减少细菌中接合型质粒制造技术

本发明专利技术提供减少包括感染在内的微生物菌落中质粒的流行的方法和组合物，并且包括治疗剂组合物、用于治疗感染的方法和用于鉴定其他此类组合物的方法。提供了减少抗生素抗性基因的拷贝数以及赋予噬菌体与缺乏那些噬菌体的受体的细胞结合的装置。

【技术实现步骤摘要】
相关申请的交叉引用本申请要求2008年3月10日提交的美国申请第61/035,304号的优先权。专利
本专利技术提供方法和组合物，以减少见于包括细菌感染的微生物菌落中的各种质粒的数量上(numerical)或质量上(mass)的量，并且本专利技术包括用于菌落处理的组合物、方法以及用于鉴定其他此类组合物的方法。在多种实施方案中，本专利技术提供显著地减少携带于靶细菌培养物中的抗生素抗性标记的流行。专利技术背景细菌是普遍存在的并且见于之前被认为不适于居住的环境中。它们是常见的且生态学多样的，并且发现对于生存不寻常的和共同的生态位。它们遍布于环境存在，并且存在于土壤、灰尘、水以及几乎所有天然表面上。许多是正常的和有益的细菌株，其提供与宿主的协同关系。其他的不是这样有益的，或在特定条件下伴随益处造成问题。致病细菌可以在人类、其他动物以及植物中导致感染性疾病或明显症状。一些细菌只可以影响特定宿主；其他的在许多宿主中导致问题，这取决于细菌的宿主特异性。其他的在某些情况下可以是无害的或休眠的，并且在其他环境或情况下可以作为问题出现。无论是细菌单独或联合导致的疾病，都几乎与细菌本身一样的多样并且包括食物中毒、蛀牙、炭疽、普通感染性疾病以及甚至某些类型的癌症。这些临床问题通常是临床微生物学领域的主题。细菌是某些病毒的天然靶标，所述病毒例如噬菌体(bacteriophage)或噬菌体(phage)。噬菌体已在其天然宿主上进化并且具有非常快的复制和进化速率。噬菌体可以利用其宿主生理学或生物学所表现出的最小的易损性(vulnerability)。同样地，噬菌体结构、生理学和要素的适当利用应当对于最小化或控制细菌导致的问题是有用的。某些细菌通常是无害的，在合适的机会存在时变为致病的或在被引入异常位置或环境时变为可导致问题的。此外，某些细菌组合共同进化并且可以协同运作以补充在菌落个体成员中缺乏的功能。但是，例如在多细胞生物体中，存在许多各种各样的机制来处理不同量的细菌激发，细菌培养物的完全根除通常不是必需的。在许多情况下，细菌群体的不完全根除会降低感染的作用，以允许系统通过例如免疫系统的可选机制来解决问题。统计上，感染性疾病是主要的医学问题。参见，例如Watstein和Jovanovic(2003)StatisticalHandbookonInfectiousDiseases(感染性疾病统计手册)Greenwood,ISBN:1573563757。在美国，每年大约40-70K的死亡来自于医院(医院来源的)血流感染。特别是，在过去的半个世纪，抗生素使临床医学产生革命性变化。自从抗生素现象的最初发现，作用机制和这类突出的治疗实体的开发得到了巨大的进展。参见，例如Therrien和Levesque(2000)FEMSMicrobiol.Rev.24:251-62；Durgess(1999)Chest115(3Suppl):19S-23S；Medeiros(1997)Clin.Infect.Dis.24(Suppl1):S19-45；Jones(1996)Am.J.Med.100(6A):3S-12S；Ford和Hait(1993)Cytotechnology12:171-212；以及Liu(1992)Compr.Ther.18:35-42。2002年，抗生素具有约$320亿的世界范围的销售额。抗生素抗性细菌的广泛出现突出了现有抗菌治疗对于细菌适应的易损性。参见，例如Wise(2007)\AnoverviewoftheSpecialistAdvisoryCommitteeonAntimicrobialResistance(SACAR)(抗菌剂抗性专家顾问委员会概述)\J.Antimicrob.Chemother.60Suppl1:i5-7.PMID:17656382；Finch(2007)\Innovation-drugsanddiagnostics(革新-药物和诊断学)\J.Antimicrob.Chemother.60Suppll:i79-82,PMID:17656390；Walsh(1992)Antibiotics:Actions,Origins,Resistance(抗生素：作用、起源、抗性)Amer.Soc.Microbiol.,ISBN:1555812546；Cunha(1992)AntibioticEssentials(抗生素要素)PhysiciansPress,ISBN:1890114413；Amyes(2003)MagicBullets,LostHorizons:TheRiseandFallofAntibiotics(神奇的子弹，失落的地平线：抗生素的兴衰)Taylor&Francis,ISBN:0415272033；Axelsen(2001)EssentialsofAntimicrobialPharmacology:AGuidetoFundamentalsforPractice(抗菌剂药理学要素：实践基础指南)HumanaPress,ISBN:0896038424；以及Mainous和Pomeroy(eds.2001)ManagementofAntimicrobialsinInfectiousDiseases:ImpactofAntibioticResistance(感染性疾病中抗菌剂的管理：抗生素抗性的影响)HumanaPress,ISBN:0896038211。此外，抗生素抗性的机构在最低选择条件下发展(例如在低浓度的抗生素下)，并且这些机构经常在宿主之间转移。因此，机构在不同生物中进化，并且经常被引入新的宿主，在新的宿主中这些相同的机构被进一步完善和优化。经常，机构的组合被生成、被遗传上连接在一起，并且在细菌宿主之间一起转移。这些组合经常导致编码连接的多药物抗性标记的DNA节段的基因聚类(clustering)。因此，用于减少抗性编码质粒的流行、生长或存活，或用于限制细菌毒力或致病性的改进的方法会具有巨大的功用。该功用可以适用于环境的、局部的(local)、局部的(topical)或特别是体内的定殖(colonization)。本专利技术致力于这些和其他重要的问题。专利技术概述本专利技术部分地基于以下认识：存在可以感染很多不同宿主的多种宽宿主范围噬菌体。参见，例如Grahn,etal.(2006)\PRD1:DissectingtheGenome,StructureandEntry\(PRD1：剖析基本文档来自技高网...

