氨氧化型亚硝化单胞菌菌株D23制造技术

本公开尤其提供了亚硝化单胞菌的优化菌株，其被命名为D23、D23‑100或AOB D23‑100。本申请中所公开的亚硝化单胞菌细菌具有理想的特性(例如，优化的特性)，诸如抑制致病性细菌生长的能力以及增强的产生一氧化氮和一氧化氮前体的能力。本文中的亚硝化单胞菌可以用于例如治疗与低亚硝酸盐水平有关的疾病、皮肤疾病以及由致病性细菌引起的疾病。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】本申请要求2014年4月15日提交的希腊专利申请第20140100217号、2014年5月22日提交的美国临时申请第62/002084号、2014年6月16日提交的美国临时申请第62/012811号、2014年9月22日提交的美国临时申请第62/053588号和2015年3月13日提交的希腊专利申请第20150100115号的优先权，这些申请的内容通过引用整体并入本文中。序列表本申请包含序列表，其已经通过电子方式以ASCII格式提交并以引用的方式整体并入本文中。所述ASCII拷贝创建于2015年4月13日，命名为N2060-7001WO.txt，且大小为3,590,980字节。背景可以使用有益细菌来抑制致病性细菌的生长。细菌和其它微生物在环境中无处不在。致病性细菌的发现和疾病的病菌理论对于健康和疾病状况具有极大的影响。细菌是所有生物的环境内的一个正常部分。在肠道内，这些细菌在正常条件下是不会致病的，并且实际上它们通过使正常的肠内容物较不适于致病生物体存活来促进健康。由多种途径实现疾病预防：消耗营养物，留给病原体较少的营养物；产生不适于病原体存活的条件，如pH和氧张力；产生对病原体有毒性的化合物；病原体被这些微生物作为食物消耗掉；给病原体留有更小的物理空间；以及占据特异性结合位点，给病原体留下更少的可用结合位点。这些有益细菌的存在被视为可有效预防疾病状况。在本领域中需要可以抑制致病性细菌的生长的改良的有益细菌。概述本公开尤其提供了亚硝化单胞菌(N.eutropha)的优化菌株，其被命名为D23、D23-100或AOBD23-100，这些术语可以在本公开的全文中互换使用。亚硝化单胞菌属的氨氧化细菌是普遍存在的革兰氏阴性专性化能自养菌，其具有只从氨转化为亚硝酸盐产生能量的独特能力。本申请中所公开的亚硝化单胞菌细菌具有理想的(例如，优化的)特性，诸如抑制致病性细菌生长的能力以及增强的产生一氧化氮(NO)和一氧化氮前体(NO2-)的能力。本文中的亚硝化单胞菌，例如优化的亚硝化单胞菌，例如优化的亚硝化单胞菌的纯化制剂，可以用于例如治疗疾病，例如与低亚硝酸盐水平有关的疾病、皮肤病症以及由致病性细菌引起的疾病。当在本公开的全文中提及亚硝化单胞菌时，它可以指亚硝化单胞菌的优化菌株或优化的亚硝化单胞菌的纯化制剂。本公开尤其提供了亚硝化单胞菌细菌，例如优化的亚硝化单胞菌，例如优化的亚硝化单胞菌的纯化制剂，其具有选自下列的至少一种特性：优化的生长速率；优化的NH4+氧化速率；和优化的铵离子(NH4+)抗性。所述细菌是任选为纯性的。在实施方案中，优化的生长速率为允许具有约0.15-0.18的OD600(600nm下的光密度)的亚硝化单胞菌的连续培养物在约1至2天内达到约0.5-0.6的OD600的速率。在实施方案中，优化的生长速率为当在分批培养条件下培养时约8小时的倍增时间。在实施方案中，优化的NH4+氧化速率为至少约125微摩尔/分钟的NH4+氧化为NO2-的速率。在实施方案中，优化的NH4+抗性是在包含约200mMNH4+的培养基中生长至少约48小时的能力。在一些实施方案中，优化的亚硝化单胞菌细菌(任选为纯性的)的纯化制剂具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少两种特性。在一些实施方案中，优化的亚硝化单胞菌细菌(任选为纯性的)的纯化制剂具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。在一些实施方案中，优化的亚硝化单胞菌细菌(任选为纯性的)的纯化制剂包含在极高严格度下与SEQIDNO:1杂交的染色体。在一些实施方案中，优化的亚硝化单胞菌细菌(任选为纯性的)的纯化制剂包含与SEQIDNO:6或SEQIDNO:12具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoA蛋白，与SEQIDNO:8或SEQIDNO:14具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoB蛋白，与SEQIDNO:4、SEQIDNO:10或SEQIDNO:16具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的amoC基因，与SEQIDNO:18、SEQIDNO:20或SEQIDNO:22具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的羟胺氧化还原酶蛋白，与SEQIDNO:24、SEQIDNO:26或SEQIDNO:28具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素c554蛋白，或与SEQIDNO:30或SEQIDNO:32具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素cM552蛋白。在一些实施方案中，优化的亚硝化单胞菌细菌(任选为纯性的)的纯化制剂包含表2中的1-5个、5-10个、10-15个、15-20个、20-25个、25-30个或所有序列特征。例如，在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置1处具有突变(例如，位置1处的V)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置160处具有突变(例如，位置160处的L)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置167处具有突变(例如，位置167处的A)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置33处具有突变(例如，位置33处的V)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置165处具有突变(例如，位置165处的I)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置79处具有突变(例如，位置79处的A)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置271处具有突变(例如，位置271处的V)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置85处具有突变(例如，位置85处的S)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置312处具有突变(例如，位置312处的E)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。在一些实施方案中，所述细菌或制剂包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置163处具有突变(例如，位置163处的本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种优化的亚硝化单胞菌(N.eutropha)细菌的纯化制剂，其具有选自下列的至少一种特性：优化的生长速率；优化的NH4+氧化速率；和优化的NH4+抗性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.04.15 GR 20140100217;2015.03.13 GR 20150100111.一种优化的亚硝化单胞菌(N.eutropha)细菌的纯化制剂，其具有选自下列的至少一种特性：优化的生长速率；优化的NH4+氧化速率；和优化的NH4+抗性。2.