【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本文描述了用于在测试样品中鉴定变体、确定变体频率的方法和系统，监测疾病进展(例如癌症进展)的方法和治疗患有疾病(例如癌症)的对象的方法。
技术介绍
1、基因组测试显示出对癌症产生更好地理解和管理更有效的治疗方法的巨大前景。基因组测试涉及对患者生物学样品(其可包含癌细胞或癌细胞的无细胞核酸产物)的基因组或其一部分进行测序，并鉴定样品中相对于参考遗传序列的任何遗传变体(例如，可与肿瘤相关的突变)。遗传变体可包括例如插入、缺失、替换、重排、或其任意组合。鉴别和理解在特定患者癌症中发现的这些遗传变体(例如，突变)也可有助于开发更好的治疗方法，并帮助使用基因组信息鉴定治疗特定癌症变体的最好方法(或排除无效方法)。
2、通常来说，在实验室中用多种可能的技术处理生物学样品，最终目标是提取并且分离其中包含的dna。对该分离的dna进行测序，从而产生来自患者样品的dna的数据结构表示(其可以是电子的)。通常，该数据结构表示是以数千个“读出”或更多个(例如，数万、数十万、数百万、数千万或数亿个读出)的形式。单个读出通常包含患者dna的相对短(例如，50至150个碱基)的序列。相比之下，整个人基因组为约30亿个碱基长，并且出于本申请目的的目的子区域可以是数万个碱基长。
3、某些疾病(例如癌症和克隆性造血)可通过确定取自患者的样品中核酸分子的变体频率来监测或确定。癌症严重程度通常与肿瘤基因组内变体的数量或这些变体在样品中出现的相对频率相关。例如，无细胞dna通常是基因组dna和循环肿瘤dna的混合物。随着癌症严重程度的提高，更大
4、变体调用方法通常需要阈值数量的测序读出在进行阳性变体调用之前被鉴定为具有变体。检测足够数量的测序读出通常需要大量的测序深度，这在仅可获得有限量的疾病相关核酸的情况下不太可能实现。仍然需要具有低检测限并且可用于跟踪疾病进展的有效变体调用方法。
5、变体调用方法可包括在变体调用方法中的测序和比对过程期间在测序读出中引入的噪声。作为与测序数据相关的潜在错误的结果，当样品数据中不存在变体时，测序读出可被错误地鉴定为替代(例如，变体)。也就是说，这些错误可导致假阳性，其中测序读出被鉴定为变体，而事实上，该变体并不存在于测序读出中。因此，仍然需要实施可解释噪声并提高准确性同时不需要高检测限的变体调用方法。
技术实现思路
1、本文描述了在来自对象的样品中检出遗传变体和确定变体等位基因频率的方法。本文还描述了监测疾病进展的方法以及治疗患有疾病的对象的方法。还描述了用于进行这样的方法的电子设备和系统。
2、检出来自对象的样品中的遗传变体或确定来自对象的样品中的变体等位基因频率的一个示例性方法包括：提供从样品中获得的多个核酸分子，将一个或更多个衔接子连接到来自多个核酸分子的一个或更多个核酸分子上，扩增来自多个核酸分子的一个或更多个经连接的核酸分子，从所扩增的核酸分子中捕获经扩增的核酸分子，通过测序仪对所捕获的核酸分子进行测序以获得代表所述核酸分子的多个测序读出，其中多个测序读出中的一个或更多个与遗传变体的变体基因座重叠，使用一个或更多个处理器通过将一个或更多个测序读出中的每一个与不包含遗传变体的参考序列进行比对来产生针对一个或更多个测序读出中的每一个的参考匹配分数，基于相应测序读出的参考匹配分数和变体匹配分数使用一个或更多个处理器通过将每个测序读出与包含遗传变体的变体序列进行比对来产生针对一个或更多个测序读出中每一个的变体匹配分数，使用一个或更多个处理器将一个或更多个测序读出中的每一个标记为具有遗传变体、不具有遗传变体、或是不确定读出中的至少一者，使用一个或更多个处理器确定在多个测序读出中标记为具有遗传变体的测序读出的数量，基于变体特异性模型、标记为具有遗传变体的测序读出的数量和经标记的测序读出的总数，使用一个或更多个处理器确定概率度量，以及当所确定的概率度量小于第一阈值时使用一个或更多个处理器鉴定出样品中存在遗传变体。
3、在一些实施方案中，变体特异性模型是基因座特异性的。在一些实施方案中，第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。在一些实施方案中，概率度量是指示由于样品中存在遗传变体而不是噪声而检出遗传变体的可能性的统计值。在一些实施方案中，方法还包括使用一个或更多个处理器将所确定的概率度量与第二阈值进行比较，并且如果所确定的概率度量大于或等于第二阈值则由一个或更多个处理器鉴定出样品中不存在遗传变体，或者如果所确定的概率度量大于或等于第一阈值并且小于第二阈值则由一个或更多个处理器将样品中遗传变体的存在或不存在鉴定为不确定的。
