【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
技术实现思路
【技术保护点】
1.一种用于测量细胞中细胞组分靶表达的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述预定丰度范围包括观察到所述第一细胞组分结合试剂的检测的可接受线性和效率的动态范围。
3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，所述方法包括使所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞与多于一种第三细胞组分结合试剂接触，其中第三细胞组分结合试剂能够与所述多于一种细胞组分靶中的至少一种特异性结合，其中所述第三细胞组分结合试剂不包含细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸，其中所述第一细胞组分结合试剂中的一种或更多种和所述第三细胞组分结合试剂中的一种或更多种能...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于测量细胞中细胞组分靶表达的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述预定丰度范围包括观察到所述第一细胞组分结合试剂的检测的可接受线性和效率的动态范围。
3.根据权利要求1-2中任一项所述的方法，所述方法包括使所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞与多于一种第三细胞组分结合试剂接触，其中第三细胞组分结合试剂能够与所述多于一种细胞组分靶中的至少一种特异性结合，其中所述第三细胞组分结合试剂不包含细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸，其中所述第一细胞组分结合试剂中的一种或更多种和所述第三细胞组分结合试剂中的一种或更多种能够结合相同细胞组分靶，任选地，能够结合所述相同细胞组分靶的第一细胞组分结合试剂和第三细胞组分结合试剂具有相同的克隆型。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中以被配置为在所述预定丰度范围内实现所述第一细胞组分结合试剂的丰度的方式用第二多于一个细胞重复接触步骤包括使所述第二多于一个细胞与所述第一细胞组分结合试剂和第三细胞组分结合试剂的混合物以被配置为在所述预定丰度范围内实现所述第一细胞组分结合试剂的丰度的滴定比接触，所述第三细胞组分结合试剂能够与所述第一细胞组分结合试剂结合相同的细胞组分靶，任选地，所述滴定比被配置为使得包括所述第一细胞组分结合试剂的独特标识符序列的测序读段占总测序读段的小于约5％。
5.一种用于测量细胞中细胞组分靶表达的方法，所述方法包括：
6.根据权利要求5所述的方法，所述方法包括，如果怀疑是感兴趣的第一细胞类型的一个或更多个细胞被确定为不是感兴趣的第一细胞类型，则以被配置为实现所述感兴趣的一种或更多种细胞类型的分离的方式用第二多于一个细胞重复接触步骤和/或分离步骤。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸包含与寡核苷酸条形码的捕获序列互补的序列，所述寡核苷酸条形码的捕获序列被配置为捕获所述细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸的序列，任选地，与所述捕获序列互补的所述细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸的序列包含多(da)区。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，所述方法包括：
9.根据权利要求8所述的方法，所述方法包括获得所述多于一种条形码化细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸或其产物的序列信息，以确定所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞中的一个或更多个中所述多于一种细胞组分靶中的至少一种细胞组分靶的拷贝数。
10.根据权利要求9所述的方法，其中获得所述序列信息包括将测序衔接子附接到所述多于一种条形码化细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸或其产物。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述细胞组分结合试剂特异性寡核苷酸包含第二通用序列。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
13.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
14.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
15.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
16.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
17.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中产生扩增子包括：
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述扩增使用选自由以下组成的组的方法进行：聚合酶链式反应(pcr)、连接酶链式反应(lcr)、环介导的等温扩增(lamp)、链置换扩增(sda)、复制酶介导的扩增、免疫扩增、基于核酸序列的扩增(nasba)、自主序列复制(3sr)、滚环扩增和转录介导的扩增(tma)。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述pcr是实时pcr。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述pcr是定量实时pcr(qrt-pcr)。
