸探针包含SEQIDNO:10的序列或其互补物或者由SEQIDNO:10的序列或其互补物组成。在一些实施方案中，所述可检测的mecC-MRSA寡核苷酸探针具有40个或更少的核苷酸。在一些实施方案中，扩增采用具有5'至3'核酸酶活性的聚合酶。在一些实施方案中，所述供体荧光部分和对应的受体荧光部分是在探针上彼此不超过8个核苷酸内。在一些实施方案中，所述受体荧光部分是猝灭剂。在一些实施方案中，所述orfX寡核苷酸引物包含SEQIDNO:9的序列或者由SEQIDNO:9的序列组成。在一些实施方案中，所述orfX寡核苷酸引物和所述mecC-MRSA寡核苷酸引物具有40个或更少的核苷酸。在某些方面，提供了一种用于检测样品中含有mecC的金黄色葡萄球菌的方法，所述方法包括：执行扩增步骤，所述扩增步骤包括使所述样品与orfX寡核苷酸引物和mecC-MRSA寡核苷酸引物接触，如果mecC-MRSA存在于所述样品中，则产生扩增产物；执行杂交步骤，所述杂交步骤包括使所述扩增产物与一种或多种可检测的mecC-MRSA寡核苷酸探针接触；和检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的不存在；其中所述orfX寡核苷酸引物包含SEQIDNO:9的序列或其互补物或者由SEQIDNO:9的序列或其互补物组成，且所述mecC-MRSA引物包含选自SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7和8的序列或其互补物或者由选自SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7和8的序列或其互补物组成；且其中所述可检测的mecC-MRSA探针包含SEQIDNO:10的序列或其互补物或者由SEQIDNO:10的序列或其互补物组成。在一些实施方案中，扩增可以采用具有5'至3'核酸酶活性的聚合酶。因而，所述第一荧光部分和第二荧光部分可以沿着所述探针的长度在彼此的不超过8个核苷酸内。在另一个方面，所述mecC-MRSA探针包括允许二级结构形成的核酸序列。这样的二级结构形成通常导致本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测样品中含有

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.12.02 US 14/5582201.一种检测样品中含有mecC的金黄色葡萄球菌(mecC-MRSA)的方法，所述方法包括：-执行扩增步骤，所述扩增步骤包括使所述样品与orfX寡核苷酸引物和mecC-MRSA寡核苷酸引物接触，如果mecC-MRSA存在于所述样品中，则产生扩增产物；-执行杂交步骤，所述杂交步骤包括使所述扩增产物与一种或多种可检测的mecC-MRSA寡核苷酸探针接触；和-检测所述扩增产物的存在或不存在，其中所述扩增产物的存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在，且其中所述扩增产物的不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的不存在；其中所述mecC-MRSA寡核苷酸引物包含选自SEQIDNO:1、2、3、4、5、6、7和8的序列或其互补物。2.根据权利要求1的方法，其中：-所述杂交步骤包括：使所述扩增产物与探针接触，所述探针用供体荧光部分和对应的受体荧光部分标记；且-所述检测步骤包括：检测探针的供体荧光部分和受体荧光部分之间的荧光共振能量转移(FRET)的存在或不存在，其中所述荧光的存在或不存在指示mecC-MRSA在所述样品中的存在或不存在。3.根据权利要求1或2中任一项的方法，其中所述可检测的mecC-MRSA探针包含SEQIDNO:10的序列或其互补物。4.根据权利要求1至3中任一项的方法，其中所述扩增采用具有5'至3'核酸酶活性的聚合酶。5.根据权利要求2-4中任一项的方法，其中所述供体荧光部分...

【专利技术属性】
技术研发人员：JA约翰逊，A海斯，
申请(专利权)人：豪夫迈·罗氏有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士,CH