【技术保护点】
用于减少接受体细菌群体的数量的体外方法，其包括以下步骤：(a)将接合型质粒从供体细菌群体转移到所述接受体细菌群体，其中所述接合型质粒编码PRD1噬菌体受体组分并且其中所述转移包括将所述供体细菌群体与所述接受体细菌群体接触；以及(b)将所述接受体细菌群体与PRD1噬菌体接触，其中所述接触将所述噬菌体定位于所述细菌，从而减少所述接受体细菌群体的数量。

【技术特征摘要】
2008.03.10 US 61/035,3041.用于减少接受体细菌群体的数量的体外方法，其包括以下步
骤：
(a)将接合型质粒从供体细菌群体转移到所述接受体细菌群
体，其中所述接合型质粒编码PRD1噬菌体受体组分并且其中所述转
移包括将所述供体细菌群体与所述接受体细菌群体接触；以及
(b)将所述接受体细菌群体与PRD1噬菌体接触，其中所述接
触将所述噬菌体定位于所述细菌，
从而减少所述接受体细菌群体的数量。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述接合型质粒包含重组构建
体，所述重组构建体包含编码所述噬菌体受体组分的节段，所述节段
由在所述接受体细菌群体中有功能的强启动子驱动。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述供体细菌群体包括来自至
少一个选自以下的属的细菌：
埃希氏菌属(Escherichia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、沙门氏菌属
(Salmonella)、变形杆菌属(Proteus)、弧菌属(Vib...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·B·阿巴艾亚，贾亚希拉·马努尔，巴拉希·西瑞兰姆，
申请(专利权)人：冈戈根股份有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US