4、在一些实施方案中，对象被怀疑患有癌症或确定患有癌症。在一些实施方案中，方法还包括从对象获得样品。在一些实施方案中，样品包含组织活检样品、液体活检样品或正常对照。在一些实施方案中，样品是液体活检样品并且包含血液、血浆、脑脊髓液、痰、粪便、尿液或唾液。在一些实施方案中，样品是液体活检样品并且包含无细胞dna(cell-freedna，cfdna)、循环肿瘤dna(circulating tumor dna，ctdna)、或其任意组合。在一些实施方案中，多个核酸分子包含肿瘤核酸分子和非肿瘤核酸分子的混合物。在一些实施方案中，肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的肿瘤部分，并且非肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的正常部分。
5、在一些实施方案中，样品包含液体活检样品，并且其中肿瘤核酸分子来源于液体活检样品的循环肿瘤dna(ctdna)部分，并且非肿瘤核酸分子来源于液体活检样品的非肿瘤无细胞dna(cfdna)部分。在一些实施方案中，一个或更多个衔接子包含扩增引物、流动池衔接子序列、底物衔接子序列或样品索引序列。在一些实施方案中，捕获的核酸分子通过与一个或更多个诱饵分子杂交而从扩增的核酸分子中捕获。在一些实施方案中，一个或更多个诱饵分子包含一个或更多个核酸分子，每个核酸分子包含与所捕获的核酸分子的区域互补的区域。在一些实施方案中，对核酸分子进行扩增包括进行聚合酶链反应(polymerasechain reaction，pcr)扩增技术、非pcr扩增技术或等温扩增技术。在一些实施方案中，测序包括使用下一代测序(next generation sequencing，ngs)技术、全基因组测序(wholegenome sequencing，wgs)、全外显子组测序、靶向测序、直接测序或sanger测序技术。在一些实施方案中，测序仪包括下一代测序仪。在一些情况下，需要至少75x、100x、150x、150x、200x或250x的最小测序覆盖度。
6、在一些实施方案中，多个测序读出包含100至3,000个基因座、200至2,800个基因座、300至2,600个基因座、400至2,400个基因座、500至2,200个基因座、600至2,000个基因座、700至1,800个基因座、800至1,600个基因座、900至1,40本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.检出来自对象的样品中的遗传变体或确定来自对象的样品中的变体等位基因频率的方法，其包括：
2.权利要求1所述的方法，其中所述变体特异性模型是基因座特异性的。
3.权利要求1和权利要求2所述的方法，其中所述第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。
4.权利要求1至3所述的方法，其中所述概率度量是指示由于所述样品中存在所述遗传变体而不是噪声而检出所述遗传变体的可能性的统计值。
5.权利要求1至4所述的方法，其还包括使用所述一个或更多个处理器将所确定的概率度量与第二阈值进行比较，并且：
6.权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述对象被怀疑患有癌症或确定患有癌症。
7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其还包括从所述对象中获得所述样品。
8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述样品包含组织活检样品、液体活检样品或正常对照。
9.权利要求8所述的方法，其中所述样品是液体活检样品并且包含血液、血浆、脑脊髓液、痰、粪便、尿液或唾液。
10.权利要求8或权利要求9中任一项所述的
11.权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述多个核酸分子包含肿瘤核酸分子和非肿瘤核酸分子的混合物。
