一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法技术

一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法，所述与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11‑G11的碱基突变，导致多态性；本发明专利技术通过运用了全基因组关联分析的方法寻找得到了与猪病毒免疫性状相关的SNP分子标记，可用于猪细胞因子性状的检测，即作为猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用，为猪病毒免疫性状的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。

【技术实现步骤摘要】
一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法
本专利技术涉及SNP标记的
，尤其涉及一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记及其制备方法。
技术介绍
我国养猪业历史悠久，养殖规模与技术不断扩大与提高。然而，养猪业的发展也面临着挑战，其中猪的疫病控制能力尚低，对疾病的监测、诊断、防御和扑灭等环节仍需要加强。为了防御疾病，药物的大量使用使得猪肉食品安全问题突出，因此，从培育抗病品系入手，是改善养猪行业的新策略和热门研究方向。全基因组关联分析(GWAS，genome-wideassociationstudies)自1996年被提出(RishN,MerikangasK,1996)，近些年成为研究复杂性状的新方法，特别是在畜禽的重要经济性状、疾病的抗性、品种的特征等性状研究的应用，大大丰富了畜禽标记辅助选择(MAS,markerassistedselection)可用的分子标记，为畜禽重要经济性状提供了遗传基础，从而克服了连锁分析的局限性。Klein等人利用全基因组关联分析首次报道了与年龄相关的视网膜黄斑变性，在医学界运用人类基因组中数量众多的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism，SNP)为标记对病例进行关联分析，从而发现影响复杂疾病的遗传基础，这在人类疾病研究中是一大突破。如最近利用GWAS发现在TCF7L2和CDKN2A/2B基因上存在与亚洲人、印度人早发型II型糖尿病有关的SNPs(ChidambaramMetal.,2016)。在畜禽上，Daetwyler等人利用Affymetrix公司的10KSNP芯片对484头荷斯坦奶牛进行方差组分连锁分析和连锁不平衡单点回归分析发现了与305天产奶量、乳汁率、乳蛋白含量；体细胞评分；个体寿命；产犊间隔；初产年龄相关的102个潜在的QTL和144个显著相关的SNPs。依赖于基因分型和高通量测序，传统的分子标记GWAS通过基因分型寻找可能影响人类疾病的基因多态。如果将GWAS与临床结合起来，运用抗原作为探针，就可以利用细胞GWAS寻找真正影响发病机制的基因多态。IFNγ(interferongamma)是II型干扰素的唯一成员，由活化的T细胞和自然杀伤细胞产生，具有激活激活巨噬细胞并促进其功能，促进多种细胞表达MHCI类和MHCII类分子，促进Th0细胞分化成Th1细胞，并抑制Th2细胞增殖等作用。Ben等人的研究发现，IFNγ基因存在多态，相比于正常人，在慢性乙型肝炎患者中AA基因型更容易产生低水平的IFNγ，这可能降低对乙型肝炎病毒的敏感性；另有研究表明IFNγ可以通过抑制粒细胞趋化蛋白2的生成而对胶原诱导性关节炎起保护作用；研究还发现IFNγ能抗肝纤维化；最新研究发现在I型糖尿病患者自然杀伤细胞上的MHCI类限制性T细胞相关分子CRTAM可以触发分泌IFNγ的自然杀伤细胞IFNγ的表达，表明CRTAM可以作为鉴定炎性细胞的一个标。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提出一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，以此作为猪病毒免疫性状相关的SNP分子标记在标记辅助选择中应用。本专利技术的另一个目的在于提出一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，可有效确定与猪病毒免疫性状相关联的SNPs。为达此目的，本专利技术采用以下技术方案：一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11-G11的碱基突变，导致多态性。进一步说明，所述SNP分子标记在猪病毒免疫性状检测中应用。进一步说明，所述SNP分子标记位于1号染色体的264617769处，即为等位基因的突变位点，所述SNP分子标记与细胞因子IFNγ呈极显著相关。一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，包括如下步骤：(1)提取猪基因组DNA；(2)Elisa细胞因子检测：对35日龄小猪进行PolyI:C模拟病毒刺激，刺激4小时后采血，分离血清进行Elisa细胞因子检测；(3)基因分型：将所述猪基因组DNA样品在全基因组芯片上做基因分型；(4)细胞因子与基因型间的关联分析：采用PLINK软件进行数据的质量控制；采用GenABEL软件包进行全基因组关联分析，从中选取与IFNγOD值显著关联的SNP，注释该SNP，再通过生物信息学方法对目标区域内的基因进行功能注释，确定与猪病毒免疫性状相关联的SNPs。进一步说明，所述Elisa细胞因子检测，包括如下步骤：(1)用标准品稀释液倍比稀释IFNγ标准液使终浓度分别为500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；(2)用Streptavidin-HRP稀释液将Streptavidin-HRP稀释至终浓度2.5μL/mL；(3)在酶标板中每孔加50μL标准稀释液或待测样品，室温孵育1h；(4)用Washbuffer清洗3次，每孔加100μL生物素标记的抗体，室温孵育1h；(5)用Washbuffer清洗3次，每孔加100μLStreptavidin-HRP，室温孵育30min；(6)Washbuffer清洗3次，每孔加100μLTMB底物，避光反应30min；(7)每孔加100μLstopsolution终止反应；(8)酶标仪绘制标准曲线，测待测样品OD值。进一步说明，所述提取猪基因组DNA为从猪血液中提取猪基因组DNA，按常规DNA提取方法得到DNA溶液，并将所述DNA溶液和1μL加样缓冲液混匀，上样于1.2％的琼脂糖凝胶，120V电压电泳20～25分钟，紫外灯下观测电泳结果并拍照，判断DNA的完整性；对提取后的DNA进行质量检测，A260/A280的比值在1.8-2.2之间，A260/A230在1.8-2.2之间被判定为合格。进一步说明，所述全基因组芯片中包含61177个SNP位点，所述质量控制为采用PLINK软件对所有个体的原始基因型数据进行质控检验，以SNP基因型检出率(SNPcallrate)>90％、最小等位基因频率(minorallelefrequency,MAF)>0.01、哈代-温伯格平衡(Hardy-WeinbergEquilibrium,HWE)检验的P值<10-5以及样本检出率(samplecallrate)>90％指标为标准，质控后共得到43481个SNP。本专利技术的有益效果：本专利技术通过运用了全基因组关联分析的方法寻找得到了与猪病毒免疫性状相关的SNP分子标记，其中从获得的核苷酸序列可以看到在该序列的第11位碱基处有一个A11-G11的碱基突变，导致多态性；所述的SNP分子标记可用于猪细胞因子性状的检测，即作为猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记在标记辅助选择中的应用，为猪病毒免疫性状的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。附图说明图1是本专利技术一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法的一个实施例的技术流程图；图2是本专利技术得到的DRGA0002194分子标记序列，其中DRGA0002194是原SNP芯片序列号码，经过检测分析得到本专利技术关联的SNP分子标记；该SNP分子标记位于猪1号染色体的264617769本文档来自技高网...

