【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、一些dna测序技术涉及在支承表面上或在预定义反应室内进行大量受控反应。然后可以观察或检测受控反应，并且随后的分析可以有助于鉴定该反应中所涉及的多核苷酸的特性。此类测序技术的示例包括涉及连接测序、合成测序、可逆终止子化学或焦磷酸测序方法的下一代测序或大规模并行测序。
2、一些dna测序技术可通过利用纳米孔实现单分子分辨率。例如，设置在膜中的纳米孔为离子电流提供路径。当受到电驱动力的单链dna(ssdna)穿过纳米孔时，ssdna影响通过纳米孔的离子电流。例如，单个ssdna的每个通过的核苷酸或通过纳米孔的ssdna的每个系列的核苷酸产生特征性离子电流。因此，可记录与穿过的ssdna相关的信号(诸如通过纳米孔的这些特征性电流)并将其用于确定ssdna的序列。例如，使用进行性酶诸如聚合酶或解旋酶来帮助多核苷酸通过纳米孔的易位可能受到这些酶的随机行为的影响，因此可能具有高度可变的每个核苷酸的易位时间。此外，即使使用进行性酶，易位速度仍可能比可用电子器件和检测器准确测量的速率更快。然而，用于纳米孔测序的先前已知的组合物...
【技术保护点】
1.一种使用纳米孔对模板多核苷酸进行测序的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中在多于一个电位下测量所述孔电流。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述K-mer图的所述K-mer序列包含所述模板多核苷酸在所述单链部分中的至少两个位置。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所读取的孔电流的变化，其中基于所述变化进一步确定所述模板多核苷酸的所述序列。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括通过相对于未修饰的碱基改变的电流和/或核苷酸的延伸所述互补多核苷...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种使用纳米孔对模板多核苷酸进行测序的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中在多于一个电位下测量所述孔电流。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述k-mer图的所述k-mer序列包含所述模板多核苷酸在所述单链部分中的至少两个位置。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所读取的孔电流的变化，其中基于所述变化进一步确定所述模板多核苷酸的所述序列。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括通过相对于未修饰的碱基改变的电流和/或核苷酸的延伸所述互补多核苷酸的掺入时间来鉴定所确定的序列中的经表观遗传修饰的碱基。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中当所述互补多核苷酸的3'端未被隔离在所述纳米孔内时，掺入所述核苷酸以延伸所述互补多核苷酸。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中当所述互补多核苷酸的所述3'端位于所述纳米孔的收缩区内时，读取所述孔电流。
8.一种使用纳米孔对模板多核苷酸进行测序的方法，所述方法包括：
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述k-mer图的所述k-mer序列包含所述模板多核苷酸在所述单链部分中的至少两个位置。
10.根据权利要求8至9中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所读取的孔电流的变化，其中基于所述变化进一步确定所述模板多核苷酸的所述序列。
11.根据权利要求8至10中任一项所述的方法，所述方法还包括通过相对于未修饰的碱基改变的电流和/或核苷酸的延伸所述互补多核苷酸的掺入时间来鉴定所确定的序列中的经表观遗传修饰的碱基。
12.根据权利要求8至11中任一项所述的方法，其中当所述互补多核苷酸的3'端未被隔离在所述纳米孔内时，掺入所述核苷酸以延伸所述互补多核苷酸。
13.根据权利要求8至12中任一项所述的方法，其中当所述互补多核苷酸的所述3'端位于所述纳米孔的收缩区内时，读取所述孔电流。
14.一种使用纳米孔对模板多核苷酸进行测序的方法，所述方法包括：
15.根据权利要求14所述的方法，其中确定所述序列包括将电流迹线与k-mer图进行比较，所述k-mer图包括多个条目，其中每个条目包括k-mer序列和在施加的读取电位下的孔电流，所述k-mer序列包含所述模板多核苷酸在所述单链部分中的至少一个位置和所述模板多核苷酸在所述双链体部分中的至少一个位置。
16.根据权利要求14至15中任一项所述的方法，其中在多于一个电位下测量所述孔电流。
17.根据权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述k-mer图的所述k-mer序列包含所述模板多核苷酸在所述单链部分中的至少两个位置。
18.根据权利要求14至17中任一项所述的方法，所述方法还包括确定所读取的孔电流的变化，其中基于所述变化进一步确定所述模板多核苷酸的所述序列。
19.根据权利要求14至18中任一项所述的方法，所述方法还包括通过相对于未修饰的碱基改变的电流和/或核苷酸的延伸所述互补多核苷酸的掺入时间来鉴定所确定的序列中的经表观遗传修饰的碱基。
20.根据权利要求14至19...
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