12.权利要求11所述的方法，其中所述肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的肿瘤部分，并且所述非肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的正常部分。
13.权利要求11所述的方法，其中所述样品包含液体活检样品，并且其中所述肿瘤核酸分子来源于所述液体活检样品的循环肿瘤DNA(ctDNA)部分，并且所述非肿瘤核酸分子来源于所述液体活检样品的非肿瘤无细胞DNA(cfDNA)部分。
14.权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个衔接子包含扩增引物、流动池衔接子序列、底物衔接子序列或样品索引序列。
15.权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所捕获的核酸分子是通过与一个或更多个诱饵分子杂交而从所扩增的核酸分子捕获的。
16.权利要求15所述的方法，其中所述一个或更多个诱饵分子包含一个或更多个核酸分子，每个核酸分子包含与所捕获的核酸分子的区域互补的区域。
17.权利要求1至16中任一项所述的方法，其中对核酸分子进行扩增包括：进行聚合酶链反应(PCR)扩增技术、非PCR扩增技术或等温扩增技术。
18.权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述测序包括使用下一代测序(NGS)技术、全基因组测序(WGS)、全外显子组测序、靶向测序、直接测序或Sanger测序技术。
19.权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述测序仪包括下一代测序仪。
20.权利要求1至19中任一项所述的方法，其还包括由所述一个或更多个处理器产生指示所述遗传变体存在或不存在的报告。
21.权利要求20所述的方法，其包括将所述报告传输到健康护理提供者。
22.权利要求20所述的方法，其中所述报告经由计算机网络或对等连接传输。
23.检出来自对象的样品中的遗传变体的方法，其包括：
24.权利要求23所述的方法，其中所述变体特异性模型是基因座特异性的。
25.权利要求23和权利要求24中任一项所述的方法，其中所述第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。
26.权利要求23至25中任一项所述的方法，其中所述概率度量对应于由于所述样品中存在所述遗传变体而不是噪声而检出所述遗传变体的概率。
27.权利要求23至26中任一项所述的方法，其还包括使用所述一个或更多个处理器将所确定的概率度量与第二阈值进行比较，并且：
28.权利要求23至27中任一项所述的方法，其中所述变体特异性模型通过以下产生：
29.权利要求28所述的方法，其中所述概率分布是二项分布。
30.权利要求23至29中任一项所述的方法，其中所述概率度量由标记为具有所述遗传变体的测序读出的数量和第二数量来确定，其中所述第二数量是经标记的测序读出的总数减去标记为不确定读出的测序读出的数量。
31.权利要求23至30中任一项所述的方法，其中所述变体特异性模型与和多个测序读出中的一种或更多种噪声源相关的一种或更多种函数相关，所述多个测序读出与所述变体基因座重叠。
32.权利要求31所述的方法，其中所述一种或更多种噪声源包含样品制备误差、扩增偏倚误差、测序误差、比对误差或...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.检出来自对象的样品中的遗传变体或确定来自对象的样品中的变体等位基因频率的方法，其包括：
2.权利要求1所述的方法，其中所述变体特异性模型是基因座特异性的。
3.权利要求1和权利要求2所述的方法，其中所述第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。
4.权利要求1至3所述的方法，其中所述概率度量是指示由于所述样品中存在所述遗传变体而不是噪声而检出所述遗传变体的可能性的统计值。
5.权利要求1至4所述的方法，其还包括使用所述一个或更多个处理器将所确定的概率度量与第二阈值进行比较，并且：
6.权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述对象被怀疑患有癌症或确定患有癌症。