根据权利要求1所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的生长速率为允许具有约0.15-0.18的OD600(600nm下的光密度)的亚硝化单胞菌的连续培养物在约1至2天内达到约0.5-0.6的OD600的速率。3.根据权利要求1或2所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的生长速率为当在分批培养条件下培养时约8小时的倍增时间。4.根据权利要求1至3中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的NH4+氧化速率为至少约125微摩尔/分钟NH4+氧化为NO2-的速率。5.根据权利要求1至4中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其中所述优化的NH4+抗性是在包含约200mMNH4+的培养基中生长至少约48小时的能力。6.根据权利要求1至5中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少两种特性。7.根据权利要求1至6所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。8.根据权利要求1至7中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含在极高严格度下与SEQIDNO:1杂交的染色体。9.根据权利要求1至8中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与SEQIDNO:6或SEQIDNO:12具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoA蛋白，与SEQIDNO:8或SEQIDNO:14具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的AmoB蛋白，与SEQIDNO:4、SEQIDNO:10或SEQIDNO:16具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的amoC基因，与SEQIDNO:18、SEQIDNO:20或SEQIDNO:22具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的羟胺氧化还原酶蛋白，与SEQIDNO:24、SEQIDNO:26或SEQIDNO:28具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素c554蛋白，或与SEQIDNO:30或SEQIDNO:32具有选自至少约80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％和100％相同的同一性的细胞色素cM552蛋白。10.根据权利要求1至9中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含表2中的1-5个、5-10个、10-15个、15-20个、20-25个、25-30个或所有序列特征。11.根据权利要求10所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置1处具有突变(例如，位置1处的V)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。12.根据权利要求10至11中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置160处具有突变(例如，位置160处的L)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。13.根据权利要求10至12中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置167处具有突变(例如，位置167处的A)的AmoA1或AmoA2蛋白(或编码所述突变的AmoA1或AmoA2基因)。14.根据权利要求10至13中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置33处具有突变(例如，位置33处的V)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。15.根据权利要求10至14中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置165处具有突变(例如，位置165处的I)的AmoB1或AmoB2蛋白(或编码所述突变的AmoB1或AmoB2基因)。16.根据权利要求10至15中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置79处具有突变(例如，位置79处的A)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。17.根据权利要求10至16中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置271处具有突变(例如，位置271处的V)的AmoC3蛋白(或编码所述突变的AmoC3基因)。18.根据权利要求10至17中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置85处具有突变(例如，位置85处的S)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。19.根据权利要求10至18中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置312处具有突变(例如，位置312处的E)的Hao1、Hao2或Hao3蛋白(或编码所述突变的Hao1、Hao2或Hao3基因)。20.根据权利要求10至19中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置163处具有突变(例如，位置163处的A)的Hao1蛋白(或编码所述突变的Hao1基因)。21.根据权利要求10至20中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置65处具有突变(例如，位置65处的T)的c554CycA1、c554CycA2或c554CycA3蛋白(或编码所述突变的c554CycA1、c554CycA2或c554CycA3基因)。22.根据权利要求10至21中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置186处具有突变(例如，位置186处的T)的c554CycA1蛋白(或编码所述突变的c554CycA1基因)。23.根据权利要求10至22中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置63处具有突变(例如，位置63处的V)的cM552CycB1或cM552CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1或cM552CycB2基因)。24.根据权利要求10至23中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置189处具有突变(例如，位置189处的P)的cM552CycB1或cM552CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1或cM552CycB2基因)。25.根据权利要求10至24中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置206处具有突变(例如，位置206处的insE)的cM552CycB1或cM552CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1或cM552CycB2基因)。26.根据权利要求10至25中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置207处具有突变(例如，位置207处的insE)的cM552CycB1或cM552CycB2蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1或cM552CycB2基因)。