与猪生长性状相关的两个基因3制造技术

本发明专利技术属于动物遗传育种领域，公开了与猪生长性状相关的两个基因3

【技术实现步骤摘要】
与猪生长性状相关的两个基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标记、检测方法及应用


[0001]本专利技术属于动物遗传育种领域，同时涉及生物信息学及分子生物学领域，具体涉及与猪生长性状相关的两个基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标记、检测方法及应用。

技术介绍

[0002]猪等家畜基因组中反转录转座子占40％左右，在基因组上分布广泛，其中SINE转座子属于反转录转座子中的一个重要组成成分，占猪基因组的11％左右。由于反转录转座子是“复制黏贴”型的转座子，能够不断的转座扩增，介导产生了大量的基因组结构变异，也称反转录转座子插入多态(Retrotransposon Insertion Polymorphism,RIP)，这些RIP不仅促进了物种间基因组的分化，而且还产生了物种内丰富的遗传多样性，对群体多样性和新性状形成发挥了重要作用，也大量影响着猪的经济性状。随着现代育种技术的不断创新，分子辅助育种技术的应用越来越深入。从而对分子标记的开发也越来越迫切。研究表明PDIA4基因中的SINE插入存在多态性，在香猪中，纯合无插入基因型频率较高(55.9％)，且275bp SINE插入多态性与窝产仔数之间存在关联(P＝0.003)。另外一项研究表明，FSHβ亚基基因的表达对母猪的总产仔数、产活仔数和出生重等方面也有一定影响，和脊椎发育相关的VRTN基因上是否有SINEs转座子插入，可能会对猪生长过程中脊椎发育的数量产生影响。因此，其中借助SINEs插入多态性开发的分子标记不仅为我们理解其基因组的进化提供了全新视角，同时，RIP分子标记是生物多样性、遗传进化和分子育种研究的重要工具。
[0003]背膘厚是猪生产中重要的经济性状，通常用来评估猪的肥肉含量和肉质的脂肪程度，与瘦肉率具有很强的相关性，一般来说，背膘厚越大，表示该猪含有更多的肥肉，肉质也更加油腻。如果背膘过于厚，就可能会影响猪的健康和生长速度。30公斤日龄是指猪达到30公斤体重时的日龄数。这个指标通常用来评估猪的生长速度和肉质的发育情况。一般来说，30公斤日龄越小，表示该猪生长速度越快，肉质也更加嫩滑。在猪的养殖和育种中，这两个指标都被广泛地应用，作为育种中的重要选择性状。除了通过提供合理的饲料和生长环境，借助分子辅助育种，进行遗传改良也是降低背膘厚提高生长速度的重要方式之一。本专利即提供两个分子标记，可以用于筛选高生长速度、低背膘的个体。

技术实现思路

[0004]本专利技术针对上述现有技术存在的问题，提供与猪生长性状相关的两个基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标记、检测方法及应用，开发了两个位于SPATA17和FGL1基因3
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UTR内SINE逆转座子多态位点为基础的与猪生长性状相关的分子标记，并将其应用于猪的背膘厚和三十公斤体重日龄性状的选育中，加快育种进程。
[0005]为了实现上述专利技术目的，本专利技术的技术方案如下：
[0006]第一方面，与猪生长性状相关的两个基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标
记，所述分子标记分别位于SPATA17和FGL基因的3
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UTR区，在猪参考基因组(Sscrofa11.1)的坐标分别为Chr10:8118604
‑
8119257和Chr17:5547404
‑
5547713，是SINE转座子的插入多态性位点；命名为SPATA17
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SINERIP1和FGL1
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SINERIP1。
[0007]所述的SPATA17基因3
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UTR内SINE转座子多态分子标记来自于猪参考基因组(Sscrofa11.1)Chr10:8118604
‑
8119257区段内第212碱基到476碱基是否有SINE插入而产生的多态。所述的FGL1基因3
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UTR内SINE转座子多态分子标记来自于猪参考基因组(Sscrofa11.1)Chr17:5547404
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5547713区段内第131碱基到第132碱基之间是否有SINE插入而产生的多态性。
[0008]第二方面，提供给与猪生长性状相关的基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标记在筛选猪生长性状背膘厚、三十公斤体重日龄性状中的应用。
[0009]所述应用的方法如下：
[0010]步骤(1)：根据分子标记序列中SINE逆转座子插入位点两侧的序列设计检测引物；
[0011]步骤(2)：以待检测猪个体的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；
[0012]步骤(3)：将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果判定基因型。
[0013]步骤(1)中所述分子标记为SPATA17
‑
SINERIP1，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；所述SEQ ID NO:1中SINE序列为插入状态，该序列的第212到476位点存在一个正向SINE的插入多态；当SINE序列为缺失状态，SEQ ID NO:1的第212到476区间的序列不存在，第211与477位置上的碱基直接相连；该位点呈现出SINE
+/+
、SINE
+/
‑
或SINE
‑
/
‑
三种基因型；纯合无插入基因型SINE
‑
/
‑
的个体背膘厚显著高于纯合有插入基因型SINE
+/+
和杂合插入基因型SINE
+/
‑
个体。
[0014]SEQ ID NO:1：
[0015]GCAAACCAAAGACCCAAAGAAAGTCCAGAGAATGTTCTGAAGTTTAATGA
[0016]CAGAGGCTGCAGGCTAGTCCTTGATCCTACAGAGACCCGCTGCCTCTTTT
[0017]GTGGTCAGACGAAGACTCTTTTGGCCTAATGGTAGATAATACACTATGCT
[0018]AGATAATGCTAGTAGATATACAGAAGGCTTTATAAAAAGGTGAAAGAAAT
[0019]TATCCATTCTGggagttcccgtcatggcgcagtggttaacaaatccgact
[0020]aggaaccatgaggttgcgggttcggtccctgcccttgctcagtgggttaa
[0021]ccatccggcgttgccgtgagctgtggtgtaggttgcagacgcggctcgga
[0022]tcccgtgttgctgtggctctggtgtaggccggtggctacagctccgattc
[0023]aacccctagcctgggaacctccatatg本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与猪生长性状相关的基因3
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UTR区SINE逆转座子插入多态分子标记在筛选猪生长性状背膘厚、三十公斤体重日龄性状中的应用。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述应用的方法如下：步骤(1)：根据分子标记序列中SINE逆转座子插入位点两侧的序列设计检测引物；步骤(2)：以待检测猪个体的基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得PCR扩增产物；步骤(3)：将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，并根据电泳结果判定基因型。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤(1)中所述分子标记为SPATA17
‑
SINERIP1，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；所述SEQ ID NO:1中SINE序列为插入状态，该序列的第212到476位点存在一个正向SINE的插入多态；当SINE序列为缺失状态，SEQ ID NO:1的第212到476区间的序列不存在，第211与477位置上的碱基直接相连；该位点呈现出SINE
+/+
、SINE
+/
‑
或SINE
‑
/
‑
三种基因型；纯合无插入基因型SINE
‑
/
‑
的个体背膘厚显著高于纯合有插入基因型SINE
+/+
和杂合插入基因型SINE
+/
‑
个体。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，步骤(2)中，PCR扩增所用正向引物序列如SEQ ID NO:3所示，反向引物序列如SEQ ID NO:4所示。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，步骤(2)中，PCR反应体系为：ddH2O 7μl、2
×
Taq Master Mix 10μl、模板DNA1μl、正向引物1μl、反向引物1μl；PCR反应程序为：预变性95℃5mi...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈才，宋成义，王梦礼，郑尧，王宵燕，高波，
申请(专利权)人：扬州大学，
类型：发明
国别省市：