7.权利要求1至6中任一项所述的方法，其还包括从所述对象中获得所述样品。
8.权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述样品包含组织活检样品、液体活检样品或正常对照。
9.权利要求8所述的方法，其中所述样品是液体活检样品并且包含血液、血浆、脑脊髓液、痰、粪便、尿液或唾液。
10.权利要求8或权利要求9中任一项所述的方法，其中所述样品是液体活检样品并且包含无细胞dna(cfdna)、循环肿瘤dna(ctdna)或其任意组合。
11.权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述多个核酸分子包含肿瘤核酸分子和非肿瘤核酸分子的混合物。
12.权利要求11所述的方法，其中所述肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的肿瘤部分，并且所述非肿瘤核酸分子来源于异质组织活检样品的正常部分。
13.权利要求11所述的方法，其中所述样品包含液体活检样品，并且其中所述肿瘤核酸分子来源于所述液体活检样品的循环肿瘤dna(ctdna)部分，并且所述非肿瘤核酸分子来源于所述液体活检样品的非肿瘤无细胞dna(cfdna)部分。
14.权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述一个或更多个衔接子包含扩增引物、流动池衔接子序列、底物衔接子序列或样品索引序列。
15.权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所捕获的核酸分子是通过与一个或更多个诱饵分子杂交而从所扩增的核酸分子捕获的。
16.权利要求15所述的方法，其中所述一个或更多个诱饵分子包含一个或更多个核酸分子，每个核酸分子包含与所捕获的核酸分子的区域互补的区域。
17.权利要求1至16中任一项所述的方法，其中对核酸分子进行扩增包括：进行聚合酶链反应(pcr)扩增技术、非pcr扩增技术或等温扩增技术。
18.权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述测序包括使用下一代测序(ngs)技术、全基因组测序(wgs)、全外显子组测序、靶向测序、直接测序或sanger测序技术。
19.权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述测序仪包括下一代测序仪。
20.权利要求1至19中任一项所述的方法，其还包括由所述一个或更多个处理器产生指示所述遗传变体存在或不存在的报告。
21.权利要求20所述的方法，其包括将所述报告传输到健康护理提供者。
22.权利要求20所述的方法，其中所述报告经由计算机网络或对等连接传输。
23.检出来自对象的样品中的遗传变体的方法，其包括：
24.权利要求23所述的方法，其中所述变体特异性模型是基因座特异性的。
25.权利要求23和权利要求24中任一项所述的方法，其中所述第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。
26.权利要求23至25中任一项所述的方法，其中所述概率度量对应于由于所述样品中存在所述遗传变体而不是噪声而检出所述遗传变体的概率。
27.权利要求23至26中任一项所述的方法，其还包括使用所述一个或更多个处理器将所确定的概率度量与第二阈值进行比较，并且：
28.权利要求23至27中任一项所述的方法，其中所述变体特异性模型通过以下产生：
29.权利要求28所述的方法，其中所述概率分布是二项分布。
30.权利要求23至29中任一项所述的方法，其中所述概率度量由标记为具有所述遗传变体的测序读出的数量和第二数量来确定，其中所述第二数量是经标记的测序读出的总数减去标记为不确定读出的测序读出的数量。
31.权利要求23至30中任一项所述的方法，其中所述变体特异性模型与和多个测序读出中的一种或更多种噪声源相关的一种或更多种函数相关，所述多个测序读出与所述变体基因座重叠。
32.权利要求31所述的方法，其中所述一种或更多种噪声源包含样品制备误差、扩增偏倚误差、测序误差、比对误差或其任意组合。
33.权利要求23至32中任一项所述的方法，其中所述变体特异性模型与已拟合至与所述变体基因座重叠的多个测序读出的数据的一种或更多种函数相关。
