一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法技术

本发明专利技术公开了一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法，首先提取苎麻种质资源的DNA，然后通过EST-SSR引物进行PCR扩增，根据扩增带型构建苎麻的分子身份证，以区分和鉴定苎麻品种。本发明专利技术方法具有以下优势：首先，分子身份证编码原则方面，直接规定了第N个标记引物的扩增结果对应分子身份证的第N位，省略对标记名称的表述；同时，由于每个标记的引物扩增的带型不超过9，因此保证了分子身份证每1位上也只有1位数，书写非常简洁。其次，EST-SSR引物形成和实验操作过程简单，易操作，扩增带型清晰稳定，重复性好。该方法为准确鉴别苎麻种质资源，尤其是同物异名和同名异物现象奠定了基础，也为新品种保护奠定了基础。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于植物品种的分子生物学鉴定方法
，具体涉及一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法。
技术介绍
芒麻(Boehmeria nivea L.Gaud),又叫“中国草”,起源于中国，为荨麻科芒麻属的多年生宿根性草本植物，是中国特色的天然纺织原料。除传统的纤维价值外，苎麻的药用价值、饲料用途、水土保持、工业原料、生物能源等多功能用途已开始受到关注。迄今为止，我国是收集、保存苎麻属种质资源最多的国家，仅国家种质长沙苎麻圃就拥有2000多份材料，其中的栽培资源已广泛为育种和生产所利用。在收集种质资源的过程中发现，苎麻存在同物异名和同名异物现象。而且，随着选育品种的增加，面对如此多的新种质，进行品种鉴定不仅对苗木繁育具有重要意义，也是保护这些品种知识产权的需要。传统上苎麻一般采用形态性状进行种质鉴定。采用田间调查品种性状的方法，时间长，费用高；且苎麻为宿根性多年生植物，生命周期长，种质资源间的形态差异性状少，利用传统的形态学性状鉴定方法区分种质较为困难。随着DNA分子标记的不断发展和完善，从分子水平上对种质的遗传特异性快速、准确、经济、不受环境条件影响的鉴定成为可能。我们课题组2010年利用ISSR分子标记技术构建了 42份苎麻种质的分子身份证以区分和鉴定品种。但是ISSR标记扩增结果相对不稳定，重复性差。SSR (simplesequence repeats)分析技术具有染色体上分布均勻、多态性丰富、共显性、分辨率高和易于检测等优点M，自开发以来就成为最为有效构建许多作物指纹图谱的工具。高运来等利用43对SSR引物对黑龙江省6个积温带的83个大豆品种构建了分子身份证。王黎明等利用41对SSR引物构建了 142份甜高粱的分子身份证。陈昌文等利用8对SSR引物构建了 176份桃种质资源的分子身份证。目前，尚未有利用SSR分子标记构建苎麻分子身份证的方法。
技术实现思路
本专利技术目的旨在创立一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法。一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法，包括以下步骤:(I)提取各样品芒麻种质DNA ;(2)利用设计的8对苎麻EST-SSR引物，扩增苎麻的基因组DNA ；(3)记录每个样品每对引物的DNA扩增带型；(4)根据DNA扩增带型区分鉴定苎麻品种；所述的8对苎麻EST-SSR引物序列如下:ibfc50:F:AACAATCCAGGAGTGGCAATC R:ACAAGCGAAGATCGTCTCATC ;ibfc40F:TGTATAGAACTGAGTAAATGATTGR:CAACTTTCTTAAACCACTTTCG ；Ibfc27F:AGCCAGGTTCCAGAAGTCCR:CATAATCACAAAGTCTCGGTTCC ；IbfcIIF:GCGGAGGCTTAATTTGCTTTGR:ACTCAATACATACACGGCACTAG ； ibfc65F:ACGAACCACAACACAGAGAGR:ACGAGGGAACACCAGAGAG ；ibfc62F:GAAACTATTTCCACCAACAAAGR:ACACACATTCCTACACACC ；ibfc53F:GGCTCAAGTTTGCTCATAGATTCR:CGGCTTCGCTTTAGGATTTG ；ibfc20F:AGTGCGGAGATAACTGTTCR:GGCTACTTTATTCTAAACCAAAC。PCR 反应体系:20 μ L， 体系组成终浓度Mg2+2.0mmol/L Taq BufferIX dNTP Mix200umol/L~Taq EnzymeIU Primers0.25 μ mol/L DNA90ng体系中余量为水。PCR扩增程序:951:预变性51^11，941:变性lmin，根据引物的退火温度复性50sec，72°C延伸lmin, 29次循环后72°C延伸IOmin ；引物ibfc50、ibfc40、ibfc27、ibfcll、ibfc65、ibfc62、ibfc53、ibfc20 的退火温度分别为:50° C、52° C、56° C、51° C、60° C、54° C、56° C、54° C。