本发明专利技术涉及一种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用。所述SNP标记的位点位于中国荷斯坦奶牛HAL基因如SEQ?ID?NO.1所示序列的197bp位点处，此处位点的碱基为G或A，此处碱基为G的中国荷斯坦奶牛的乳蛋白含量显著高于此处碱基为A的中国荷斯坦奶牛，而体细胞评分前者显著低于后者。本发明专利技术还提供了用于检测所述SNP标记的引物及含有该引物的试剂盒。本发明专利技术还提供了所述SNP标记在鉴定乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种中的应用。本发明专利技术还提供了所述SNP标记在中国荷斯坦奶牛分子标记辅助育种中的应用。本发明专利技术的SNP标记为中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分的标记辅助选择提供了科学依据。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及家畜分子生物学
，具体涉及ー种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
奶业发展是ー个国家畜牧业现代化的重要标志。近几年，经过奶牛产业工作者的不懈努力，我国奶牛产业的发展迅速，对于促进农民增收，改善国民身体素质，优化农业结构有重要意义。人均占有量少、奶牛单产量低、以扩充奶牛数量提高产奶总量的传统发展模式，仍是我国奶业发展面临的主要问题。因此，培育高产奶牛群体，奶牛养殖向数量与质量并重转变已成为我国奶牛产业发展的关键。只有提升我国奶牛群体的遗传水平，改善奶牛健康状況，提高奶牛产奶水平，才能使我国奶牛产业实现持续健康发展。单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism, SNP)是 1996 年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的ー类遗传标记，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现形式有转换、颠换、插入和缺失等。测序、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR-single-strandconformationpoIymorphism, PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-restrictionfragment lengthpolym orphism, PCR-RFLP)及飞行时间质谱等技术可以实现SNP的检测。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多祥性的研究。飞行时间质谱(Matrix-AssistedLaser Desorption/Ionization TimeofFlight, MALD1-T0F)是ー种准确性高、灵活性强、通量大、检测周期短的检测技木。其原理是利用样品分子在电场中的飞行时间与分子的荷质比成正比的原理，通过检测样品分子的飞行时间，测得分子量，实现区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因间分子量存在差异，因此运用该技术即可实现基因分型。飞行时间质谱(MALD1-T0F)平台已被广泛应用于生物
，有统计显示超过95%的已验证SNP都能使用该平台进行分析和研究。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良畜禽重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为家畜育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在家畜育种中的作用将日益突出。在奶牛的育种中，人们希望通过对与产奶性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。组氨酸解氨酶(Histidine Ammonia-lyase, HAL)是ー种胞质溶胶酶,催化组氨酸代谢过程的第一歩，即L-组氨酸的非氧化脱氨形成反式利尿酸。组氨酸解氨酶是催化哺乳动物组氨酸代谢的第一歩限速酶，HAL基因的多态性变异可能改变组氨酸解氨酶的催化效率，影响动物体内组氨酸代谢。在中国荷斯坦奶牛群体中进行全基因组关联分析，发现HAL基因对产奶量和乳蛋白量的影响达到显著水平。HAL基因的多态性变异可能影响奶牛体内组氨酸的消化吸收，从而影响其产奶量、乳蛋白量等产奶性状。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供ー种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记及其应用。本专利技术的目的是提供ー种用于检测中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分的核酸片段，该核酸片段的序列如SEQ ID NO.1所示，第197bp位点处的碱基为G或A。本专利技术的目的是提供ー种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记，所述SNP标记位于中国荷斯坦奶牛HAL基因如SEQ ID NO.1所示序列的197bp位点处，在SEQ ID NO.1序列中用n表示该处位点，且此处位点的碱基为G或A。197bp位点处碱基为G的中国荷斯坦奶牛的乳蛋白含量显著高于此处碱基为A的中国荷斯坦奶牛，而体细胞评分前者显著低于后者。本专利技术的另一目的是提供用于检测与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记的引物。本专利技术的用于检测所述SNP标记的引物，包括正向引物F :5 ’ - GGCAACTACCTGAACCAA-3，和反向引物 R : 5 ’ - CACCACCCTGTCAATCAA-3 ’，分别如 SEQ IDNO. 2 和 SEQ IDN0. 