34.权利要求33所述的方法，其中所述一种或更多种函数包含以下中的一种或更多种：均匀分布函数、二项分布函数、泊松分布函数、负二项分布函数、正态分布函数、对数正态分布函数、柯西-洛伦兹分布函数、对数逻辑斯谛分布函数、指数分布函数、γ分布函数、超几何分布函数、或其任意组合。
35.权利要求23至34中任一项所述的方法，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数指示测序读出相较于所述参考序列而更接近匹配所述变体序列，则所述测序读出被标记为具有所述遗传变体。
36.权利要求23至35中任一项所述的方法，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数指示测序读出相较于所述变体序列而更接近匹配所述参考序列，则所述测序读出被标记为不具有所述遗传变体。
37.权利要求23至36中任一项所述的方法，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数相等，则测序读出被标记为不确定读出。
38.权利要求23至37中任一项所述的方法，其中所述第一阈值是使用所述变体特异性模型凭经验确定的。
39.权利要求23至38中任一项所述的方法，其中所述第一阈值或所述第二阈值中的至少一者是使用临床试验结局凭经验确定的。
40.权利要求23至39中任一项所述的方法，其中所述第一阈值是使用kaplan-meier估计器和与来自多个对象的样品相关的数据来确定的。
41.权利要求39所述的方法，其中所述第二阈值是使用所述变体特异性模型凭经验确定的，并且被设置为与标记为不包含所述遗传变体的测序读出为正确的指定置信水平相对应的值。
42.权利要求23至41中任一项所述的方法，其中所述参考序列和所述变体序列包含所述变体基因座、5'侧翼区和3'侧翼区。
43.权利要求42所述的方法，其中所述5'侧翼区和所述3'侧翼区各自的长度为约5个碱基至约5000个碱基。
44.权利要求23至43中任一项所述的方法，其包括产生来自所述样品的所述变体序列。
45.权利要求44所述的方法，其中产生所述变体序列包括：
46.权利要求23至45中任一项所述的方法，其中所述参考序列和所述变体序列除了所述遗传变体之外是基本上相同的。
47.权利要求23至46中任一项所述的方法，其包括使用标记为具有所述遗传变体的测序读出的数量和标记为不具有所述遗传变体的测序读出的数量来确定针对所述遗传变体的变体等位基因频率。
48.权利要求23至47中任一项所述的方法，其包括：
49.权利要求48所述的方法，其中所述第二遗传变体与选自所述一种或更多种变体的第二变体基因座相关。
50.权利要求49所述的方法，其还包括：
51.权利要求23至50中任一项所述的方法，其包括确定所述对象的疾病状态。
52.权利要求51所述的方法，其中所述疾病状态为与所述样品中循环肿瘤dna(ctdna)相比于总无细胞dna(cfdna)的百分比成比例的值。
53.权利要求52所述的方法，其中所述疾病状态是cfdna的最大体细胞等位基因分数。
54.权利要求52所述的方法，其中所述疾病状态包含指示所述对象中的癌症复发、所述对象中存在对治疗模式具有抗性的癌症或存在可用特定治疗模式治疗的癌症的定性因素。
55.权利要求23至54中任一项所述的方法，其中所述样品包含cfdna。
56.权利要求23至55中任一项所述的方法，其中所述参考匹配分数和所述变体匹配分数是使用序列比对算法确定的。
57.权利要求56所述的方法，其中所述序列比对算法是史密斯-沃特曼比对算法、条带式史密斯-沃特曼比对算法或内德勒曼-温施比对算法中的至少一种。
58.权利要求23至57中任一项所述的方法，其中所述遗传变体包含单核苷酸变体(snv)、多核苷酸变体(mnv)、插失、或重排连接。
59.权利要求23至58中任一项所述的方法，其中变体组是通过对从所述对象获得的先前样品中的核酸分子进行测序并且鉴定一个或更多个遗传变体来确定的。
60.权利要求59所述的方法，其中所述对象在获得所述先前样品与获得所述样品之间接受了针对疾病的介入治疗。
61.权利要求60所述的方法，其中所述疾病是癌症。
62.权利要求59或权利要求60所述的方法，其还包括基于使用所述样品确定的所述对象的疾病状态与基于所述先前样品的所述对象的先前疾病状态之间的差异来调整所述治疗。
