本发明专利技术公开了SNP标记及其应用。其中，该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第31位碱基A或G。本发明专利技术的SNP标记与猪的繁殖性状紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种。
【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术公开了SNP标记及其应用。其中，该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第31位碱基A或G。本专利技术的SNP标记与猪的繁殖性状紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种。【专利说明】SNP标记及其应用
本专利技术涉及SNP标记及其应用。具体地，本专利技术涉及猪繁殖性状相关的SNP标记， 一组用于检测该SNP标记的引物和试剂盒，前述SNP标记、引物、试剂盒在猪选育中的用途， 以及检测猪繁殖性状的方法。
技术介绍
我国是猪肉消费的第一大国，然而，猪的养殖繁育技术还不够成熟，规模化养殖生 产效益低，无法满足国民对猪肉产品的需求。因而，目前提高猪养殖技术，扩大猪养殖规模， 迅速发展猪养殖产业，对于促进养殖户增收，满足国民对猪肉产品需求，优化猪养殖业结构 有重要意义。其中，繁殖性能是猪养殖的一个重要经济性状，其是决定规模化养猪生产效益 的关键因素之一。即及时、早期选择繁殖性状优良的猪进行育种、养殖，对猪育种和实际生 产来说非常重要。目前虽然传统数量遗传学在指导家畜育种中起到了重要作用，但是繁殖 性状遗传力低、性状表现晚，通过常规选择难以有所进展。 分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选 择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育 种方法。目前，针对繁殖性状优良的猪的选育，人们希望通过寻找影响繁殖性能的主效基 因，进而筛选获得与繁殖性状密切相关的分子标记辅助育种，以便实现早期选种、提高育种 准确性，并有效加快育种进展，提高猪的繁殖性能，获得较大的经济效益。 然而，现阶段能够有效用于猪育种的繁殖性状相关的分子标记仍有待挖掘。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的 在于提出一种与猪繁殖性状相关，能够有效用于猪选育的SNP标记。 其中，SNP (single nucleotide polymorphism, SNP，即单核苷酸多态性）是 1996 年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主 要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性 仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。 需要说明的是，本专利技术是基于专利技术人的下列发现而完成的： 专利技术人利用候选基因法，选取可能与繁殖性状相关的基因，通过NCBI的SNP数 据库（http://www. ncbi. nlm. nih. gov/snp/)，调取了这些基因相关的SNP位点，然后利用 Blast 方法，在 ensembl 数据库中（http: //asia. ensembl. org/Multi/Tools/Blast ? db = core)获取SNP位点周围lOOObp的核苷酸序列，并设计扩增引物，采用飞行时间质谱技术， 以大白猪、长白猪、杜洛克猪共338头的基因组DNA为样本，直接检测这些SNP的基因型数 据；并分析了这些SNP的基因型与猪繁殖性状的相关性。结果发现，猪17号染色体上BMP2 基因上的一个SNP - rs342665431 (即SEQ ID N0 :1所示核苷酸序列自5'端起第31位碱基 A或G)与猪的繁殖性能显著相关。 为此，根据本专利技术的一个方面，本专利技术提供了一种猪繁殖性状相关的SNP标记。 根据本专利技术的实施例，该SNP标记为SEQ ID N0 :1所示核苷酸序列自5'端起第31位碱 基A或G。根据本专利技术的实施例，SEQ ID N0:1所示核苷酸序列如下：TGACAGGCATCTCC TTCTACTGAATCAGGcjA Cj|TCTTCATATTTAAGTTTTGTGTGGGGACCATTTCCAACTGA A(SEQ ID NO ：1)〇 需要说明的是，本文中所采用的表达方式"猪繁殖性状"主要以猪的总产仔数，活 仔数和断奶头数来衡量。 另外，如前所述，上述SNP标记位于猪17号染色体的BMP2基因上。BMP基因家族 是一类骨形态发生蛋白基因家族，最初能诱导软骨的合成，后期能促进骨组织的合成。到 目前为止，已有30多种BMP基因被克隆，除BMP1是蛋白酶外，其余都属于转移生长因子 0 (transforming growth factor-0，TGF0)超家族成员。除骨发育以外，BMP家族与多个 生物学过程相关，包括繁殖系统的发育与生理功能，一些基因甚至已被鉴定与家畜动物繁 殖性能相关，如BMP15。BMP15在卵母细胞中表达，该基因可能涉及到卵泡细胞增殖、分化的 调节，其突变或失活可能影响动物的繁殖性状。2000年Galloway SM等发现BMP15基因对 Cambridge、Inverdale、Belclare等品种绵羊高繁殖力有显著的影响。BMP2基因是BMP基 因家族一员，该基因的表达对于成骨细胞分化是必不可少的，已有文献证明其与猪的生长 性能相关。然而，BMP2基因与猪繁殖性能的关系还未见报道。 专利技术人发现，该SNP标记的位点处基因型为AG的猪繁殖能力显著高于此处基因型 为纯合AA的猪，而低于此处基因型为纯合GG的猪。进而，根据本专利技术的实施例，通过检测 猪的上述SNP，能够有效地确定其繁殖性状，具体地，如前所述，该SNP位点为纯合GG的猪繁 殖性能显著优于此处基因型为AG的猪，而该SNP位点为AG的猪繁殖性能显著优于此处基 因型为纯合AA的猪，从而当该SNP位点的基因型为GG时，能够确定待测猪属于繁殖性能非 常好的个体；当该SNP位点的基因型为AG时，能够确定待测猪的繁殖性能一般；而当该SNP 位点的基因型为AA时，能够确定待测猪的繁殖性能较差。由此，专利技术人确定，本专利技术的SNP 标记与猪的繁殖性状紧密相关，能够有效用于猪的分子标记辅助育种。进而能够根据实际 育种需求早日选择具有相应繁殖性能的猪育种材料，即对育种材料进行早期选择，进而能 够有效提高育种的效率和准确性，提高猪繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育 出猪优良品种，提高养殖产业的经济效益。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的 SNP标记进行猪分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。 根据本专利技术的另一方面，本专利技术还提供了一组用于检测前面所述的本专利技术的SNP 标记的引物。根据本专利技术的实施例，该组引物具有SEQ ID N0 :2-4所示的核苷酸序列，具 体如下： 5' -ACGTTGGATGAAGTAGCCTACCTTCTTGAG-3r (SEQ ID NO :2)，其中横线标注序列 为该引物携带的10个碱基标签； 5' -ACGTTGGATGGCTTTTTGTCCACTCAGAGC-3r (SEQ ID NO :3)，其中横线标注序列 为该引物携带的10个碱基标签； 5' -CACACAAAACTTAAATATGAAGA-3r (SEQ ID NO ：4)〇 根据本专利技术的实施例，本专利技术的上述引物具有非常好的特异性，利用本专利技术的引 物能够准确有效地对待测猪的上述与繁殖性状相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增， 进而通过测序或飞行时间质谱检测能够有效实现对该SNP标记的检测，确定待测猪本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种猪繁殖性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第31位碱基A或G。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：崔京京，何祝君，张清峰，李勇，杜玉涛，肖丽萍，孙达，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44
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