【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于辣椒育种领域，尤其涉及一种与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记及获取方法、引物、试剂盒和应用。
技术介绍
1、辣椒(capsicum annuum l.)作为茄科辣椒属作物在世界各地广泛种植，具有较强的开发潜力和利用价值。21世纪，我国的辣椒产业迅速发展，已成为世界上最大的辣椒生产国和消费国。果实是辣椒主要的经济产出品，是辣椒育种中关注的重点之一，在培育过程中通过研究果实大小和形状来提升辣椒品质和价值，追求更高的经济效益和社会效益。在作物栽培驯化选择过程中，果形是最主要的选择性状之一，相关数据显示果实的形状、大小与作物的产量、质量有着密不可分的关系。辣椒的果实形状是重要的外观和商品性状，影响着作物商品品质以及消费者的消费偏好和市场价值，是对市场产品进行等级评定及划分类别的重要参考标准。果实的发育主要包括果实的膨大和成熟，辣椒在授粉受精后果实开始发育，首先进行细胞分裂为主的子房壁组织生长，然后发生以胚和胚乳发育进行的细胞分裂，最后进入细胞增大为主的果实生长过程。前期的细胞分裂为后期的细胞增长提供数量上的基础，细胞的数量和体积决定了果实发育最终的大小，影响辣椒横径变化的主要因素是果皮细胞的早期分裂层数，后期的细胞膨大程度主要影响辣椒的果肉厚度。果实横径以及果肉厚度的变化是影响果实宽度的关键因素。
2、作物的果实形状是数量性状，由一对或数对主基因和多个微效基因协同调控且易受环境影响。果形作为茄果类园艺作物的一个重要农艺性状，相关调控基因的定位及其功能鉴定一直是园艺领域研究的热点。
3、传统
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的技术问题是，克服以上
技术介绍
中提到的不足和缺陷，提供一种与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记及获取方法、引物、试剂盒和应用。
2、为解决上述技术问题，本专利技术提出的技术方案为：
3、一种与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记，以辣椒的zunla基因组版本为参考，所述kasp分子标记在辣椒3染色体上的第66124102位碱基处，该碱基存在多态性，其多态性为g或t。
4、作为一个总的专利技术构思，本专利技术还提供一种鉴定上述的kasp分子标记的引物，包括：
5、第一正向引物：5’-gaaggtgaccaagttcatgcttctaacttctgctgtcttatctc g-3’；
6、第二正向引物：5’-gaaggtcggagtcaacggatttctaacttctgctgtcttatctc t-3’；
7、反向引物：5’-gtcagactctcctgtaagctttga-3’。
8、作为一个总的专利技术构思，本专利技术还提供一种鉴定上述的kasp分子标记的试剂盒，包含上述的引物。
9、上述的试剂盒，优选的，所述第一正向引物、第二正向引物、反向引物在pcr反应体系中浓度之比为(3-4):(3-4):(8-9)，进一步优选为3:3:8。
10、作为一个总的专利技术构思，本专利技术还提供一种上述的kasp分子标记或上述的引物或上述的试剂盒在鉴定辣椒果实形状中或分子辅助育种中的应用。
11、上述的应用，优选的，在鉴定辣椒果实形状或分子辅助育种的过程中，以辣椒的zunla基因组版本为参考，鉴定辣椒3染色体上的第66124102位碱基为纯合的g时，辣椒果实形状为窄果；鉴定辣椒3染色体上的第66124102位碱基为纯合的t时，辣椒果实形状为宽果；鉴定辣椒3染色体上的第66124102位碱基为杂合g/t时，辣椒果实形状为中间型。
12、上述的应用，优选的，所述鉴定辣椒果实形状的应用方法包括以下步骤：
13、(1)提取辣椒待测样品的总dna；
14、(2)以步骤(1)提取的dna为模板，分别进行pcr扩增，然后进行荧光信号扫描、基因型分型；如果样品中只检测到第一正向引物的荧光，则该样品的基因型为纯合等位基因g；如果只检测到第二正向引物的荧光，则该样品的基因型为纯合等位基因t；如果同时检测到第一正向引物和第二正向引物的两种荧光，则该样品的基因型为杂合g/t；
15、(3)利用kasp试剂对pcr产物进行分型检测，使用lightcycler application系统读取分型结果。
16、上述的应用，优选的，所述分子辅助育种的应用方法包括以下步骤：
17、a)在已有的辣椒群体中，提取各植株叶片dna并采用上述的kasp分子标记或如上述的引物或上述的试剂盒进行pcr扩增、荧光信号扫描、基因型分型；荧光信号显示为第一正向引物荧光，表示为窄果植株；荧光信号显示为第二正向引物荧光，表示为宽果植株；荧光信号同时显示第一正向引物荧光和第二正向引物的荧光，表示为中间型植物；