63.权利要求23至62中任一项所述的方法，其包括通过对所述样品中的核酸分子进行测序来产生所述一个或更多个测序读出。
64.权利要求23至63中任一项所述的方法，其中所述变体是体细胞突变。
65.权利要求23至64中任一项所述的方法，其中所述变体是种系突变。
66.权利要求23至65中任一项所述的方法，其还包括：将所述样品中遗传变体的存在确定为、鉴定为或应用为与所述样品相关的诊断值。
67.权利要求23至66中任一项所述的方法，其还包括：基于所述遗传变体的存在来产生所述对象的基因组谱。
68.权利要求67所述的方法，其还包括基于所产生的基因组谱来选择抗癌剂、向所述对象施用抗癌剂或应用抗癌治疗。
69.权利要求23至68中任一项所述的方法，其中所述样品中遗传变体的存在用于产生所述对象的基因组谱。
70.权利要求23至69中任一项所述的方法，其中所述样品中遗传变体的存在用于为所述对象做出建议的治疗决定。
71.权利要求23至70中任一项所述的方法，其中所述样品中遗传变体的存在用于向所述对象应用或施用治疗。
72.用于检测来自对象的样品中的疾病状态的方法，其包括：
73.监测疾病进展或复发的方法，其包括：
74.权利要求73所述的方法，其包括在从所述对象获取所述第一样品之后且在从所述对象获取所述第二样品之前向所述对象施用疾病治疗。
75.权利要求73或74所述的方法，其包括：
76.权利要求75所述的方法，其还包括通过比较所述第一疾病状态和所述第二疾病状态来确定疾病进展。
77.权利要求76所述的方法，其包括：
78.治疗患有疾病的对象的方法，其包括：
79.权利要求78所述的方法，其中所述疾病是癌症。
80.权利要求1至79中任一项所述的方法，其中所述样品来源于来自所述对象的液体活检样品。
81.权利要求1至80中任一项所述的方法，其中所述样品来源于来自所述对象的固体组织样品、液体组织样品或血液学样品。
82.权利要求23至81中任一项所述的方法，其还包括对从所述样品中提取的核酸分子进行测序以产生所述多个测序读出。
83.权利要求23至82中任一项所述的方法，所述方法包括产生或更新报告，其包括(1)鉴定所述对象的信息，以及(2)调用所述遗传变体的存在或不存在，或者调用所述遗传变体的变体等位基因频率。
84.权利要求83所述的方法，其还包括将所述报告传输到所述对象或所述对象的健康护理提供者。
85.装置，其包括：
86.权利要求85所述的装置，其中所述变体特异性模型是基因座特异性的。
87.权利要求85和权利要求86中任一项所述的装置，其中所述第一阈值是基因座特异性的和变体特异性的。
88.权利要求85至87中任一项所述的装置，其中所述概率度量是指示由于所述样品中存在所述遗传变体而不是噪声而检出所述遗传变体的可能性的统计值。
89.权利要求85至88中任一项所述的装置，所述一个或更多个程序还包含用于以下的指令：
90.权利要求85至89中任一项所述的装置，其中所述变体特异性模型通过以下产生：
91.权利要求90所述的装置，其中所述概率分布是二项分布。
92.权利要求85至91中任一项所述的装置，其中所述概率度量由标记为具有所述遗传变体的测序读出的数量和第二数量来确定，其中所述第二数量是经标记的测序读出的总数减去标记为不确定读出的测序读出的数量。
93.权利要求85至92中任一项所述的装置，其中所述变体特异性模型与和多个测序读出中的一种或更多种噪声源相关的一种或更多种函数相关，所述多个测序读出与所述变体基因座重叠。
94.权利要求93所述的装置，其中所述一种或更多种噪声源包含样品制备误差、扩增偏倚误差、测序误差、比对误差、或其任意组合。
95.权利要求85至94中任一项所述的装置，其中所述变体特异性模型与已拟合至与所述变体基因座重叠的多个测序读出的数据的一种或更多种函数相关。
96.权利要求95所述的装置，其中所述一种或更多种函数包含以下中的一种或更多种：均匀分布函数、二项分布函数、泊松分布函数、负二项分布函数、正态分布函数、对数正态分布函数、柯西-洛伦兹分布函数、对数逻辑斯谛分布函数、指数分布函数、γ分布函数、超几何分布函数、或其任意组合。
97.权利要求85至96中任一项所述的装置，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数指示测序读出相较于所述参考序列而更接近匹配所述变体序列，则所述测序读出被标记为具有所述遗传变体。
