【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及牛育种领域，具体涉及一种与水牛生长性状相关的plag1基因分子标记及其应用。
技术介绍
1、分子标记辅助选择育种是现代动物分子育种的一项主要研究内容，其直接在分子水平上对性状的基因型进行选择，具有遗传多样性高、稳定性强和受环境影响小的优势，克服传统动物育种方法受环境影响大的缺陷，同时大幅提高选种的准确性。
2、单核苷酸多态性(snp)是一种重要的分子遗传标记，随着现代分子生物学的发展，二代测序技术的加入和物种全基因组测序工作的完善，snp的分子遗传标记定位更加精准，应用也更广泛。snp作为dna序列多态性中的一种，是指在核苷酸水平上，同一物种不同个体间染色体上4种核苷酸遗传密码的单个碱基变化而引起的基因组水平上的序列多态性，变化形式主要为单个碱基的转换及颠换。snp体现个体间最本质的差异，同时单个碱基变化是dna变异最简单的变异方式和最多的变异方式。
3、多形性腺瘤基因(plag)锌指蛋白家族主要作为核蛋白转录调节因子发挥对基因的表达调控作用。该家族包括多形性腺瘤基因(plag1)、多形性腺瘤基因l1(plagl1)和多形性腺瘤基因l2(plagl2)三个成员。plag1基因是人类多形性腺瘤中的原癌基因，位于染色体8q12.1，在igf-ii有丝分裂信号通路中发挥作用，可编码一种核转录因子蛋白，该蛋白具有七种c2h2-锌指，具有转录调节能力。研究发现plag1基因被认为是白血病癌基因，有助于诊断良性肿瘤，用于区分良性肿瘤与恶性组织型区，同时plag1基因也可用于检测癌症患者的抗药性情况。目前
4、公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种与水牛生长性状相关的plag1基因分子标记及其应用，旨在获得携带水牛优势等位基因的个体开展育种工作，提高牛群体的生长性状，育种方法简单且适用于大规模育种，提高水牛育种效率。
2、为实现上述目的，一种与水牛生长性状相关的snp分子标记，该snp分子标记位于牛plag1基因nc_037341.1的第48676个碱基，所述第48676个碱基为r，其中，所述r为a或g；所述snp分子标记的核苷酸序列为seq id no.1。所述seq id no.1具体如下：
3、ttaaggtcaccagataccgaagcacgagcacggaaggatactgacactataagcaatattctccgcggatggacccaaacatcaccttgatagctactggtcactgctacaacgtgcatcttaaacccctgttaccgagttccgttgttcatgtcctgactgatacgcgctactccttgtgcagcttgttaatttcatgtaggtgtttcttccaaactatgtatttttgccgatgtgttgcttgtgtttcattcttcttagtcacttgtgcaacatagtgatatattgtgttgatttggacagtagcggtttttaaaaaccatatactgactgaaaacatgagccagagctgactgctttattaagctaataatgaatgttaaagagtacatattttcaggattattcatctagtaagcaatacacatatataggccaatatttttttaaaaaatagagcttggtcaacctctatactacacatattacaagatatagcactttcaaaacgaatctaaacctttacagaaaaactttcttataggttatgccttttattttaagacttattataatttgtttcaagtgccattagaggatagatatataggcctttgatgtataatgctttgtgttcaagaatggtagacggtattttaaacagg。
4、优选地，上述技术方案中，所述第48676个碱基在牛生长性状的优势等位基因为g等位基因；优势基因型为gg基因型。
5、一种snp分子标记在选育水牛生长性状检测中的应用，所述生长性状为水牛的体高、十字部高、体斜长和胸围。
6、一种检测引物，所述引物用于检测如权利要求1或2所述的分子标记，所述检测引物对的核苷酸序列如下：
7、正向引物：f 5′-ttaaggtcaccagataccgaa-3′，
8、反向引物：r 5′-acctgtttaaaataccgtct-3′。
9、一种上述检测引物在制备检测与水牛生长性状相关的分子标记相关的试剂盒的应用。
10、一种上述检测引物在检测plag1基因突变位中的应用。
11、一种选育水牛的方法，通过对待测水牛进行上述的snp分子标记的检测，评估待测水牛的繁殖性状，选择携带水牛生长性状的优势等位基因和基因型个体开展育种工作。
12、优选地，上述技术方案中，包括以下步骤：
