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【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物,尤其涉及一种与甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc紧密连锁的snp分子标记、kasp标记引物、试剂盒及其应用。
技术介绍
1、甘蓝型油菜是世界上第三大植物油来源,其产量约占全球食用油产量的13%。据统计,油菜含油量提高1%,相当于菜籽增产2.3~2.5个百分点长江流域主产区油菜种植面积占我国油菜生产总面积的90%,长江流域主产区菜籽的含油量为41%~42%。
2、油菜籽粒含油量是油菜重要的性状之一,籽粒含油量的遗传机理解析对于高含油量品种的选育以及满足我国不断增长的食用油需求具有重要意义。提高含油量是提高单位面积产油量的关键措施之一,高油育种是我国甘蓝型油菜育种主攻目标之一。
3、为揭示油菜控制含油量抗病的分子生物学机制,挖掘、开发和利用其重要农业价值和观赏价值,开发基于kasp技术的含油量基因bna05.oc的功能连锁snp标记可以作为一种高效的鉴定标记,支持在油菜育种过程中高通量、低成本、高精确度的鉴定功能基因的情况,从而加速油菜的育种选择,在本
具有十分重要的意义。
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的技术问题是,克服以上
技术介绍
中提到的不足和缺陷,提供一种与甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc紧密连锁的snp分子标记、kasp标记引物、试剂盒及其应用,能够快速、高通量、低成本实现含油量基因bna05.oc的基因突变型进行鉴定。
2、为解决上述技术问题,本专利技术提出的技术方案为:
3、一种与甘蓝型油
4、上述的应用,优选的,所述应用为鉴定甘蓝型油菜的含油量表型;鉴定所述甘蓝型油菜a05染色体上的第20253713位碱基为纯合a时,甘蓝型油菜的含油量表型为低含油量;鉴定所述甘蓝型油菜a05染色体上的第20253713位碱基为纯合g或a/g时,甘蓝型油菜的含油量表型为高含油量。
5、优选的,所述鉴定甘蓝型油菜含油量表型采用的kasp标记引物的核苷酸序列由5'端至3'端如下所示:
6、特异性引物x:aagttcaacgagtacctcccttgt(如seq id no:1所示);
7、特异性引物y:gttcaacgagtacctcccttgc(如seq id no:2所示);
8、通用引物c:gctcagctggtgcacgtaac(如seq id no:3所示)。
9、优选的,所述应用的方法包括以下步骤:
10、(1)提取甘蓝型油菜待测样品的总dna;
11、(2)以步骤(1)提取的dna为模板,分别利用所述的kasp标记引物进行pcr扩增,然后进行荧光信号扫描、基因型分型;如果样品中只检测到特异性引物x的荧光,则该样品的基因型为纯合等位基因x;如果只检测到特异性引物y的荧光,则该样品的基因型为纯合等位基因y;如果同时检测到特异性引物x和y荧光,则该样品的基因型为杂合;
12、(3)根据基因型分型结果进行数据分析,得出甘蓝型油菜待测样品的含油量基因bna05.oc分型。
13、优选的,所述方法采用douglas array tape平台进行;pcr扩增体系包括:100μm通用引物c、100μm特异性引物x、100μm特异性引物y、2×kasp master mix、甘蓝型油菜待测样品的dna、超纯水。
14、优选的,用soellex进行pcr扩增,扩增条件如下:94℃15分钟;94℃20秒,65℃-57℃60秒,10个循环;94℃20秒,57℃60秒,33个循环。
15、基于一个总的专利技术构思,本专利技术还提供一种鉴定甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc的kasp标记引物,所述kasp标记引物的核苷酸序列由5'端至3'端如下所示:
16、特异性引物x:aagttcaacgagtacctcccttgt(如seq id no:1所示);
17、特异性引物y:gttcaacgagtacctcccttgc(如seq id no:2所示);
18、通用引物c:gctcagctggtgcacgtaac(如seq id no:3所示)。
19、基于一个总的专利技术构思,本专利技术还提供一种鉴定甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc的试剂盒,包含上述的kasp标记引物。
20、上述的试剂盒,优选的,所述特异性引物x、特异性引物y、通用引物c在pcr反应体系中浓度之比为10~12:10~12:25~30。
21、优选的,所述试剂盒中还包含2×kasp master mix和超纯水。
22、基于一个总的专利技术构思,本专利技术还提供一种所述kasp标记引物或所述试剂盒在鉴定甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc中的应用。
23、与现有技术相比,本专利技术的有益效果为:
