【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本申请涉及一种t细胞表位的鉴定方法及其应用。
技术介绍
1、已知在生物的免疫系统中，t细胞在体液免疫和细胞免疫中都发挥着核心作用，在体液免疫中，t细胞(cd4+t细胞)识别mhc ii上提呈的表位、促进b细胞产生抗体、并起到激活细胞免疫中cd8+t细胞的作用(mhc ii和cd4+t细胞的免疫)。另一方面，在细胞免疫中，t细胞自身(cd8+t细胞)识别靶细胞mhc i上提呈的表位，并排除非自身的物质(mhc i和cd8+t细胞的免疫)。
2、表达mhc ii的主要细胞称为抗原呈递细胞，已知有树突状细胞、巨噬细胞和b细胞。另一方面，mhc i在除红细胞等部分细胞之外的所有细胞(包含抗原呈递细胞)上表达。mhc上存在供作为表位的肽结合的结合槽，通过该结合槽结合的肽的长度根据mhc类别而不同。由约9个氨基酸组成的肽通常与mhc i结合，由约15个氨基酸组成的肽通常与mhc ii结合。已知mhc(人的hla，小鼠的h-2)表现出高度的多态性，能够结合的肽序列由mhc的种类和类型决定(mhc结合亲和力)。t细胞受到自身类型mhc的限制来识别肽，此称为mhc限制性。
3、已知作为抗原呈递细胞的b细胞不仅将由bcr捕获的抗原肽片段化，而且还将其自身的bcr(独特型(idiotope))片段化，并将该肽提呈至t细胞(非专利文献1、2)(独特型驱动的t-b协作(idiotope-drivent-bcollaboration))。b细胞通过来自sig和抗体的独特型序列发挥构建多种t细胞群的作用(非专利文献3)(由b细胞形成t
4、此外，根据杰尼(jerne)的免疫网络学说，生物体在bcr上的独特型上保留了与非自身相对应的表位作为内影像(internal image)，通过独特型-抗独特型抗体之间的相互作用形成了b细胞的网络(杰尼的免疫网络学说，独特型网络学说)。利用这些，生物体内免疫系统对来自外部的抗原和内部产生的转变为非自身的异物发挥防御功能。
5、现有技术文献
6、专利文献
7、非专利文献1：weiss和bogen，(1989)pnas，86，(1)：282-286
8、非专利文献2：weiss和bogen，(1991)cell，64(4)：767-776
9、非专利文献3：joao et al.(2004)j immunol,172(8),4709-4716
技术实现思路
1、解决问题的手段
2、本申请专利技术人认为，能够在bcr的独特型内找到抗原表位的内影像，并根据mhc限制性鉴定出能够诱导t细胞的抗原表位，经过专心研究，结果发现了基于与受试者的特定生理状态相关的bcr组库和/或tcr组库数据来鉴定与受试者的特定生理状态相关的表位序列的方法。
3、因此，本申请提供以下内容。
4、(项目1)
5、一种与受试者的特定生理状态相关的表位序列的鉴定方法，其包括：
6、a)获取与该受试者的该特定生理状态相关的bcr组库和/或tcr组库数据的步骤；
7、b)从该bcr组库和/或tcr组库数据中鉴别trem序列(组库特异性trem序列)的步骤；
8、c)获取与该受试者相关的参考trem序列的步骤；
9、d)从该参考trem序列和该组库特异性trem序列中鉴别组库参考共同特异性trem序列的步骤；和
10、e)基于该组库参考共同特异性trem序列，确定包含该组库参考共同特异性trem序列的肽序列是否为与该受试者的特定生理状态相关的表位序列的步骤。
11、(项目2)
12、根据上述项目所述的方法，其中，上述获取bcr组库和/或tcr组库数据的步骤包括获取bcr和/或tcr全长序列的步骤。
13、(项目3)
14、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括确定对上述生理状态特异的bcr或tcr克隆的免疫球蛋白可变区的全长序列的步骤。
15、(项目4)
16、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述bcr组库和/或tcr组库数据通过分析从上述受试者获得的样本来获取。
17、(项目5)
18、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述bcr组库和/或tcr组库数据获取自现有数据库。
19、(项目6)
20、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括对来自上述受试者的样本进行bcr和/或tcr组库分析，并确定对特定生理状态特异性响应的克隆的步骤。
21、(项目7)
22、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括确定存在上述组库特异性trem序列的基因区域的步骤。
23、(项目8)