98.权利要求85至97中任一项所述的装置，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数指示测序读出相较于所述变体序列而更接近匹配所述参考序列，则所述测序读出被标记为不具有所述遗传变体。
99.权利要求85至98中任一项所述的装置，其中如果参考匹配分数和变体匹配分数相等，则测序读出被标记为不确定读出。
100.权利要求85至99中任一项所述的装置，其中所述第一阈值是使用所述变体特异性模型凭经验确定的。
101.权利要求85至100中任一项所述的装置，其中所述第一阈值或所述第二阈值中的至少一者是使用临床试验结局凭经验确定的。
102.权利要求85至101中任一项所述的装置，其中所述第一阈值是使用kaplan-meier估计器和与来自多个对象的样品相关的数据来确定的。
103.权利要求102所述的装置，其中所述第二阈值是使用所述变体特异性模型凭经验确定的，并且被设置为与标记为不包含所述遗传变体的测序读出为正确的指定置信水平相对应的值。
104.权利要求85至103中任一项所述的装置，其中所述参考序列和所述变体序列包含所述变体基因座、5'侧翼区和3'侧翼区。
105.权利要求104所述的装置，其中所述5'侧翼区和所述3'侧翼区各自的长度为约5个碱基至约5000个碱基。
106.权利要求85至105中任一项所述的装置，其中所述一个或更多个程序还包含用于产生来自所述样品的变体序列的指令。
107.权利要求106所述的装置，其中产生所述变体序列包括：
108.权利要求85至107中任一项所述的装置，其中所述参考序列和所述变体序列除了所述遗传变体之外是基本上相同的。
109.权利要求85至108中任一项所述的装置，其中所述一个或更多个程序还包含用于使用标记为具有所述遗传变体的测序读出的数量和标记为不具有所述遗传变体的测序读出的数量来确定针对所述遗传变体的变体等位基因频率的指令。
110.权利要求85至109中任一项所述的装置，其中所述一个或更多个程序还包含用于以下的指令：
111.权利要求110所述的装置，其中所述第二遗传变体与选自所述一种或更多种变体的第二变体基因座相关。
112.权利要求111所述的装置，所述一个或更多个程序还包含用于以下的指令：
113.权利要求85至112中任一项所述的装置，其中所述一个或更多个程序还包含用于确定所述对象的疾病状态的指令。
114.权利要求113所述的装置，其中所述疾病状态为与所述样品中循环肿瘤dna(ctdna)相比于总无细胞dna(cfdna)的百分比成比例的值。
115.权利要求114所述的装置，其中所述疾病状态是cfdna的最大体细胞等位基因分数。
116.权利要求114所述的装置，其中所述疾病状态包含指示所述对象中的癌症复发、所述对象中存在对治疗模式具有抗性的癌症或存在可用特定治疗模式治疗的癌症的定性因素。
117.权利要求85至116中任一项所述的装置，其中所述样品包含cfdna。
118.权利要求85至117中任一项所述的装置，其中所述参考匹配分数和所述变体匹配分数是使用序列比对算法确定的。
119.权利要求118所述的装置，其中所述序列比对算法是史密斯-沃特曼比对算法、条带式史密斯-沃特曼比对算法或内德勒曼-温施比对算法中的至少一种。
120.权利要求85至119中任一项所述的装置，其中所述遗传变体包含单核苷酸变体(snv)、多核苷酸变体(mnv)、插失或重排连接。
121.权利要求85至120中任一项所述的装置，其中变体组是通过对从所述对象获得的先前样品中的核酸分子进行测序并且鉴定一个或更多个遗传变体来确定的。
122.权利要求121所述的装置，其中所述对象在获得所述先前样品与获得所述样品之间接受了针对疾病的介入治疗。
123.权利要求122所述的装置，其中所述疾病是癌症。
124.权利要求121或权利要求122所述的装置，所述一个或更多个程序还包含用于以下的指令：基于使用所述样品确定的所述对象的疾病状态与基于所述先前样品的所述对象的先前疾病状态之间的差异来调整所述治疗。
125.权利要求85至124中任一项所述的装置...
【专利技术属性】
技术研发人员：马克·肯尼迪，叶伟基，多伦·利普森，乔纳森·弗赖丁，
申请(专利权)人：基金会医学公司，
类型：发明
国别省市：
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