SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了SNP标记及其应用。其中，该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第381碱基T或C。本发明专利技术的SNP标记与斜带石斑鱼的体重性状紧密相关，能够有效用于斜带石斑鱼的分子标记辅助育种。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及SNP标记及其应用。具体地，本专利技术涉及斜带石斑鱼体重性状相关的SNP标记，用于检测权利要求1所述的SNP标记的引物对和试剂盒，前述SNP标记、引物对、试剂盒在斜带石斑鱼选育中的用途，以及检测斜带石斑鱼体重性状的方法。
技术介绍
石斑鱼是名贵的海水经济鱼类。近十多年来，石斑鱼人工繁育技术已相对成熟，石斑鱼的养殖规模也逐渐扩大，石斑鱼产业的迅速发展，对于促进渔民增收，满足国民水产品需求，优化水产养殖业结构有重要意义。但是，种质退化，优良品种缺乏是石斑鱼产业可持续健康发展的主要瓶颈。因此，培育石斑鱼优良新品种已成为我国石斑鱼产业发展的关键。传统的鱼类选育方法完全依赖于表型，存在周期长和效率低等无法逾越的障碍。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为鱼类育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在鱼类育种中的作用将日益突出。在石斑鱼的育种中，人们希望通过对于生长性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。然而，现阶段能够有效用于石斑鱼育种的生长性状相关的分子标记仍有待挖掘。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种与石斑鱼生长性状相关，能够有效用于石斑鱼选育的SNP标记。其中，需要说明的是，SNP（single nucleotide polymorphism,SNP，即单核苷酸多态性）是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。根据本专利技术的一个方面，本专利技术提供了一种斜带石斑鱼体重性状相关的SNP标记。根据本专利技术的实施例，该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第381位碱基T或C。根据本专利技术的实施例，SEQ ID NO：1所示核苷酸序列如下：ACAGAGGAACAGACTGCGACACAACACCGGCAAGAAACCTGAAACCTCCTGTGCAGAGCAGACTTATCAGTACAGAGAGCAGAGTTAGCATTAGCATCGTGAACAGTGTGCAGTTTTTCGATGCAAACCAGACCCTAAAGCTTCCATTTACTATCTACCGAAAGACCCCATTAAAGCAGGTGTTATTGTGTGTTTCACAACCGTTAACGTTGTATGAACCACTGCCAGCTAGCCTACAAGCTAACTAACAACGTGAACAAATAAAAGCAGCACTCTCTCAGACCTGCACGACAGAATAGGTCATGAACAGCCACAAAACGACCTATATTACAGTCCTAAATACAGCAGTTTTAAACACATACTTCGAGTCATGAAACTGTYGTAGCTACGCTCATAAACTATGTGGTTACGTATTGGAAAGATATCATGGTTTGGCACACAACACGTCACATTTGTCACTAGTGTAGCATGCTACCCATCCTAGCATATTACGCTACATTGTTTAAAAGAAGTCAACCTTGACTTAGGGACATGAACACCGCTGGGTCAAAGTCCTGTGTTTGTTTGACCCATCCACCACAAATCCCACCCACCTTATAGGGGCTTCTTTGAAATTTGTACAACATAGGACGGTCGTTTTTATGCTTCATCATATCTCATCTGCTCCTGTTATAATTACTATGGCCACTGGCTTGCAATAAACATACGTATGGGTCGTTATAAGCTGCTTTGACAGTCGACCTATGTGGTTGTGTCTTTGGTGAGAGTGGGCTAAAGTAAAGATTTTACACTTGCTATTCTACGTCTGCTAGTTGCCAG(SEQ ID NO：1)。专利技术人发现，该SNP标记的位点处基因型为纯合TT的斜带石斑鱼的体重显著高于此处基因型为纯合CC或杂合TC的斜带石斑鱼。进而，根据本专利技术的实施例，通过检测斜带石斑鱼的上述SNP，能够有效地确定其体重性状，具体地，如前所述，该SNP位点为纯合TT的斜带石斑鱼的体重显著高于此处基因型为纯合CC或杂合TC的斜带石斑鱼，例如该SNP位点的基因型为TT时，则能够确定待测斜带石斑鱼的属于生长速度快的个体。由此，专利技术人确定，本专利技术的SNP标记与斜带石斑鱼的体重性状（在本文中有时也称为“生长速度性状”）紧密相关，能够有效用于斜带石斑鱼的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求选择生长速度对斜带石斑鱼育种材料进行早期选择，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高斜带石斑鱼繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出斜带石斑鱼优良品种。此外，根据本专利技术的一些实施例，利用本专利技术的SNP标记进行斜带石斑鱼分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。根据本专利技术的另一方面，本专利技术还提供了一种用于检测前面所述的本专利技术的SNP标记的引物对。根据本专利技术的实施例，所述引物对具有SEQ ID NO：2-3所示的核苷酸序列。具体地，本专利技术的引物对的序列如下所示：上游引物：ACAGAGGAACAGACTGCGACAC(SEQ ID NO：2)；下游引物：CTGGCAACTAGCAGACGTAGAA(SEQ ID NO：3)。根据本专利技术的实施例，利用本专利技术的引物对能够有效地对待测斜带石斑鱼的上述与体重性状相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增，进而通过测序能够有效实现对该SNP标记的检测，确定待测斜带石斑鱼该SNP标记位点的基因型，进而能够有效确定待测斜带石斑鱼的体重性状。具体地，该SNP标记位点处基因型为纯合TT的斜带石斑鱼的体重显著高于此处基因型为纯合CC或杂合TC的斜带石斑鱼，例如该SNP位点的基因型为TT时，则能够确定待测斜带石斑鱼的属于生长速度快的个体。由此，用于检测前面所述的本专利技术的SNP标记的引物对，能够有效用于斜带石斑鱼的分子标记辅助育种，进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育斜带石斑鱼优良品种。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种斜带石斑鱼体重性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第381位碱基T或C。

【技术特征摘要】
1.一种斜带石斑鱼体重性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标
记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第381位碱基T或C。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的TT
基因型个体的体重显著高于CC和TC基因型个体。
3.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP标记的引物对，其特征在于，
所述引物对具有SEQ ID NO：2-3所示的核苷酸序列。
4.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于，
包含：
权利要求3所述的引物对。
5.权利要求1或2所述的SNP标记、权利要求3所述的引物对或权利要
求4所述的试剂盒，在斜带石斑鱼选育中的用途。
6.一种检测斜带石斑鱼体重性状的方法，其特征在于，通过对待测斜带石
斑鱼进行权利要求1或2...

【专利技术属性】
技术研发人员：游欣欣，石琼，张勇，杨成业，阮志强，束礼平，蒙子宁，张海发，林浩然，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，深圳华大水产科技有限公司，中山大学，广东省大亚湾水产试验中心，
类型：发明
国别省市：广东;44