一种用于番茄品种鉴定的SNP位点组合及其应用制造技术

技术编号：40520441 阅读：6 留言：0更新日期：2024-03-01 13:38

本发明专利技术公开了一种用于番茄品种鉴定的SNP位点组合及其应用，涉及生物技术领域。所述SNP位点组合包括17个SNP位点。本发明专利技术利用KASP平台对番茄品种进行基因分型，根据分型结果，对每个位点进行筛选分析，去除不符合要求的位点；最终从每条染色体上挑选5‑6个多态性信息含量高且分型效果理想的核心SNP位点，结果筛选得到17个核心SNP位点。利用该17个核心SNP位点进行KASP检测，可以快速、准确和高通量地进行番茄品种的鉴定。

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【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物，特别是涉及一种用于番茄品种鉴定的snp位点组合及其应用。

技术介绍

1、番茄是新疆的优势产业，新疆以其独特丰厚的自然条件，在众多省份中脱颖而出，新疆番茄种植基地成为中国最大的基地，并逐渐形成完整的产业链。新疆处于欧亚大陆内部，是温带大陆性气候，白天炎热干燥，光照充足，夜晚由于沙子的比热容低，昼夜温差大，十分有利于促进红色素形成和干物质储存。此外，新疆夏季气候干燥，冬季气候寒冷，寄生虫的生存环境差，对防治病害和寄生虫，提高番茄产量，提高番茄制品质量具有重要意义，国际上公认中国新疆番茄种植基地的番茄质量优于美国的番茄种植基地的番茄质量。随着国家对番茄基础研究和分子育种等相关研究支持力度的加大，番茄品种选育技术和水平有了显著提高，传统的育种技术和先进的生物技术相结合大大提高了育种效率。

2、番茄纯度鉴定和品种区分是育种过程中的重要环节，同时也是番茄种子质量控制体系中的关键环节。目前番茄纯度鉴定和品种区分方法有形态鉴定、种子贮藏蛋白质电泳技术和dna分子标记技术等。其中，简单重复序列(simple sequence repeats，ssr)标记具有多态性高、共显性、实验程序简单、结果重复性好等优点，但利用ssr标记进行品种鉴定存在着ssr标记数量有限、检测位点少，ssr位点存在一定的突变率、对变异反应比较敏感等缺点，而利用snp标记构建的指纹库则能克服这些问题。相对于传统的ssr标记，snp标记具有数量多、分布广泛、稳定性高、易于快速且高通量分型的特点。常用的snp检测方法有基于dna芯片技术、测序及竞争

3、kasp(kompetitive allele specific pcr，即竞争性等位基因特异性pcr)技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对snp进行分型，该技术具有高度的稳定性与准确性，其检测原理是：针对每个snp位点设计两条3’端碱基不同的等位基因正向引物与一条反向引物，两条正向引物5’端分别连有序列不同的f标签和h标签，三种引物组成primer mix；将dna模板、primer mix、含有荧光引物的master mix混合后进行pcr；pcr反应1：变性模板与primermix中相匹配的引物结合并退火，延伸后序列被加上了标签序列；pcr反应2：等位基因特异性的末端序列的互补链合成；pcr反应3：特异序列对应的标签随pcr反应进行指数性增长，相应信号被检测。相比于dna芯片技术，利用kasp技术进行snp检测的成本较低，其成本与检测的snp位点数呈正相关。因此，基于kasp技术开发snp标记进行品种鉴定，可大大提高鉴定效率。

4、近年来，市场上的番茄品种不断增多，种植面积不断增大。但是，在市场上同名异物及同物异名的情况时有发生，甚至一些不合格种子混入市场带来巨大的经济损失，也会影响优良品种的繁育，因此对品种进行快速准确鉴定对于假种辨别和解决产权纠纷具有重要作用。现行的植物新品种特异性、一致性和稳定性(dus)测试主要依据行业标准考察品种的表型，但存在鉴定周期长、易受环境影响、测试性状多等问题，给品种权纠纷、司法维权带来困难。因此，提供基于kasp的番茄核心snp标记及其应用是本领域技术人员亟需解决的问题。

技术实现思路

1、本专利技术的目的是提供一种用于番茄品种鉴定的snp位点组合及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，利用该snp位点组合进行kasp检测，可以快速、准确和高通量地进行番茄品种的鉴定。

2、为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：

3、本专利技术提供一种用于番茄品种鉴定的snp位点组合，包括下表所示的17个snp位点：

4、 snp位点染色体 snp物理位置等位基因 f22409 slycer1.1ch01 6440040 c/t f22410 slycer1.1ch03 61876153 c/t f22411 slycer1.1ch05 31601954 g/c f22413 slycer1.1ch05 34862073 a/g f22414 slycer1.1ch06 27827462 a/c f22415 slycer1.1ch06 33416718 t/c f22416 slycer1.1ch07 64727933 c/t f22417 slycer1.1ch09 9652122 a/c f22418 slycer1.1ch09 10432963 g/t f22419 slycer1.1ch09 15275974 c/t f22420 slyc本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种用于番茄品种鉴定的SNP位点组合，其特征在于，包括下表所示的17个SNP位点：

2.一种用于番茄品种鉴定的引物组合，其特征在于，包括下表所示的核苷酸序列如SEQID NO.1-51所示的引物：

3.根据权利要求2所示的引物组合，其特征在于，核苷酸序列如SEQ ID NO.1、SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.19、SEQ IDNO.22、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.28、SEQ ID NO.31、SEQ ID NO.34、SEQ ID NO.37、SEQ IDNO.40、SEQ ID NO.43、SEQ ID NO.46和SEQ ID NO.49所示引物的5’端均连接有序列标签A；核苷酸序列如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.14、SEQID NO.17、SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.26、SEQ

4.根据权利要求3所示的引物组合，其特征在于，所述序列标签A的核苷酸序列如SEQID NO.52所示；所述序列标签B的核苷酸序列如SEQ ID NO.53所示。

5.一种如权利要求2-4任一项所述的引物组合在制备鉴定番茄品种的试剂盒中的应用。

6.一种鉴定番茄品种的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2-4任一项所述的引物组合。

7.一种鉴定番茄品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述KASP扩增的反应体系为：KASPMaster mix 5μL、KASPPrimer mix 0.14μL和模板DNA 5μL；

9.一种如权利要求1所述的SNP位点组合、如权利要求2或3所述的引物组合或者如权利要求5或6所述的试剂盒在以下(1)-(5)任一项中的应用：

...

【技术特征摘要】

1.一种用于番茄品种鉴定的snp位点组合，其特征在于，包括下表所示的17个snp位点：

2.一种用于番茄品种鉴定的引物组合，其特征在于，包括下表所示的核苷酸序列如seqid no.1-51所示的引物：

3.根据权利要求2所示的引物组合，其特征在于，核苷酸序列如seq id no.1、seq idno.4、seq id no.7、seq id no.10、seq id no.13、seq id no.16、seq id no.19、seq idno.22、seq id no.25、seq id no.28、seq id no.31、seq id no.34、seq id no.37、seq idno.40、seq id no.43、seq id no.46和seq id no.49所示引物的5’端均连接有序列标签a；核苷酸序列如seq id no.2、seq id no.5、seq id no.8、seq id no.11、seq id no.14、seqid no.17、seq id no.20、seq id no.23、seq id no.26、seq id no.2...

【专利技术属性】
技术研发人员：师玮，杨玉新，戚晨晨，彭芸，陈国辉，何旻霞，魏萌萌，李雪溶，
申请(专利权)人：新疆新康农业发展有限公司，
类型：发明
国别省市：

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