3 所示。本专利技术的另一目的是提供用于检测与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记的试剂盒， 该试剂盒含有前述正向引物F和反向引物R。所述试剂盒包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg2+和PCR反应缓冲液。优选地，所述试剂盒还包括标准阳性模板。本专利技术的另一目的是提供所述SNP标记在鉴定乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种中的应用。所述应用为利用单核苷酸多态性来检测中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分。所述SNP标记在鉴定乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种的应用，包括以下步骤(I)提取待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA ；(2)以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模版，利用引物F和R，通过PCR反应扩增出中国荷斯坦奶牛HAL基因307bp片段，其中，F:5，-GGCAACTACCTGAACCAA-3，R:5’ -CACCACCCTGTCAATCAA-3’；(3)检测PCR扩增产物，如果扩增产物序列中197bp处的碱基为G，则待测中国荷斯坦奶牛属于乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种。其中，步骤(2)中PCR反应使用的扩增体系以25iil计为50-100ng/iil模板DNAI ii 1，lOpmol/ii I 引物 F 和 R各 I ii 1，lOmmol/LdNTP mix2. 0 u l,5U/u I Taq DNA 聚合酶0.125 ill, 10XPCR反应缓冲液2.5 iil，余量为双蒸水；F:5，-GGCAACTACCTGAACCAA-3’R : 5 ’ -CACCACCCTGTCAATCAA-3，。其中，步骤(2)中PCR反应的条件为94°C 5分钟；94°C 30秒，52°C 30秒，72°C 35秒，34个循环；72°C 10分钟。本专利技术的另ー目的是提供所述SNP标记在中国荷斯坦奶牛分子标记辅助育种中的应用，该应用能够加快中国荷斯坦奶牛的育种进程。所述SNP标记在中国荷斯坦奶牛分子标记辅助育种中的应用，包括以下步骤(I)采用聚合酶链式反应(PCR)和测序技术筛选到与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记；(2)通过飞行时间质谱方法来检测待测中国荷斯坦奶牛的基因型；(3)根据基因型进行乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种的选育。本专利技术对中国荷斯坦奶牛的HAL基因的SNP位点进行基因分型，并对该基因的G197A与奶牛的产奶性状及体细胞评分进行关联分析，通过SAS9. 0软件Mixed过程进行线性模拟分析发现，GG基因型个体的乳蛋白量显著高于AA基因型个体(P〈0. 05)，GG基因型个体的体细胞评分极显著低于AA基因型个体(P〈0. 01)。该多态位点的检出，为中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分的标记辅助选本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于检测中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分的核酸片段，其特征在于，该核酸片段的序列如SEQ?ID?NO.1所示，第197bp位点处的碱基为G或A。
【技术特征摘要】
1.一种用于检测中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分的核酸片段，其特征在于，该核酸片段的序列如SEQ ID NO.1所示，第197bp位点处的碱基为G或A。2.—种与中国荷斯坦奶牛产奶性状及体细胞评分相关的SNP标记，所述SNP标记位于中国荷斯坦奶牛HAL基因如SEQ ID NO.1所示序列的197bp位点处，此处位点的碱基为G。3.用于检测权利要求2所述的SNP标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有正向引物 F :5’ -GGCAACTACCTGAACCAA-3’ 和反向引物 R :5’ -CACCACCCTGTCAATCAA-3’。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括dNTPs、TaqDNA聚合酶、Mg2+和PCR反应缓冲液。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括标准阳性模板。6.权利要求2所述的SNP标记在鉴定乳蛋白量高、体细胞评分低的中国荷斯坦奶牛优势品种中的应用。7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，包括以下步骤 (1)提取待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA； (2)以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模版，利用引物F和R，通过PCR反应扩增出中国荷斯坦奶牛HAL基因307bp片段，其中，F: 5，-GGCAACTACCTGAACCAA-3，R:5， -CACCACCC...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘剑锋，王海飞，赵红梅，张勤，张胜利，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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