27.根据权利要求10至26中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置195处具有突变(例如，位置195处的insD)的cM552CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1基因)。28.根据权利要求10至27中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置196处具有突变(例如，位置196处的insD)的cM552CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1基因)。29.根据权利要求10至28中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在位置197处具有突变(例如，位置197处的insD)的cM552CycB1蛋白(或编码所述突变的cM552CycB1基因)。30.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含相对于野生型细菌如亚硝化单胞菌菌株C91的至少一种结构差异，例如至少一种突变。31.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含可以使用本文所述的引物对(例如，包含SEQIDNO:64的序列的引物和包含SEQIDNO:65的序列的引物)扩增的核酸。32.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与图6的基因或由图6的基因编码的蛋白质至少80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％或100％相同的核酸或蛋白质。33.根据前述权利要求中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌的制剂，其包含与SEQIDNO:64-66中任一个的序列或由SEQIDNO:64-66中任一个的序列编码的蛋白质至少80％、85％、90％、95％、98％、99％、99.5％或100％相同的核酸或蛋白质。34.一种亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其包含位于氨单加氧酶基因、羟胺氧化还原酶基因、细胞色素c554基因或细胞色素cm552基因中的相对于野生型细菌如亚硝化单胞菌菌株C91的突变。35.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoA1基因中。36.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoA2基因中。37.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoB1基因中。38.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoB2基因中。39.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于amoC3基因中。40.根据权利要求34至39中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。41.根据权利要求34至39中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。42.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao1基因中。43.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao2基因中。44.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于hao3基因中。45.根据权利要求42至44中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。46.根据权利要求42至44中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。47.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA1基因中。48.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA2基因中。49.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA3基因中。50.根据权利要求47至49中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。51.根据权利要求47至49中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。52.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于cM552cycB1基因中。53.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于c554cycB2基因中。54.根据权利要求52至53中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变位于在本文如表2中描述的位置。55.根据权利要求52至53中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其中所述突变为在本文如表2中描述的突变。56.根据权利要求1所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其包含位于氨单加氧酶基因、羟胺氧化还原酶基因、细胞色素c554基因或细胞色素cm552基因中的突变。57.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoA1基因中。58.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoA2基因中。59.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoB1基因中。60.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoB2基因中。61.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于amoC3基因中。62.根据权利要求57至61中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。63.根据权利要求57至61中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。64.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao1基因中。65.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao2基因中。66.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于hao3基因中。67.根据权利要求64至66中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。68.根据权利要求64至66中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。69.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA1基因中。70.