类风湿性关节炎的生物标记物及其用途制造技术

提供了用于预测与微生物群有关的疾病，特别是类风湿性关节炎(RA)的生物标记物和方法。

Biomarkers for rheumatoid arthritis and uses thereof

Biomarkers and methods are provided for predicting diseases associated with microbial populations, in particular rheumatoid arthritis (RA).

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】类风湿性关节炎的生物标记物及其用途相关申请的交叉参考无
本专利技术涉及生物医学领域，且特别地涉及用于预测与微生物群有关的疾病，特别是类风湿性关节炎(RA)的风险的生物标记物和方法。
技术介绍
类风湿性关节炎(RA)是影响全球数千万人口的使人衰弱的自身免疫性疾病并增加了患有其心血管和其它全身性并发症的患者的死亡率，但RA的病因仍不清楚。传染性病原体一直与RA有牵连。然而，RA相关的病原体的特征和致病性很大程度上是不清楚的，而最近确定人体是寄宿数以万亿计的有益以及有害微生物的超级有机体(super-organism)使问题进一步复杂化。尽管使用疾病缓解性抗风湿药(DMARD)成功减轻了许多RA患者的状态，但是对触发或促进疾病的因素的不充分认识阻碍了开发特异性和更有效的治疗方法。对微生物的调查研究也揭示了预防或减轻RA的益生菌。认为在关节炎症发病前RA在某些其它身体部位发起并潜伏了数年。肠道微生物群是人类健康的关键环境因素，在肥胖、糖尿病、结肠癌等中具有确定的作用。除了在营养和异生物代谢方面起作用外，末端肠道中的微生物还与神经-免疫-内分泌系统和血流相互作用以影响整个人体。肠微生物群与给定本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，由肠道生物标记物组成，所述肠道生物标记物包括齿双歧杆菌(Bifidobacterium dentium)、RA‑2633、肠球菌属(Enterococcus sp.)、RA‑781、Gordonibacter pamelaeae、RA‑3396、RA‑6638、RA‑2441、RA‑527、梭状芽孢杆菌属(Clostridium sp.)、RA‑2637、柠檬酸杆菌属(Citrobacter sp.)、真杆菌属(Eubacterium sp.)、柠檬酸杆菌属、RA‑3215、Con‑1722、Con‑4360、Con‑4212、Con‑12...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，由肠道生物标记物组成，所述肠道生物标记物包括齿双歧杆菌(Bifidobacteriumdentium)、RA-2633、肠球菌属(Enterococcussp.)、RA-781、Gordonibacterpamelaeae、RA-3396、RA-6638、RA-2441、RA-527、梭状芽孢杆菌属(Clostridiumsp.)、RA-2637、柠檬酸杆菌属(Citrobactersp.)、真杆菌属(Eubacteriumsp.)、柠檬酸杆菌属、RA-3215、Con-1722、Con-4360、Con-4212、Con-1261、两歧双歧杆菌(Bifidobacteriumbifidum)、肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)、Con-1423、韦荣氏球菌属(Veillonellasp.)、Con-4095、Con-4103、Con-1735、Con-1710、Con-1832、Con-1170。2.根据权利要求1所述的用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，其中所述肠道生物标记物包括SEQIDNO:1至9319的至少部分序列。3.用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，其中所述肠道生物标记物包括齿双歧杆菌JCVIHMP022、普氏菌CB7(PrevotellacopriCB7)、DSM18205、屎肠球菌E980(EnterococcusfaeciumE980)、卵形瘤胃球菌A2-162(RuminococcusobeumA2-162)、Gordonibacterpamelaeae7-10-1-bT、DSM19378、布氏瘤胃球菌L2-63(RuminococcusbromiiL2-63)、凸腹真杆菌ATCC27560(EubacteriumventriosumATCC27560)、产酸克雷伯菌KCTC1686(KlebsiellaoxytocaKCTC1686)、ClostridiumasparagiformeDSM15981、普氏菌CB7(PrevotellacopriCB7)、DSM18205、弗氏柠檬酸杆菌4_7_47CFAA(Citrobacterfreundii4_7_47CFAA)、真杆菌属3_1_31(Eubacteriumsp.3_1_31)、柠檬酸杆菌属30_2(Citrobactersp.30_2)、梭状芽孢杆菌属7_2_43FAA(Clostridiumsp.7_2_43FAA)、罗氏弧菌M50/1(RoseburiaintestinalisM50/1)、DialisterinvisusDSM15470、BacteroidesplebeiusM12、DSM17135、两歧双歧杆菌S17(BifidobacteriumbifidumS17)、肺炎克雷伯菌NTUH-K2044(KlebsiellapneumoniaeNTUH-K2044)、韦荣氏球菌属口腔分类群158F0412(Veillonellasp.oraltaxon158F0412)、睾丸酮丛毛单胞菌KF-1(ComamonastestosteroniKF-1)、肺炎克雷伯菌NTUH-K2044(KlebsiellapneumoniaeNTUH-K2044)、非典型韦荣球菌ACS-134-V-Col7a(VeillonellaatypicaACS-134-V-Col7a)、澳大利亚链球菌ATCC700641(StreptococcusaustralisATCC700641)、ParabacteroidesmerdaeATCC43184。4.一种用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，由包括SEQIDNO:1至9319的至少部分序列的肠道生物标记物组成。5.用于预测受试者与微生物群有关的疾病的生物标记物组，其中所述疾病为类风湿性关节炎或相关疾病。6.一种用于确定权利要求1至5中任一项所述的基因标记物组的试剂盒，包括用于PCR扩增和根据如在权利要求4中所述的DNA序列设计的引物。7.一种用于确定权利要求1至5中任一项所述的基因标记物组的试剂盒，包括一种以上根据如在权利要求4中所述的基因设计的探针。8.权利要求1至5中任一项所述的基因标记物组用于预测待测受试者类风湿性关节炎或相关疾病的风险的用途，包括：(1)从所述待测受试者采集样本；(2)确定步骤(1)中获得的所述样本中根据权利要求1至5中任一项所述的生物标记物组的各个生物标记物的相对丰度信息；(3)通过采用多元统计模型将待测受试者的各个生物标记物的所述相对丰度信息与训练数据集进行比较获得类风湿性关节炎的概率，其中所述类风湿性关节炎的概率大于阈值表明所述待测受试者患有所述类风湿性关节炎或相关疾病或者有风险发展所述类风湿性关节炎或相关疾病。9.根据权利要求8所述的用途，其中所述训练数据集是采用所述多元统计模型基于多个患有类风湿性关节炎的受试者和多个正常受试者的各个生物标记物的相对丰度信息构建的，可选地，所述多元统计模型为随机森林模型。10.根据权利要求9所述的用途，其中所述训练数据集为矩阵，其中各行表示根据权利要求1至5中任一项所述的生物标记物组的各个生物标记物，各列表示样本，各个单元表示所述样本中的生物标记物的相对丰度谱，且样本疾病状态为向量，其中1表示类风湿性关节炎且0表示对照。11.根据权利要求9所述的用途，其中齿双歧杆菌(Bifidobacteriumdentium)、RA-2633、肠球菌属(Enterococcussp.)、RA-781、Gordonibacterpamelaeae、RA-3396、RA-6638、RA-2441、RA-527、梭状芽孢杆菌属(Clostridiumsp.)、RA-2637、柠檬酸杆菌属(Citrobactersp.)、真杆菌属(Eubacteriumsp.)、柠檬酸杆菌属、RA-3215、Con-1722、Con-4360、Con-...

【专利技术属性】
技术研发人员：冯强，张东亚，贾慧珏，王东辉，王俊，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44