【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、严重急性呼吸综合征冠状病毒2(sars-cov-2)或covid-19病毒已在全球范围内造成大规模传播和灾难性后果。所述病毒的影响时间明显延迟(3-21天)，并且可以在15秒内感染人。covid-19变体的出现给人们带来了巨大的健康风险。最近报告的变体可能导致更严重的疾病病症，并且比以前流行的毒株更致命。例如，一种感染率高出7倍的变体首先在英国被发现，并在全球范围内迅速传播。其他正在进化的变体，诸如最近在南非、巴西和美国发现的变体，含有不同的基因突变，并且也具有高度传染性。还发现了双重和三重基因变体，所述基因变体在印度引发了致命的疫情。一些covid-19变体可以表现出更长的潜伏期，可以感染年轻群体，并且可能不被基于mrna的covid-19疫苗覆盖。
2、快速准确地检测变体可以遏制疫情和疾病传播。然而，由于缺乏速度、有效性、可靠性或可扩展性，目前可用的方法受到限制。
技术实现思路
1、本文公开了用于鉴定样品中冠状病毒科(family coronaviridae...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定样品中冠状病毒科病毒的序列的方法，所述方法包括：
2.一种用于鉴定样品中冠状病毒科病毒的序列的方法，所述方法包括：
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列具有总计至少约500个核苷酸的长度。
4.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列具有至少一个与刺突基因对齐的序列和至少一个与所述病毒的参考基因组中的核衣壳基因对齐的序列。
5.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述提供包括涉及多个引物的扩增反应。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述多...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于鉴定样品中冠状病毒科病毒的序列的方法，所述方法包括：
2.一种用于鉴定样品中冠状病毒科病毒的序列的方法，所述方法包括：
3.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列具有总计至少约500个核苷酸的长度。
4.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列具有至少一个与刺突基因对齐的序列和至少一个与所述病毒的参考基因组中的核衣壳基因对齐的序列。
5.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述提供包括涉及多个引物的扩增反应。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述多个引物包含少于50个引物对。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述多个引物包含少于9个引物对。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述多个引物包含少于5个引物对。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述多个引物包含3个引物对。
10.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列包含至多50个模板核苷酸序列。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列包含少于9个模板核苷酸序列。
12.如权利要求11所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列包含少于5个模板核苷酸序列。
13.如权利要求12所述的方法，其中所述多个模板核苷酸序列包含3个模板核苷酸序列。
14.一种用于分析样品的方法，所述方法包括：
15.如权利要求14所述的方法，其中所述引物包含至少一个与选自seq id no:1-28的序列具有至少约86％序列同一性的核苷酸序列。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述引物包含至少一个与选自seq id no:1-28的序列具有至少约90％序列同一性的核苷酸序列。
17.如权利要求16所述的方法，其中所述引物包含至少一个与选自seq id no:1-28的序列具有至少约94％序列同一性的核苷酸序列。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述引物包含至少一个包含选自seq id no:1-28的序列的核苷酸序列。
19.如权利要求14所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:1-8和13-21和26-28的序列的核苷酸序列。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:1、3、4、6、13、14、17、18、20和27的序列的核苷酸序列。
21.如权利要求19所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:2、5、7、8、15、16、19、21、26和28的序列的核苷酸序列。
22.如权利要求19所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:1、3、4、6、13、14、17、18、20和27的序列的核苷酸序列；和至少一个包含选自seq id no:2、5、7、8、15、16、19、21、26和28的序列的核苷酸序列。
23.如权利要求14所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:9-12和22-25的序列的核苷酸序列。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:9、11、22和24的序列的核苷酸序列。如权利要求23所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:10、12、23和25的序列的核苷酸序列。
