一种构建单细胞测序文库的方法技术

本发明专利技术提供了一种构建单细胞测序文库的方法，并对构建的单细胞测序文库进行测序，实现在同一单细胞中的RNA和染色质可接近性的配对分析。本申请所述的方法获得的文库经测序验证其数据特异性好，质量高，捕获的基因数量多。而且，有很少的doublets，碰撞率极低。碰撞率极低。碰撞率极低。

【技术实现步骤摘要】
一种构建单细胞测序文库的方法


[0001]本专利技术涉及基因测序
，具体涉及通过测序对同一单细胞中的RNA和染色质可接近性进行配对分析的方法。

技术介绍

[0002]单细胞测序技术从单细胞RNA
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seq发展到超高通量、多模态单细胞测序。G&T
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seq检测同一细胞中的单细胞基因组和转录组。ScTrio
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seq分析单个哺乳动物细胞的基因组、DNA甲基化和转录组之间的关系，CITE
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seq同时测量单细胞中的表位和转录组。
[0003]在多模式单细胞测序技术中，sci
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CAR、SNARE
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Seq、Paire
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Seq、SHARE
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Seq和Chromium单细胞多组学ATAC+基因表达试剂盒可在同一单细胞中定位染色质和RNA。这些方法解剖组织异质性并揭示相关的表观基因组调控元件。然而，sci
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CAR条码结合低且碰撞率高，Paired
‑...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种构建单细胞测序文库的方法，其特征在于，包括：a)利用转座子切割开放染色质获得携带第一接头的DNA片段；b)加入逆转录引物对mRNA进行逆转录获得携带第二接头的cDNA第一条链；c)将细胞置于载体上，利用第一载体特异性接头分别将步骤a)获得的携带第一接头的DNA片段和步骤b)获得的cDNA第一条链连接至载体上；d)合成cDNA的第二条链；e)并用引物分别扩增转录组文库的cDNA和染色质DNA。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的转座子包含条形码序列和转座酶；优选的，所述的条形码序列包含第一接头；优选的，所述的条形码序列包含第一索引。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述的逆转录引物包含第二接头，所述的第二接头包含poly(T)和第一索引；优选还包含随机六聚体引物。4.根据权利要求1
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3任一所述的方法，其特征在于，所述的第一索引包含AACAAC、ACCGCA、AGTTGG、CCACGT、CGTGTT、GTTCTC、TGACTA、TCAAGG、AACGGT、AAGCCT、ACATGA、ACTCTA、AGAAGT、AGTACC、ATGCGA、CAATAG、CATCCA、CCTGGA、CGAGAC、CGCTCA、GCGTAA、GGATCG、GTGAGG、TCCTTA、TCTGCC、TTAACC或TTAGTG中的至少一个、两个或三个以上的组合。5.根据权利要求1
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4任一所述的方法，其特征在于，所述的第一载体特异性接头包含第二索引，优选的，所述的第二索引包含AAGACCAA、AAGCTACG、AAGGTCAT、AATAGTGG、AATGCCTT、ACAATAGC、ACAGGATT、ACCGACCT、ACCTAGAT、ACGAGTCC、ACGGACGA、ACGTTCAA、ACTATCTG、ACTCCGAA、AGAACAGA、AGACGCTT、AGATGCGA、AGCCACTC、AGCGAAGC、AGGTAACG、AGTACATC、AGTGATTC、ATAAGAGG、ATATCACG、ATCGCCGT、ATGACGGA、ATGGAATG、ATTCCTAC、CAACGCCA、CAAGTCTG、CACACATC、CACCTTAT、CAGAACCT、CAGCCGAT、CATACTGT、CATCCACC、CATTGAGC、CCAAGCGT、CCACGACT、CCATTGTC、CCGCATGT、CCTACTCC、CCTCCTTG、CCTTAATG、CGAATATC、CGAGAGCA、CGCCTCAA、CGCGTTAC、CGGACTCT、CGGTTGTT、CGTAGCTT、CGTGCCAA、CTACCGGA、CTAGCAGT、CTCAGCCT、CTCTTCTA、CTGCTGGT、CTGTATTC、CTTCGCTC、GAAGAGTA、GACACCTA、GACGTGAG、GACTTACT、GAGGACAA、GAGTTAAG、GATCCTCG、GCAATCCG、GCAGTGTG、GCCGCTAA、GCGACCAT、GCTAAGAC、GCTGTAGG、GGAACTGG、GGACAGTT、GGATTGCT、GGTCCTAA、GTACCTGT、GTCAAGGA、GTCTGCTT、GTGCTCCA、GTGTGACC、GTTATTGG、TAATTCGG、TACCAATC、TAGACTCC、TAGTCAAC、TCACGTTG、TCAGAATG、TCCAGCTT、TCCTGCGA、TCGGTTCC、TCTTACCT、TGACATGG、TGCCTATA、TGGTGTGG、TGTACTAG中的至少一个、两个或三个以上的组合。6.根据权利要求1
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5任一所述的方法，其特征在于，所述的方法还包括形成液滴，裂解细胞并在液滴中进行扩增反应的步骤，优选的，形成的液滴中过载细胞。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述在液滴中进行扩增反应使用的引物包含第三索引。8.根据权利要求1
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5任一所述的方法，其特征在于，所述的方法包括利用第二载体特异性接头分别将权利要求1获得的携带第一接头的DNA片段和权利要求1获得的cDNA第一条链连...

【专利技术属性】
技术研发人员：张强锋，唐磊，
申请(专利权)人：清华大学，
类型：发明
国别省市：