【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及基因组学、生物信息学、分子生物学和基因组育种，具体地说，涉及一种用于大豆基因分型的分子标记组合及其应用。
技术介绍
1、大豆是世界性重要的经济作物。2010年，大豆参考基因组的公布，对于开展大豆靶向性分子育种、聚合育种，高效精准地培育大豆新品种及创制新种质具有极大的促进作用。分子标记技术(molecular markers)是分子育种中的重要基础。传统分子标记技术如限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，rflp)、扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism，aflp)和简单序列重复(simplesequence repeat，ssr)等技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，如通量低、数量少、操作过程繁琐等诸多问题，不能满足大规模商业化育种的需求。为了对目标基因进行精确控制，对遗传背景进行有效选择，对育种品种进行准确分析和鉴定，需要开发和利用高通量分子标记技术。
2、靶向捕获测序是通过定制目标基因组区域的探针，与基因组dna进行杂交，将目标区域dna富集后进行高通量测序的技术手段。靶向捕获测序技术具有显著的优势，这些优势包括：(1)灵活性高，根据研究目的定制不同的探针；(2)准确性高，测序深度比重测序深度高，位点分型质量高；(3)性价比高，随着测序价格的降低，平均每个位点的价格低廉。因此，配合此技术的应用可有望开发出更高效的育种方式。
技术实现思路b>
1、本专利技术的目的是提供一种新的用于大豆基因分型的分子标记组合及其应用。
2、具体地，本专利技术的技术方案如下：
3、第一方面，本专利技术提供一种用于大豆基因分型的分子标记组合，其由5022个分子标记组成，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no：1-5022所示。
4、本专利技术分子标记组合中包括snp分子标记和indel分子标记。
5、本专利技术分子标记位点选自包括栽培大豆(glycine max)及其祖先一年生野生大豆(glycine soja)在内的2202份代表性大豆种质资源，涵盖与产量、品质、抗病虫和耐逆等重要农艺性状相关的功能位点、关联标记和qtl侧翼位点等前景标记，驯化和改良选择区间以及野生和栽培大豆间特有及种内亚群间特有的snp/indel位点，以及可有效代表大豆基因组的背景位点。
6、本专利技术研发设计时考虑到了捕获的分子标记在全基因组的分布情况。分析平台为靶向捕获测序，位点在全基因组上均匀分布，所以测序数据覆盖至全基因组范围。根据探针的长度范围，测序数据在全基因组上分布呈现位点附近覆盖度高，其他区域覆盖度低的特点。此外，本专利技术所选位点性状突出：突出了生育期、品质、产量、抗病虫、抗逆等育种关键性状，应用性强。
7、第二方面，本专利技术提供用于大豆基因分型的分子标记组合，其包含如seq id no：1-5022所示的核苷酸序列中的任意两个或多个。
8、第三方面，本专利技术提供上述用于大豆基因分型的分子标记组合在制备大豆全基因组育种检测产品中的应用。
9、第四方面，本专利技术提供一种大豆全基因组育种检测产品，其包含1-5022个分子标记，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no：1-5022所示。
10、本专利技术的所述大豆全基因组育种检测产品采用靶向捕获测序技术。
11、本专利技术中，上述用于大豆基因分型的分子标记组合或大豆全基因组育种检测产品，其中，所述分子标记的snp或indel位点均位于seq id no.1～5022所示的核苷酸序列的第51位。
12、当本专利技术分子标记组合中的分子标记为snp分子标记时，其在第51bp位点上表现为单个核苷酸的多态性；当本专利技术分子标记组合中的分子标记为indel分子标记时，其在第51bp位点上表现为多个核苷酸的多态性(存在核苷酸的插入或缺失)。
13、第五方面，本专利技术提供上述用于大豆基因分型的分子标记组合或大豆全基因组育种检测产品的以下任一种应用：
14、1)在大豆功能基因检测或大豆定向改良中；
15、2)在大豆遗传背景多样性分析中；
16、3)在大豆品种真实性鉴定中；
17、4)在大豆(种质资源)基因指纹图谱分析中；
18、5)在大豆f1真假杂交种鉴定中；
19、6)在大豆品种或品系纯合度鉴定中；
20、7)在大豆全基因组关联分析中；
21、8)大豆全基因组选择育种中。
22、用于检测本专利技术上述分子标记的引物也属于本专利技术保护范围。
23、本专利技术的有益效果至少在于：
24、本专利技术的分子标记、组合及大豆全基因组育种检测产品，其中所含分子标记位点来自两千余份代表性大豆重测序，代表性强；maf高于0.1以上的标记位点占比85％以上，多态性高，广泛适用于大豆种质资源研究和分子育种；涵盖大量高产优质的克隆基因、功能位点，关联及连锁分析的研究成果，前景位点占比高(约34％)，分子育种价值高；标记位点均匀分布在基因组上，在大豆育种材料遗传评估、品种真实性鉴定、f1真假杂交种鉴定、纯合度鉴定、辅助聚合育种、品种定向改良等领域具有广阔的育种应用前景。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.用于大豆基因分型的分子标记组合，其特征在于，由5022个分子标记组成，所述分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-5022所示。
2.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合在制备大豆全基因组育种检测产品中的应用。
3.一种大豆全基因组育种检测产品，其特征在于，包含1-5022个分子标记，所述分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-5022所示。
4.如权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品，其特征在于，所述分子标记的SNP或InDel位点均位于SEQ ID NO.1～5022所示的核苷酸序列的第51位。
5.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆遗传背景多样性分析中的应用。
6.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆功能基因检测或大豆定向改良中的应用。
7.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述
8.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆F1真假杂交种鉴定或大豆品种或品系纯合度鉴定中的应用。
9.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆全基因组关联分析中的应用。
10.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆全基因组选择育种中的应用。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.用于大豆基因分型的分子标记组合，其特征在于，由5022个分子标记组成，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no：1-5022所示。
2.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合在制备大豆全基因组育种检测产品中的应用。
3.一种大豆全基因组育种检测产品，其特征在于，包含1-5022个分子标记，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no：1-5022所示。
4.如权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品，其特征在于，所述分子标记的snp或indel位点均位于seq id no.1～5022所示的核苷酸序列的第51位。
5.权利要求1所述的用于大豆基因分型的分子标记组合或权利要求3所述的大豆全基因组育种检测产品在大豆遗传背景多样性分析中...
【专利技术属性】
技术研发人员：邱丽娟，李英慧，刘继强，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：
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