一种基因序列数据的筛选方法技术

技术编号:7465480 阅读:362 留言:0更新日期:2012-06-28 13:59
本发明专利技术公开了一种基因序列数据的筛选方法。首先利用基因的注释信息抽提初始数据集,然后逐条对基因序列进行N/R/K/M/S/Y/W/H/D/V/B的含量计算、终止密码子和自定义序列串(如污染序列片段)的检测、与模板蛋白的相似性计算,根据预设条件决定是否选取。该方法克服了现有基因序列数据筛选时存在的注释错误或模糊、测序精度参差不齐等质量问题继而导致无法正确构建系统发育树的问题,可以用于生物系统发育、生物条形码、生物物种鉴定等相关领域的基因数据筛选。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于应用生物信息学
,尤其涉及一种基因序列数据筛选方法,主要应用于生物系统发育、生物条形码、生物物种鉴定等相关领域的基因数据筛选和质量控制。
技术介绍
生物分子系统发育研究在不同水平和层次上依赖于对数据的使用从简单的检索到PCR污染物的检查,到寻找一个给定序列的类群同源性序列,到更全面的基于大量数据进行的类群和位点的数据挖掘(McMahon,Μ. Μ.,and Μ. J. Sanderson. 2006. ” Phylogenetic supermatrix analysis of GenBank sequences from 2228papilionoid legumes". Syst. Biol. 55 :818-836 ;Ciccarelli, F. D. , Τ. Doerks, C. von Mering, C. J. Creevey, B. Sne 1, and P. Bork. 2006. "Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. Science 311 1本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员:黎建辉孟珍周园春
申请(专利权)人:中国科学院计算机网络信息中心
类型:发明
国别省市:

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