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基于细菌-古菌-真菌共现网络评价抗生素生态效应的方法技术

技术编号:39974445 阅读:80 留言:0更新日期:2024-01-09 01:02
本发明专利技术属于评价抗生素生态效应技术领域,尤其涉及基于细菌‑古菌‑真菌共现网络评价抗生素生态效应的方法。本发明专利技术构建了细菌‑古菌‑真菌之间的共现网络,去除了同一类群微生物内的相关关系,基于抗生素浓度进行高低浓度样本分组,对比两个组别下的细菌‑古菌‑真菌共现网络中网络和点的拓扑性质,发现高浓度抗生素条件下不同类群微生物之间的物种平均连接度和图密度更高,网络平均聚类系数和模块度更低,表明高浓度抗生素条件下不同类群微生物间关联增大,连接更紧密,但聚类模块数更少,模块分化程度更小,生态位分化更少,对评价抗生素对不同类群微生物间相互关联程度和生态位分化程度的影响具有重要价值。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于评价抗生素生态效应,尤其涉及基于细菌-古菌-真菌共现网络评价抗生素生态效应的方法


技术介绍

1、抗生素作为微生物产生的一类次级代谢产物及化学合成或半合成的类似化合物,是对抗细菌感染的重要抗菌剂。近些年来,四环素类、大环内酯类和喹诺酮类等多种抗生素被陆续发现并广泛应用于人类和动物的临床医疗。然而抗生素的持续释放导致其在自然环境中广泛存在。这不仅会对天然环境造成污染,同时会影响环境中的微生物群落结构,并为耐药微生物的演化和传播提供前所未有的选择压力。因此,了解抗生素对自然环境中微生物的影响和作用机制十分必要。

2、自然环境中,不同类群微生物(细菌、古菌和真菌)之间的相互作用在塑造其群落结构方面起着重要作用。微生物种群间的相互作用网络通过促进竞争、合作和交流决定了微生物生态系统的整体组成、稳定性和生物多样性,并进一步塑造其生态功能。微生物共现网络是一种基于微生物分类群共现矩阵的相关性构建的用于研究微生物共现模式的常用统计分析方法。在微生物学和生态学中,微生物共现网络可以帮助我们理解不同微生物物种之间的共存和互斥模式,该方法能够从相对复本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.基于细菌-古菌-真菌共现网络评价抗生素生态效应的方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取所述样本中细菌、古菌和真菌的群落组成和丰度数据的方法包括:对所述样本分别进行16S、18S和ITS扩增子测序。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述关联网络分析的参数包括:保留相关系数 ≥ 0.7和p值 ≤ 0.01的微生物数据。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述样本的点位数 ≥ 16个。

5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取所述样本中抗生素浓度数据的方法包括:利用液相色谱-质...

【技术特征摘要】

1.基于细菌-古菌-真菌共现网络评价抗生素生态效应的方法,其特征在于,包括以下步骤:

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,获取所述样本中细菌、古菌和真菌的群落组成和丰度数据的方法包括:对所述样本分别进行16s、18s和its扩增子测序。

3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述关联网络分析的参数包括:保留相关系数 ≥ 0.7和p值 ≤ 0.01的微生物数据。

4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述...

【专利技术属性】
技术研发人员:孙卫玲汤默然陈倩张婷婷陈曦
申请(专利权)人:北京大学
类型:发明
国别省市:

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