ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记、引物对及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记、引物对及其应用，涉及猪分子标记技术领域。所述公猪精液品质性状为精液量、精子密度和精子活率等性状；所述分子标记位于猪ATP11A基因启动子区域中，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第421bp处存在一处A421

【技术实现步骤摘要】
ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记、引物对及其应用


[0001]本专利技术涉及猪分子标记
，具体涉及一种ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记、引物对及其应用。

技术介绍

[0002]猪场的经济效益很大程度上取决于公猪的精液质量。精液品质相关性状不仅决定了母猪的受胎效果，更是影响到精液储存利用的效率。近年来从遗传学的角度相继报道证实了一些影响母猪繁殖性能的分子标记，然而，针对公猪繁殖力的研究仍然不足。因此，寻找控制公猪精液品质性状的关键分子遗传标记，并将其用于分子标记辅助育种，对提高猪的繁殖性状，增加经济效益具有重要意义。
[0003]P4型磷脂转移酶11A(ATP11A)属于P4型磷脂转移酶家族，是重要的生物功能蛋白，参与完成功能蛋白转运。ATP11A维持细胞膜脂质双分子层的不对称性，参与细胞凋亡、物质分泌、有丝分裂、宿主
‑
病毒交联等生理过程。同时可维持磷脂酰乙醇胺、磷脂酰丝氨酸在细胞膜结构上的分布，参与多种疾病的病理过程。
[0004]然而，目前关于ATP11A基因能否提高公猪精液品质性能，这一分子机制尚未见报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于克服上述现有技术中的不足，提供一种ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记、引物对及其应用，本专利技术发掘了ATP11A基因启动子中一个SNP与公猪精液品质性状关联，可作为公猪繁殖性状筛选和猪选育的分子标记。
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记，所述精液性状为单次采精量性状；所述分子标记位于猪ATP11A基因启动子区域中，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第421bp处存在一处A421
‑
G421碱基突变。
[0007]在本专利技术的较佳实施方式中，序列SEQ ID NO.1中第421bp处的A或G碱基多态性位点，表现为AA、AG或GG三种基因型，其中A等位基因为优势等位基因。
[0008]第二方面，本专利技术提供了一种如第一方面所述的SNP分子标记在公猪精液性状筛选和/或猪育种中的应用。
[0009]第三方面，本专利技术提供了一种用于扩增如第一方面所述的分子标记的引物对，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0010]第四方面，本专利技术提供了一种如第三方面所述的引物对在公猪精液性状筛选和/或猪育种中的应用。
[0011]第五方面，本专利技术提供了一种利用如第一方面所述的SNP分子标记进行快速选育
的试剂盒，包含如第三方面所述的引物对。
[0012]第六方面，本专利技术提供了一种公猪精液性状筛选和/或猪育种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
[0013]S1、提取公猪的基因组DNA；
[0014]S2、以步骤S1得到的基因组DNA作为模板，采用如第三方面所述的引物对进行PCR扩增，得到如第一方面所述的分子标记并纯化；
[0015]S3、对步骤S2纯化后的分子标记进行测序分析，保留该序列第421bp处携带有A等位基因的个体，淘汰携带有G等位基因的个体。
[0016]在本专利技术的较佳实施方式中，步骤S1中，从待测公猪的耳缘组织中提取基因组DNA。
[0017]在本专利技术的较佳实施方式中，步骤S2中，PCR反应体系50μL，体系中各组分为：基因组DNA 100ng、PCR mix 25μL、上游引物、下游引物各1μL、加ddH2O补至总体积50μL；PCR的运行程序为：94℃预变性3min；94℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
[0018]与现有技术相比，本专利技术的有益效果包括：本专利技术首次发掘了猪ATP11A基因中的一个SNP分子标记与猪的繁殖性状，具体为公猪单次采精量性状相关，因此可将该分子标记用于筛选公猪精液质量性状和选育，即提供了猪ATP11A基因中一个SNP分子标记在公猪精液质量性状的标记辅助育种的新用途，实现了对公猪精液质量性状的早期筛选，筛选方法简单快速。
附图说明
[0019]图1为本专利技术实施例1中PCR产物的琼脂糖凝胶电泳检测图，其中泳道M为DL2000 Marker，泳道1
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5为猪中的扩增片段，片段大小为732bp；
[0020]图2为本专利技术实施例1中g.421A>G位点的的测序图谱。
具体实施方式
[0021]为了使本专利技术的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对本专利技术进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本专利技术，并不用于限定本专利技术。
[0022]实施例1猪ATP11A基因SNP检测片段的获得及多态性位点检测方法的建立
[0023]1、公猪基因组DNA的提取
[0024]公猪基因组DNA的提取采用Invitrogen公司生产的动物组织基因组DNA提取试剂盒(PureLink
TM
Pro 96Genomic DNA Purification Kit,K182104A)，按该试剂盒说明书进行公猪基因组DNA提取。对提取出的DNA进行浓度和质量检测，置于
‑
20℃下保存备用。
[0025]2、公猪ATP11A基因SNP遗传标记检测片段的获得
[0026](1)PCR扩增
[0027]根据公猪ATP11A基因的基因组序列中的SNP遗传标记检测序列，设计一对引物，扩增多态性位点的片段。
[0028]其中，该SNP遗传标记检测序列的核苷酸序列为：
[0029]CCTGCAAATGCCACTGACTGCGCGGAGGAAGGCCGGCCAAAACCTGGCGCTGGCAGCGGGCTCCTGGCAGAAGGCAGGCAGCGTTGCTGGGAGGAGACGAGGAAAAGTGTGGGACGTCTGCGGCTCGGTCATCGTTCTATGACCCACCAGAGGCGCTGGCCCCAGGGCCCAGCCGCCACCCCTGCCCAGCGGAGGGGGCCTGGGGACAACCGTGGTTCCTGGAGCCTGACATGAGTTGATCGAATGGAAAAGGCAGCTGGACAAGCCCCGTGGCCACTAAGGGAAACAGACACTGCCAGGCGAAGGTGAGGCCAGGGCGTGGTGGAGGGAAGGAAGGCCCCATCTCTCTCCTGGTCTCCAGTTGGCAGCGGGCACCTCTGTTGGTGCAGATCCCCCAGGGGGGCCTTGGGCCTCCTAGACACAAAGCAGGAGAGAGTAGATTTGGAAGGAAAGTGGAGAATCATTGAGTTAGCTGACCCCAAACTGGAGCATTTTCCGCAGAAA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述精液性状为单次采精量性状；所述分子标记位于猪ATP11A基因启动子区域中，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第421bp处存在一处A421
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G421碱基突变。2.根据权利要求1所述的ATP11A基因中与公猪精液质量性状相关的SNP分子标记，其特征在于，序列SEQ ID NO.1中第421bp处的A或G碱基多态性位点，表现为AA、AG或GG三种基因型，其中A等位基因为优势等位基因。3.如权利要求1或2任一项所述的SNP分子标记在公猪精液性状筛选和/或猪育种中的应用。4.一种用于扩增如权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对包括：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。5.如权利要求4所述的引物对在公猪精液性状筛选和/或猪育种中的应用。6.一种利用如权利要求1所述的SNP分子标记进行快速选育的...

【专利技术属性】
技术研发人员：张宇，雷润雨，冯越，梅书棋，彭先文，吴俊静，乔木，周佳伟，徐忠，李梓芃，孙华，李良华，赵海忠，宋忠旭，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：