21.根据权利要求18中任一项所述的方法，其中所述pcr是数字pcr(dpcr)，任选地是液滴数字pcr(ddpcr)。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法，其中确定一种或更多种扩增子的存在或量包括使所述扩增子与多于一种寡核苷酸探针接触，其中所述多于一种寡核苷酸探针中的每一种包含被配置为结合独特标识符序列或其互补物的序列。
23.根据权利要求22所述的方法，其中每种探针在5’末端和3’末端的侧翼为互补序列。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述互补序列中的一个包含荧光发射物部分，并且另一个互补序列包含荧光猝灭物部分。
25.根据权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述多于一种寡核苷酸探针中的至少一种包含荧光发射物部分和荧光猝灭物部分。
26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述寡核苷酸探针包含taqman检测探针寡核苷酸、分子信标检测探针寡核苷酸或分子火炬检测探针寡核苷酸。
27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中产生扩增子步骤和确定步骤是多重化的，任选地同时分析至少约4个独特标识符序列。
28.根据权利要求1-27中任一项所述的方法，其中对单细胞或多于一个细胞进行产生扩增子步骤和确定步骤。
29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中分离步骤包括单细胞分选或批量分选。
30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的一种或更多种细胞类型包括造血内皮细胞、造血干细胞和祖细胞(hsc)、造血多潜能祖细胞(mpp)、前t细胞祖细胞、前k细胞祖细胞、t细胞祖细胞、nk细胞祖细胞、t细胞、nk细胞、nkt细胞、b细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、cd4细胞、cd8细胞、初始t细胞、记忆干t细胞、中枢记忆t细胞、双阴性t细胞、效应记忆t细胞、效应t细胞、tho细胞、tco细胞、thl细胞、tel细胞、th2细胞、tc2细胞、thl7细胞、th22细胞、γ/δt细胞、自然杀伤(nk)细胞、自然杀伤t(nkt)细胞、造血干细胞多能干细胞或其任何组合。
31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中所述感兴趣的一种或更多种细胞类型包括一种或更多种免疫细胞类型，任选地，初始cd4 t细胞、效应记忆cd4 t细胞、初始cd8t细胞、效应记忆cd8 t细胞、初始cd4 treg细胞、效应记忆cd4 treg细胞、初始b细胞、记忆b细胞、cd16 dc、浆细胞样dc或其任何组合。
32.根据权利要求1-31中任一项所述的方法，所述方法包括使多于一种第二细胞组分结合试剂与所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞接触，其中所述多于一种第二细胞组分结合试剂中的每一种包含可检测部分或其前体，其中第二细胞组分结合试剂能够与所述多于一种细胞组分靶中的至少一种特异性结合，其中能够结合相同的细胞组分靶的第二细胞组分结合试剂包含相同的可检测部分或其前体，并且其中能够结合不同的细胞组分靶的第二细胞组分结合试剂包含不同的可检测部分或其前体。
33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞与所述第一细胞组分结合试剂和第二细胞组分结合试剂同时接触。
34.根据权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述第一细胞组分结合试剂中的一种或更多种和所述第二细胞组分结合试剂中的一种或更多种能够结合相同的细胞组分靶，任选地，能够结合相同的细胞组分靶的第一细胞组分结合试剂和第二细胞组分结合试剂具有相同的克隆型。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的方法，其中分离步骤包括荧光激活细胞分选，任选地使用所述第二细胞组分结合试剂的荧光激活细胞分选。
36.根据权利要求1-35中任一项所述的方法，其中分离步骤包括将所述第一多于一个细胞和/或所述第二多于一个细胞中感兴趣的一个或更多个细胞沉积到一个或更多个微量滴定板中。
37.根据权利要求1-36中任一项所述的方法，其中分离步骤包括用流式细胞仪检测第二细胞组分结合试剂的所述可检测部分的发射，任选地，所述流式细胞仪包括常规流式细胞仪、光谱流式细胞仪、高光谱流式细胞仪、成像流式细胞仪或其任何组合。
38.根据权利要求1-37中任一项所述的方法，所述可检测部分包括光学部分、发光部分、电化学活性部分、纳米颗粒或其组合，任选地所述纳米颗粒包括量子点。
39.根据权利要求1-38中任一项所述的方法，其中所述发光部分包括化学发光部分、电致发光部分、光致发光部分或其组合。
40.根据权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述光致发光部分包括荧光部分、磷光部分或其组合，任选地所述荧光部分包括荧光染料。
41.根据权利要求1-40中任一项所述的方法，所述方法包括进行反应以使所述可检测部分的前体转化为所述可检测部分。
42.根据权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述一种或更多种阳性细胞组分靶和/或一种或更多种阴性细胞组分靶包括cd4、cd8、ccr7、cd45ro、cd25、hla-dr、cd45ra、cd19、cd3、...
【专利技术属性】
技术研发人员：特雷西·坎贝尔，丹尼斯·普罗森，史小姗，
申请(专利权)人：贝克顿迪金森公司，
类型：发明
国别省市：
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