【技术实现步骤摘要】
一种结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法
[0001]本专利技术属于环境微生物领域，公开了一种结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法
。
技术介绍
[0002]微生物菌株全基因组测序能够全面
、
精确分析细菌基因组的碱基组成，是掌握菌株系统分类
、
基因突变
、
代谢功能等的重要手段
。
菌株全基因组测序分析方法目前流行的有3种，即二代测序
、
三代测序以及传统二代
‑
三代混合测序
。
二代测序技术成本较低，但由于读长短，生成的基因组数据完整性和拼装质量较差，组装获得的基因组通常存在较多的缺失序列
。
因此，二代测序很难或者几乎不能获得完整的环状
DNA
，对菌株基因组的测序完整度一般只能达到
90
％左右
。
为填补上述缺失序列
、
获得完成的基因组，还需要进行一代测序或三代测序
。
其中，一代测序填补缺失序列的方法非常繁琐，涉及特异性引物设计
、
克隆文库建立
、
蓝白斑筛选
、
一代测序
、
序列拼装等复杂过程
。
一代测序填补缺失序列需要在每个缺失序列前后设计引物，建立克隆文库，最后通过一代测序获得缺失序列的序列信息
。
三代测序技术具有长读长的优势，但价格比较昂贵，常用的技术包括
...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.
一种结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法，其特征在于，步骤包括：
S1
：提取多个菌株的基因组
DNA
，得到每个菌株的单独
DNA
样品，并测定所述单独
DNA
样品中的
DNA
浓度；将多个菌株的单独
DNA
样品进行二代测序得到单独样品下机数据，对所述单独样品下机数据分别进行质量控制
、
过滤和去嵌合体后，得到单独样品读长序列；对于有参考基因组的菌株，采用
Sibelia
算法进行组装；对于无参考基因组的菌株，采用
De Bruijn
图算法进行组装；最终获得每个菌株的支架数据，即获得基因组草图；
S2
：将所述单独
DNA
样品根据
DNA
浓度等质量比混合，获得多个菌株的
DNA
混合样品；将多个菌株的
DNA
混合样品进行三代测序得到混合样品下机数据，对所述混合样品下机数据进行质量控制
、
过滤和去嵌合体后，得到混合样品有效数据；对所述混合样品有效数据进行修剪和组装，获得三代测序组装的
DNA
混合样品的长读长；
S3
：利用三代测序获得的长读长数据，逐一填补步骤
S1
中二代测序获得的每个菌株支架数据中的缺失序列，从而获得完整
、
封闭成环的菌株基因组完整图
。2.
根据权利要求1所述的结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法，其特征在于，所述二代测序采用
Illumina
二代测序，所述三代测序采用
Oxford Nanopore
三代测序
。3.
根据权利要求1所述的结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法，其特征在于，
S1
中所述
DNA
浓度采用生物检测分析仪检测
。4.
根据权利要求2所述的结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法，其特征在于，每个菌株的
Illumina
二代测序数据量为
6.0Gb。5.
根据权利要求2所述的结合二代和三代测序的多菌株全基因组分析方法，其特征在于，
Illum...
【专利技术属性】
技术研发人员：何崭飞，谷涵远，沈佳泉，杨莹莉，李群群，潘响亮，
申请(专利权)人：浙江工业大学，
类型：发明
国别省市：
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