24、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述基因区域选自l、v、d、j或c区、fr1、2或3、或者cdr1、2或3。
25、(项目9)
26、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括从对上述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的序列制作约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列，并提取trem序列的步骤。
27、(项目10)
28、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括从上述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的序列制作约9mer和/或约15mer的氨基酸序列，并提取trem序列的步骤。
29、(项目11)
30、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述trem序列包括9mer的氨基酸序列中从上述9mer的氨基酸序列的n末端起的第4、5、6、7和8位中的至少一个。
31、(项目12)
32、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述trem序列包括15mer的氨基酸序列中从上述15mer的氨基酸序列的n末端起的第5、6、8、10和11位中的至少一个，或者第3、6、8、10和11位中的至少一个。
33、(项目13)
34、根据上述项目中任一项的方法，其中，还包括确定含有上述trem序列的约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列对mhc i/ii的结合亲和力的步骤。
35、(项目14)
36、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括鉴别突变型trem的步骤。
37、(项目15)
38、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，还包括评价和鉴别b细胞表位肽的步骤。
39、(项目16)
40、根据上述项目中任一项所述的方法，其中，上述确定是否为与特定生理状态相关的表位序列的步骤包括检测包含上述组库参考共同特异性trem序列的肽序列对hla(mhc)的结合亲和力，以确定是否为与上述受试者的特定生理状态相关的表位序列。
41、(项目17)
42、根本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与受试者的特定生理状态相关的表位序列的鉴定方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，获取所述BCR组库和/或TCR组库数据的步骤包括获取BCR和/或TCR全长序列的步骤。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的方法，其中，还包括确定对所述生理状态特异性的BCR或TCR克隆的免疫球蛋白可变区的全长序列的步骤。
4.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，其中，所述BCR组库和/或TCR组库数据通过分析从所述受试者获得的样本来获取。
5.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，其中，所述BCR组库和/或TCR组库数据获取自现有数据库。
6.根据权利要求1～5中任一项所述的方法，其中，还包括对来自所述受试者的样本进行BCR和/或TCR组库分析，并确定对特定生理状态特异性响应的克隆的步骤。
7.根据权利要求1～6中任一项所述的方法，其中，还包括确定存在所述组库特异性TREM序列的基因区域的步骤。
8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基因区域选自L、V、D、J或C区、FR1、2或3、或者CD
9.根据权利要求1～8中任一项所述的方法，其中，还包括从所述生理状态特异性的BCR或TCR克隆的序列制作约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列，并提取TREM序列的步骤。
10.根据权利要求1～9中任一项所述的方法，其中，还包括从所述生理状态特异性的BCR或TCR克隆的序列制作约9mer和/或约15mer的氨基酸序列，并提取TREM序列的步骤。
11.根据权利要求1～10中任一项所述的方法，其中，所述TREM序列包括9mer的氨基酸序列中从所述9mer的氨基酸序列的N末端起的第4、5、6、7和8位中的至少一个。