18、b)选取目标果实宽度的植株，与其他辣椒植株进行杂交处理，在杂交后代中采用步骤a)的方法继续筛选目标果实宽度辣椒植株，获得新辣椒品种植株系。
19、作为一个总的专利技术构思，本专利技术还提供一种如上述的与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记的获取方法，包括以下步骤：
20、(1)利用辣椒野生型ly0为父本，辣椒宽果突变体ly49为母本，双亲本杂交构建f1群体，f1自交构建f2群体；
21、(2)对f2群体进行果实宽度表型鉴定，采用bsa法分别获得野生型混池和宽果突变体混池，并进行rna-seq测序，对测序结果进行生物信息学分析，获得与辣椒果实宽度连锁的染色体区域；
22、(3)对候选区间中的单碱基突变开发分子标记技术缩小候选区间，最终获得与果实宽度紧密连锁的kasp分子标记。
23、与现有技术相比，本专利技术的优点在于：
24、(1)本专利技术与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记，并针对该分子标记开发了引物及试剂盒，通过对辣椒发育早期植株的鉴定，有效的减小了植株的种植规模和后期鉴定的工作量，并降低了受环境的影响程度，为宽果形新品种的育种和筛选提供新途径，在辣椒果实形状的调控机制的研究上奠定了一定的基础，对辣椒果实的育种实践具有重要的推动意义。
25、(2)本专利技术利用野生型及其宽果突变体亲本材料构建了f2群体，利用bsa-seq分析在候选区间开发分子标记筛选到了候选基因，根据候选基因的本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与辣椒果实宽度基因紧密连锁的KASP分子标记，其特征在于，以辣椒的zunla基因组版本为参考，所述KASP分子标记在辣椒3染色体上的第66124102位碱基处，该碱基存在多态性，其多态性为G或T。
2.一种鉴定权利要求1所述的KASP分子标记的引物，其特征在于，包括：
3.一种鉴定权利要求1所述的KASP分子标记的试剂盒，其特征在于，包含如权利要求2所述的引物。
4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述第一正向引物、第二正向引物、反向引物在PCR反应体系中浓度之比为(3-4):(3-4):(8-9)。
5.一种如权利要求1所述的KASP分子标记或如权利要求2所述的引物或如权利要求3-4中任一项所述的试剂盒在鉴定辣椒果实形状中或分子辅助育种中的应用。
6.根据如权利要求5所述的应用，其特征在于，在鉴定辣椒果实形状或分子辅助育种的过程中，以辣椒的zunla基因组版本为参考，鉴定辣椒3染色体上的第66124102位碱基为纯合的G时，辣椒果实形状为窄果；鉴定辣椒3染色体上的第66124102位碱基为纯合的T时，辣
7.根据如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述鉴定辣椒果实形状的应用方法包括以下步骤：
8.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述分子辅助育种的应用方法包括以下步骤：
9.一种如权利要求1所述的与辣椒果实宽度基因紧密连锁的KASP分子标记的获取方法，其特征在于，包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种与辣椒果实宽度基因紧密连锁的kasp分子标记，其特征在于，以辣椒的zunla基因组版本为参考，所述kasp分子标记在辣椒3染色体上的第66124102位碱基处，该碱基存在多态性，其多态性为g或t。
2.一种鉴定权利要求1所述的kasp分子标记的引物，其特征在于，包括：
3.一种鉴定权利要求1所述的kasp分子标记的试剂盒，其特征在于，包含如权利要求2所述的引物。
4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述第一正向引物、第二正向引物、反向引物在pcr反应体系中浓度之比为(3-4):(3-4):(8-9)。
5.一种如权利要求1所述的kasp分子标记或如权利要求2所述的引物或如权利要求3-4中任一项所述的试剂盒在鉴定辣椒果实形状中或分子辅助育...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘周斌，沈逸雨，毛莲珍，欧立军，邹学校，曾立宇，
申请(专利权)人：湖南省阳雀湖农业开发有限公司，
类型：发明
国别省市：
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