24、(1)本专利技术筛选出一个与甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc紧密连锁的snp分子标记及其kasp标记引物组和试剂盒,用于含油量基因bna05.oc突变型的精准鉴定,这个标记分型质量高、单拷贝、高多态性(现有甘蓝型油菜资源中的pic值高于>0.3),样本数据检出率>98%,可用于甘蓝型油菜的含油量育种改良的标记辅助育种,具有广泛的应用普适性。
25、(2)本专利技术还提供了上述kasp标记引物和试剂盒鉴定甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc的应用方法,该检测方法简单、自动化程度高达90%;检测通量高、速度快(8小时可获得122,880个数据点,是传统的96孔板snp基因分型方法的10倍);检测反试剂用量少(仅0.8ul/反应),试剂耗材成本低(与传统的96孔板snp基因分型方法相比,试剂耗材成本降低70%-90%);检测结果准确、重复性和稳定性好,不同检测实验室的数据结果可以相互比较验证,数据具有普适的可比性;本专利技术提供了一种快速、高效、低成本、精准检测普适性方法。
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1.一种与甘蓝型油菜含油量基因BnA05.OC紧密连锁的SNP分子标记,其特征在于,以甘蓝型油菜的Darmor-bzh基因组版本为参考,所述SNP分子标记在甘蓝型油菜A05染色体上的第20253713位碱基存在多态性,其多态性为A或G。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述应用为鉴定甘蓝型油菜的含油量表型;鉴定所述甘蓝型油菜A05染色体上的第20253713位碱基为纯合A时,甘蓝型油菜的含油量表型为低含油量;鉴定所述甘蓝型油菜A05染色体上的第20253713位碱基为纯合G或A/G时,甘蓝型油菜的含油量表型为高含油量。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述鉴定甘蓝型油菜含油量表型采用的KASP标记引物的核苷酸序列由5'端至3'端如下所示:
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述应用的方法包括以下步骤:
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述方法采用Douglas Array Tape平台进行;PCR扩增体系包括:100μM通用引物C、100μM特异性引物X、100μM特异性引物Y、2×KASPMa
6.一种鉴定甘蓝型油菜含油量基因BnA05.OC的KASP标记引物,其特征在于,所述KASP标记引物的核苷酸序列由5'端至3'端如下所示:
7.一种鉴定甘蓝型油菜含油量基因BnA05.OC的试剂盒,其特征在于,包含如权利要求6所述的KASP标记引物。
8.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述特异性引物X、特异性引物Y、通用引物C在PCR反应体系中浓度之比为10~12:10~12:25~30。
9.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还包含2×KASP MasterMix和超纯水。
10.一种如权利要求6所述的KASP标记引物或权利要求7~9中任一项所述的试剂盒在鉴定甘蓝型油菜含油量基因BnA05.OC中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种与甘蓝型油菜含油量基因bna05.oc紧密连锁的snp分子标记,其特征在于,以甘蓝型油菜的darmor-bzh基因组版本为参考,所述snp分子标记在甘蓝型油菜a05染色体上的第20253713位碱基存在多态性,其多态性为a或g。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述应用为鉴定甘蓝型油菜的含油量表型;鉴定所述甘蓝型油菜a05染色体上的第20253713位碱基为纯合a时,甘蓝型油菜的含油量表型为低含油量;鉴定所述甘蓝型油菜a05染色体上的第20253713位碱基为纯合g或a/g时,甘蓝型油菜的含油量表型为高含油量。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述鉴定甘蓝型油菜含油量表型采用的kasp标记引物的核苷酸序列由5'端至3'端如下所示:
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述应用的方法包括以下步骤:
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述方法采用douglas array tap...
【专利技术属性】
技术研发人员:李乐,贾佩陇,郭铭凯,唐宜,聂超南,唐顺学,
申请(专利权)人:华智生物技术有限公司,
类型:发明
国别省市:
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