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA2基因中。71.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于c554cycA3基因中。72.根据权利要求69至71中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。73.根据权利要求69至71中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。74.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于cM552cycB1基因中。75.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于cM552cycB2基因中。76.根据权利要求56、74和75中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变位于本文如表2中所描述的位置。77.根据权利要求56、74和75中任一项所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其中所述突变为本文如表2中所描述的突变。78.根据权利要求34所述的亚硝化单胞菌细菌或其纯化制剂，其具有在amoA1基因、amoA2基因、amoB1基因、amoB2基因、amoC3基因、hao1基因、hao2基因、hao3基因、c554cycA1基因、c554cycA2基因、c554cycA3基因、cM552cycB1基因和c554cycB2基因中的一个或多个的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个位置处的突变。79.根据权利要求56所述的优化的亚硝化单胞菌细菌的纯化制剂，其具有在amoA1基因、amoA2基因、amoB1基因、amoB2基因、amoC3基因、hao1基因、hao2基因、hao3基因、c554cycA1基因、c554cycA2基因、c554cycA3基因、cM552cycB1基因和c554cycB2基因中的一个或多个的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35个位置处的突变。80.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含在高严格度下与SEQIDNO:1杂交的染色体。81.根据权利要求80所述的亚硝化单胞菌细菌，其中所述染色体在极高严格度下与SEQIDNO:1杂交。82.根据权利要求80或81所述的亚硝化单胞菌细菌，其包含图6-8的基因中的至少一个或与所述至少一个基因具有至少80％同一性的基因。83.根据权利要求80或81所述的亚硝化单胞菌细菌，其包含图6-8的基因中的至少一个。84.根据权利要求80至82中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其缺少与SEQIDNO:2或SEQIDNO:3至少约80％相同的任何质粒。85.根据权利要求80至84中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其缺少任何质粒。86.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:7至少约98.9％相同的AmoA1基因以及与SEQIDNO:13至少约98.8％相同的amoA2基因。87.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白以及与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白。88.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:9至少约99.2％相同的amoB1基因以及与SEQIDNO:15至少约99.2％相同的amoB2基因。89.根据权利要求88所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含与SEQIDNO:7或SEQIDNO:13至少约98.9％相同的AmoA1或amoA2基因中的一个或多个。90.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白或与SEQIDNO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白。91.根据权利要求90所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白以及与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白。92.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQIDNO:11至少约99.9％相同的amoC2基因以及与SEQIDNO:17至少约99.0％相同的amoC3基因。93.根据权利要求92所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQIDNO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQIDNO:9至少约99.2％相同的amoB1基因以及与SEQIDNO:15至少约99.2％相同的amoB2基因。94.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含与SEQIDNO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白。95.根据权利要求94所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQIDNO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白以及与SEQIDNO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白。96.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQIDNO:21至少约99.5％相同的hao2基因以及与SEQIDNO:23至少约99.3％相同的hao3基因。97.根据权利要求96所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQIDNO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQIDNO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQIDNO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEQIDNO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQIDNO:11至少约99.9％相同的amoC2基因以及与SEQIDNO:17至少约99.0％相同的amoC3基因。98.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQIDNO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白以及与SEQIDNO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白。99.根据权利要求98所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQIDNO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQIDNO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白或与SEQIDNO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白。