25.如权利要求23所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:9、11、22和24的序列的核苷酸序列；和至少一个包含选自seq id no:10、12、23和25的序列的核苷酸序列。
26.如权利要求19所述的方法，其中所述多个引物包含至少一个包含选自seq id no:1、3、4、6、13、14、17、18、20和27的序列的核苷酸序列；至少一个包含选自seq id no:2、5、7、8、15、16、19、21、26和28的序列的核苷酸序列；至少一个包含选自seq id no:9、11、22和24的序列的核苷酸序列；以及至少一个包含选自seq id no:10、12、23和25的序列的核苷酸序列。
27.如权利要求14所述的方法，其中所述多个引物包含选自以下的第一引物对：
28.如权利要求27所述的方法，其中所述多个引物还包含选自以下的第二引物对：
29.如权利要求14所述的方法，其还包括b)确定所述底物核酸的序列。
30.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其还包括c)提供报告，其中所述报告包括确定所述样品中所述病毒或所述病毒的变体的序列存在或不存在。
31.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述提供包括扩增反应。
32.如权利要求31所述的方法，其中所述扩增反应包括逆转录、不对称扩增、解旋酶依赖性扩增(hda)、连接酶链式反应(lcr)、环介导的等温扩增(lamp)、多重置换扩增(mda)、基于核酸序列的扩增(nasba)、聚合酶链式反应(pcr)、引物延伸、重组酶聚合酶扩增(rpa)、滚环扩增(rca)、自主序列复制(3sr)或链置换扩增(sda)。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述扩增反应包括所述pcr。
34.如权利要求33所述的方法，其中所述pcr包括多重pcr。
35.如1、2和14所述的方法，其中所述提供还包括逆转录。
36.如1、2和14所述的方法，其中所述提供包括条形码化反应。
37.如权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述确定包括对所述底物核酸或其扩增产物进行测序。
38.如权利要求37所述的方法，其中所述测序包括链终止测序、高通量测序、质谱测序、大规模平行签名测序、maxam-gilbert测序、纳米孔测序、引物步移、焦磷酸测序、桑格测序、半导体测序、杂交测序、连接测序、合成测序、单分子测序或鸟枪测序。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述测序包括所述纳米孔测序。
40.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒科病毒包括正冠状病毒亚科病毒。
41.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒科病毒包括冠状病毒种的病毒。
42.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒科病毒包括严重急性呼吸综合征相关冠状病毒。
43.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述冠状病毒科病毒包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2。
44.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述样品是从动物、水、表面、液滴或食物中分离的。
45.如权利要求44所述的方法，其中所述水包括污水或饮用水。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述水包括所述污水。
47.如权利要求44所述的方法，其中所述表面包括室内隔间的表面、食物包装材料的表面、面罩的表面、医疗设备的表面或家具的表面。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述表面包括所述室内隔间的表面。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述室内隔间的所述表面包括升降梯的表面。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述升降梯的所述表面包括所述升降梯的按键。
51.如权利要求44所述的方法，其中所述表面包括金属的表面、木材的表面、塑料的表面、纸张的表面、玻璃的表面、陶瓷的表面、织物的表面或鞋子的表面。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述表面包括所述金属的表面。
53.如权利要求52所述的方法，其中所述金属的所述表面包括门把手或球形门把手的表面。
54.如权利要求1、2和14中任一项所述的方法，其中所述样品包括生物样品。
55.如权利要求54所述的方法，其中所述生物样品来自所述对象。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述对象是人。
57.如权利要求54所述的方法，其中所述生物样品包括血液样品、组织样品、鼻拭子样品或肛门拭子样品。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述组织样品可以包括体液样品、肌肉样品、皮肤样品、肺样品、大脑样品、神经系统样品、胃肠道样品、毛发样品或皮肤样品。
59.如权利要求54所述的方法，其中所述生物样品可以通过活检获得。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述活检可以包括血液活检、体液活检、肌肉活检、皮肤活检、肺活检、大脑活检、神经系统活检、胃肠道活检或皮肤活检。
61.如权利要求59所述的方法，其中所述活检可以包括细针抽吸活检、空芯针活检、真空辅助活检、切除活检、刮取活检、钻取活检、内窥镜活检、腹腔镜活检、骨髓抽吸活检、液体活检。
62.如权利要求61所述的方法，其中所述活检可以包括切取活检或切除活检。
63.如权利要求1、2和14中任一项...
【专利技术属性】
技术研发人员：叶彬，黄家明，
申请(专利权)人：香港启码策生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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