一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、试剂盒、方法及应用技术

本发明专利技术属于核酸靶向捕获技术领域，更具体地，涉及一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、试剂盒、方法及应用。本发明专利技术利用提供的靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针和试剂盒可以特异性地捕获尿液样本中的目标核酸，快速、特异、高效的对目标核酸进行富集，且能够避免尿液样品中非目标DNA的非特异性结合，实现纯化和富集目标核酸的目的，显著提高捕获特异性，提高目标DNA的纯度。将上述捕获探针或试剂盒应用于尿液样本中尿路上皮癌检测时，能够增加检测特异性和准确性，提高检测灵敏度，降低假阴性结果检出。低假阴性结果检出。低假阴性结果检出。

【技术实现步骤摘要】
一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、试剂盒、方法及应用


[0001]本专利技术属于核酸靶向捕获
，更具体地，涉及一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、试剂盒、方法及应用。

技术介绍

[0002]随着分子生物学技术的发展，检测肿瘤细胞基因组遗传信息和表观遗传信息的变化逐渐成为肿瘤检测的新手段。近年来，无创检测日益兴起，例如，利用尿液中的脱落细胞检测基因组遗传信息和表观遗传信息的变化用来检测尿路上皮癌已成为一种更加便捷和便于普及的检测方式。目前，已有一些DNA甲基化检测标记物通过检测尿液样本对尿路上皮癌具有良好的检测效果，例如VIM，TWIST等基因。但是，核酸的提取量和提取纯度会影响下游检测技术(如PCR检测、测序及分子杂交等)的灵敏度和特异性，最终影响检测效果。
[0003]在尿液样本中含有很多的细菌等微生物，为尽量减少尿液样本中细菌等微生物的干扰，临床检测中，取尿液样本时需要患者只取中段尿，操作较麻烦，尽管如此，尿液中的细菌和微生物的DNA依旧是影响人源DNA提取的干扰项，很大程度影响检测的灵敏度和特异性。因此，有必要进一步提高尿液样本中DNA靶向捕获的特异性，提高目标DNA的纯度。