100.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:25至少约98.1％相同的cycA1基因、与SEQIDNO:27至少约98.8％相同的cycA2基因以及与SEQIDNO:28至少约99.4％相同的cycA3基因。101.根据权利要求100所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQIDNO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQIDNO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQIDNO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEEQIDNO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQIDNO:11至少约99.9％相同的amoC2基因、与SEQIDNO:17至少约99.0％相同的amoC3基因、与SEQIDNO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQIDNO:21至少约99.5％相同的hao2基因以及与SEQIDNO:23至少约99.3％相同的hao3基因。102.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:24至少约99.2％相同的CycA1蛋白、与SEQIDNO:26至少约99.7％相同的CycA2蛋白以及与SEQIDNO:28至少约99.7％相同的CycA3蛋白。103.根据权利要求102所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQIDNO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQIDNO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQIDNO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白、与SEQIDNO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQIDNO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白以及与SEQIDNO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白。104.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:31至少约96.8％相同的cycB1基因以及与SEQIDNO:33至少约97.2％相同的cycB2基因。105.根据权利要求104所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:7至少约98.9％相同的amoA1基因、与SEQIDNO:13至少约98.9％相同的amo2基因、与SEQIDNO:9至少约99.2％相同的amoB1基因、与SEQIDNO:15至少约99.2％相同的amoB2基因、与SEQIDNO:5至少约99.9％相同的amoC1基因、与SEQIDNO:11至少约99.9％相同的amoC2基因、与SEQIDNO:17至少约99.0％相同的amoC3基因、与SEQIDNO:19至少约99.1％相同的hao1基因、与SEQIDNO:21至少约99.5％相同的hao2基因、与SEQIDNO:23至少约99.3％相同的hao3基因、与SEQIDNO:25至少约98.1％相同的cycA1基因、与SEQIDNO:27至少约98.8％相同的cycA2基因以及与SEQIDNO:28至少约99.4％相同的cycA3基因。106.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:30至少约97.2％相同的CycB1蛋白或与SEQIDNO:32至少约98.8％相同的CycB2蛋白。107.根据权利要求106所述的亚硝化单胞菌细菌，其进一步包含下列中的一个或多个：与SEQIDNO:6至少约99.0％相同的AmoA1蛋白、与SEQIDNO:12至少约99.0％相同的AmoA2蛋白、与SEQIDNO:8至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQIDNO:14至少约99.6％相同的AmoB1蛋白、与SEQIDNO:16至少约99.4％相同的AmoC3蛋白、与SEQIDNO:18至少约99.6％相同的Hao1蛋白、与SEQIDNO:20至少约99.7％相同的Hao2蛋白、与SEQIDNO:22至少约99.7％相同的Hao3蛋白、与SEQIDNO:24至少约99.2％相同的CycA1蛋白、与SEQIDNO:26至少约99.7％相同的CycA2蛋白以及与SEQIDNO:28至少约99.7％相同的CycA3蛋白。108.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含根据SEQIDNO:5、SEQIDNO:7、SEQIDNO:9、SEQIDNO:11、SEQIDNO:13、SEQIDNO:15、SEQIDNO:17、SEQIDNO:19、SEQIDNO:21、SEQIDNO:23、SEQIDNO:25、SEQIDNO:27、SEQIDNO:29、SEQIDNO:31和SEQIDNO:33的一种或多种基因。109.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含根据SEQIDNO:4、SEQIDNO:6、SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:16、SEQIDNO:18、SEQIDNO:20、SEQIDNO:22、SEQIDNO:24、SEQIDNO:26、SEQIDNO:28、SEQIDNO:30和SEQIDNO:32的一种或多种蛋白质。110.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在表2中列出的至少1个、2个、3个、4个、5个、10个、15个、20个、25个、30个或所有氨基酸位置突变的蛋白质。111.一种亚硝化单胞菌细菌，其包含相对于亚硝化单胞菌菌株C91在表2中列出的所有氨基酸位置具有突变的蛋白质。112.根据权利要求1至111中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其为转基因的。113.根据权利要求80至112中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少一种特性。114.根据权利要求113所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有选自优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性的至少两种特性。115.根据权利要求113所述的亚硝化单胞菌细菌，其具有优化的生长速率、优化的NH4+氧化速率和优化的NH4+抗性。116.一种组合物，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌，其中所述组合物大体上不含其它生物体。117.一种组合物，其包含根据权利要求1至115中任一项所述的亚硝化单胞菌细菌且进一步包含第二生物体，其中所述组合物大体上不含其它生物体。118.根据权利要求117所述的组合物，其中所述第二生物体为氨氧化细菌。119.根据权利要求117所述的组合物，其中所述第二生物体选自由亚硝化单胞菌属、亚硝化球菌属、亚硝化螺菌属、亚硝化囊菌属...

【专利技术属性】
技术研发人员：DR惠特洛克，I格里洛斯，S贾马斯，L韦斯，
申请(专利权)人：AO生物医学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国;US