微小RNA及其用途制造技术

此处描述了和前列腺癌以及肺癌关联的新的多核苷酸。所述多核苷酸是miRNA和miRNA前体。公开了可用于这些医学状况的诊断、预后和治疗的相关方法和组合物。此处也描述了可用于鉴定前列腺癌和肺癌的调节剂的方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术总的来说涉及微小RNA分子以及与其关联或从其衍生的各种核酸分子。
技术介绍
微小RNA(miRNA)是参与基因调节的大约22个核苷酸的短RNA寡核苷酸。微小RNAs通过靶向mRNA以进行切割或翻译抑制来调节基因表达。尽管miRNAs存在于广泛的物种，包括秀丽隐杆线虫(C. elegans)、果蚬(Drosophila)和人中，但只是最近才对其进行了鉴定。更重的是，miRNA在疾病的发展和进展中的作用直至最近才开始得到认识。由于其较小的大小的原因，一直以来，使用标准的方法学难以鉴定miRNAs。通过提取大量的RNA已鉴定了有限数目的miRNA。也已鉴定了对展示可通过视觉辨别的表型作出贡献的miRNA。表达阵列数据显示miRNA在不同发育阶段或不同的组织中表达。miRNA在某些组织中或有限的发育阶段上的限定表明迄今为止鉴定的miRNAs很可能只是总miRNA的小部分。近年来已发展了用于鉴定基因组中剩余的miRNA的计算机方法。工具例如MiRscan和MiRseeker已鉴定了后来通过实验确认的miRNA。基于这些计算机工具，已估计人基因组包含200-255个miRNA基因。然而，这些估计基于这样的假设，即剩下待鉴定的miRNA具有和已鉴定的miRNA相同的性质。基于miRNA在哺乳动物生物学和疾病中的基本重要性，本领域需要鉴定未知的miRNA。本专利技术满足了该需要并提供了相当大数目的miRNA和其用途。
技术实现思路
本专利技术涉及包含pr1-miRNA、pre-miRNA> miRNA、miRNA *、抗-miRNA 或 miRNA 结合位点、或其变体的序列的分离的核酸。所述核酸可包含表I中涉及的发夹结构的序列、表10的序列标志符(identifiers) 6757248-6894882的序列、表17的序列标志符1-6318或18728-18960的序列、表I中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、表4中涉及的靶基因结合位点的序列、表10的序列标志符117751-6757247的序列、其互补物、或包含和其具有至少60%同一性的至少12个邻接的核苷酸的序列。所述分离的核酸在长度上可以是5至250个核苷酸。本专利技术也涉及包含所述核酸的探针。探针可包含和表2中称为在前列腺癌或肺癌中差异表达的miRNA互补的至少8至22个邻接 的核苷酸。本专利技术也涉及多种探针。所述多种探针可包含和表2中称为在前列腺癌中差异表达的各miRNA互补的至少一种探针。所述多种探针也可包含和表2中称为在肺癌中差异表达的各miRNA互补的至少一种探针。本专利技术也涉及包含探针或多种探针的组合物。本专利技术也涉及包含固体基质的生物芯片，所述基质包含多种探针。将所述探针的每一种在空间确定的地址上附着至基质上。生物芯片可包含和表2中称为在前列腺癌中差异表达的miRNA互补的探针。生物芯片也可包含和表2中称为在肺癌中差异表达的miRNA互补的探针。本专利技术也涉及检测疾病关联的miRNA的差异表达的方法。可提供生物学样品并测量与下述序列具有至少70%同一性的核酸的水平，所述序列是表I中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、或其变体。和对照相比，核酸水平上的差异指示差异表达。本专利技术也涉及鉴定调节病理学状况的化合物的方法。可提供能够表达和下述序列具有至少70%的同一性的核酸的细胞，所述序列是表I中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、或其变体。可将所述细胞和候选调节剂接触，然后测量所述核酸的表达水平。和对照相比，核酸水平上的差异鉴定该化合物为和该核酸关联的病理学状况的调节剂。本专利技术也涉及抑制靶基因在细胞中表达的方法。可以以足以抑制靶基因表达的量向细胞中导入核酸。靶基因可包含基本上和表4中涉及的结合位点相同的结合位点、表10的序列标志符117751-6757247的序列、或其变体。核酸可包SEQ ID NOS 1-760616的序列、表10的序列标志符1-117750和6757248-10068177的序列、表17所示的序列、或其变体。可在体外或体内抑制靶基因的表达。 本专利技术也涉及在细胞中增加靶基因的表达的方法。可以以足以增加靶基因表达的量向细胞中导入核酸。靶基因可包含基本上和表4中涉及的结合位点相同的结合位点、表10的序列标志符117751-6757247的序列、或其变体。核酸可包含和SEQ ID NOS :1_760616、表10的序列标志符1-117750和6757248-10068177的序列、表17所示的序列、或其变体基本上互补的序列。可在体外或体内抑制靶基因的表达。可在体外或体内增加靶基因的表达。本专利技术也涉及治疗患有表6中所示的病症的患者的方法,其包括给需要其的患者施用这样的核酸，所述核酸包含SEQ ID NOS 1-760616的序列、表10所示的序列、表17所示的序列或其变体。附图说明图1展示miRNA的成熟化的模型。图2显示19ql3. 42上的MC19聚簇(cluster)的示意说明。小图A显示第19号染色体的大约500, OOObp的区域，从58，580，001至59，080，000 (根据2004年5月USCS的装配)，其中该聚簇所处位置包括相邻的编码蛋白的基因。用矩形表示MC19-1聚簇。用线表示Mir-371、mir-372和mir-373。用大箭头表示侧翼连接该聚簇的编码蛋白的基因。小图B显示MC19-lmiRNA聚簇的详细结构。显示了大约 102，OOObp的区域，从58，860，001至58，962，000 (根据2004年5月USCS的装配)。用黑色条表示miRNA前体。应当注意所有miRNA都处于从左至右的相同方向。围绕miRNA前体的阴影区域表示其中内嵌前体的重复单位。也显示了 mir-371、mir-372和mir-373的位置。图3是在大约690nt的不同大小上的35个人重复单位(A)和26个黑猩猩重复单位(B)的多重序列比对的图解表示。该图表是通过在使用平均IOnt的滑动窗口(slidingwindow)的比对中计算各位置的相似性评分(最大评分-1，最小评分-O)产生的。通过ClustalW程序来比对重复单位序列。为所得比对的各位置赋予表示在该位置上的相似性程度的评分。包含miRNA前体的区域以竖线划界。用竖线标示从前体的5’茎(5p)和3’茎(3p)产生的成熟miRNA的确切位置。图4显示MC19-1聚簇的43个A型pre-miRNA的序列比对。小图A显示使用框标示成熟miRNA位置的多重序列比对。底部显示共有序列。如下用颜色标示保守核苷酸黑色100%、深灰色80%至99%和浅灰色(clear grey) 60%至79%。小图B显示共有成熟A型miRNA和mir-371、mir-372、miR-373的上游人聚本文档来自技高网...