技术实现思路

[0004]针对现有技术的缺陷，本专利技术的目的在于提供了一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、试剂盒、方法及应用，以解决现有技术目标DNA的捕获特异性差、无法有效避免尿液样本中非目标DNA的非特异性结合等技术问题。
[0005]为实现上述目的，本专利技术提供了一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针，所述捕获探针包括核酸部分，所述核酸部分包括SEQ ID NO.1～3所示核苷酸序列中的一者或多者。
[0006]优选地，所述捕获探针还包括修饰基团，所述修饰基团选自生物素、荧光素、氨基修饰基团、羧基修饰基团、巯基修饰基团、间臂修饰基团和磷酸化修饰基团中的一种或多种。
[0007]优选地，所述捕获探针复合物包括所述的捕获探针，还包括固相载体，所述捕获探针的核酸部分偶联于所述固相载体表面。
[0008]本专利技术提供了一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的试剂盒，其包括所述捕获探针或所述捕获探针复合物。
[0009]优选地，所述试剂盒还包括裂解结合液、蛋白酶K、洗涤液、漂洗液、洗脱液中的一种或多种。
[0010]本专利技术还提供了一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的方法，采用所述试剂盒对尿液样本中目标核酸进行特异性捕获，得到富集的目标核酸。
[0011]优选地，所述方法包括以下步骤：
[0012]S1、对尿液样本进行裂解处理，然后与所述捕获探针或所述捕获探针复合物混合，使捕获探针与尿液样本中目标核酸进行特异性结合，形成捕获探针
‑
目标核酸复合体；
[0013]S2、将所述捕获探针
‑
目标核酸复合体经洗涤、漂洗、洗脱，得到富集的目标核酸。
[0014]本专利技术还提供了所述捕获探针或所述捕获探针复合物或所述试剂盒，在制备尿液样本中目标核酸文库或尿路上皮癌检测产品中的应用。
[0015]本专利技术提供了一种尿路上皮癌检测产品，其包括所述试剂盒，还包括DNA甲基化转化试剂、PCR反应试剂、阳性对照品、阴性对照品、内参基因的检测引物对和检测探针中的一种或多种。
[0016]优选地，所述PCR反应试剂包括用于检测目标核酸甲基化水平的引物对和检测探针，所述目标核酸选自SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.12或SEQ ID NO.15中至少一种。
[0017]优选地，所述引物对包括SEQ ID NO.16～17、SEQ ID NO.19～20或SEQ ID NO.22～23中至少一组；所述检测探针包括SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.21或SEQ ID NO.24中至少一种；所述DNA甲基化转化试剂包括亚硫酸氢盐。
[0018]总体而言，通过本专利技术所构思的以上技术方案与现有技术相比，具有以下
[0019]有益效果：
[0020](1)采用本专利技术提供的靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针、捕获探针复合物和试剂盒用于靶向捕获尿液样本中目标核酸，能够高效特异捕获目标核酸，快速、特异、高效的对目标核酸进行富集，实现纯化和富集目标核酸的目的。将上述捕获探针、捕获探针复合物或试剂盒应用于尿液样本中尿路上皮癌检测时，能够增加检测特异性和准确性，提高检测灵敏度，降低假阴性结果检出。
[0021](2)本专利技术通过靶向捕获尿液样本中目标核酸方法可以特异性地捕获尿液样本中的目标核酸，靶向捕获的目标DNA能够满足甲基化检测的需求，且能够避免尿液样品中非目标DNA的非特异性结合，显著提高捕获的特异性，从而提高目标DNA的纯度。
附图说明
[0022]图1为捕获探针1的二级结构；
[0023]图2为捕获探针2的二级结构；
[0024]图3为捕获探针3的二级结构。
具体实施方式
[0025]为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。
[0026]除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本专利技术。
[0027]术语“靶向捕获”是指通过探针或引物的形式对目标区域进行筛选性富集的方法，其中探针捕获是根据目标区域设计捕获探针，利用碱基互补配对原理对目标区域进行捕获富集。
[0028]术语“目标核酸”是指被捕获，被富集，或被检测的目标核酸序列片段，也叫靶标核酸，或靶标DNA。
[0029]术语“寡核苷酸”或“多核苷酸”或“核苷酸”或“核酸”是指具有两个或更多个脱氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的分子，优选多于三个，并且通常多于十个。确切的大小将取决于许多因素，而所述因素又取决于寡核苷酸的最终功能或用途。寡核苷酸可以任何方式产生，包括化学合成、DNA复制、逆转录或其组合。DNA的典型脱氧核糖核苷酸是胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤。RNA的典型核糖核苷酸是尿嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鸟嘌呤。
[0030]术语“甲基化”为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶第5号碳位共价结合一个甲基基团。DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。“未甲基化DNA”或“甲基化DNA”还可以分别指原始模板未甲基化或甲基化的扩增DNA。
[0031]术语“甲基化水平”指的是一段DNA序列中一个或多个CpG二核苷酸中的胞嘧啶是否发生甲基化、或发生甲基化的频率/比例/百分数，既代表定性的概念又代表定量的概念。在实际应用中，可根据实本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针，其特征在于，所述捕获探针包括核酸部分，所述核酸部分包括SEQ ID NO.1～3所示核苷酸序列中的一者或多者。2.根据权利要求1所述的捕获探针，其特征在于，所述捕获探针还包括修饰基团，所述修饰基团选自生物素、荧光素、氨基修饰基团、羧基修饰基团、巯基修饰基团、间臂修饰基团和磷酸化修饰基团中的一种或多种。3.一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的捕获探针复合物，其特征在于，所述捕获探针复合物包括权利要求1或2所述的捕获探针，还包括固相载体，所述捕获探针的核酸部分偶联于所述固相载体表面。4.一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的试剂盒，其特征在于，其包括权利要求1或2所述的捕获探针，或包括权利要求3所述的捕获探针复合物。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括裂解结合液、蛋白酶K、洗涤液、漂洗液、洗脱液中的一种或多种。6.一种靶向捕获尿液样本中目标核酸的方法，其特征在于，采用权利要求4或5所述的试剂盒对尿液样本中目标核酸进行特异性捕获，得到富集的目标核酸。7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1、对尿液样本进行裂解处理，然后与所述捕获探针或所述捕获探针复合物混合...

【专利技术属性】
技术研发人员：李学松，樊健，董兰兰，蔡迪，张良禄，周谛晗，
申请(专利权)人：武汉艾米森生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：