步骤(4)是对每个样品不同的DNA扩增带型赋值，构建苎麻SSR分子标记身份证，以区分苎麻品种。首先将每个样品分别加入I个引物对扩增，即每对引物扩增出来的带型均不超过9种，然后将每对引物扩增出来的所有带型种类均从I开始按序编号，扩增的条带模糊不清，无法正确辨别带型以O表示，最后将每个样品的每对引物的带型编号依次组合在一起，形成8位的分子身份证。上述方法根据所述的8对引物可以区分108个苎麻品种。本专利技术方法中，相对于我们实验室以前利用ISSR分子标记技术构建的苎麻分子身份证具有以下优势。首先，分子身份证编码原则方面，直接规定了第N个标记引物的扩增结果对应分子身份证的第N位，因此省略对标记名称的表述；同时，由于每个标记的引物扩增的带型总数不超过9，从I开始按序编号，扩增的条带模糊不清，无法正确辨别带型以O表示，因此保证了分子身份证每I位上也只有I位数，相比以前的苎麻分子身份证，书写非常简洁。其次，筛选的EST-SSR引物好，实验操作过程简单，易操作，扩增带型清晰稳定，重复性好。苎麻SSR分子标记身份证方法的确立，为准确鉴别苎麻种质资源，尤其是同物异名和同名异物现象奠定了基础，也为新品种保护奠定了基础。附图说明图1为引物ibfc50在1-46种质中的扩增图；其中前5个泳道分别代表5个带型，第7个泳道为第6个带型，第15个泳道为第7个带型，第18个泳道为第8个带型，第26个泳道为第9个带型；图2为引物ibfc65扩增的6种带型示意图。具体实施例方式以下结合实施例旨在进一步说明本专利技术，而非限制本专利技术。实施例1I材料与方法1.1 材料108份苎麻种质资源。原产地来自于中国、日本、印度尼西亚、緬甸4个国家。其中国外种质资源5份，国内种质资源103份。国内种质资源包括部分主栽地区的地方品种和全国各苎麻育种单位育成的品种(品系)。以上材料均种植于国家长沙苎麻种质圃。权利要求1.一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法，其特征在于，包括以下步骤: (1)提取各样品芒麻种质DNA； (2)利用设计的8对苎麻EST-SSR引物，扩增苎麻的基因组DNA； (3)记录每个样品每对引物的DNA扩增带型； (4)根据DNA扩增带型区分鉴定苎麻品种； 所述的8对苎麻EST-SSR引物序列如下: ibfc50:F:AACAATCCAGGAGTGGCAATCR:ACAAGCGAAGATCGTCTCATC ；ibfc40F:TGTATAGAACTGAGTAAATGATTGR:CAACTTTCTTAAACCACTTTCG ；Ibfc27F:AGCCAGGTTCCAGAAGTCCR:CATAATCACAAAGTCTCGGTTCC ；IbfcIIF:GCGGAGGCTTAATTTGCTTTGR:ACTCAATACATACACGGCACTAG ；ibfc65F:ACGAACCACAACACAGAGAGR:ACGAGGGAACACCAGAGAG ；ibfc62F:GAAACTATTTCCACCAACAAAGR:ACACACATTCCTACAC本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种利用SSR分子标记鉴定苎麻品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）提取各样品苎麻种质DNA；（2）利用设计的8对苎麻EST?SSR引物，扩增苎麻的基因组DNA；（3）记录每个样品每对引物的DNA扩增带型；（4）根据DNA扩增带型区分鉴定苎麻品种；所述的8对苎麻EST?SSR引物序列如下：ibfc50：F:AACAATCCAGGAGTGGCAATCR:ACAAGCGAAGATCGTCTCATC；ibfc40F:TGTATAGAACTGAGTAAATGATTGR:CAACTTTCTTAAACCACTTTCG；Ibfc27F:AGCCAGGTTCCAGAAGTCCR:CATAATCACAAAGTCTCGGTTCC；Ibfc11F:GCGGAGGCTTAATTTGCTTTGR:ACTCAATACATACACGGCACTAG；ibfc65F:ACGAACCACAACACAGAGAGR:ACGAGGGAACACCAGAGAG；ibfc62F:GAAACTATTTCCACCAACAAAGR:ACACACATTCCTACACACC；ibfc53F:GGCTCAAGTTTGCTCATAGATTCR:CGGCTTCGCTTTAGGATTTG；ibfc20F:AGTGCGGAGATAACTGTTCR:GGCTACTTTATTCTAAACCAAAC。...

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：陈建华，栾明宝，王晓飞，许英，孙志民，邹自征，
申请(专利权)人：中国农业科学院麻类研究所，
类型：发明
国别省市：