【技术保护点】
分离的核酸，其在长度上是12至250个核苷酸，且包含和SEQ?ID?NO：3360、SEQ?ID?NO：13805、SEQ?ID?NO：13806、SEQ?ID?NO：13807、SEQ?ID?NO：13808或SEQ?ID?NO：13809的序列具有至少60％的同一性的至少12个邻接的核苷酸或由其互补物组成。

【技术特征摘要】
2004.05.14 US 10/709,572;2004.05.14 US 10/709,5771.分离的核酸，其在长度上是12至250个核苷酸，且包含和SEQID NO :3360, SEQ IDNO :13805,SEQ ID NO :13806、SEQ ID NO :13807,SEQ ID NO :13808或SEQ ID NO :13809 的序列具有至少60%的同一性的至少12个邻接的核苷酸或由其互补物组成。2.权利要求1的分离的核酸，其包含和SEQID NO :3360, SEQ ID NO :13805, SEQ IDNO :13806,SEQ ID NO :13807,SEQ ID NO :13808 或 SEQ ID NO :13809 具有至少 70% 的同一性的核苷酸序列或其互补物。3.权利要求2的分离的核酸，其包含和SEQID NO :3360, SEQ ID NO : 13805、SEQ IDNO :13806,SEQ ID NO :13807,SEQ ID NO :13808 或 SEQ ID NO :13809 具有至少 80% 的同一性的核苷酸序列或其互补物。4.权利要求3的分离的核酸，其包含和SEQID NO :3360, SEQ ID NO :13805, SEQ IDNO :13806,SEQ ID NO :13807,SEQ ID NO :13808 或 SEQ ID NO :13809 具有至少 90% 的同一性的核苷酸序列或其互补物。5.权利要求1-4中任一项的分离的核酸，其包含SEQID NO :3360,SEQ ID NO =13805,SEQ ID NO :...

【专利技术属性】
技术研发人员：I·本特维奇，A·阿夫尼尔，Y·卡洛夫，R·阿哈罗诺夫，
申请(专利权)人：罗塞塔金诺米克斯有限公司，
类型：发明
国别省市：