【技术保护点】
一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11‑G11的碱基突变，导致多态性。

【技术特征摘要】
1.一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记的核苷酸序列为：CACTTTAGGA[A/G]TTCCTGTTTT，所述核苷酸序列的11bp处有一个A11-G11的碱基突变，导致多态性。2.根据权利求1所述的一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记在猪病毒免疫性状检测中应用。3.根据权利求1所述的一个与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP分子标记位于1号染色体的264617769处，即为等位基因的突变位点，所述SNP分子标记与细胞因子IFNγ呈极显著相关。4.一种如权利要求1～3中任意一项所述的与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：包括如下步骤：(1)提取猪基因组DNA；(2)Elisa细胞因子检测：对35日龄小猪进行PolyI:C模拟病毒刺激，刺激4小时后采血，分离血清进行Elisa细胞因子检测；(3)基因分型：将所述猪基因组DNA样品在全基因组芯片上做基因分型；(4)细胞因子与基因型间的关联分析：采用PLINK软件进行数据的质量控制；采用GenABEL软件包进行全基因组关联分析，从中选取与IFNγOD值显著关联的SNP，注释该SNP，再通过生物信息学方法对目标区域内的基因进行功能注释，确定与猪病毒免疫性状相关联的SNPs。5.根据权利要求4所述的一种与猪细胞因子IFNγ相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于：所述Elisa细胞因子检测，包括如下步骤：(1)用标准品稀释液倍比稀释IFNγ标准液使终浓度分别为500、250、125、62、31、16、8、0pg/mL；(2)用Streptavidin-HRP稀释液将Streptavidin-HRP稀释...

【专利技术属性】
技术研发人员：李奎，倪娟，张杰，朱猛进，周荣，李训碧，于辉，李华，
申请(专利权)人：佛山科学技术学院，
类型：发明
国别省市：广东,44