12.根据权利要求1～11中任一项所述的方法，其中，所述TREM序列包括15mer的氨基酸序列中从所述15mer的氨基酸序列的N末端起的第5、6、8、10和11位中的至少一个，或者第3、6、8、10和11位中的至少一个。
13.根据权利要求1～12中任一项的方法，其中，还包括确定含有TREM序列的约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列对MHC I/II的结合亲和力的步骤。
14.根据权利要求1～13中任一项所述的方法，其中，还包括鉴别突变型TREM的步骤。
15.根据权利要求1～14中任一项所述的方法，其中，还包括评价和鉴别B细胞表位肽的步骤。
16.根据权利要求1～15中任一项所述的方法，其中，所述确定是否为与特定生理状态相关的表位序列的步骤包括检测包含所述组库参考共同特异性TREM序列的肽序列对HLA(MHC)的结合亲和力，以确定是否为与所述受试者的特定生理状态相关的表位序列。
17.根据权利要求16所述的方法，其中，所述对HLA(MHC)的结合亲和力的检测中，包括选择IC50为约5000以下的表位序列作为与受试者的特定生理状态相关的表位序列的步骤。
18.根据权利要求16或17中任一项所述的方法，其中，对所述HLA(MHC)的结合亲和力的检测包括推测对所述HLA(MHC)的结合亲和力。
19.根据权利要求1～18中任一项所述的方法，其中，所述参考TREM序列为选自与癌症相关的蛋白质、与感染病相关的蛋白质、与自身免疫相关的蛋白质、与过敏相关的蛋白质、微生物组以及与同种反应和异种反应相关的蛋白质的TREM序列。
20.根据权利要求1～19中任一项所述的方法，其中，所述参考TREM序列为选自突变蛋白、新抗原、肿瘤蛋白、炎症部位等的蛋白质组、与病毒相关的蛋白、与细菌相关的蛋白、与真菌相关的蛋白、同种和异种抗原、过敏原蛋白以及微生物组的TREM序列。
21.根据权利要求1～20中任一项所述的方法，其中，所述参考TREM序列从来自所述受试者的样本获取。
22.根据权利要求1～20中任一项所述的方法，其中，所述参考TREM序列获取自现有的数据库。
23.根据权利要求1～22中任一项所述的方法，其中，所述参考TREM序列包含人工肽。
24.根据权利要求1～23中任一项所述的方法，其中，还包括将所述BCR或TCR克隆的序列与任意的参考序列进行比较，并分析是否存在相同的TREM序列的步骤。
25.根据权利要求24所述的方法，其中，所述任意的参考序列包括所述生理状态固有的参考序列。
26.根据权利要求1～25中任一项所述的方法，其中，包括将所述BCR或TCR克隆的序列与所述参考序列之间具有共...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种与受试者的特定生理状态相关的表位序列的鉴定方法，其包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中，获取所述bcr组库和/或tcr组库数据的步骤包括获取bcr和/或tcr全长序列的步骤。
3.根据权利要求1或2中任一项所述的方法，其中，还包括确定对所述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的免疫球蛋白可变区的全长序列的步骤。
4.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，其中，所述bcr组库和/或tcr组库数据通过分析从所述受试者获得的样本来获取。
5.根据权利要求1～3中任一项所述的方法，其中，所述bcr组库和/或tcr组库数据获取自现有数据库。
6.根据权利要求1～5中任一项所述的方法，其中，还包括对来自所述受试者的样本进行bcr和/或tcr组库分析，并确定对特定生理状态特异性响应的克隆的步骤。
7.根据权利要求1～6中任一项所述的方法，其中，还包括确定存在所述组库特异性trem序列的基因区域的步骤。
8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述基因区域选自l、v、d、j或c区、fr1、2或3、或者cdr1、2或3。
9.根据权利要求1～8中任一项所述的方法，其中，还包括从所述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的序列制作约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列，并提取trem序列的步骤。
10.根据权利要求1～9中任一项所述的方法，其中，还包括从所述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的序列制作约9mer和/或约15mer的氨基酸序列，并提取trem序列的步骤。