13、(1)获取待测水牛的牛血液提取水牛基因组dna，对所述水牛基因组dna进行检测，获得dna模版；
14、(2)根据snp分子标记的核苷酸序列设计检测引物，所述检测引物对的核苷酸序列如下：
15、正向引物：f 5′-ttaaggtcaccagataccgaa-3′，
16、反向引物：r 5′-acctgtttaaaataccgtct-3′；
17、(3)使用所述检测引物将所述dna模版进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；
18、(4)对所述pcr扩增产物进行测序，得到测序基因序列；
19、(5)将所述测序基因序列与水牛群体标准基因序列进行对比分析，得到待检测水牛基因中突变位点，确定基因中突变位点的基因型，选择所述基因型的个体用于培育高繁殖力的优势品种。
20、优选地，上述技术方案中，用于杂交育种的亲本之一，其snp分子标记含有等位基因g；snp分子标记为gg基因型的个体作为水牛生长性状的优势个体。
21、优选地，上述技术方案中，所述水牛生长性状为水牛的体高、十字部高、体斜长和胸围。
22、与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
23、(1)首次提供了在中国水牛群体的plag1基因中存在与水牛生长性状相关的新的位点，并阐明了该位点的多态性与水牛体高、十字部高、体斜长和胸围的相关性；
24、(2)将上述位点的多态性与水牛体高、十字部高、体斜长和胸围的相关性，应用于水牛育种领域，对水牛基因进行大规模的筛查和诊断，获取优势等位基因的个体，提高牛群体的生长性状；
25、(3)本发本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与水牛生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于，该SNP分子标记位于牛PLAG1基因NC_037341.1的第48676个碱基，所述第48676个碱基为R；所述SNP分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1。
2.根据权利要求1所述与水牛生长性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述第48676个碱基在水牛生长性状的优势等位基因为G等位基因；优势基因型为GG基因型。
3.一种如权利要求1-2任一所述的SNP分子标记在选育水牛生长性状检测中的应用，所述生长性状为水牛的体高、十字部高、体斜长和胸围。
4.一种检测引物，其特征在于，所述引物用于检测如权利要求1或2所述的分子标记，所述检测引物对的核苷酸序列如下：
5.一种如权利要求4所述的检测引物在制备检测与水牛生长性状相关的分子标记相关的试剂盒的应用。
6.一种如权利要求4所述的检测引物在检测PLAG1基因突变位点中的应用。
7.一种选育水牛的方法，其特征在于，通过对待测水牛进行如权利要求1所述的SNP分子标记的检测，评估待测水牛的繁殖性状，选择携带水
8.根据权利要求7所述选育水牛的方法，其特征在于，包括以下步骤：
9.根据权利要求8所述的选育水牛的方法，其特征在于，用于杂交育种的亲本之一，其SNP分子标记含有等位基因G；SNP分子标记为GG基因型的个体作为水牛生长性状的优势个体。
10.根据权利要求9所述的选育水牛的方法，其特征在于，所述水牛生长性状为水牛的体高、十字部高、体斜长和胸围。
...【技术特征摘要】
1.一种与水牛生长性状相关的snp分子标记，其特征在于，该snp分子标记位于牛plag1基因nc_037341.1的第48676个碱基，所述第48676个碱基为r；所述snp分子标记的核苷酸序列为seq id no.1。
2.根据权利要求1所述与水牛生长性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述第48676个碱基在水牛生长性状的优势等位基因为g等位基因；优势基因型为gg基因型。
3.一种如权利要求1-2任一所述的snp分子标记在选育水牛生长性状检测中的应用，所述生长性状为水牛的体高、十字部高、体斜长和胸围。
4.一种检测引物，其特征在于，所述引物用于检测如权利要求1或2所述的分子标记，所述检测引物对的核苷酸序列如下：
5.一种如权利要求4所述的检测引物在制备...
【专利技术属性】
技术研发人员：鄢胜飞，邹超霞，覃广胜，曾令湖，文信旺，黄荣春，于农淇，李厅厅，梁莎莎，潘伟军，卢瑛，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水牛研究所，
类型：发明
国别省市：
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