11.根据权利要求1～10中任一项所述的方法，其中，所述trem序列包括9mer的氨基酸序列中从所述9mer的氨基酸序列的n末端起的第4、5、6、7和8位中的至少一个。
12.根据权利要求1～11中任一项所述的方法，其中，所述trem序列包括15mer的氨基酸序列中从所述15mer的氨基酸序列的n末端起的第5、6、8、10和11位中的至少一个，或者第3、6、8、10和11位中的至少一个。
13.根据权利要求1～12中任一项的方法，其中，还包括确定含有trem序列的约8～约10mer和/或约13～约17mer的氨基酸序列对mhc i/ii的结合亲和力的步骤。
14.根据权利要求1～13中任一项所述的方法，其中，还包括鉴别突变型trem的步骤。
15.根据权利要求1～14中任一项所述的方法，其中，还包括评价和鉴别b细胞表位肽的步骤。
16.根据权利要求1～15中任一项所述的方法，其中，所述确定是否为与特定生理状态相关的表位序列的步骤包括检测包含所述组库参考共同特异性trem序列的肽序列对hla(mhc)的结合亲和力，以确定是否为与所述受试者的特定生理状态相关的表位序列。
17.根据权利要求16所述的方法，其中，所述对hla(mhc)的结合亲和力的检测中，包括选择ic50为约5000以下的表位序列作为与受试者的特定生理状态相关的表位序列的步骤。
18.根据权利要求16或17中任一项所述的方法，其中，对所述hla(mhc)的结合亲和力的检测包括推测对所述hla(mhc)的结合亲和力。
19.根据权利要求1～18中任一项所述的方法，其中，所述参考trem序列为选自与癌症相关的蛋白质、与感染病相关的蛋白质、与自身免疫相关的蛋白质、与过敏相关的蛋白质、微生物组以及与同种反应和异种反应相关的蛋白质的trem序列。
20.根据权利要求1～19中任一项所述的方法，其中，所述参考trem序列为选自突变蛋白、新抗原、肿瘤蛋白、炎症部位等的蛋白质组、与病毒相关的蛋白、与细菌相关的蛋白、与真菌相关的蛋白、同种和异种抗原、过敏原蛋白以及微生物组的trem序列。
21.根据权利要求1～20中任一项所述的方法，其中，所述参考trem序列从来自所述受试者的样本获取。
22.根据权利要求1～20中任一项所述的方法，其中，所述参考trem序列获取自现有的数据库。
23.根据权利要求1～22中任一项所述的方法，其中，所述参考trem序列包含人工肽。
24.根据权利要求1～23中任一项所述的方法，其中，还包括将所述bcr或tcr克隆的序列与任意的参考序列进行比较，并分析是否存在相同的trem序列的步骤。
25.根据权利要求24所述的方法，其中，所述任意的参考序列包括所述生理状态固有的参考序列。
26.根据权利要求1～25中任一项所述的方法，其中，包括将所述bcr或tcr克隆的序列与所述参考序列之间具有共同trem序列的所述约9mer和/或约15mer的氨基酸序列确定作为呈递至t细胞的候选t细胞抗原表位的步骤。
27.根据权利要求26所述的方法，其中，所述候选t细胞抗原表位的确定为通过评价所述组库特异性trem序列与所述参考trem序列的同一性，提取包含具有同一性的trem序列的所述组库特异性trem序列和/或所述参考trem序列中的约9mer或约15mer的肽序列，并计算出该提取的肽序列的hla(mhc)的结合亲和力来进行。
28.根据权利要求1～27中任一项所述的方法，其中，包括提取所述bcr组库和/或tcr组库与所述trem匹配的参考序列肽的步骤。
29.根据权利要求1～28中任一项所述的方法，其中，还包括基于hla类型缩小肽范围，由此确定所述bcr组库和/或tcr组库与所述参考trem序列之间具有共同trem的hla特异性肽的步骤。
30.根据权利要求1～29中任一项所述的方法，其中，所述确定是否为表位序列的步骤包括通过对多个不同的mhc的结合亲和力来评价的步骤。
31.一种制造包含与受试者的特定生理状态相关的表位序列的抗原的方法，其包括：
32.根据权利要求31所述的方法，其中，获取bcr组库和/或tcr组库数据的步骤包括获取bcr和/或tcr全长序列的步骤。
33.根据权利要求31或32所述的方法，其中，还包括确定对所述生理状态特异性的bcr或tcr克隆的免疫球蛋白可变区的全长序列的步骤。
34.根据权利要求31～33中任一项所述的方法，其中，所述bcr组库和/或tcr组库数据通过分析从所述受试者获得的样本来获取。
35.根据权利要求31～33中任一项所述的方法，其中，所述bcr组库和/或tcr组库数据获取自现有数据库。
36.根据权利要求31～35中任一项所述的方法，其中，还...
【专利技术属性】
技术研发人员：铃木隆二，新井理，中村征史，屉村刚司，
申请(专利权)人：组库创世纪株式会社，
类型：发明
国别省市：
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